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对裂殖纲蜘蛛 Rowlandius potiguar Santos、Ferreira 和 Buzzato 进行全基因组测序，2013 年来自巴西半干旱地区的洞穴
图片来源：CC BY 2.5，https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=40194191对裂殖纲蜘蛛 Rowlandius potiguar Santos、Ferreira 和 Buzzato 进行全基因组测序，2013 年来自巴西半干旱抽象短尾鞭蝎（蜘蛛纲：尽管裂殖纲蜘蛛纲动物与地下环境具有生态和进化相关性，但它们是一个研究很少的蜘蛛纲动物，特别是在基因组资源方面。在这项研究中，我们提出了 Rowlandius potiguar 的第一个基因组组装草案，这是巴西东北部喀斯特系统特有的与洞穴相关的物种。使用 Illumina 双端技术 (2 × 150 bp) 对基因组 DNA 进行测序，并使用从头组装流程组装读数。所得基因组组装的总长度为 1.8 Gb，分布在 1,505,104 个支架和 1,510,944 个重叠群中，表明组装高度碎片化。支架N50和contig N50值均为3.2 kb，GC含量为32.5%。使用 BUSCO 以及节肢动物和后生动物数据集评估基因组完整性。节肢动物分析恢复了 20.5% 完整的 BUSCO（19.1% 单拷贝和 1.5% 重复）、53.0% 片段化和 26.5% 缺失基因。同样，Metazoa 数据集识别出 24.7% 完整的 BUSCO（23.4% 单拷贝和 1.4% 重复），其中 54.7% 是片段化的，20.5% 是缺失基因。低 BUSCO 完整性和高比例的片段化基因反映了组装的高度片段化性质，可能
来源:Arácnido图片来源：CC BY 2.5，https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=40194191
对裂殖纲蜘蛛 Rowlandius potiguar Santos、Ferreira 和 Buzzato 进行全基因组测序，2013 年来自巴西半干旱地区的洞穴
摘要
短尾鞭蝎（蛛形纲：裂殖纲）是一种对蛛形纲动物的研究很少，特别是在基因组资源方面，尽管它们在地下环境中具有生态和进化相关性。在这项研究中，我们提出了 Rowlandius potiguar 的第一份基因组组装草案，Rowlandius potiguar 是巴西东北部喀斯特系统特有的与洞穴相关的物种。使用 Illumina 双端技术 (2 × 150 bp) 对基因组 DNA 进行测序，并使用从头组装流程组装读数。所得基因组组装的总长度为 1.8 Gb，分布在 1,505,104 个支架和 1,510,944 个重叠群中，表明组装高度碎片化。支架N50和contig N50值均为3.2 kb，GC含量为32.5%。使用 BUSCO 以及节肢动物和后生动物数据集评估基因组完整性。节肢动物分析恢复了 20.5% 完整的 BUSCO（19.1% 单拷贝和 1.5% 重复）、53.0% 片段化和 26.5% 缺失基因。同样，Metazoa 数据集识别出 24.7% 完整的 BUSCO（23.4% 单拷贝和 1.4% 重复），其中 54.7% 是片段化的，20.5% 是缺失基因。低 BUSCO 完整性和高比例的片段化基因反映了组装的高度片段化性质，这可能是由于使用短读长测序技术和重复基因组区域的存在造成的。尽管存在这些限制，该基因组代表了裂殖纲重要的第一个基因组资源，并为未来研究基因组进化、适应地下环境以及蜘蛛类穴形性状的遗传基础奠定了基础。