ToxIR:用于高精度毒素转录组分析的准确 RNA-seq 管道,已在 odontobuthus doriae 毒腺中得到验证。由于组装错误、亚型多样性和注释偏差,复杂组织的转录组分析仍然具有挑战性,需要优化计算管道。蝎毒是生物活性肽的宝库,具有巨大的生物医学潜力,但其复杂性使转录组分析变得复杂。我们推出了 ToxIR(毒素识别和识别),这是一种针对精确毒素转录组分析而优化的 RNA-seq 管道,并在 Odontobuthus doriae 毒腺中得到验证。 ToxIR 结合了深度测序、基于 rnaSPAdes 的从头组装和定制注释策略,甚至可以检测低丰度毒素并高精度解析同种型。它结合了严格
转录组和蛋白质组综合分析揭示疣蛛科(Araneae:Sparassidae)毒液成分的多样性摘要疣蛛是一种大型夜行性游走蜘蛛,是农林害虫的重要天敌,其毒液在捕获猎物中发挥着关键作用。然而,对其毒液成分的系统研究仍然很少。在本研究中,我们利用高通量转录组测序结合定量蛋白质组学对毒腺和毒液样本进行了综合分析。转录组产生了43,244个具有代表性的unigene序列,其中通过功能注释鉴定出102个类毒素序列,涵盖13个肽毒素超家族和7个蛋白质毒素家族。蛋白质组学分析鉴定出 35 种毒液成分,其中包括 14 种肽毒素和 21 种功能蛋白。表达最丰富的毒素家族,超家族 IX 和 VII,在转录组和蛋白质
E. Coli Linked To Diabetic Foot Infections Gets Worldwide Analysis
糖尿病足部感染是糖尿病的严重并发症,也是导致下肢截肢的主要原因,但人们对这些慢性足部感染所涉及的具体病原体知之甚少,特别是大肠杆菌,尽管在临床样本中经常检测到大肠杆菌。直接从多个大陆的糖尿病足部溃疡中分离出的大肠杆菌菌株的新基因组特征可能有助于解释为什么某些感染变得难以治疗并导致严重甚至危及生命的结果。研究小组分析了从欧洲、非洲、亚洲和美洲患者感染的糖尿病足溃疡中分离出的 42 株大肠杆菌菌株的全基因组序列,并对每种菌株的完整 DNA 进行了测序。阅读更多
Aletris medogensis W.B.Ju, Y.L.Qiu & Bo Xu,in X. Li, Qiu, J.-T. Li, Xu, Yu et Ju, 2026. 墨脱粉条儿菜 || DOI:doi.org/10.1002/ece3.72654摘要Aletris L. 属(Nartheciaceae)包含分布在东亚和北美的大约 21-24 个物种,但由于密切相关的物种之间形态特征的重叠,分类学上的模糊性仍然存在。在中国西藏东南部的田野调查中,发现了一种形态独特的候选物种,Aletris medogensis。为了验证其分类地位并探索东亚 Aletris 内的进化关系,我们将详细的形
菲律宾洞穴狼蛛 Orphnaecus kwebaburdeos 毒液成分的神经毒性筛查摘要我们报告了从菲律宾吕宋岛东部的一个岛屿采集的 Orphnaecus 属洞穴狼蛛毒液成分的神经毒性。根据从菲律宾狼蛛 Orphnaecus kwebaburdeos 中提取的毒液的 HPLC 级分对斑马鱼 (Danio rerio) 幼虫游泳行为的影响并通过观察幼虫游泳模式来评估其神经毒性。我们的结果表明,蜘蛛毒液的几个部分改变了幼虫的游泳行为和模式,表明它们具有神经毒性。在暴露于组分 2 和 3 的幼虫中观察到麻痹和癫痫过度活跃。在暴露于组分 7 的斑马鱼幼虫中仅观察到癫痫发作。这些结果表明 O. kwe
Proteomic and biochemical characterization of Bothrops pubescens (Serpentes: Viperidae) venom
毛蝰蛇(蛇类:蝰蛇科)毒液的蛋白质组学和生化特征摘要毛蝰蛇是乌拉圭临床上重要的蝰蛇科蛇种,每年与松蝰蛇一起造成 60 多例人类中毒事件。以前被归入新维迪双翅目(Bothrops neuwiedi)复合体,最近的分类学修订现在将其分布范围限制在南里奥格兰德州(巴西)和乌拉圭。该物种并不十分健壮,体长为 22 至 92 厘米,并显示出独特的背外侧图案,每侧均由深棕色梯形斑点组成。 毛毛B. pubescens的毒液表现出Bothrops属的典型毒理学特性,包括凝血障碍和严重的局部组织损伤,在极端情况下可能导致截肢。与其他Bothrops物种一样,金属蛋白酶是最丰富的毒素,并伴有高水平的磷脂酶A2、
Pandercetes sp. 肽的分子多样性。蜘蛛毒液和 κ-LhTx-1 毒素电压门控钙通道的拮抗活性摘要有毒动物的毒液代表着丰富的生物活性肽库,可作为离子通道研究、药物和杀虫剂开发的宝贵工具。虽然对不同物种的毒液进行了广泛的研究,但潘德塞特斯属蜘蛛的毒液成分仍然很大程度上未被探索。在本研究中,蜘蛛 Pandercetes sp 的肽多样性。通过构建毒液cDNA文库进行了探索。共获得626个高质量的表达序列标签(EST),分为类毒素EST、细胞成分EST和非分类EST。从类毒素 EST 中,鉴定出 102 个非冗余类毒素肽,并根据序列同源性和半胱氨酸框架分为 11 个家族。生物信息分析显示
Osmooka,来自马达加斯加的一个新蜘蛛属:澳大利亚动物群(蜘蛛目:Paraplectanoididae)的令人惊讶的亲戚 摘要马达加斯加是一个生物多样性热点地区,具有高度特有性和古老的系统发育多样性。我们在此报告 Osmooka aphana gen 的发现。十一月,SP。十一月来自马罗杰吉国家公园。系统发育基因组分析将 Osmooka 视为澳大利亚 Paraplectanoides Keyserling(1886)的姐妹,而这个双联体是 Nephilidae Simon(1894)的姐妹。在提出时,Paraplectanooididae Kuntner,Coddington,Agnars