XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search System保守序列
一种新的方法，用于与SARS-COV-2 PCR引物设计的前瞻性突变预测进行保守序列提取
虽然已经揭示了SARS-COV-2的整个基因组序列，但还证明SARS-COV-2的基因组与SARS-COV和MERS-COV的基因组具有分别为80％和50％的基因组。鉴于SARS-COV-2感染和死亡率数据，COVID-19的诊断和治疗在世界各地突出。 由于生物技术科学家已经开发了许多RT-PCR套件。 但是，病毒是快速突变的生物，为了提高准确性，长期可行性并避免RT-PCR分析的关闭目标结果，病毒基因组的区域，具有低突变率的病毒基因组和针对这些区域的引物的设计非常重要。 在此范围内，我们提出了一种新型算法，该算法可用于查找SARS-COV-2的低突变率区域和根据这项研究中算法的发现设计的引物。鉴于SARS-COV-2感染和死亡率数据，COVID-19的诊断和治疗在世界各地突出。由于生物技术科学家已经开发了许多RT-PCR套件。但是，病毒是快速突变的生物，为了提高准确性，长期可行性并避免RT-PCR分析的关闭目标结果，病毒基因组的区域，具有低突变率的病毒基因组和针对这些区域的引物的设计非常重要。在此范围内，我们提出了一种新型算法，该算法可用于查找SARS-COV-2的低突变率区域和根据这项研究中算法的发现设计的引物。
安全评估文件准备的指南...
对于酵母和丝状真菌，建议使用WGS。应通过系统基因分析（例如，使用几个保守序列的串联来产生针对可用相关基因组的系统发育）或通过对同一物种的完整参考基因组的对准来完成身份的确认。在没有WGS数据的情况下，可以使用适合酵母/真菌组合适的歧视性基因的相似性（例如内部转录的间隔区（ITS），D1/D2区域或完全大型亚基核糖体RNA基因）。表8物种识别细节*
通过模拟基因型固定，揭示了在进化保守位点对基于 CRISPR 的基因驱动的抵抗力
基于 CRISPR 的归巢基因驱动可以设计为破坏必需基因，同时偏向其自身的遗传，从而在实验室中抑制蚊子种群。这类基因驱动依赖于 CRISPR-Cas9 对目标序列的切割和从同源染色体中复制（“归巢”）基因驱动元件。然而，预计对切割有抗性但仍保持必需基因功能的靶位突变将被强烈选择。针对不易容忍突变的功能受限区域应该会降低抗性的概率。序列水平的进化保守性通常是功能约束的可靠指标，尽管一个保守序列与另一个保守序列之间实际的潜在约束水平可能有很大差异。在这里，我们在疟疾媒介冈比亚按蚊中生成了一种新型成虫致死基因驱动 (ALGD)，其靶向蚊子发育过程中所需的单倍体必需基因 (AGAP029113) 中超保守的靶位，该基因满足种群抑制基因驱动靶位的许多标准。然后，我们设计了一种选择方案，以实验性地评估在其靶位产生和随后选择基因驱动抗性突变的可能性。我们在笼养种群中模拟了基因驱动接近固定的情景，其中对抗性的选择预计最强。对目标基因座的连续采样显示选择了单个、恢复性的、符合框架的核苷酸替换。我们的研究结果表明，仅靠超保守并不能预测对靶位抗性具有抗性的位点。我们的体内抗性评估策略有助于验证候选基因驱动目标的抗性恢复力，并有助于改善对野外种群中基因驱动入侵动态的预测。
保守元素中人类特异性缺失的功能和进化影响
结果：我们通过检查各种脊椎动物基因组的保守区域并与自信注释的人类特异性固定缺失重叠，从而确定了10,032个HCONDEL。我们发现，这些HCONDEL富含源自茎羊膜的保守序列。与转录，表观基因组和表型数据集重叠均暗示神经元和认知功能影响。我们在六种不同的人类细胞类型中使用MPRA表征了这些HCONDEL，包括诱导多能干细胞衍生的神经祖细胞。我们发现800个HCONDEL显示出物种特异性的调节作用。尽管许多HCONDELS扰动转录因子 - 有效增强子中的结合位点，但我们估计30％创建或改善了结合位点，包括激活剂和阻遏物。
人类特异性保守元件缺失的功能和进化影响
结果：我们通过检查不同脊椎动物基因组中的保守区域并与可靠注释的人类特异性固定缺失重叠，确定了 10,032 个 hCONDEL。我们发现这些 hCONDEL 富含删除源自干羊膜动物的保守序列。与转录、表观基因组和表型数据集的重叠都暗示了神经元和认知功能的影响。我们使用 MPRA 在六种不同的人类细胞类型中表征了这些 hCONDEL，包括诱导多能干细胞衍生的神经祖细胞。我们发现 800 个 hCONDEL 显示出物种特异性的调节效应。虽然许多 hCONDEL 会扰乱活性增强子中的转录因子结合位点，但我们估计 30% 会创建或改善结合位点，包括激活剂和抑制剂。
用Jmol探索蛋白质和核酸
访问蛋白质数据库（PDB）并下载结构文件并使用分子建模程序显示它们已成为生物化学家必不可少的技能。研究蛋白质的研究人员通常需要检查蛋白质的三维结构，以计划实验和解释数据。其他实验可能依赖有关蛋白质结构结构的信息以及保守序列基序的存在。制药公司使用蛋白质3-D结构来帮助设计将与蛋白质相结合的药物。获得生物化学学位的学生应该具有某种使用PDB并在计算机上可视化和操纵3-D分子结构的能力。此外，交互式分子图形对于帮助学生了解蛋白质和核酸的结构可能具有很高的价值。教科书中的静态数字如果设计良好，但仅是一定程度。观看动画比文本图形更具洞察力，但不如学生控制分子显示方式的互动练习。
在鲍曼尼杆菌中描绘了针对GACS传感器激酶的免疫主导抗原疫苗肽：一种硅硅含量研究方法
结果：从137个表位中选择了最高分数的九种肽（20AA），并将五个肽视为抗原表位（E1 – E5）。E3作为有效抗原（得分：0.939537）和E1作为最佳疫苗候选者（得分：0.9803）。Solpro将所有表位视为可溶性肽。Protparam预测显示E3和E5作为稳定蛋白，保质期为3.5和1.9 h，具有负肉汁值。PSORTB服务器预测GACS蛋白序列作为细胞质膜蛋白的最终定位评分为7.88。IEDB保护分析显示，GACS序列中的100％保守序列，I类保护均为所有表位产生正值。聚类分析显示出很强的相互作用，并且与TLR-2最终检测到的E5的蛋白质肽相互作用是最佳相互作用的肽（H键= 14），其次是E3（H键= 12）。
临床上无症状的间日疟原虫感染。......
50 毫升毛细血管血样（n = 295）在现场保存在液氮中，随后储存在 -20°C 下，用于在自动化 QIASymphony 平台（Qiagen）上使用 QIAsymphony DNA Investigator 试剂盒（德国希尔登 Qiagen）提取寄生虫 DNA。最终 DNA 洗脱体积为 100 µL。使用基于 SYBR Green 的属特异性定量 PCR 进行疟疾分子筛查。引物对（PCBF，5'-ATG CTT TAT TAT GGA TTG GAT GTC-3' 和 PCBR，5'-CAG ACC GTA AGG TTA TAA TTA TGT-3'）靶向人类感染疟原虫的细胞色素b（cytb）基因的保守序列（21），检测阈值为每微升 0.2 个扩增子拷贝（相当于每毫升约 4 个疟原虫，假设每个单核血液阶段疟原虫平均有 50 个线粒体基因组拷贝）。20 微升反应体系含有 5 微升 DNA 溶液、7.5 微升
表征两个卫星DNA家族在卵形植物病原体植物质体的基因组中
卫星DNA是一类重复序列，在大多数真核生物中的串联重复单元中都组织起来。长期以来被视为selfh dNA，现在提出了卫星序列有助于基因组完整性。尽管由于基因组数据的匮乏和组装高度保守的卫星阵列而尚未在卵菌中研究卫星DNA，但尚未在卵菌中研究卫星DNA。却获得有关卵菌病原体基因组的结构和演变的知识，对于理解适应其环境的机制以及提出有效的疾病控制策略至关重要。phytophthora寄生虫基因组的从头组装是一种重要的卵植物病原体，导致鉴定了几个串联重复的序列的家族，大小，拷贝数和序列保守序列变化。其中，两个大量的家庭，指定为PPSAT1和PPSAT2，显示了卫星DNA的典型特征，并被统称为PPSAT。这两个卫星家族的长度，序列，组织，基因组环境和进化动力学不同。PPSAT1，但不是PPSAT2，呈现了Oomycetes中的同源物。这一观察结果以及PPSAT家族的转录本的表征表明，这些卫星DNA家族可能在这一重要的病原体中起着保守的作用。
基于CRISPR-CAS13A系统，为禽流感病毒建立快速的视觉检测方法
迅速，特定且敏感地检测禽流感病毒（AIV），这项研究建立了一种基于定期群散布的短palindromic重复序列（CRISPR）和CRISPR相关蛋白13A（Cas13a）的重组酶辅助扩增（RAA）的视觉检测方法。在这项研究中，根据AIV核蛋白（NP）基因的保守序列设计了特定的引物和CRRNA RNA（CRRNA）。raa技术用于放大目标序列，并通过侧流量尺（LFD）视觉检测到放大产物。评估了Raa-Crispr-Cas13a-lfd的特定峰，敏感性和可重复性。同时，使用该方法和聚合酶链反应（PCR） - 琼脂糖电泳方法检测临床样品，并计算了两种检测方法的重合速率。结果表明，RAA-CRISPR-CAS13A-LFD方法可以实现目标基因片段的特定扩增，并且可以通过LFD视觉观察到检测结果。同时，与感染性支气管炎病毒（IBV），传染性喉咙痛病毒（ILTV）和纽卡斯尔病毒病毒（NDV）没有交叉反应。灵敏度达到10 0拷贝/ µL，比PCR-琼脂糖电泳方法高1,000倍。临床测试的巧合率为98.75％，总反应时间约为1小时。在这项研究中建立的RAA-CRISPR-CAS13A-LFD方法具有快速，简单，强大的特异性和高灵敏度的优点，这为AIV检测提供了新的视觉方法。