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测量在轻度酸性pH条件下DH5α大肠杆菌细胞的聚集，以抑制fimbriae lina shalaby，palak罐的表达，
测量在轻度酸性pH条件下DH5α大肠杆菌细胞的聚集，以抑制Fimbriae Lina Shalaby的表达自我认可的表面结构。这个过程具有多种含义，自动参数可以充当微生物形成弹性群落和生物膜的防御机制。fimbriae是细菌细胞表面上的头发的附属物，可以阻止自养蛋白的聚集功能，例如抗原43大肠杆菌细胞中的抗原43。然而，诸如pH之类的环境因素可以抑制叶片的功能，从而有效地降低了它们介导细胞 - 细胞相互作用的能力。调整此类环境条件以抑制膜状表达，可以更好地了解其他自动转运蛋白和调节自身聚集的因素。使用自身聚集测定方法来评估微生物自我骨料的能力，并且涉及测量液体培养基在液体培养基中随时间悬浮液的聚集速率。在此测定中，将微生物细胞培养至预定的光密度，然后轻轻混合以达到同质性。加时性，细胞聚集，形成可见的团块，这些团块沉淀在培养管的底部。通过测量光密度随时间的测量，在分光光度计中测量自身聚集的程度。简介此方法纸概述了可用于进行DH5α大肠杆菌的聚集测定的方案，以探索自动转运蛋白（例如抗原43）的作用，同时通过改变生长培养基的环境pH值来抑制膜状表达。
探索海洋环境中塑料生物膜的形成和大肠杆菌的定植
摘要 微生物（包括潜在病原体）可在水环境中的塑料表面定殖。本研究调查了大肠杆菌（E. coli）作为水环境中粪便病原体的替代物对塑料颗粒的定殖情况。将来自污染海滩的塑料颗粒放置在添加了大肠杆菌的海水水族箱中。多种细菌（主要来自变形菌门）在 24 小时内迅速在颗粒上定殖，其中值得注意的是以塑料或碳氢化合物降解而闻名的菌种。在 26 天内，塑料表面形成了生物膜，细菌种群达到 6.8 10 5 个 16S rRNA 基因拷贝数 (gc) mm 2 。使用培养方法在颗粒中检测到大肠杆菌长达 7 天，无论来源或环境因素如何，其附着密度均有所不同。该研究强调塑料生物膜是大肠杆菌的储存器，有助于粪便细菌在水生系统中生存和持续存在。这些发现加深了我们对海洋环境中塑料污染相关风险的理解，深入了解了粪便指标的行为及其对水质评估的影响，同时提供了有关塑料相关微生物群落中潜在病原体传播的宝贵信息。
基于 CRISPR Cas 系统快速检测致病性大肠杆菌
获取安全且有营养的食物对于维持生命和保持身体健康至关重要。食用被病原体污染的食物会导致从腹泻到癌症等严重疾病。许多食源性感染可导致长期损伤甚至死亡。因此，及早发现食源性病原体（如致病性大肠杆菌菌株）对于公共安全至关重要。检测这些细菌的传统方法基于在选择性培养基上培养并遵循标准生化鉴定。尽管这些方法准确无误，但却非常耗时。基于 PCR 的病原体检测依赖于先进的设备和专业技术人员，而在资源有限的地区很难找到这些设备和技术人员。而 CRISPR 技术对于识别致病细菌更具特异性和灵敏度，因为它采用可编程的 CRISPR-Cas 系统，可针对特定的 DNA 序列，最大限度地减少非特异性结合和交叉反应。在本项目中，开发了一种基于 CRISPR-Cas12a 传感的稳健检测方法，该方法可快速、灵敏且特异性地检测从田纳西州 17 个农场的成年山羊粪便样本中收集的致病性大肠杆菌分离株。检测反应包含致病区域、报告探针、Cas12a 酶和三种致病基因（stx1、stx2 和 hlyA）特有的 crRNA 的扩增 PCR 产物。与致病细菌的 CRISPR 反应在紫外光激发下发出荧光。为了评估该检测的检测灵敏度和特异性，将其结果与基于 PCR 的检测检测进行了比较。两种方法对相同样本的结果相似。该技术非常精确、高度灵敏、快速、经济高效且易于使用，并且可以轻松克服现有检测方法的局限性。该项目可以产生一种多功能的检测方法，该方法易于适应快速响应，以检测和监测对人类健康以及动植物生产造成大规模生物安全威胁的疾病。
选定的非抗生素药物对大肠杆菌抗生素耐药性基因转移的影响
1 埃及索哈杰大学药学院微生物学与免疫学系，2 埃及米尼亚大学药学院微生物学与免疫学系，3 埃及米尼亚德拉亚大学药学院微生物学与免疫学系，4 埃及埃尔法塔赫艾斯尤特大学医学院医学微生物学与免疫学系，5 黎巴嫩贝鲁特黎巴嫩美国大学吉尔伯特与罗斯玛丽查古里医学院，6 埃及索哈杰大学药学院药理学与毒理学系，7 沙特阿拉伯麦加乌姆古拉大学药学院药物化学系，8 沙特阿拉伯麦加乌姆古拉大学药学院药剂学系
回顾高血糖对大肠癌的发生和预后的文章影响
摘要：高血糖状态与结直肠癌（CRC）的发展和预后有关，尽管确切的机制尚未完全了解。高血糖可以通过影响细胞增殖和凋亡，炎症反应，氧化应激，免疫调节，血管生成和其他途径来促进CRC的发展。在预后方面，高血糖可能影响CRC患者的生存和复发以及耐化学疗法，但相关研究的结果不一致。 降血糖治疗可能会对CRC患者的预后产生积极影响，但其具体影响需要进一步搜索。 因此，本文系统地探讨了高血糖和CRC之间的关系，分析了高血糖对CRC发生和预后的影响，并讨论了管理CRC中高血糖的作用。在预后方面，高血糖可能影响CRC患者的生存和复发以及耐化学疗法，但相关研究的结果不一致。降血糖治疗可能会对CRC患者的预后产生积极影响，但其具体影响需要进一步搜索。因此，本文系统地探讨了高血糖和CRC之间的关系，分析了高血糖对CRC发生和预后的影响，并讨论了管理CRC中高血糖的作用。
PKS+大肠杆菌（大肠杆菌）对结肠癌发生的贡献
摘要：结直肠癌（CRC）是全球重要的健康问题，在全球癌症中排名第二，在癌症中排名第二。虽然只有一小部分CRC病例才能归因于遗传基因突变，但由于体细胞突变，大多数出现。新兴证据表明，肠道菌群营养不良是一个因素，其中聚酮化合酶合酶阳性大肠杆菌（PKS+ E. coli）在CRC发病机理中起关键作用。pks+细菌产生共糖蛋白，这是一种遗传毒性蛋白，对宿主结肠细胞内的DNA产生有害作用。在这篇综述中，我们研究了肠道菌群在结肠癌发生中的作用，阐明了结肠癌产生细菌如何诱导DNA损伤，促进基因组不稳定性，破坏肠道上皮屏障，诱导粘膜炎症，调节宿主免疫反应并影响细胞周期细胞周期动力学。共同促进了有利于肿瘤开始和进展的微环境。了解PK+细菌介导的CRC发育的基础机制可能为大规模筛查，肿瘤的早期检测以及诸如微生物群调节，细菌靶向治疗，检查点抑制Colibactin生产和免疫调节途径等治疗策略铺平道路。
外泌体circpolq通过在大肠癌模型中激活IL-10/STAT3轴促进巨噬细胞M2极化
抽象背景积累的证据表明，肿瘤相关的巨噬细胞丰度增加通常与结直肠癌（CRC）的预后不良有关。肿瘤衍生的外泌体对M2巨噬细胞极化的作用的机制仍然难以捉摸。结果，新型的圆形RNA CircpOLQ在CRC组织中表现出明显高于配对的正常组织。较高的圆形表达与CRC患者的预后较差有关。体外和体内实验表明，肿瘤衍生的外泌体圆形圆形圆形没有直接调节CRC细胞的发育，而是通过增强M2巨噬细胞极化来促进CRC转移性结节形成。CircPolq通过靶向miR-379–3 P激活了白介素-10/信号转录器和转录3轴的激活因子，以促进M2巨噬细胞极化。结论Circpolq可以通过CRC细胞衍生的外泌体进入巨噬细胞，并通过增强M2巨噬细胞极化来促进CRC转移性结节形成。这些发现揭示了肿瘤来源的外泌体介导的肿瘤 - 巨噬细胞相互作用可能影响CRC转移性结节的形成。
生产来自西班牙的大肠杆菌分离株
抗生素耐药性大肠杆菌是导致社区获得性和院内感染的主要病原体之一，发病率和死亡率较高 ( Hu et al., 2022 )。它们被认为是泌尿道感染 (UTI)、菌血症和腹腔内感染 (IAI) 的主要原因之一 ( Balasubramanian et al., 2023 )。大肠杆菌具有获得抗生素耐药基因 (ARG) 的能力，例如 bla CTX-M-15 超广谱 b -内酰胺酶 (ESBL)，并迅速在整个社区传播它们 ( Gonza ́ lez et al., 2020 )。与其他产碳青霉烯酶的肠杆菌（如肺炎克雷伯菌和阴沟肠杆菌复合体）相比，产碳青霉烯酶大肠杆菌 (CP-Eco) 在临床环境中分离的频率并不高，但尤其令人担忧。这是因为它们的患病率正在上升（Cañada-Garc ı ́ a 等人，2022 年），人们担心它们会以类似于 ESBLs 的方式在社区中传播碳青霉烯酶基因（Gonza ́ lez 等人，2020 年）。此外，这些分离株通常对其他几种抗生素具有耐药性，因此难以治疗相关感染（Boutzoukas 等人，2023 年）。所有主要的碳青霉烯酶家族均已在 CP-Eco 中检测到 (Grundmann 等人，2017 年)，此外还有多种对临床结果产生负面影响的毒力决定因素 (C ̌ urova ́ 等人，2020 年)。所有这些促使世界卫生组织宣布 CP-Eco 是一个关键的优先问题 (Tacconelli 等人，2018 年)。在全球范围内，抗生素耐药性大肠杆菌在中高收入国家医院内感染的发生率最高，每年造成 300 万至 2500 万人感染 (Balasubramanian 等人，2023 年)。在欧洲，2015 年 CP-Eco 引起的感染人数中位数为 2,619 人，死亡人数中位数为 141 人 (Cassini 等人，2019 年)。在西班牙，CP-Eco 的发病率已从 2013 年的孤立病例（ Oteo 等人，2015 年）发展到 2019 年在西班牙 10 个不同的省份中被发现（ Cañada-Garc ı ́ a 等人，2022 年）。
菲律宾Losbaños的自流井水域的多药耐药大肠杆菌
由于商业饮用水的成本上涨，居民（尤其是在农村地区）越来越依赖自流井水，而自流井水通常是未经处理的，并且没有经常测试是否有损坏。这可能导致摄入对抗生素耐药性的微生物的摄入风险更高。因此，这项研究的重点是从菲律宾Losbaños，菲律宾的Losbaños中检测出来自选定Barangays（Bayog，Malinta和Mayondon）的自流井水样品的粪便（特别是大肠杆菌）。分离的大肠杆菌以获得抗菌素耐药性。使用多管发酵法确定，在30个水样中，大肠菌群的八个水样呈阳性。在八个样品（MY2-2，ML2-3和ML2-4）中，有三个获得了大肠杆菌分离株，如通过表型和分子表征所识别的。使用磁盘扩散测定法，在分离株中鉴定出抗生素头孢唑酮，Meropenem，loxacinem和甲氧苄啶磺胺甲恶唑的耐药模式。的结果表明，MY2-2对头孢曲松，MeropeNem和甲氧苄啶磺胺甲氧唑具有抗性。 ML2-3对头孢唑酮和MeropeNem具有抗性，而ML2-4对所有四种抗生素具有抗性。聚合酶链与引物检测到TEM基因的反应，这是一种扩展的β-内酰胺酶基因，表明分离株对氨苄西林和青霉素具有抗性。表型和分子方法的结果表明分离株具有多药耐药性。根据家庭访谈，隔离了MY2-2的自流井水被10个家庭用来饮酒。因此，地方政府部门应定期监测自流井水的微生物质量，进行教育和信息运动，以了解可以从消耗不洁的水中染上的疾病，并确保可以使用饮用水，尤其是对于没有净化水的家庭。
plm_sol：通过用更新的大肠杆菌蛋白溶解性数据集对多个蛋白质1语言模型进行基准测试来预测蛋白质溶解度
摘要：16蛋白溶解度在各种生物技术，工业和17种生物医学应用中起着至关重要的作用。随着测序和基因合成成本的降低，18采用了高通量实验筛选以及量身定制的19个生物信息学预测，已经见证了开发20种新型功能酶（EOI）的快速增长趋势。高蛋白质溶解度率是必不可少的21，准确的溶解度预测是一项艰巨的任务。随着深度学习技术的继续发展，基于注意力的蛋白质语言模型23（PLM）可以在更大程度上从蛋白质序列中提取固有信息。24利用这些模型以及蛋白质溶解度的可用性增加25从结构数据库（如蛋白质数据库（PDB））推断出的数据，具有增强蛋白质溶解度预测的26个潜力。在这项研究中，我们策划了27个更新的大肠杆菌（E.COLI）蛋白溶解度数据集（Uesolds），而28种则采用了多个PLM和分类层的组合来预测蛋白29溶解度。最佳表现最佳模型，称为蛋白质语言30基于模型的蛋白质溶解度预测模型（PLM_SOL），与以前报道的模型相比有31个显着改善，可实现5.7％32的准确性提高，F1_SCORE提高9％，而33个独立测试集的MCC得分提高了10.4％。此外，利用我们内部34合成的蛋白质资源作为测试数据的其他评估，包括各种类型的酶，35还展示了PLM_SOL的出色性能。59总体而言，PLM_SOL在独立的测试集和37个实验集中表现出36个一致且有希望的性能，从而非常适合促进大规模的EOI研究。38 PLM_SOL可作为独立程序可用，并在39 https://zenodo.org/doi/10.5281/zenodo.10675340上作为易于使用的型号。40 41引言42蛋白质的正确折叠以保持足够的溶解度和稳态，对于几乎每个基于蛋白质的生物学过程而言，必不可少的43。不满意的溶解度或44聚集可以阻碍基于蛋白质的药物发育，例如抗体产生。45抗体的低溶解度可能会限制其保质期，并可能诱导46个不良免疫反应（1-3）。除了抗体之外，由于速度降低了48种测序和基因合成的成本以及49个高通量功能筛选平台的持续下降，因此越来越多的47种兴趣（EOI）的酶以速度越来越高（4-6）。在这些大规模的EOI 50筛查研究中，提高蛋白质溶解度预测的准确性可以提高51蛋白质纯化的成功率，并促进下游生物物理或52生化特征。普通宿主，例如细菌细胞，昆虫细胞，酵母53细胞，植物和哺乳动物细胞，通常用于重组蛋白表达54（7）。在这些选择中，细菌细胞（通常是大肠杆菌（大肠杆菌））提供了55个易于遗传操作和成本效益的优点，因此将56作为重组蛋白质产生的主要平台之一（8）。提高大肠杆菌中蛋白质溶解度预测的57精度具有降低58个实验成本并提高新型EOI发现成功率的巨大潜力。