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ToxIR：用于高精度毒素转录组分析的准确 RNA-seq 管道，已在 odontobuthus doriae 毒腺中得到验证
ToxIR：用于高精度毒素转录组分析的准确 RNA-seq 管道，已在 odontobuthus doriae 毒腺中得到验证。由于组装错误、亚型多样性和注释偏差，复杂组织的转录组分析仍然具有挑战性，需要优化计算管道。蝎毒是生物活性肽的宝库，具有巨大的生物医学潜力，但其复杂性使转录组分析变得复杂。我们推出了 ToxIR（毒素识别和识别），这是一种针对精确毒素转录组分析而优化的 RNA-seq 管道，并在 Odontobuthus doriae 毒腺中得到验证。 ToxIR 结合了深度测序、基于 rnaSPAdes 的从头组装和定制注释策略，甚至可以检测低丰度毒素并高精度解析同种型。它结合了严格的质量控制（FastQC、Trimmomatic）、精心策划的 UniProt 毒素同源性搜索和集成结构分析（SignalP、TMHMM、Pfam、InterProScan），可根据信号肽、半胱氨酸含量和毒素特异性结构域对候选物进行优先级排序。与通用或以前的毒素管道不同，ToxIR 通过其模块化设计、自动结构查询和 SQLite 支持的数据集成，最大限度地减少了错误组装和注释偏差。该管道确定了 378 种假定候选毒素，包括 192 种高可信度候选毒素（A 组）和 23 种新颖、不同的毒素（C 组）。其中包括 180 个钠通道、111 个钾通道
来源:Arácnido