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World File Search System伞形花序
基于 CRISPR/Cas9 的基因组编辑可加快......
棕榈科植物包括 200 个属，2500 多个品种，在农业食品生产和工业应用领域仅次于禾本科 (Poaceae) 和豆科 (Fabaceae)。椰子 (Cocos nucifera L.)、槟榔 (Areca catechu L.)、油棕 (Elaeis guineensis Jacq.) 和枣椰子 (Phoenix dactylifera L.) 是棕榈科中具有重要经济价值的多年生植物。椰子通常被称为“生命之树”，因其在食品、营养、医药和各种工业用途中的广泛应用而闻名 (Ramesh et al., 2021)。椰子产品包括从椰仁或种皮中提取的食用油、嫩椰子水、椰仁、椰干、椰子壳、椰子饼、木质产品、椰壳髓以及各种增值过程产生的物品。未开放的佛焰苞被挖掘以提取花序汁液（neera），可进一步加工成棕榈糖、糖、醋和各种副产品（Hebbar 等人，2022 年）。槟榔（Areca catechu L.）是热带亚洲和东非部分地区的一种作物。在印度，它是一种重要的经济作物，也有重要的医学价值，主要种植在该国的几个邦。尽管如此，其商业产品分布在整个印度，该国在种植面积和产量方面无疑处于领先地位，占世界产量的 54%。槟榔棕榈的果实或坚果，俗称槟榔或 supari，在印度人民中作为咀嚼产品使用已有悠久历史，可以追溯到吠陀时期。因此，槟榔与印度的历史和社会遗产深深交织在一起。在全球范围内，仅亚洲就有多达 6 亿人食用槟榔。另一方面，椰枣生长在埃及、伊朗、沙特阿拉伯和阿联酋等干旱地区（Aljohi 等人，2016 年）。除了果实外，椰枣种子也是食用油的新来源，进一步拓展了其工业应用（Ali 等人，2015 年）。油棕是一种具有经济重要性的棕榈树种，供应着全球约 35% 的植物油。油棕的遗传改良可能在全球营养安全中发挥关键作用。
自动组装支架提升了新型番茄系统的高通量基因组编辑能力
1. 约翰霍普金斯大学计算机科学系，美国马里兰州巴尔的摩 21218 2. 洛桑大学整合基因组学中心，瑞士洛桑 CH-1015 3. 冷泉港实验室，美国纽约州冷泉港 11724 4. 霍华德休斯医学研究所，冷泉港实验室，美国纽约州冷泉港 11724 5. 约翰霍普金斯大学生物系，美国马里兰州巴尔的摩 21218 *通信地址：mschatz@cs.jhu.edu，sebastian.soyk@unil.ch 摘要 推进作物基因组学需要由高质量个性化基因组组装实现的高效遗传系统。在这里，我们介绍了 RagTag，一套用于自动化组装支架和修补的工具，并为广泛使用的番茄基因型 M82 和 Sweet-100 建立了染色体规模的参考基因组，Sweet-100 是我们为加速功能基因组学和基因组编辑而开发的快速循环基因型。这项工作概述了快速扩展其他植物物种的遗传系统和基因组资源的策略。主要基因组测序和编辑方面的最新技术进展使得以前所未有的精度查询和操作作物基因组成为可能。泛基因组可以捕获作物物种内的多样化等位基因，但研究它们的表型后果受到相关和多样化基因型中有效的功能遗传系统的限制。番茄是研究驯化和数量性状遗传学的典型作物系统。对数百个番茄基因组的测序揭示了巨大的基因组多样性 [1,2]；然而，只有少数种质拥有染色体级基因组 [3–5]，而且参考基因组 (Heinz 1706) 与常用于遗传和分子实验的基因型 (例如品种 M82、Moneymaker、Ailsa Craig 等) 之间存在历史差异。大果品种 M82 已被用作遗传、代谢和发育分析的主要参考 [6,7]；然而，缺乏高质量的基因组组装，导致基因组学分析中出现参考偏差和错误信号。此外，对具有较大果实的品种进行表型分析需要大量劳动力，并且需要广泛的生长设施来容纳具有较长世代周期的大型植物。超矮小果实品种 Micro-tom 克服了其中的一些限制 [8]，但高度诱变的背景、严重的激素和发育异常以及低下的果实品质削弱了其在研究许多具有转化农学重要性的表型（如枝条、花序和果实发育）方面的价值（图 1a 和补充图 1a-f）。
PUCAT-2024的教学大纲
生物的生物学多样性：生命世界什么是生物？生物多样性；需要分类；生命的三个领域；物种和分类层次结构的概念；二项式命名法。生物分类五个王国分类； Monera，Protista和Fungi分为主要群体的显着特征和分类；地衣，病毒和病毒。植物王国的显着特征和植物分为主要群体 - 藻类，苔藓植物，pteridophyta和Gymnospermae。（显着和区分特征以及每个类别的一些示例）。动物界的显着特征和动物的分类，直接到门水平的非配合物以及弦弦到班级水平（显着特征和区分每个类别示例的特征）。（不应显示活动物或标本。）动物和植物中的结构组织：花序和花朵的开花植物形态的形态，01家族的描述：茄科或莉莉亚科（与实践课程的相关实验一起处理）。动物组织中的结构组织。细胞：结构和功能细胞 - 生命细胞理论和细胞的单位，作为生命的基本单位，原核和真核细胞的结构；植物细胞和动物细胞；细胞包膜；细胞膜，细胞壁；细胞细胞器 - 结构和功能；内膜系统，内质网，高尔基体，溶酶体，液泡，线粒体，核糖体，质体，微生物；细胞骨架，纤毛，鞭毛，中心菌（超微结构和功能）；核。生物分子活细胞的化学成分：蛋白质，碳水化合物，脂质，核酸的生物分子，结构和功能；酶类型，性质，酶作用。单元格：结构和功能；细胞周期和细胞分裂细胞周期，有丝分裂，减数分裂及其意义。植物生理学的光合作用在高等植物的光合作用中，作为自养营养的一种手段；光合作用的位点，参与光合作用的颜料（基本思想）；光合作用的光化学和生物合成阶段；循环和非循环的辐射磷酸化；化学含量假设；光振动; C3和C4途径；影响光合作用的因素。植物中气体交换的呼吸；细胞呼吸 - 糖酵解，发酵（厌氧），TCA循环和电子传输系统（有氧）；能量关系 - 产生的ATP分子的数量；两性途径；呼吸商。植物 - 生长和发育生长调节剂 - 生长素，吉布素，细胞分裂素，乙烯，ABA。人类生理学呼吸和交换动物中气体的气体呼吸器官（仅回想）；人类的呼吸系统；呼吸机制及其在人类中的调节 - 气体的交换，气体的运输和呼吸的调节，呼吸体积；与呼吸有关的疾病 - 哮喘，肺气肿，职业呼吸系统疾病。体液和血液的循环组成，血液组，血液凝结；淋巴的组成及其功能；人类循环系统 - 人心脏和血管的结构；心脏周期，心输出量，心电图；双循环；心脏活动的调节；
Ross C. Braun-园艺和自然资源
同行评审的科学期刊出版物（48）1。Braun，R。C.，Mandal，P.，Nwachukwu，E。和Stanton，A。（2024）。草皮草在环境保护中的作用及其对人类的好处：30年后。作物科学，http://doi.org/10.1002/csc2.21383 2。McNally，B.C.，Chhetri，M.，Patton，A.J.，Liu，W.，Hoyle，J.A.，Brosnan，J.T.，Richardson，M.D.，Bertucci，M.B.，Braun，R.C。，＆Fry，J.D。（2024）。 优化“ Meyer” Zoysiagrass Seedhead抑制的Ethephon应用计时。 作物科学，1-13。 https://doi.org/10.1002/csc2.21350 3。 Braun，R。C.和Patton，A。J. （2024）。 对凉爽季节草种中水槽压力的增长反应。 草和饲料科学。 1–12。 https://doi.org/10.1111/gfs.12655 4。 Braun，R。C.，Watkins，E.，Hollman，A。 B.，＆Patton，A。J. （2023）。 评估凉爽季节草皮种类的肥料和农药输入需求。 作物科学，63，3079-3095。 https://doi.org/10.1002/csc2.21046 5。 Chandra，A.，Genovesi，A.，Fry，J.，Patton，A.，Meeks，M.，Braun，R.，Xiang，M.，Chhetri，M。，＆Kennelly，M。（2023）。 'Dalz 1701'，第三代种间间杂志杂种。 植物注册杂志，17，499–511。 http://dx.doi.org/10.1002/plr2.20319 6。 Braun，R。C.，Straw，C.M.，Soldat，D.J.，Bekken，M.A.H.，Patton，A.J.，Lonsdorf，E。V.，＆Horgan，B。P.（2023）。 减少草皮系统中投入和排放的策略。 9，E20218。 A.A.，Brosnan，J.T.，Richardson，M.D.，Bertucci，M.B.，Braun，R.C。，＆Fry，J.D。（2024）。优化“ Meyer” Zoysiagrass 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（2022）。Yue，C.，Lai，Y.，Watkins，E.，Patton，A。，＆Braun，R。（2023）。一种采用新技术障碍的行为方法：低输入草皮草的案例研究。农业和应用经济学杂志，第55卷，第72-99页。https://doi.org/10.1017/aae.2023.7 8。Braun，R。C.，Courtney，L。E.，＆Patton，A。J. （2023）。 种子形态，发芽和幼苗的活力特征和其他凉爽的草皮种类。 作物科学，63，1613–1627。 https://doi.org/10.1002/csc2.20936 9。 Hong，M.，Zhang，Y.，Braun，R.C。和Bremer，D。J. （2023）。 使用基于过程模型的C 4草皮系统中一氧化二氮排放和全球变暖潜力的模拟。 欧洲农艺学杂志，142，126668。https：//doi.org/10.1016/j.eja.eja.2022.126668 10。 Braun，R。C.，Patton，A。J.，Chandra，A. 开发了上过渡区和类似气候的冬季强壮，质感的Zoysiagrass杂种。 作物科学，62，2486–2505。 https://doi.org/10.1002/csc2.20834 11。 Braun，R.C.，Bremer，D.J.，Ebdon，J.S.，Fry，J.D。，＆Patton，A。J. （2022）。 审查凉爽的草皮用水和要求：ii。 对干旱压力的反应。 作物科学，62，1685–1701。 （2022）。Braun，R。C.，Courtney，L。E.，＆Patton，A。J.（2023）。种子形态，发芽和幼苗的活力特征和其他凉爽的草皮种类。作物科学，63，1613–1627。https://doi.org/10.1002/csc2.20936 9。Hong，M.，Zhang，Y.，Braun，R.C。和Bremer，D。J. （2023）。 使用基于过程模型的C 4草皮系统中一氧化二氮排放和全球变暖潜力的模拟。 欧洲农艺学杂志，142，126668。https：//doi.org/10.1016/j.eja.eja.2022.126668 10。 Braun，R。C.，Patton，A。J.，Chandra，A. 开发了上过渡区和类似气候的冬季强壮，质感的Zoysiagrass杂种。 作物科学，62，2486–2505。 https://doi.org/10.1002/csc2.20834 11。 Braun，R.C.，Bremer，D.J.，Ebdon，J.S.，Fry，J.D。，＆Patton，A。J. （2022）。 审查凉爽的草皮用水和要求：ii。 对干旱压力的反应。 作物科学，62，1685–1701。 （2022）。Hong，M.，Zhang，Y.，Braun，R.C。和Bremer，D。J.（2023）。使用基于过程模型的C 4草皮系统中一氧化二氮排放和全球变暖潜力的模拟。欧洲农艺学杂志，142，126668。https：//doi.org/10.1016/j.eja.eja.2022.126668 10。Braun，R。C.，Patton，A。J.，Chandra，A. 开发了上过渡区和类似气候的冬季强壮，质感的Zoysiagrass杂种。 作物科学，62，2486–2505。 https://doi.org/10.1002/csc2.20834 11。 Braun，R.C.，Bremer，D.J.，Ebdon，J.S.，Fry，J.D。，＆Patton，A。J. （2022）。 审查凉爽的草皮用水和要求：ii。 对干旱压力的反应。 作物科学，62，1685–1701。 （2022）。Braun，R。C.，Patton，A。J.，Chandra，A.开发了上过渡区和类似气候的冬季强壮，质感的Zoysiagrass杂种。作物科学，62，2486–2505。https://doi.org/10.1002/csc2.20834 11。Braun，R.C.，Bremer，D.J.，Ebdon，J.S.，Fry，J.D。，＆Patton，A。J.（2022）。审查凉爽的草皮用水和要求：ii。对干旱压力的反应。作物科学，62，1685–1701。（2022）。https://doi.org/10.1002/csc2.20790 12。 Braun，R.C.，Bremer，D.J.，Ebdon，J.S.，Fry，J.D。，＆Patton，A。J. 审查凉爽的草皮用水和要求：I。蒸散量和对赤字灌溉的反应。 作物科学，62，1661–1684。 https://doi.org/10.1002/csc2.20791 13。 Braun，R。C.，Watkins，E.，Hollman，A。 B.，Mihelich，N。T.和Patton，A。J. （2022）。 低输入冷季草皮草皮混合物的管理，收获和存储特性。 农艺学杂志，114，1752–1768。 https://doi.org/10.1002/agj2.21051 14。 Braun，R。C.和Patton，A。J. （2022）。 物种，三叶草包含和氮肥对细羊茅类分类单元的抗抗拉力强度的影响。 农艺学杂志，114，1705–1716。 https://doi.org/10.1002/agj2.21039 15。 Braun，R。C.，Braithwaite，E。T.，Kowalewski，A。R.，Watkins，E.，Hollman，A。 B.，＆Patton，A。J. （2022）。 氮肥和三叶草包含对精美羊茅类群的建立的影响。 作物科学，62，947–957。 https://doi.org/10.1002/csc2.20704 16。 Braun，R。C.和Patton，A。J. （2022）。 多年生黑麦草（Lolium Perenne）culm和草坪上的花序密度：氮肥的影响，剥皮时机和高度。 作物科学，62，489–502。 https://doi.org/10.1002/csc2.20665 17。 Braun，R。C.，Bremer，D。J.和Hoyle，J。 （2022）。 在干旱压力期间模拟草皮草的流量：ii。https://doi.org/10.1002/csc2.20790 12。Braun，R.C.，Bremer，D.J.，Ebdon，J.S.，Fry，J.D。，＆Patton，A。J.审查凉爽的草皮用水和要求：I。蒸散量和对赤字灌溉的反应。作物科学，62，1661–1684。https://doi.org/10.1002/csc2.20791 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