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科学家发现结直肠癌具有独特的微生物“指纹”
研究人员在癌症 DNA 数据中发现了可能影响诊断和生存的病毒和细菌。癌症基因组测序旨在读取人类 DNA，但它也捕获样本中微生物的 DNA 痕迹。在东安格利亚大学 (UEA) 的一项新研究中，这些微生物 [...]
来源:SciTech日报Hidden within cancerDNAdata, researchers uncovered viruses and bacteria that may influence both diagnosis and survival.
癌症基因组测序旨在读取人类 DNA，但它也捕获样本中微生物的微小 DNA 痕迹。 In a new study from the University of East Anglia (UEA), those microbial traces turned out to be especially revealing in one disease.研究人员报告说，结直肠癌凭借清晰的微生物“指纹”而从其他癌症中脱颖而出，这种模式足以将结直肠肿瘤与其他肿瘤类型区分开来。
Colorectal cancer is the fourth most common cancer in the UK and the second deadliest.由于许多患者已经接受基因测试作为癌症护理的一部分，因此研究小组表示，这种微生物读数最终可能会增加另一层洞察力，而无需进行全新的测试。
他们的分析利用了来自 9,000 多名癌症患者的全基因组测序 (WGS) 数据，并使用了 Genomics England 的 DNA 序列信息，这些信息来自涵盖 22 种癌症类型的 11,735 个癌症样本。研究结果还反驳了该领域的一个流行观点，即每种癌症都带有其独特的微生物特征。
“这项研究改变了我们对微生物在癌症中作用的看法，”来自 UEA 诺维奇医学院的首席研究员 Abraham Gihawi 博士说。
研究是如何进行的
Rather than swabbing for pathogens or running a separate infection panel, the approach mines what is already present in sequencing files.这很重要，因为在大多数肿瘤样本中，人类 DNA 远远超过微生物 DNA，因此梳理出真正的微生物信号需要仔细过滤和质量控制，以减少将污染与生物学混淆的风险。
“当您收集癌症 DNA 序列时，您还可以从样本中包含的微生物 DNA 中获取信息，”Gihawi 博士说。