XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search System富集
强大的富集技术揭示了高度活跃的CRIS PR适应蛋白
通过CRISPR – CAS系统进行的自然原核防御需要在称为适应的过程中将间隔者整合到CRISPR are中。为了搜索具有增强能力的适应蛋白，我们建立了一个永久性的DNA PAC Kaging和Transing（P EDP AT）系统，该系统使用T7 pha ge的菌株将pha ge to packa ge质粒构成，然后将其转移并杀死宿主，然后使用T7噬菌体的不同应变来重复该周期。我们使用PED-PAT来识别更好的适应蛋白 - – Cas1和cas2 - 通过富集具有更高适应性效率的突变体。我们识别出在体内增强的10倍增强的cas1蛋白。在体外，一个突变体具有较高的积分和DNA结合活性，与野生型CAS1相比，另一个突变体具有较高的分解活性。最后，我们结婚说，他们选择的特定座位可降低原始图案。在技术上使用的P EDP或型号屏幕，需要有效，轻松的DNA转导。
碳磷循环模型高估了成熟的桉树林中的二氧化碳富集
磷（P）在调节生态系统对气候变化的反应中的重要性促进了陆地表面模型中的P-Cycle实施，但是尚未针对微分调查进行评估其CO 2效应预测。在这里，我们执行了数据驱动的模型评估，其中八个广泛使用P的模型的模拟与长期自由空气CO 2富集实验的观察结果面临，以成熟的P- Limited Eucalyptus森林中的观测。我们表明，大多数模型都预测了CO 2对生态系统碳（C）隔离的正确符号和幅度，但它们通常高估了对植物C摄取和生长的影响。我们确定光合作用，植物组织化学计量学，地下植物C的分配以及随后对植物 - 微生物相互作用的后果的叶片对叶片缩放量，这是可以改善生态系统C-P相互作用模型的关键领域。一起，此数据模型对比揭示了对p启用P的性能和功能的数据驱动的见解，并增加了现有的证据，表明全球CO 2驱动的碳汇被模型高估了。
特色课程说明（生物信息学讲座）
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解锁3D球体培养物在乳腺癌干细胞富集和分离中的潜力
目标：本研究对三维（3D）培养方法在富集和分离乳腺癌干细胞（BCSC）中的功效进行了比较分析。该研究比较了在母质和悬浮液中生长的多细胞球体与常用的二维（2D）单层培养方法。方法：实验涉及9天3D多细胞球体培养物，然后使用两种乳腺癌细胞系进行24小时单层培养，即MCF7和MDA-MB-231。为了评估BCSC，该研究评估了包括CD44/CD24，Vimentin和Aldh1在内的各种表面标记的表达，以及多能干细胞基因（如SOX2，OCT4，KLF4和Nanog）。另外，测量了阿霉素的耐药性和从每种方法中得出的单个细胞的能力，以在无血清悬浮培养中形成球体。结果：研究结果表明，在悬浮液中生长的3D培养多细胞球体显示出干细胞标记物和阿霉素耐药性的显着增加。此外，这些球体在无血清培养基中形成具有超过50 µm的单细胞球体具有更高的能力。结论：总的来说，与2D单层和3D单基质甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基酯和3D Matrigel Meths相比，这种3D培养方法在悬浮液中具有增强的BCSC，具有增强的自我更新和增殖能力。因此，这种方法可以使用任何可用的BCSC隔离方法从细胞系中隔离BCSC的关键初步步骤。关键词：乳腺癌，抗癌性，癌症干细胞，阿霉素，3D培养
特异性捕获核酸在dynabeads™磁珠上的特异性捕获液体活检的目标富集
寡核苷酸耦合的dynabeads™磁珠用于从生物样品中特异性捕获核酸靶标（图3）。在等离子体（400 µL最终体积）中峰于M13噬菌体的已知量（1.4x10^5 pfu）后，样品被液化，并通过杂交在寡聚偶联的珠子偶联物上捕获的释放的核酸靶标。然后从珠子中洗脱核酸靶标，并通过qPCR定量。当裂解/结合步骤仅在室温下长2分钟时，回收率约为25％，但是当裂解/结合时间增加到10分钟并在55ºC处发生时，恢复速率达到70％，表明根据捕获效率要求，测定条件可以调节（图4）。
非规范的 RNA-DNA 差异和其他人类基因组特征在非常短的串联重复中富集
非常短的串联重复序列在基因组分析中具有重要的遗传、进化和病理意义。本文，我们对 GRCh38 中的串联单核苷酸/二核苷酸/三核苷酸重复序列 (MNR/DNR/TNR) 进行了普查，我们统称其为“多束”。在人类基因组中，1.444 亿个核苷酸（4.7%）被多束占据，0.47 百万个单核苷酸被鉴定为多束铰链，即串联多束的断裂点。对普查的初步探索表明，AAC 多束的多束铰链位点和边界可能比其他多束区域具有更高的映射错误率。此外，我们揭示了近百种基因组特征的多束富集景观。我们发现 MNR、DNR 和 TNR 在杂项基因组特征（尤其是 RNA 编辑事件）的位置富集方面表现出明显差异。非规范和 C-to-U RNA 编辑事件在 MNR 内部和/或相邻处富集，而所有类别的 RNA 编辑事件在 DNR 中代表性不足。A-to-I RNA 编辑事件在多段中通常代表性不足。MNR 相邻范围内非规范 RNA 编辑事件的选择性富集为其真实性提供了负面证据。为了实现与多段相关的类似位置富集分析，我们开发了一个软件 Polytrap，它可以处理 11 个参考基因组。此外，我们将四种模式生物的多段编译成 Track Hub，它可以集成到 USCS Genome Browser 中作为官方轨道，以方便多段可视化。
围产期环境富集在积极参与环境之前会影响鼠新生儿的大脑结构
图1：围产期和成年人对成年期观察到的富集的影响。（a）富集环境（EE）和标准外壳（SH）的示意图。（b）论文中使用的数据集的插图。数据集N（“新生儿”）：围产期富集，在p7灌注的p7 for ex Vivo MRI。n-ee：EE出生的新生儿； N-SH：出生于Sh的新生儿。阴影是因为在此图中未使用。数据集P（“围产期”）：围产期富集到成年（6周富集），在体内MRI的p43灌注动物。p- EE：出生于EE中的动物。p-sh：出生于sh的动物。数据集A（“成年”）：标准外壳中的动物直到p53，成年期从p53到p96（富集6周）。动物在p96灌注p96的体内MRI。a-ee：成年后转移到EE的动物。A-SH：成年后住在Sh的动物。“方法”部分提供了更多详细信息。（c）将VOXEL线性模型应用于来自数据集P和A的线性共注册后计算的Jacobians（对单个大脑体积变化进行校正）（请参阅方法）（请参阅方法）。（左图）EE在成年期间的效果，无论富集的时间如何。回归者是住房状况和性别。（右图）围产期与成年的差异效应
Illumina DNA准备，外显子组2.5富集在Revvity Sciclone NGSX和IQ工作站上。
图1：具有外显子组2.5富集工作流程的Illumina®DNA准备以及完成每个步骤所需的时间。实心蓝色块表示甲板的孵化，白色块表示需要在Sciclone NGSX工作站上脱落热循环孵育的步骤。所有孵育均在Sciclone NGSX IQ Workstation上进行。手动完成（在固体绿色块中表示）。
使用瓷砖扩增子（Heptile）和基于探针的富集在Illumina和Nanobore平台上的整个基因组测序
乙型肝炎病毒（HBV）全基因组测序（WGS）目前受到限制，因为许多临床样品的DNA病毒载荷（VL）低于使用当前测序方法产生完整基因组所需的阈值。我们使用基于探针的捕获和瓷砖放大器PCR（Hep-tile）开发了两种泛基因型病毒富集方法，用于HBV WGS。我们使用模拟样品证明了这两种富集方法都是泛基因型（基因型A-J）。使用临床样品，我们证明了HEP-TILE放大成功地放大了最低的HBV VL测试（30 IU/ mL）的完整基因组，并且可以使用纳米孔和Illumina平台对PCR产物进行测序。基于探针的捕获，具有Illumina测序需要VL> 300,000 IU/mL，以生成全长HBV基因组。捕获 - 紫罗兰和Hep-tile-nanopore管道在具有已知DNA序列的模拟样品中具有100％的共识测序精度。一起，这些方案将促进HBV序列数据的产生，从而使HBV分子流行病学的更准确，更具有代表性的描述，对持久性和发病机理进行启示，并增强对感染及其治疗结果的理解。
生物电化学反应器中对比浅海热液环境中电营养微生物的富集
结果：在碱性样品中，在 Prony 热液条件下（pH 10，30–75 °C）运行 6 天的 15 个反应器中均未观察到电流增加。相比之下，在 Panarea 热液条件下（pH 4.5–7，75 °C）运行的反应器中平均观察到 6 倍的增加。多因素分析显示，这些反应器的整体生物电化学性能使它们有别于所有其他 Panarea 和 Prony 条件，这不仅是因为它们具有更高的电流产量，还因为它们具有古细菌丰度（通过 qPCR 测量）。大多数反应器产生有机酸（6 天内高达 2.9 mM）。尽管如此，库仑效率表明这可能是由于培养基中微量酵母提取物的（电）发酵而不是 CO 2 固定。最后，通过 16S 宏条形码和排序方法描述了微生物群落，并确定了潜在的电营养类群。在帕纳雷亚反应堆中，较高的生长与一些细菌属有关，主要是芽孢杆菌和假交替单胞菌，其中前者在较高温度下（55°C 和 75°C）生长。在重现普罗尼湾热液条件的反应堆中，已知的兼性甲基营养菌，如鞘氨醇单胞菌和甲基杆菌占主导地位，似乎消耗甲酸盐（作为碳源），但不消耗来自阴极的电子。