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World File Search System对接模拟
insilico研究用于制剂开发的表面活性剂作为渗透糖蛋白抑制剂势
摘要简介：在过去的几十年中，微生物多药耐药性（MDR）已成为许多药物方案中的关键疗法之一。由于这种现象，制药行业，畜牧业和农业行业都受到了某种影响。材料和方法：使用Schrodinger Maestro 9.1软件程序进行了具有指定配体的分子对接研究。蛋白质制备向导用于制备选定的受体。结果：对接模拟揭示了蛋白质配体相互作用曲线中许多元素的重要性，例如氢键，亲脂接触，金属相互作用，PI-PI相互作用和PI-cation相互作用。评分函数是在计算化学和分子建模中使用的快速近似数学算法，以预测两个分子对接后两个分子之间非共价接触的强度。结论：这项研究的发现可能有助于理解这些赋形剂可能的P-GP抑制活性的分子机制。目前的发现将通过使用任何P-gp底物药物分子以及体外和体内研究的配方开发来进一步验证，以获得最终确认。
基于 DFT、分子对接和药代动力学研究的鹰嘴豆素 A 作为潜在乳腺癌药物的计算机辅助分析
摘要：乳腺癌是全球最常见、最致命的癌症类型。鹰嘴豆素A是一种天然异黄酮，具有多种生物学和药理学特性。本研究利用密度函数理论（DFT）的量子化学研究探索鹰嘴豆素A的结构特征，并通过分子对接模拟揭示其抑制乳腺癌的特性。首先使用DFT/B3LYP方法以6-311++（d，p）基组对先导分子进行优化。进行模拟静电势以评估先导分子的反应性，并通过基于能隙、化学势（μ）、电负性（χ）、硬度（η）和软度（S）值的HOMO-LUMO分析评估分子反应性和稳定性。进行Mulliken原子电荷分布以确定分子的反应位点，并进行自然布居分析以计算电子分布。随后通过分子对接研究评估鹰嘴豆素A与乳腺癌靶蛋白的相互作用，并通过药代动力学评价评价先导分子的类药性，结果表明该先导分子没有违反Lipinski规则，对HER-2（PDB ID：2IOK）具有最高的结合亲和力，对接评分为-9.2Kcal/mol。
一种用于快速识别潜在 SARS-CoV-2 病毒抑制剂的综合药物再利用策略
2019 冠状病毒病 (COVID-19) 是由严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 (SARS-CoV-2) 引起的传染病。该病毒在人类中迅速传播，导致冠状病毒大流行。最近的研究表明，与 SARS-CoV 类似，SARS-CoV-2 利用包膜上的刺突糖蛋白识别并结合人类受体 ACE2。这一事件引发病毒和宿主细胞膜的融合，然后病毒进入宿主细胞。尽管正在进行多项临床研究，但目前尚无专门针对 SARS-CoV-2 的获批疫苗或药物。在有效疫苗问世之前，与从头药物研发相比，重新利用 FDA 批准的药物可以显著缩短时间并降低成本。在这项研究中，我们尝试通过应用强大的计算机药物再利用策略来克服计算机虚拟筛选的局限性。我们结合并整合了对接模拟、分子动力学 (MD)、监督 MD (SuMD) 和引导 MD (SMD) 模拟，以确定 Spike 蛋白 - ACE2 相互作用抑制剂。我们的数据显示 Simeprevir 和 Lumacaftor 以高亲和力结合 Spike 蛋白的受体结合域并阻止 ACE2 相互作用。
杂环chalcone（e）-1-（2-羟基-3,4,6- ...
摘要糖尿病是一种与病理有关的疾病，例如慢性炎症，神经病和疼痛。Claisen -Schmidt凝结反应的合成旨在获得培养基到高屈服的衍生物。进行合成的新chalcone分子的研究旨在旨在对芳族环的结构操纵，以及杂环替换环，以及通过合成结构与其他分子的化学反应结合，以增强生物学活性。对成年斑马鱼中的抗伤害感，抗炎和降血糖作用进行了合成和评估。除了减少伤害性行为外，Chalcone（40 mg/kg）还逆转了治疗后诱导的急性和慢性高血糖症，并减少了Zebrafish的Carrageenan诱导的腹部水肿。它还对J774A.1细胞中的NO产生产生抑制作用。与对照组相比，慢性高血糖后产生的氧化应激和腹水肿诱导后，chalcone显着降低。进行了用COX -1，COX-2和TRPA1通道酶对Chalcone的分子对接模拟，并表明Chalcone对Cox-1酶的亲和力较高，并且与TRPA1通道具有4个相互作用。chalcone还显示出良好的药代动力学特性，如ADMET所评估。
原创研究通过加权基因共表达网络分析识别与扩张型心肌病相关的潜在生物标志物
背景：扩张型心肌病 (DCM) 是收缩性心力衰竭的主要原因之一，常具有遗传因素。DCM 发病和进展的分子机制仍不清楚。本研究旨在寻找新的诊断生物标志物，以辅助治疗和诊断 DCM。方法：探索基因表达综合 (GEO) 数据库，提取两个微阵列数据集 GSE120895 和 GSE17800，随后将它们合并为一个队列。在 DCM 组和对照组中分析差异表达基因，然后进行加权基因共表达网络分析以确定核心模块。通过基因显着性 (GS) 和模块成员资格 (MM) 值识别核心节点，并通过 Lasso 回归模型预测四个枢纽基因。在数据集 GSE19303 中进一步验证四个枢纽基因的表达水平和诊断价值。最后，确定了潜在的治疗药物和调节基因的上游分子。结果：绿松石模块是 DCM 的核心模块。鉴定出四个枢纽基因：GYPC（糖蛋白C）、MLF2（髓系白血病因子2）、COPS7A（COP9信号体亚基7A）和ARL2（ADP核糖基化因子类GTPase 2）。随后，通过实时定量PCR（qPCR）检测，枢纽基因在数据集和验证模型中的表达均存在显著差异。还鉴定出四种潜在的调节剂和七种化学物质。最后，成功进行了基因编码蛋白与小分子药物的分子对接模拟。结论：结果表明ARL2、MLF2、GYPC和COPS7A可能是DCM的潜在基因生物标志物。
针对 SARS-CoV-2 主要蛋白酶 Mpro 的凝血调节剂用于治疗 COVID-19：一种计算机模拟方法
PyRx-virtual 筛选工具用于与协议对接：（i）检查 SARS-CoV-2 Mpro 蛋白质结构（PDB 6Y2E）中缺失的原子、键和接触，去除水分子并使用以下参数进行能量最小化，力场：Amber ff14SB，最陡下降步长：100，最陡下降步长：0.02 Å，共轭梯度步长：10，共轭梯度步长：0.02 Å，使用 Chimera 版本 1.14 上的分子建模工具包 (MMTK) 包。（4）该最小化结构用作对接分析的受体。（ii）将最小化结构保存为 pdb 文件并导入 PyRx 软件。（iii）配体也以 pdb 格式导入。Autodock Tools 模块用于生成 pdbqt 输入文件。 (iv) 使用 Autodock Vina 算法对选定的配体进行对接。在 Autodock Vina 中，网格框设置为覆盖 Mpro 的活性位点，其尺寸为 Å：中心 (x, y, z) = (-16.46, -26.70, 1.58)，尺寸 (x, y, z) = (23.34, 19.09, 10.98)。然后以 8 的详尽度运行对接模拟。使用 Autodock Vina 模块内置评分功能预测的最低结合亲和力分数 (kcal/mol) 评估对接结果。
对...
12 M.Pharm。，博士，印度泰米尔纳德邦Senghundhar药学院校长。 摘要Monkeypox病毒（MPXV）已作为严重的公共卫生威胁重新浮出水面，需要快速发展有效的治疗方法。 分子对接一直是发现可能的MPXV抑制剂的重要方法。 本综述的目的是使用不同的配体对MPXV蛋白进行分子对接实验进行详尽的分析和比较。 我们检查了15个对接研究中15个配体的结合亲和力，相互作用和结构要求。 根据我们的研究，表明配体具有鼓励对MPXV蛋白的抑制潜力。 此外，我们发现临界残基和化学连接对于有效的配体结合至关重要。 我们对从这些研究获得的结果进行了详细的检查，包括分子相互作用，结合亲和力以及从对接模拟获得的结构见解。 关键词：蒙基蛋白病毒，分子对接，猴子痘病毒蛋白，基于配体设计，基于结构的设计，抗病毒疗法。 引言是一种高度严重的人畜共患感染，影响了全世界的人（MONKEY POX病毒（MPXV））。 有了很少的有效药物，分子对接已成为识别潜在治疗的关键方法。 本文提供了对MPXV进行的分子对接研究的全面概述，重点是已研究为潜在抑制剂的各种配体。12 M.Pharm。，博士，印度泰米尔纳德邦Senghundhar药学院校长。摘要Monkeypox病毒（MPXV）已作为严重的公共卫生威胁重新浮出水面，需要快速发展有效的治疗方法。分子对接一直是发现可能的MPXV抑制剂的重要方法。本综述的目的是使用不同的配体对MPXV蛋白进行分子对接实验进行详尽的分析和比较。我们检查了15个对接研究中15个配体的结合亲和力，相互作用和结构要求。根据我们的研究，表明配体具有鼓励对MPXV蛋白的抑制潜力。此外，我们发现临界残基和化学连接对于有效的配体结合至关重要。我们对从这些研究获得的结果进行了详细的检查，包括分子相互作用，结合亲和力以及从对接模拟获得的结构见解。关键词：蒙基蛋白病毒，分子对接，猴子痘病毒蛋白，基于配体设计，基于结构的设计，抗病毒疗法。引言是一种高度严重的人畜共患感染，影响了全世界的人（MONKEY POX病毒（MPXV））。有了很少的有效药物，分子对接已成为识别潜在治疗的关键方法。本文提供了对MPXV进行的分子对接研究的全面概述，重点是已研究为潜在抑制剂的各种配体。人类可以通过与病人或动物密切接触，并与被病毒污染的物体接触，从而收缩猴子痘。发烧，皮疹和淋巴结肿大只是人类猴子痘的感染可能引起的一些问题。猴子痘可以导致肺炎，脑炎，威胁性角膜炎和随后的细菌感染[1]。
开发针对MR766菌株的多诊断疫苗
寨卡病毒已成为全球重大的健康问题，特别是由于它与严重的神经系统并发症（如小头畸形和吉兰 - 巴雷综合征）的关联。鉴于迫切需要有效的干预策略，本研究旨在开发利用生物信息学方法的靶向疫苗，以鉴定Zika病毒菌株MR766结构蛋白中的B和T细胞表位。通过全面的表位预测算法，根据包括毒性，免疫原性和抗原性（包括毒性，免疫原性和抗原性）确定并选择新的表位。然后将这些表位集成到多个表位疫苗构建体中，并结合了各种接头序列（EAAAK，AAY，GPGPG），以优化免疫原性。随后的分子对接模拟促进了能够有效与靶受体相互作用的疫苗结构的设计。使用Snapgene软件将疫苗构建体克隆到PET-28A（+）载体中，以在大肠杆菌中表达。对表达疫苗的评估在临床前研究中表现出强大的免疫反应。 使用计算工具来分析疫苗针对多种寨卡病毒菌株的疗效。 由此产生的多能量疫苗（MEV）是对抗寨卡病毒感染的有前途的候选人，为全球公共卫生努力带来了针对这种病原体的潜在益处。对表达疫苗的评估在临床前研究中表现出强大的免疫反应。使用计算工具来分析疫苗针对多种寨卡病毒菌株的疗效。由此产生的多能量疫苗（MEV）是对抗寨卡病毒感染的有前途的候选人，为全球公共卫生努力带来了针对这种病原体的潜在益处。
虚拟现实作为手动航天器对接的培训援助
可以在太空任务期间手动将航天器对接到空间站的能力对于宇航员至关重要。基于计算机的自学习程序6DF是一个抽象的对接模拟，用于习得和维护基础技能，以控制六个自由度。这项复杂任务的困难之一是仅基于二维信息来构建空间中自己位置和方向的心理表示。为了促进这一点，并可能进一步改善了学习过程，测试了该程序的新的三维（3D）立体声范围内显示。这项研究调查了与标准2D呈现相比，3D演示的学习进度是否更快。24个与ESA（AGBRESA）的人工重力床REST研究的参与者参加了6DF对接实验。他们每个人完成了20次培训课程，持续了大约45分钟，每周进行两次。学习计划是自给自足的，并适应了个人学习速度。一半的参与者被呈现基于统一的立体声镜头可视化对接的范围可视化，而另一半则使用了学习程序6DF的标准2D版本。学习进度是作为达到目标任务所需的任务数量的。结果总体表明，使用3D技术时的学习进度略高，但没有长期的性能优势。较小的好处可能无法证明使用价格更高且在操作上限制3D系统的使用是合理的。
19 通过网络药理学工具
背景：蒲地蓝 (PDL) 是一种具有清热解毒传统功能的四味药方，在中国临床上被用作抗 SARS-CoV-2 感染药物。PDL 也可能具有治疗 COVID-19 的潜力，但其潜在机制仍有待阐明。方法：我们使用网络药理学分析，选择了 68 个共同靶向的基因/蛋白质作为 PDL 和 COVID-19 的靶标。这些共同靶向的基因/蛋白质通过 SwissDock Server 进行高精度对接模拟预测，并通过 STRING 分析蛋白质与蛋白质相互作用 (PPI)、通路和 GO（基因本体）富集。通过 TCMATCOV（中医抗 COVID-19）平台验证了 PDL 治疗对 COVID-19 的治疗效果。结果：PDL可能通过阻断血管紧张素转换酶2（ACE2）阻止SARS-CoV-2进入细胞。它可能通过影响C反应蛋白（CRP）、干扰素-γ（IFN-γ）、白细胞介素-6（IL-6）、白细胞介素-10（IL-10）、肿瘤坏死因子（TNF）、表皮生长因子受体（EGFR）、CC基序趋化因子配体5（CCL5）、转化生长因子-β1（TGFβ1）和其他蛋白质来抑制细胞因子风暴。PDL可能调节免疫系统，缩短病程，延缓疾病进展，降低死亡率。结论：PDL可能通过调节免疫系统、抗炎和抗病毒进入细胞三个方面对COVID-19产生治疗作用。