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在 Linux 和 Windows 下执行群体遗传学分析的程序。分子生态资源,10 (3),564–567。https://doi. org/10.1111/j.1755-0998.2010.02847.x FAO。(2015 年)。在 BD Scherf 和 D. Pilling(编辑)中,《世界粮食和农业动物遗传资源状况第二份报告》(606 页)。粮农组织粮食和农业遗传资源评估委员会。https://doi.org/10.4060/I4787E Fu, YX (1997)。突变中性对种群增长、搭便车和背景选择的统计检验。遗传学,147 (2),915–925。 https://doi.org/10.1093/genetics/147.2.915 Gasigwa Sabimana, R.、Baenyi Simon, P. 和 Kizungu Vumilia, R. (2017)。
胞嘧啶DNA甲基化参与了转座元件(TE)沉默,烙印和X染色体灭活。植物DNA甲基化由Met1(Mammalian DNMT1),DRM2(哺乳动物DNMT3)和两个植物特异性DNA甲基转移酶,CMT2和CMT3介导(Law and Jacobsen,2010年)。DRM2通过植物特异性RNA指导的DNA甲基化(RDDM)途径建立了植物中的从头DNA甲基化,依赖于两个DNA依赖性RNA聚合酶,POL IV和POL V(Gallego-Bartolome et al。木薯的DNA甲基团先前已根据其单倍体倒塌的基因组进行了记录(Wang等,2015)。由于木薯基因组是高度杂合的,因此单倍型折叠基因组的DNA甲基团错过了甲基体的许多特征。With the development of long-read sequencing and chromosomal conformation capture techniques, haplotype-resolved genomes are available for highly heterozygous genomes (Mansfeld et al., 2021 ; Qi et al., 2022 ; Sun et al., 2022 ; Zhou et al., 2020 ), which provides high-quality reference genomes facilitating studies of haplotype-resolved DNA甲基组。为了剖析木薯的单倍型分辨DNA甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基(TME7和TME204)在两个单倍型基因组分辨率(TME7和TME204)中进行了研究。 Al。,2021;测序读数分别映射到不同的单倍型,允许零不匹配和一个最佳命中,这允许分离属于不同单倍型的读数。总体而言,我们发现尽管使用了WGB和EM-SEQ方法,但两种单倍型具有相似的整体
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未经同行评审认证)是作者/资助者。保留所有权利。未经许可不得重复使用。此预印本的版权所有者(此版本于 2024 年 5 月 18 日发布。;https://doi.org/10.1101/2024.05.15.594413 doi:bioRxiv preprint
结果:共鉴定出 135 种独特的线粒体 DNA 单倍型,分为 105 个单倍群,单倍型多样性值为 0.9993。整个线粒体基因组的鉴别能力计算为 0.9574,而仅分析控制区时为 0.8936。观察到的大多数单倍群是东亚谱系所特有的,包括 D4、D5 和 F1。人群比较显示,现代山东汉族与来自黄河和西辽河流域的古代人群有遗传联系。此外,山东汉族在其发展过程中可能融合了大量来自其他地区的母系血统。山东汉族的人口扩张估计发生在大约 9,000 年前,相当于新石器时代,这是一个文化和技术发展显著的时期。
使用AMPFLSTR®Yfiler®PCR扩增系统在404名属于孟加拉国三个最大族裔群体的男性受试者中使用AMPFLSTR®Yfiler®PCR扩增系统进行了 17个微卫星基因座。 分别以73.885%,65.563%和81.250%的相应歧视能力检测到chakma的150个单倍型,Tripura的144个,来自Khasia的144个。 在Tripuras的DyS391基因座中检测到0.828的最高等位基因频率,而在同一基因座,对于chakma种群,检测到0.009的最低等位基因频率。 在Khasias的DyS385a/b基因座处观察到最高的基因多样性(0.964),而Tripuras人群中DyS391基因座的最低基因多样性(0.301)。 研究人群的整体单倍型多样性为0.986141。 邻居的树木和成对的遗传距离都表明,脉轮更接近由Tripuras(Khagrachari,孟加拉国)和Tripuri(印度Tripura)组成的进化枝。 相比之下,卡西亚斯与Oraon(印度恰蒂斯加尔邦)的亲和力非常亲密,其次是Santals。 种群和人群之间的Y-STR单倍型匹配概率表明chakma,Tripura和Khasia在遗传上是100%不同的。 研究的种族人群对于单倍群L和Q表现出较高的频率,而不是在孟加拉人种群中发现的单倍群R1A,H和L。 关键字:Y-STR,歧视,单倍型,多样性,单倍群,网络。 电子邮件:sazaman@du.ac.bd17个微卫星基因座。分别以73.885%,65.563%和81.250%的相应歧视能力检测到chakma的150个单倍型,Tripura的144个,来自Khasia的144个。在Tripuras的DyS391基因座中检测到0.828的最高等位基因频率,而在同一基因座,对于chakma种群,检测到0.009的最低等位基因频率。在Khasias的DyS385a/b基因座处观察到最高的基因多样性(0.964),而Tripuras人群中DyS391基因座的最低基因多样性(0.301)。研究人群的整体单倍型多样性为0.986141。邻居的树木和成对的遗传距离都表明,脉轮更接近由Tripuras(Khagrachari,孟加拉国)和Tripuri(印度Tripura)组成的进化枝。相比之下,卡西亚斯与Oraon(印度恰蒂斯加尔邦)的亲和力非常亲密,其次是Santals。种群和人群之间的Y-STR单倍型匹配概率表明chakma,Tripura和Khasia在遗传上是100%不同的。研究的种族人群对于单倍群L和Q表现出较高的频率,而不是在孟加拉人种群中发现的单倍群R1A,H和L。关键字:Y-STR,歧视,单倍型,多样性,单倍群,网络。电子邮件:sazaman@du.ac.bd中值结网的网络表明,L和R1A的人口中最紧凑的聚类是最紧凑的聚类,其次是单倍型Q和H。Haplogroup R1a的存在表明,孟加拉语可能是通过西方迁移的,而Shaplogroup L和Q的范围内的均具有较大的群体,而较大的群体则是一个非常重要的群体,其范围是在研究中的范围内的范围,并且是在研究中的一定范围,并且是在研究中的Quarge and-east Spristion,其起源于较高的亲属关系,是east的范围。蒙古种群。收到:2024年3月9日,接受:2024年5月18日 *通讯作者:Sharif Akhteruzzaman博士,孟加拉国达卡1000号基因工程与生物技术系,基因工程与生物技术系。
收稿日期: 2024−10−19 修回日期: 2024−11−13 接受日期: 2024−11−18 DOI : 10.20078/j.eep.20241104 基金项目: 国家自然科学基金资助项目 ( 62218901 ) 第一作者: 孙俊强 ( 2000— ), 男 , 广东珠海人 , 硕士研究生 , 主要研究方向为磁性分子印迹技术。 E-mail : sjq@gzhu.edu.cn 通讯作者: 瞿芳术 ( 1984— ), 男 , 福建宁德人 , 教授 , 主要研究方向为膜法水处理技术。 E-mail : qufs@gzhu.edu.cn
突尼斯公民科学家技术总监。摘要MSAKEN CITY(突尼斯)被认为是由五名从西亚迁移的相关男子在公元1360年左右建立的。人口将随着这些创始人的后代以及来自突尼斯不同地区的其他人口的到来而发展。为了阐明创始人人口的TMRCA并揭示其地理起源,使用商业公司的服务检查了来自MSAKEN不同家族的23名男性,使用NG测试技术检查了12至440 Y的染色体短串联重复序(STR)和单核苷酸多态性(SNP)标记。八个样品被基因分型用于SNP,以确定其单倍群。为了完善系统发育,在一个样品上以300,000 bp的速度进行了传统的Sanger测试(在Y Chr中步行中)。还使用下一代测试(BIGY)测试了七个样本(BIGY),其中涵盖了2000万bp的Y染色体,重叠了85%的黄金标准区域(通过YCC将其放置在系统发育树上的染色体Y位置),使用NGS Instruments,Hiseq 2000和2500和2500和2500。使用SQL脚本和数据挖掘工具,对STR结果与来自不同来源和数据库的数据进行了比较,以查找匹配的单倍型。发现所有STR结果的每12个标记不超过三个不匹配,每67个标记不超过6个不匹配,而SNP结果表明,所有测试样品均属于其子组中的单倍群J-M172。依靠通用的Str标记值,我们定义了MSAKEN-HAPLOTYPE。ng测试我们的样品以及添加到yfull.com树中的测试使我们能够完善J-L24的系统发育,并发现样品均属于J-L271单倍群,共享54个独家SNP。基于NG测试的最新共同祖先(TMRCA)的计算时间,范围为1500至6200 YBP,显示出约5400 YBP的强瓶颈。收集结果的变化显示了东安纳托利亚,当今亚美尼亚,阿塞拜疆和西伊朗的J-L192的地理根。属于J-M172(J2)单倍群的随机突尼斯STR单倍型的20%至30%表现出MSAKEN-HAPLOTYPE。关键词:MSAKEN DNA;突尼斯DNA; salar dna;中国DNA;单倍群J2