计算机模拟评估 Odontobuthus doriae 蝎子的一些毒腺肽对 SARS-CoV-2 的抗病毒作用摘要 SARS-CoV-2 属于导致 COVID-19 大流行的包膜病毒家族。目前尚无有效药物可用于治疗由该病毒明确引起的感染。因此，寻找治疗 SARS-CoV-2 引起的严重疾病的有效方法至关重要。蝎毒是具有药用潜力的肽（包括抗病毒药物）的重要来源。尽管一些研究已经确定了一些蝎子肽对冠状病毒科其他成员的抗病毒作用，但迄今为止，这些肽的抗 SARS-CoV-2 作用报道很少。本研究通过计算方法评估了伊朗黄蝎“Odontobuthus doriae”中五种具有抗病毒活性潜力的预测抗菌肽的
Unveiling Metadynamics: A Beginner’s Guide to Mastering PLUMED (Part 1 of 3)
揭开元动力学的面纱掌握 PLUMED 的初学者指南（第 1 部分，共 3 部分）DALL-E 生成的封面图片在计算化学和分子动力学 (MD) 中，理解复杂系统有时需要进行超出 MD 引擎或 VMD 可视化所提供的分析。我个人从事生物分子的原子模拟，它们非常庞大。由于计算这些大型模拟框中每个原子的轨迹非常复杂，通常我无法看到超过 1 或 2 微秒的轨迹，这是许多 MD 运行的一致上限。这意味着，虽然传统 MD 非常适合查看在短于该时间内发生的过程的轨迹波动，但对于需要更长时间的过程呢？存在一种强大的技术来查看这些过程，称为元动力学，而 PLUMED 因其与 GROMACS 引擎的无缝集成而成为该
Unveiling Metadynamics. Unlock the power of metadynamics with… | by Don Robert Stimpson | Jun, 2024
开始使用 PLUMED 安装：说实话，这有点烦人，需要将其修补到您的 MD 引擎中。如果您对 GROMACS 作为您的 MD 引擎不感兴趣，这里有一个指向 plumed 主页的链接，因为您需要自己安装：否则，这里是如何安装它们以及帖子揭开元动力学的面纱。用……解锁元动力学的力量 | 作者：Don Robert Stimpson | 2024 年 6 月首次出现在 AI Quantum Intelligence 上。
