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ToxIR:用于高精度毒素转录组分析的准确 RNA-seq 管道,已在 odontobuthus doriae 毒腺中得到验证

ToxIR: an accurate RNA-seq pipeline for high-precision toxin transcriptome profiling, validated in odontobuthus doriae venom glands

ToxIR:用于高精度毒素转录组分析的准确 RNA-seq 管道,已在 odontobuthus doriae 毒腺中得到验证。由于组装错误、亚型多样性和注释偏差,复杂组织的转录组分析仍然具有挑战性,需要优化计算管道。蝎毒是生物活性肽的宝库,具有巨大的生物医学潜力,但其复杂性使转录组分析变得复杂。我们推出了 ToxIR(毒素识别和识别),这是一种针对精确毒素转录组分析而优化的 RNA-seq 管道,并在 Odontobuthus doriae 毒腺中得到验证。 ToxIR 结合了深度测序、基于 rnaSPAdes 的从头组装和定制注释策略,甚至可以检测低丰度毒素并高精度解析同种型。它结合了严格

冬季温度影响脂肪酸组成和基因表达,但不影响北方蜘蛛种群的脂肪含量和存活率

Winter Temperature Affects Fatty Acid Composition and Gene Expression, but Not Fat Content and Survival in a Northern Population of a Range-Expanding Spider

冬季温度影响脂肪酸组成和基因表达,但不影响北方扩大蜘蛛种群的脂肪含量和生存摘要当环境条件有利或发生突变使它们能够在以前不利的条件下生存时,物种会扩大其地理分布。欧洲黄蜂蜘蛛 Argiope bruennichi 已将其活动范围向极地扩展,北部边缘的种群表现出更高的耐寒性,并且与核心种群在基因上有所不同。我们的目的是通过将越冬幼体(蜘蛛)在三个月内暴露在三种固定的冬季条件下,研究最近适应寒冷的爱沙尼亚种群的可塑性程度和限制。这些方案在绝对和相对日夜温度方面有所不同:寒冷(5°C 白天,-15°C 夜间)、中等(5°C 白天,-5°C 夜间)和温暖(15°C 白天,-5°C 夜间)。我们预计冬季对