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Hi-C 技术：全基因组染色质相互作用综合指南
逐步学习 Hi-C 技术，了解 3D 基因组组织、染色质相互作用、区室和分形球结构。Hi-C 技术：全基因组染色质相互作用综合指南首先发表在《科学笔记》上。
来源:科学笔记Hi-C 技术简介
Hi-C 是一种强大的全基因组染色体构象捕获技术，用于以无偏且高通量的方式识别长程染色质相互作用。通过将邻近连接与下一代测序相结合，Hi-C 使研究人员能够探索基因组的三维 (3D) 组织，并了解染色质折叠如何影响基因调控、基因组稳定性和细胞身份。
自开发以来，Hi-C 改变了我们对核结构的理解，揭示了染色体区域、A/B 区室化和分形球染色质组织等基本原理。
Hi-C 方法的原理
Hi-C技术基于一个简单而优雅的想法：细胞核中靠近的DNA片段在交联后更有可能连接在一起。通过捕获这些连接产物并对其进行测序，Hi-C 生成了染色质接触的全基因组图谱。
Hi-C 的主要特性包括：
全基因组和公正的相互作用检测
检测染色体内和染色体间接触
跨多个尺度的适用性，从千碱基到整个染色体
Hi-C 实验工作流程的逐步概述
1. 交联和细胞裂解
Hi-C 从细胞的甲醛交联开始，以保留天然染色质相互作用。通常，使用 2 × 107 至 2.5 × 107 哺乳动物细胞。细胞被裂解，细胞核被分离以释放染色质，同时保持交联的 DNA-蛋白质复合物。
2. 限制性内切酶消化
使用限制性酶（通常为 HindIII）消化交联的染色质，在特定识别位点将基因组片段化。此步骤产生粘性末端，反映连接前的线性基因组组织。
3. 生物素填充和末端标记
保留没有生物素标记的平行样品作为 3C 对照，以评估消化和连接效率。