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World File Search System富集的
将 CRISPR 干扰与 FACS 富集相结合：CHO 细胞系糖工程用于治疗性糖蛋白生产的新方法
图 2 富集具有低细胞表面岩藻糖基化的细胞。（A）Fut8 和对照池以及富集池和克隆的 AAL-FITC 染色。仅对生成的三个对照池和 Fut8 池中的一个进行染色并用于进一步富集。每个组中选择用于进一步评估的克隆都标有星号（参见图 S3 中仅选定的克隆）。（B）对来自 a) 的 FITC 信号的 MFI 进行量化。点表示每个染色池或克隆的测量值。（C）对对照和 Fut8 池以及在 6 天批次中培养的选定富集池和克隆中的 Fut8 基因表达进行 qPCR 量化。所有三个未富集的对照和 Fut8 池都进行了培养。点表示池（条 1、2、4、5）或单个克隆（3 和 6）的生物学重复。误差线表示池或单个克隆的生物学重复的 SEM。使用非配对 t 检验来计算对照和 Fut8 富集克隆之间的统计学意义
Epimark甲基化的DNA富集套件，E2600，手册
通过与人MBD2A蛋白的甲基-CPG结合结构域结合与人IgG1（MBD2A-FC的FC尾巴）的甲基-CPG结合结构域结合，将甲基化的DNA从碎片的基因组DNA（5 ng-25μg）中分离出来，该蛋白与人IgG1（MBD2A-FC）的FC尾部结合，从而与paramagnetic Hydophilic Protein a betein a bead a bead a bead a bead a bead a bead a bead a bead a bead a bead a。两个FC结构域可以与具有高亲和力的蛋白质A上的一个位点结合（K d = 10 –7）。由于FC片段是二聚体，因此四个MBD2结构域暴露于每个分子蛋白A分子的溶剂，从而增加了相对平衡常数100倍。这种稳定的复合物将选择性地结合含有DNA的双链甲基化的CpG。在简单的洗涤步骤随后进行磁捕获后，通过在65°C下孵育，富集的DNA样品很容易在少量无核酸酶的水中洗脱。样本可以立即通过多种方法进行下游分析，包括：
蛋饼揭示了三重阴性乳腺癌中抗肿瘤反应的结构定义
虽然最近的空间生物学创新推动了对组织组织如何改变疾病的新见解，但以通用且可扩展的方式解释这些数据集仍然是一个挑战。用于发现组织组织中条件特定差异的计算工作流程通常依赖于成对比较或无监督的聚类。在许多情况下，这些方法在计算上是昂贵的，缺乏统计严格，并且对低流行的细胞壁细分市场不敏感，这些细胞壁细分市场仍然高度歧视和预测患者的结果。在这里，我们提出了乳蛋饼 - 一种自动化，可扩展性和统计上健壮的方法，可用于发现在空间区域，纵向样本或临床患者群体中差异富集的细胞壁细分市场。与现有方法相反，乳蛋白蛋白蛋白蛋白蛋白原将局部利基检测与可解释的统计建模相结合，使用图形邻域来检测差异富集的细胞壁细分市场，即使在较低的患病率下也是如此。在人类组织的硅模型和空间蛋白质组学成像中，我们证明了乳蛋饼可以准确地检测出少于20％的患者样品的频率为0.5％的条件特异性细胞壁细分市场，从而超过了下一个最佳方法，该方法需要患者患者的患病率为60％才能进行检测。为了验证我们的方法并了解肿瘤结构如何影响三重阴性乳腺癌（TNBC）的复发风险，我们使用蛋饼全面介绍了多中心的空间蛋白质组学群体中的肿瘤微环境，这些蛋白质组学同类群体由原发性手术切除术组成，由314例患者分析了200万个细胞，分析了500万个患者。我们发现了始终富集在肿瘤微环境的关键区域的细胞壁细分市场，包括肿瘤免疫边界和细胞外基质重塑区域，以及与患者的统计相关的壁细分市场，包括复发状态和复发性无效生存。大多数差异壁ni（74.2％）是针对未复发并形成富含肿瘤和肿瘤细胞单核细胞，巨噬细胞，APC和CD8T细胞的强大互连网络的患者。相比之下，复发的患者的相互作用网络明显稀疏，并且在B细胞，CD68巨噬细胞和中性粒细胞中富集。我们使用两个独立人群验证了这些发现，观察了相似的细胞相互作用和预测能力。总的来说，这些结果表明，生产性抗肿瘤免疫反应的显着，普遍的特征是由与肿瘤和基质细胞的先天和适应性免疫之间的结构参与网络所定义的，而不是由任何特定的细胞群体。，我们已在https://github.com/jranek/quiche中免费提供作为用户友好的开源Python软件包。
富集
Illumina无细胞的DNA准备富集是一种基于连接的测定法，该测定法使用单个杂交步骤进行快速文库制备（图2）。富集的无细胞DNA制备与来自Illumina的用户富集寡核苷酸兼容。使用来自Illumina的免费在线DesignStudio™工具，基于您指定的目标基因列表的来源自定义丰富面板。Dive designStudio工具与单链DNA（ssDNA）富集探针和双链DNA（DSDNA）富集V2探针兼容。为了增强内容可移植性，可以将无细胞的DNA准备富集与综合DNA技术和Twist Bioscience的DSDNA探针一起使用。该套件可容纳55-2000 kb ssDNA和70-2000 kb dsdna面板含量，从而实现灵活的研究设计。在〜8.5–9.5小时内准备好的测序库，只有〜2.5–3小时的动手时间，使研究人员可以在一天内从提取的CFDNA转变为测序。为了最大程度地效率和灵活性，该试剂盒与使用基于市售柱或珠的纯化方法直接从外周血或等离子体中提取的CFDNA兼容。
遗传疾病关联的网络和通路扩展可确定成功的药物靶点
摘要 16 17 人们普遍认为，疾病关联的遗传证据是选择复杂常见疾病药物靶点的坚实基础，通过基因或蛋白质相互作用网络传播遗传证据可以准确推断出没有直接遗传证据的基因上的新疾病关联。然而，一直缺乏将这些信念结合起来用于药物发现的效用的经验检验。22 23 在本研究中，我们检查了从 648 个英国生物银行 GWAS 分析中产生的遗传关联，并评估根据历史临床试验数据衡量，被确定为直接遗传命中代理的靶点是否富集了成功的药物靶点。26 27 我们发现由特定功能连接（如蛋白质复合物和配体-受体对）形成的蛋白质网络适用于甚至是幼稚的关联网络传播方法。此外，应用于全球 30 蛋白质-蛋白质相互作用网络和通路数据库的更复杂的方法也成功检索了 31 临床成功药物靶标富集的靶标。我们得出结论，遗传证据的网络传播应该用于药物靶标识别。 33 34
g4access识别G Quadruplexes及其与开放的染色质和印迹控制区域的关联
后唑启动子富集于次级DNA结构形成基序中，例如G-四链体（G4S）。在这里，我们描述了“ G4Access”，这是一种通过核酸酶消化与开放染色质相关的分离和序列G4的方法。g4Access是抗体和交联的非依赖性和富集的计算预测G4S（PG4S），其中大多数在体外得到了证实。使用人和小鼠细胞中的G4ACCESS，我们鉴定出与核小体排除和启动子转录相关的细胞类型的G4富集。G4ACCESS允许测量G4配体处理后G4曲目使用的变化，HDAC和G4解旋酶抑制剂。将G4ACCESS应用于来自相互杂交小鼠交叉的细胞表明G4在控制活动印迹区域中的作用。一致地，我们还观察到G4ACCESS峰是未甲基化的，而PG4S的甲基化与DNA上的核小体重新定位相关。总体而言，我们的研究为研究细胞动力学的G4提供了一种新工具，并突出了它们与开放染色质，转录及其对DNA甲基化的拮抗作用的关联。
研究硝基和磷 - 磷脂的效果 -
孕妇过度使用蓖麻油会导致过早劳动。蓖麻油是一种甘油三酸酯，化学是一种甘油分子，其三种羟基酯均以长链脂肪酸为生。其主要脂肪酸是不饱和的，羟基化的12-羟基，9-二十二烯酸。蓖麻油是由Ricinus Communis植物种子制成的数千年。加热过程将其有毒酶（Ricin）停用，使其安全使用。这项研究是在1403年冬季进行的，在沙漠semnan大学学院的沙漠研究温室中进行了三次复制。研究设计图中的治疗次数如下。对照（不添加肥料）2-尿素肥料每公顷100 kg，每公顷磷酸铵250 kg 250 kg磷酸铵4-在每次复制中考虑每公顷30吨动物肥料。实验是在冬季开始的，随访，夏季进行了灌溉和维护，并通过喷涂进行灌溉。我们得出的结论是，对N和P和肥料富集的物种特异性反应显着促进了净光合速率和生长因子和茎长，叶片面积，胶囊数量和种子数量，人均种子数量，每植物簇数，每植物的簇数以及产生的油的油量。
epinext™DNA库制备套件（Illumina）
用途：EPINEXT™DNA库制备试剂盒（Illumina）适合使用Illumina Sequencer制备下一代测序应用的DNA库，其中包括基因组DNA-SEQ，chip-seq，chip-seq，medip/hmedip-seq，bisulfite-seq，bisulfite-seq，bisulfite-seq，targeted reparted reqe reqecencess。该套件的优化协议和组件允许使用偏置减少的偏差快速构建非标语（单个复合）和条形码（多重）DNA库。起始材料和输入量：起始材料可以包括从各种组织或细胞样品中分离出的碎片dsDNA，从芯片反应，MEDIP/HMEDIP反应或外显子捕获中富集的dsDNA。DNA应该相对不含RNA，因为大的RNA部分会损害末端修复和DA尾巴，从而降低了连接能力。DNA的输入量可以从5 ng到1 ug。为了获得最佳准备，输入量应为100 ng至200 ng。对于无扩增，需要500 ng或更多。预防措施：避免交叉污染，将样品或溶液仔细移液管中。使用气溶胶式移液器尖端，并始终在液体转移之间更改移液器。在整个过程中戴上手套。如果手套与样品之间接触，请立即更换手套。
检查臭氧油和臭氧蒸馏的增殖作用
eceavuloğluyilmaz 1*，senol toprak 2，aybükeAfraafra afra afra afra ozone疗法是一种基于对疾病治疗的臭氧气体和不同医疗条件的治疗中的臭氧气体的替代形式，在某些研究中建议使用臭氧。在这项研究中，它的目的是通过用臭氧气体富集特级初榨橄榄油和蒸馏水来确定可能的抗癌活性，并确定其对结肠癌和正常结肠成纤维细胞细胞的细胞毒性作用。通过MTT分析对DLD1（结肠癌）和CCD-18CO（健康结肠成纤维细胞）细胞系确定臭氧富集的特级初榨橄榄油和蒸馏水对细胞活力的影响。在DLD-1细胞系中，臭氧蒸馏水和橄榄油在所有浓度下都降低了体外细胞活力，并且在较高浓度（5和10 ppm）下，这种降低最为明显。在CCD-18CO细胞系中，臭氧化的水和臭氧化的橄榄油在所有浓度下都增加了体外细胞活力，但是与对照相比，这种增加并不显着。这项研究的结果与文献中其他研究的结果一致。因此，臭氧治疗被认为在癌症治疗中有希望。关键字：臭氧，MTT分析，结肠癌，DLD1，CCD-18CO
果蝇 Nab2 RNA 结合蛋白抑制 m6A...
摘要 果蝇多聚腺苷酸 RNA 结合蛋白 Nab2 与一种因遗传性智力障碍而丢失的人类蛋白质同源，它通过一组基本上未定义的靶 RNA 控制成年运动、轴突投射、树突树枝化和记忆。在本文中，我们展示了 Nab2 在调节头部转录组中约 150 个外显子/内含子的剪接方面的特殊作用，并重点研究了在雌性神经元中富集的性别决定因子 Sex-lethal ( Sxl ) 中雄性特异性外显子的保留。先前的研究表明，这种剪接事件在雌性中受 Mettl3 复合物对 N6-甲基腺苷 (m 6 A) 的修饰调控。在分子水平上，Nab2 与神经元中的 Sxl 前 mRNA 结合并限制特定位点的 Sxl m 6 A 甲基化。同时，降低 Mettl3、Mettl3 复合物成分或 m 6 A 读取器 Ythdc1 的表达可挽救 Nab2 果蝇的突变表型。总体而言，这些数据表明 Nab2 是 m 6 A 甲基化的抑制剂，并意味着神经组织中 Nab2 和 Mettl3 调节的 RNA 之间存在显著重叠。