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重新评估弓形虫和犬新孢子虫基因组，发现错误组装、核型差异和染色体重排
新孢子虫主要感染牛，导致牛流产，估计每年对全球经济造成 10 亿美元的损失。然而，对其生物学的研究一直被忽视，因为既定范式认为它与其近亲、广泛研究的人类病原体弓形虫几乎完全相同。通过使用第三代测序技术重新审视基因组序列、组装和注释，我们在此表明，新孢子虫基因组最初是在与弓形虫同源的假设下错误组装的。我们表明这些物种之间发生了重大染色体重排。重要的是，我们表明最初命名为 Chr VIIb 和 VIII 的染色体确实融合了，从而将新孢子虫和弓形虫的核型都减少到 13 条染色体。我们重新注释了新孢子虫基因组，揭示了 500 多个新基因。我们对非光合质体和线粒体基因组进行了测序和注释，并表明尽管顶质体基因组几乎相同，但物种和菌株之间存在高水平的基因碎片化和重组。我们的结果纠正了目前在 N. caninum 和 T. gondii 基因组数据库中广泛分布的组装伪影，更重要的是，突出了线粒体是以前被忽视的变异源，并为改变同源性范式铺平了道路，鼓励重新思考基因组作为这些病原体比较独特生物学的基础。
未发现错误，重新测试成功，无法重复或未发现错误？迈向标准化分类法 Khan, S; Phillips, Paul; Hockley, Chris 和 Jennions, Ian 论文存放于 Curve 2015 年 5 月 原始引用：Khan, S. , Phillips, Paul , Hockley, Chris 和 Jennions, Ian (2012)“未发现错误，重新测试成功，无法重复或未发现错误？迈向标准化分类法”在第一届全寿命工程服务会议上（第 246-253 页）。EPSRC 创新制造中心版权 © 和道德权利归作者和/或其他版权所有者所有。可以下载副本用于个人非商业研究或学习，无需事先许可或收费。未经版权所有者事先书面许可，不得复制或大量引用本项目。未经版权所有者的正式许可，不得以任何方式更改内容或以任何格式或媒体进行商业销售。
未发现错误，重新测试成功，无法重复或未发现错误？迈向标准化分类法 Khan, S; Phillips, Paul; Hockley, Chris 和 Jennions, Ian 论文存放于 Curve 2015 年 5 月 原始引用：Khan, S. , Phillips, Paul , Hockley, Chris 和 Jennions, Ian (2012)“未发现错误，重新测试成功，无法重复或未发现错误？迈向标准化分类法”在第一届全寿命工程服务会议上（第 246-253 页）。EPSRC 创新制造中心版权 © 和道德权利归作者和/或其他版权所有者所有。可以下载副本用于个人非商业研究或学习，无需事先许可或收费。未经版权所有者事先书面许可，不得复制或大量引用本项目。未经版权所有者的正式许可，不得以任何方式更改内容或以任何格式或媒体进行商业销售。