Proteins: A Mosaic Pattern to Rule Them All?
几十年来，疏水核心（蛋白质 3D 结构中疏水性氨基酸聚集在一起的区域）的存在一直被认为是蛋白质的普遍特性。我们现在的发现可能会扩展该模型。特别是，其余氨基酸似乎也根据其化学类型（极性、酸性、碱性、特殊）聚集在一起，特别是以约 8 个单位为一组。这就是我们所说的 Mosaic Q 模型。以下是我们发现它的方法，以及用于其量化和可视化的工具。蛋白质：统治它们的马赛克模式？首先出现在《走向数据科学》上。
A Structure-Informed Atlas of Venom-Derived Peptides Reveals the Organization of Chemical Space
毒液衍生肽的结构信息图谱揭示了化学空间的组织摘要毒液衍生肽是结构多样的生物活性支架，与计算发现和分子设计的相关性越来越大。然而，它们在化学空间内的组织在综合框架中仍然缺乏特征。在这里，我们提出了一个精心策划的、基于结构的毒液肽图谱，该图谱由基于描述符的集成框架支持，该框架结合了 3,423 个肽的序列和结构衍生特征。高置信度 AlphaFold 模型与物理化学和结构描述符集成，生成统一的分子表示。多变量分析表明，毒液肽占据了由二硫键介导的稳定性、结构致密性和静电疏水平衡形成的化学空间的受限且可解释的区域。功能类别显示出明显的分离，而分类起源解释了较小的差异，支持收敛设计原则。该图集为肽科学中的
