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2024-08935.pdf
缩写/首字母缩略词 含义 3P510k 审查机构 根据 FDA 第三方审查计划认可的第三方审查机构 510(k) 上市前通知 AABB 血液与生物疗法促进协会 ACGME 研究生医学教育认可委员会 ACLA 美国临床实验室协会 ADLT 高级诊断实验室测试 ACHC 医疗保健认可委员会 AMC 学术医疗中心 AML 急性髓细胞白血病 AMP 分子病理学协会 ANI 平均核苷酸同一性 APA 行政程序法 ASHI 美国组织相容性和免疫遗传学学会 ASR 分析物特异性试剂 AST 抗菌药敏试验 BLA 生物制品许可证申请 CAP 美国病理学家学院 CAPA 纠正和预防措施 CBRN 化学、生物、放射或核 CDER 药物评估和研究中心
全球抗菌素耐药性杂志
背景：几种属于伽马变形菌的细菌种群具有内在的 A 类 β-内酰胺酶基因，这些基因可能是进一步传播和获得其他革兰氏阴性菌种的来源。我们在此描述了 KSA-1 A 类 β-内酰胺酶，该基因是在环境肠杆菌目物种 Kosakonia sacchari 的染色体内发现的，该物种最近还被鉴定为 MCR 样粘菌素抗性决定簇的前体。方法：使用 GenBank 数据库进行计算机分析，在 K. sacchari SP1 的染色体内发现了 A 类 β-内酰胺酶基因（GenBank 登录号 WP_017456759）。相应的蛋白质 KSA- 1 与 Citrobacter koseri 的内在 CKO-1 有 63% 的氨基酸同一性，与 TEM-1 有 53% 的氨基酸同一性。使用 K. sacchari DSM 100203 参考菌株作为模板，扩增 bla KSA-1，克隆到质粒 pUCp24 中并在大肠杆菌 TOP10 中表达。从纯化的酶中获得最小抑制浓度和动力学参数。结果：K. sacchari 菌株 SP1 仅对氨基、羧基和脲基青霉素产生抗性。一旦在大肠杆菌中产生，KSA-1 就会表现出典型的克拉维酸抑制广谱 β-内酰胺酶，并伴有特殊的替莫西林抗性特征。使用纯化的 KSA-1 提取物进行动力学测定，结果显示对青霉素和哌拉西林以及弱广谱头孢菌素具有高水解率。抑制常数的测定表明，克拉维酸、他唑巴坦和阿维巴坦的 50% 抑制浓度分别为 2.2、3 和 1.8 nM。对 bla KSA-1 基因周围序列的分析未发现任何可能参与该物种获得这种 β-内酰胺酶基因的移动元素。结论：KSA-1 是一种 A 类广谱 β-内酰胺酶，与已知的广谱或广谱 Ambler A 类 β-内酰胺酶远亲，对替莫西林具有高度耐药性。bla KSA-1 基因可被视为该物种固有的。© 2024 作者。由 Elsevier Ltd 代表国际抗菌化疗协会出版。这是一篇根据 CC BY 许可开放获取的文章（http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）
Aquincola agrisoli sp. nov.，从茄子根际土壤中分离，并通过计算机基因组挖掘预测生物合成基因簇
作者隶属关系：1 韩国京畿道安城市中央大学生物技术与自然资源学院食品与营养系，邮编 17546；2 孟加拉国贾肖尔科技大学遗传工程与生物技术系，邮编 7408；3 孟加拉国库什蒂亚-7003 伊斯兰大学生物科学学院生物技术与遗传工程系。 *通讯作者：Md. Amdadul Huq，amdadbge100@cau.ac.kr；amdadbge@gmail.com 关键词：Aquincola agrisoli；数字 DNA-DNA 杂交；基因组序列；计算机基因组挖掘；次级代谢产物。缩写：ANI，平均核苷酸同一性；BGC，生物合成基因簇；dDDH，数字 DNA-DNA 杂交；GBDP，基因组爆炸距离系统发育； ML，最大似然法；MLSA，多位点序列分析；MP，最大简约法；NJ，邻接法；RAST，使用子系统技术进行快速注释。菌株 MAHUQ-54 T 的 16S rRNA 基因和草图基因组序列的 NCBI GenBank 登录号分别为 MT514502 和 JAZIBG000000000。本文的在线版本提供了六个补充图和四个补充表。006355 © 2024 作者
来自海军医学研究...
观察发现同种移植免疫力可由多种组织诱导 (1)，这导致人们假设移植抗原缺乏组织特异性，即个体的所有细胞在抗原上都是等同的 (2)。诱导耐受性研究 (3) 为这一假设提供了更有说服力的证据。尽管最初的免疫接种物或移植物可以促进对仅具有单一共同抗原的测试移植物的第二组快速排斥，但人们认为所有抗原都是成功诱导耐受性所必需的。最近，研究表明，耐受性作为抗原同一性的标准并不像曾经认为的那样理想 (4)。本研究关注的是同一供体的不同组织是否对小鼠 H-3 位点单个基因的抗原表现出等同的免疫活性。大多数以前处理组织特异性的研究都利用了具有多种移植基因的动物，这些基因通常包括能够快速破坏移植物的重要 3 个基因。现有的几种抗原中单一抗原活性的差异可能仍不明确，因此，从过去的研究中，几乎没有证据表明个体组织之间存在任何抗原差异，这并不奇怪。随着
Cas9 与细菌基因启动子脱靶结合导致沉默和毒性
源自 Cas9 RNA 引导核酸酶的遗传工具为研究和改造细菌提供了必不可少的能力。虽然在 Cas9 应用于哺乳动物细胞的早期就已注意到脱靶效应的重要性，但由于细菌基因组较小，因此很容易避免 Cas9 在细菌基因组中的脱靶切割。尽管如此，一些研究报告了 Cas9 表达有毒的实验设置，即使使用催化失活的 Cas9 变体 (dCas9)。具体而言，dCas9 在与共享特定 PAM（原间隔区相邻基序）近端序列基序的引导 RNA 复合时具有毒性。在这里，我们证明这种毒性是由 Cas9 与必需基因启动子的脱靶结合引起的，脱靶基因的沉默发生在 PAM 近端序列中仅 4 个 nt 的同一性处。在大肠杆菌和其他肠细菌的各种菌株中进行的筛选表明，有毒向导 RNA 的性质会随着脱靶位置序列的进化而改变。这些结果凸显了 Cas9 可能与细菌基因组中数百个脱靶位置结合，从而导致不良影响。在设计和解释细菌中的 CRISPR-Cas 实验时必须考虑这一现象。
人类病毒基因组重建计算方法的比较评估
病毒序列的日益普及导致了许多优化的病毒基因组重建工具的出现。鉴于新工具的数量在稳步增加，识别能够在准确性和计算资源之间取得平衡的功能性和优化工具以及每种工具提供的功能变得非常复杂。在本文中，我们调查了用于人类病毒基因组重建的开源计算工具（包括流程），确定了这些工具之间的具体特性、特点、相似之处和不同之处。为了进行定量比较，我们基于病毒数据创建了一个开源重建基准。该基准测试是使用合成数据集和真实数据集执行的。对于前者，我们评估了使用具有模拟突变率、污染和线粒体 DNA 包含以及不同覆盖深度的不同人类病毒对重建过程的影响。我们还使用真实数据集评估了每个重建程序，以展示它们在现实场景中的表现。评估指标包括重建前后基因组之间的同一性、归一化压缩半距离和归一化相对压缩，以及重建基因组的长度、每个工具所花费的计算时间和资源的指标。该基准完全可重现，可在 https://github.com/viromelab/HVRS 免费获取。
α细胞的发展，身份以及健康和糖尿病的功能
历史和新兴研究为糖尿病中胰腺α细胞功能和身份的恶化提供了证据。增加了对人体组织的访问以及更复杂的分子技术的可用性，已经确定了有关如何在健康条件下保留α细胞功能和身份的关键见解，以及它们如何响应压力而变得功能失调。这些研究揭示了胰高血糖素分泌受损的证据，α细胞电生理学的转移，α细胞质量的变化，α细胞转录的失调以及糖尿病之前和期间α -to -β细胞转化。在这篇综述中，我们概述了健康和疾病中α细胞身份的当前研究状态。模型生物和人类中的证据表明，除了β细胞功能障碍外，糖尿病还与α细胞同一性的基本失调有关。重要的是，表观遗传学研究表明，α细胞在关键细胞特异性和糖尿病延伸基因上保留了更固定和开放的染色质，支持了α细胞固有的表观遗传可塑性使它们对转录变化敏感的模型，从而增强了在糖尿病中的丧失和功能。因此，对维持α细胞身份和功能的其他研究对于完全理解糖尿病至关重要。此外，这些研究表明α细胞可以代表用于糖尿病治疗的新β细胞的替代来源。
解码基因网络控制下丘脑和丘脑神经元发展
源自胚胎下丘脑和prethalamus的神经元亚型调节了许多基本的生理过程，但是控制其发育的基因调节网络仍然很熟悉。使用单细胞RNA和ATAC序列，我们分析了小鼠的下丘脑和原丘脑发育，从胚胎第11天到产后第8天，总共分析了660,000个细胞。此确定的关键转录和染色质动力学驱动区域化，神经发生和分化。这确定了多个不同的神经祖细胞种群，以及控制其空间和时间身份的基因调节网络，并将其末端分化为主要的神经元亚型。将这些结果与大规模基因组关联研究数据融为一体，我们确定了控制超氨甲藻下丘脑发育的转录因子的核心作用。反复出现的交叉调节关系，另一方面是乳房和超甲状腺下丘脑同一性的转录因子。在产后动物中，发现DLX1/2在下丘脑和prethalamus中严重破坏了GABA能神经元规格，从而导致丘脑神经元抑制，过敏性过敏，对寒冷和行为多活跃。通过确定控制主要下丘脑和丘脑神经元细胞类型的规范和区分的核心基因调节网络，本研究为未来的努力提供了路线图，旨在防止和治疗广泛的稳态和认知障碍。
珊瑚相关细菌的多样性和分布
摘要：珊瑚礁是所有海洋生态系统中生物多样性最丰富的；然而，人们对这些系统中的原核生物多样性知之甚少。为了解决这个问题，我们对巴拿马和百慕大的 3 种大型珊瑚（Montastraea franksi、Diploria strigosa 和 Porites astreoides）的 1000 多个细菌 16S rDNA 进行了测序。仅对 14 个珊瑚样本的分析就产生了 430 种不同的细菌核糖体型。统计分析表明，额外的测序将产生总共 6000 种细菌核糖体型。其中半数序列与之前发表的 16S 序列的同一性不到 93%，因此可能代表新的细菌属和物种；这种新颖性程度远远高于其他海洋样本的新颖性。来自巴拿马珊瑚的样本比来自百慕大的样本更具多样性，与后生动物的多样性梯度相似。珊瑚-细菌关联是非随机的。不同的珊瑚物种拥有不同的细菌群落，即使它们在物理上相邻，而同一珊瑚物种在时间（约 1 年）或空间（3000 公里）上相隔的细菌群落则相似。对分枝珊瑚 Porites furcata 的分析表明，细菌核糖体型也可以在群落内按空间结构排列。因此，珊瑚和礁石代表了多样化、生态结构化的原核生物群落景观。
零...
摘要 - dysarthria是一种运动语音障碍，通常与脑瘫，帕金森氏病，肌萎缩性侧面硬化症和中风有关。患有构音障碍的人通常会出现严重的语音困难，包括不精确的表达，缺乏流利性，言语缓慢以及量减少和清晰度，这可能会阻碍他们与他人有效沟通的能力。我们提出了一种两级语音转换方法，以增强违反语音的重建。在第一阶段，我们基于相同的性别回应策略开发了一种KNN-VC方法，以预先修复质心语音。在此阶段，我们仅将违反语音与同一性别的正常语音相匹配。在第二阶段，我们适应了So-Vits-SVC来恢复扬声器的音色，并提高了第一阶段修复的演讲的声音质量。在低资源构件构想唤醒单词斑点挑战（LRDWWS挑战）的数据集中进行了客观和主观评估，这表明，所提出的方法可以在说话者的相似性，语音清晰度和不知名的扬声器方面取得一些改善，这些评估也表明我们的方法还表明我们的方法具有良好的零料性能。我们的音频样本可以在线访问1。索引术语 - dysarthric语音重建，任何一对零射，语音转换