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World File Search System共表达
研究文章通过控制精神分裂症的基因组风险来研究大脑基因共同表达网络结构的特质变异性
精神分裂症（SCZ）遗传风险对脑中基因表达的影响仍然存在。这一问题的一种流行方法是基因共表达网络算法（例如WGCNA）的应用。要通过这种方法提高可靠性，至关重要的是要消除不良方差的来源，同时也保留了感兴趣的生物学信号。在这项WCGNA研究的RNA-seq数据研究中，我们的后额叶前皮层（78个神经型供体，欧洲血统）测试了SCZ遗传风险对共表达网络的影响。具体而言，我们实施了一种新颖的设计，在该设计中，通过线性回归模型调整了基因表达，以保存或消除通过生物学兴趣信号解释的方差（SCZ风险的GWAS基因组评分） - （GS-SCZ），（GS-SCZ），基因组分数，高度（GS-HT）作为负面对照的高度（GS-HT），同时删除了covariat diment covariat dixpect files coeriat covariat from covariat。我们通过调整后的表达（GS-SCZ和GS-HT保留或删除）计算了共表达网络，以及它们之间的共识（代表“背景”网络无基因组得分效应的“背景”网络）。然后，我们测试了GS-SCZ保留的模块和背景网络之间的重叠，该模块的重叠减少的模块将受到GS-SCZ生物学的影响最大。此外，我们还测试了这些模块的SCZ风险收敛性（即，PGC3 SCZ GWAS优先基因的富集，SCZ风险遗传力的富集和相关的生物本体论。总的来说，我们的结果表明我们的结果突出了GS-SCZ对大脑共同辅助网络的影响的关键方面，特别是：1）保存/删除SCZ遗传风险改变了共同表达模块； 2）富含GS-SCZ影响的模块中的生物学途径暗示转录，翻译和代谢过程，这些过程会融合到影响突触传播的影响； 3）优先级PGC3 SCZ GWAS基因和SCZ风险遗传力富含与GS-SCZ效应相关的模块。
早期的压力会破坏大脑奖励电路的成熟，促进疾病
AAV2 -RETRO -CAG -FLEX -TDOMATO -WPRE病毒，可允许逆行进入投影神经元，从而为NAC提供传入的输入。b示例局部感染的CRH +轴突末端的共聚焦显微照片在内侧NAC壳中。c逆行跟踪将内侧BLA识别为CRH + NAC输入的强大来源。d 3D图像（z-stack;0.5μm步长）确认在AAV-RETRO感染细胞（红色）的BLA中定位，共表达内源性CRH（绿色）；双重标记的神经元=黄色。e - 从BLA到内侧NAC壳的CRH +轴突投影的g顺行追踪。e，AAV1-DIO-TDTOMATO构建体和病毒遗传实验设计。f病毒注射仅限于中央杏仁核（CEA）的BLA，G，通过在BLA CRH +神经元中的TDTomato选择性表达显示。h bla-origin CRH +轴突和内侧NAC壳中的端子。i - K病毒注射到BLA中的内侧NAC壳逆转录感染的SOMATA。i将荧光原位杂交（FISH）与BLA中CRH +细胞中的GAD67 mRNA进行免疫染色。箭头指向共定位的GAD67 mRNA和病毒 - 重复蛋白标记。j a bla→NAC细胞（红色）共表达内源性CRH（绿色）和VGAT（Magenta），但K不会共表达谷氨酸能标记Camkii。** = Calleja的主要岛，AC前委员会，DB对角线带。i和k中的比例尺= 10 µm。在至少两个独立的垃圾中评估了在小鼠中评估发现发现，病毒注射，投射评估和免疫组织化学的。信用：自然通讯（2023）。doi：10.1038/s41467-023-36780-x
从脑室内出血的早产儿的脑脊液中检索生发区域神经干细胞
图2从IVH患者的CSF中分离NSC样细胞。A分离后不同日期（DIV）的CSF衍生的NSC培养物的相位对比度显微照片。比例尺：100μm。 B，在Matrigel上生长的3种代表性NSC线的指数生长动力学。c，早期（0）和晚期（10）段的细胞的相对对比显微照片，在基质中生长。d，通过对早期（3）和晚期（7）通道的KI-67表达进行定量评估增殖。显示了代表性共焦部分。比例尺25μm。 E，早期（3）和晚（7）通道的CD133，CD24，CD34和CD45的流式细胞仪分析。条件之间没有显着差异。数据显示为5-7个独立生物样品的平均值±SEM。42周大的病例（粉红色符号）被排除在进一步分析之外。f，在早期和晚期与CD133共表达与CD24和CD34的共表达。g，从CSF获得的NSC样细胞和分离后13天后从CSF获得的代表性显微照片。比例尺：100μm。 H，通过从CSF获得的NSC样细胞流式细胞术和通过CSF和通道3的灌洗液进行的CD133分析。* p <.05
定量词汇类型中的挑战
研究主题“意义的演变：定量词汇类型学的挑战”涉及对当前语言学兴趣越来越多的领域：关于单词含义演变的定量研究。这是语言学中增长趋势的一部分，在这种语言学中，已经发生了定量方法的重大转变，并且对语义变化的兴趣增加。外部语言学，我们可能会将这种定量转变与一般社区的兴趣联系起来，例如大型语料库和人工智能等领域，以及对语言在日常生活中的重要性的认识。当前的问题从跨语言和类型学的角度着重于词汇语义，重点是语义领域，多义和colexifient。总体主题是如何量化跨学科的变化的方式，其中所包括的论文实际上正在处理大型数据集或跨语言比较。研究主题包括八个论文，包括各种类型和内容，包括“概念分析”，“方法”以及“原始研究”论文。第一种类型的文章是由Haspelmath（2023年10月24日出版），标题为“跨语言的共表达和synexpression模式：比较概念和可能的解释”。在这里，定义并发展为进一步的区别，将基本的基本概念定义为定义。作者将概念扩大到共表达中，并定义如何使用该术语来覆盖词汇和语法模式，而在不同的上下文中出现了两种形式的含义。术语也与词汇类型学区域内的较早术语进行了比较。另外，介绍了术语synexpression，该术语涵盖了单个形式的两个含义的同时存在。使用各种语言的各种示例，进一步描述和开发了这些概念。最重要的是，本文指出了如何将术语区别用于定义类型学研究中可以对比的比较概念。这使得本文对于任何针对词汇或语法共表达的大型类型的大规模研究以及对研究主题的重要理论贡献非常有用。列表（2023年6月16日）撰写了“方法”论文，标题是“从多语言列表中推理了部分colexifations”。本文讨论了与
与逻辑的基因调节网络
指定TFS（图2.b底部面板；图2.C底部面板中的高级表达）。S吸引力状态的189个差异与实际生物系统中干细胞中谱系指定的TFS 190的共表达水平有关[11，50]。从直觉上讲，从布尔模型的视图中，seg 191细胞状态（[[0,0]状态）需要打开谱系指定的TF到Transit 192
CRISPR稳定的敲入细胞生产（CAT。C.C408）案例研究：使用CRISPR将红色荧光蛋白（RFP）基因敲入人类胚胎
图2 PCAS-GUIDE-AAVS1和PAAVS1-RFP-DNR的矢量图。pCAS指向AAVS1是哺乳动物细胞中SGRNA和Cas9共表达的多合一载体。SGRNA的表达是由强大的组成型Pol III启动子U6启动子驱动的。而CMV启动子则驱动CAS9酶的表达。paAVS1-RFP-DNR在CMV启动子下的PGK启动子和RFP基因下表达紫霉素的抗性标记。5'和3'AAVS1同源臂（“ aavs-right”和“ aavs-left”）为单元提供了一个用于同源性修复的模板。
抗肿瘤坏死因子新型候选药物……
抗肿瘤坏死因子 (TNF) 等生物制剂治疗克罗恩病 (CD) 安全有效，但患者中原发性和继发性无反应率很高。在本研究中，我们应用计算方法通过计算机模拟发现抗 TNF 难治性 CD 的新型药物疗法。我们使用来自 NCBI GEO 的抗 TNF 难治性 CD 患者的转录组数据集 (GSE100833)。共表达分析后，我们基于蛋白质-蛋白质相互作用数据库 STRING 专门研究了簇中基因间蛋白质-蛋白质相互作用的程度。使用基于 KEGG 基因集的 clEnrich 函数进行通路分析。簇 1、2、3、4 中的共表达基因、上调或下调基因以及所有差异表达基因都高度相关。其中，趋化因子信号传导高度富集的簇 1 也显示出细胞因子-细胞因子受体相互作用的富集，并确定了几种已知对 CD 有效的药物，包括环孢菌素。还确定了伏立诺他、组蛋白去乙酰化酶抑制剂和已知对 NF-κB 活性有抑制作用的荜茇酰胺。一些生物碱也被选为潜在的治疗药物。这些发现表明它们可能成为抗 TNF 难治性 CD 的新型治疗选择，并支持使用公共分子数据和计算方法来发现 CD 的新型治疗选择。
狼蛛利什曼原虫作为潜在的活疫苗合剂......
利什曼病是一种被忽视的媒介传播疾病，由通过感染的沙蝇叮咬传播的利什曼原虫引起。目前的治疗方法有限，部分原因是它们成本高昂且副作用大，而且目前还没有可用的人类疫苗。沙蝇唾液已被研究作为抗利什曼原虫疫苗的潜在应用。唾液蛋白 PpSP15 是第一个针对 L. major 的保护性疫苗候选物。此外，PsSP9 已被引入作为针对 L. tropica 的高免疫原性唾液蛋白。在此，我们旨在开发一种有效的多价活疫苗来控制由两种主要物种 L. major 和 L. tropica 引起的皮肤利什曼病。因此，使用 T2A 接头将上述两种唾液蛋白整合到 L. tarentolae 基因组内作为安全的活载体。然后，在用 CpG 预先处理的 BALB/c 小鼠中评估了共表达 PpSP15 和 PsSP9 的重组 L. tarentolae 的免疫原性和保护作用，以对抗 L. major 和 L. tropica。在感染前后的不同时间点进行细胞因子测定、寄生虫负担和抗体评估后，在接种共表达 PpSP15 和 PsSP9 的重组 L. tarentolae 的小鼠中获得了有希望的保护性 Th1 免疫力。这是首次证明基于不同唾液蛋白组合的安全活疫苗对两种不同利什曼原虫感染攻击的效力的研究。
玉米基因组中膜联蛋白基因家族的进化，变异和表达模式
膜联蛋白（ANNS）是一个在植物生长，发育和压力反应中起关键作用的进化保守，依赖钙依赖性的磷脂结合蛋白的家族。利用26个高质量玉米基因组的泛基因组，我们鉴定了12个ANN基因，其中包括9个核心基因（以所有26条线为单位）和3个近核基因（以24-25条为单位）。这突出了基于单个参考基因组研究ZMANN基因的局限性。评估26个品种中ANN基因的KA/KS值表明Zmann10在某些品种中处于正选择状态，而其余基因的Ka/ks值小于1，表明纯化选择。系统发育分析将ZMANN蛋白分为六组，其中VI仅包含ZMANN12。某些品种的结构变化改变了保守的结构域，产生了许多非典型基因。转录组分析表明，不同的ANN成员在各种组织以及不同的非生物和生物应力处理下具有不同的表达模式。在冷应力下，来自各种玉米组织的转录组数据的加权基因共表达网络分析鉴定出参与共表达模块的四个ANN基因（Zmann2，Zmann6，Zmann7，Zmann9）。总体而言，这项研究利用高质量的玉米pangenomes对Zmann基因进行生物信息学分析，为ZMANN基因的进一步研究提供了基础。
多巴胺D1受体组织有助于功能性脑架构
关于功能性大脑映射的数十年研究强调了了解大脑皮层功能组织的重要性。最近的进步揭示了功能组织的梯度，这些组织从主要感觉到跨模式皮层。已经认为，这种类似梯度的连通性轴与神经调节受体密度的区域差异对齐。非人类灵长类动物的最新工作支持了这一概念，揭示了沿皮质层次结构的多巴胺D1样受体（D1DR）密度的梯度。鉴于多巴胺能调节对突触活动和神经增益的重要性，我们测试了D1DR是否具有人类中大脑功能相同的组织原理，以及D1表达中的区域间关系是否调节功能性串扰。使用世界上最大的多巴胺D1DR-PET和MRI数据库，我们首次在人类中提供了经验支持，即D1DR可用性的景观遵循单型跨模态的皮质层次结构，在联想皮层区域具有更大的D1DR表达。我们发现了一个区域间D1DR共同表达的组织，该组织跨越了跨模式的大脑区域，表达了与功能连通性的主要宏观宏观梯度的高空间对应关系。至关重要的是，我们发现单峰和跨模式区域之间D1DR密度的个体差异与默认模式和体感网络的更大分化有关。最后，发现区域间D1DR共表达可调节功能网络内部但不调节耦合。一起，我们的结果表明D1DR共表达为大脑的功能组织提供了生物分子层。