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同种异性造血细胞移植后的克隆动力学
同种异体造血细胞移植（HCT）用供体1,2的患者代替了负责血液产生的干细胞。在这里，为了量化长期干细胞植入的动力学，我们测序了来自2,824个单细胞衍生的造血菌落的基因组，该菌落是十个供体 - recipient对的hla匹配sibling sibling sibling hct 3后9-31年进行的。与年轻的捐助者（移植期18-47年），有5,000-30,000个干细胞植入了，在采样时仍在为造成造血症。年龄较大的捐助者（50 - 66年）的估计低十倍。植入的细胞对髓样，B淋巴样和T淋巴样群体产生了多肾化贡献，尽管单个克隆经常对一种或其他成熟的细胞类型表现出偏见。接受者的克隆多样性低于匹配的捐助者，相当于大约10 - 15年的额外衰老，这是干细胞克隆的扩张大约25倍。与移植相关的种群瓶颈无法解释这些差异。取而代之的是，系统发育树认为HCT特异性选择的两种不同模式。在修剪选择中，供体富含克隆的克隆扩张的基础细胞分裂发生在供体中，在移植之前，即从优先动员，收集，生存的离体或初始归巢中获得的选择性优势。在生长选择中，植入后的受体骨髓中发生了克隆膨胀的基础细胞分裂，最明显的是具有多个驱动器突变的克隆。与捐助者的不受干扰的造血相比，从本地环境中拔起干细胞并将其移植到异物中会夸大选择性压力，使克隆多样性的丧失扭曲和加速。
胰腺癌胰腺癌的特异性基因组改变
胰腺癌的胰腺癌特异性基因组改变，塞西莉亚·蒙格（Cecilia Monge），M.D.，M.P.H. 1，Brigette Waldrup，B.S。 2，Francisco G. Carranza博士2和恩里克·韦拉斯克斯·维尔雷尔（Enrique Velazquez-Villarreal），医学博士，博士，M.P.H。 2,3 * 1贝塞斯达医学博士国家癌症研究所的癌症研究中心。 2希望城市，贝克曼研究所，综合翻译科学系，杜阿尔特，加利福尼亚州。 3希望之城综合癌症中心，加利福尼亚州杜阿尔特。 *信件：evelazquezvilla@coh.org摘要背景/目标：胰腺癌（PC）是一种侵略性恶性肿瘤，发病率上升和存活率较差。 与非西班牙裔白人（NHW）患者相比，西班牙裔/拉丁裔（H/L）患者的总体发病率较低，但他们被诊断出年龄较小，经常出现更晚期疾病，并且经历更差的生存结果。 这些差异为基础的分子驱动因素仍然很少理解。 关键的致癌途径，包括TP53，WNT，PI3K，TGF-BETA和RTK/RAS，在肿瘤进展，耐药性和对靶向治疗的反应中起着至关重要的作用。 然而，他们在PC中的民族特定变化和预后含义在很大程度上尚未得到探索。 本研究旨在表征H/L和NHW患者PC中PC的特异性突变，评估肿瘤突变负担，并使用公开可用的数据集识别出种族 - 特异性致癌驱动因素。 这些发现可能会提供关键见解，以优化精确的医学策略并增强代理人群不足的靶向疗法。胰腺癌的胰腺癌特异性基因组改变，塞西莉亚·蒙格（Cecilia Monge），M.D.，M.P.H.1，Brigette Waldrup，B.S。 2，Francisco G. Carranza博士2和恩里克·韦拉斯克斯·维尔雷尔（Enrique Velazquez-Villarreal），医学博士，博士，M.P.H。 2,3 * 1贝塞斯达医学博士国家癌症研究所的癌症研究中心。 2希望城市，贝克曼研究所，综合翻译科学系，杜阿尔特，加利福尼亚州。 3希望之城综合癌症中心，加利福尼亚州杜阿尔特。 *信件：evelazquezvilla@coh.org摘要背景/目标：胰腺癌（PC）是一种侵略性恶性肿瘤，发病率上升和存活率较差。 与非西班牙裔白人（NHW）患者相比，西班牙裔/拉丁裔（H/L）患者的总体发病率较低，但他们被诊断出年龄较小，经常出现更晚期疾病，并且经历更差的生存结果。 这些差异为基础的分子驱动因素仍然很少理解。 关键的致癌途径，包括TP53，WNT，PI3K，TGF-BETA和RTK/RAS，在肿瘤进展，耐药性和对靶向治疗的反应中起着至关重要的作用。 然而，他们在PC中的民族特定变化和预后含义在很大程度上尚未得到探索。 本研究旨在表征H/L和NHW患者PC中PC的特异性突变，评估肿瘤突变负担，并使用公开可用的数据集识别出种族 - 特异性致癌驱动因素。 这些发现可能会提供关键见解，以优化精确的医学策略并增强代理人群不足的靶向疗法。1，Brigette Waldrup，B.S。2，Francisco G. Carranza博士2和恩里克·韦拉斯克斯·维尔雷尔（Enrique Velazquez-Villarreal），医学博士，博士，M.P.H。 2,3 * 1贝塞斯达医学博士国家癌症研究所的癌症研究中心。 2希望城市，贝克曼研究所，综合翻译科学系，杜阿尔特，加利福尼亚州。 3希望之城综合癌症中心，加利福尼亚州杜阿尔特。 *信件：evelazquezvilla@coh.org摘要背景/目标：胰腺癌（PC）是一种侵略性恶性肿瘤，发病率上升和存活率较差。 与非西班牙裔白人（NHW）患者相比，西班牙裔/拉丁裔（H/L）患者的总体发病率较低，但他们被诊断出年龄较小，经常出现更晚期疾病，并且经历更差的生存结果。 这些差异为基础的分子驱动因素仍然很少理解。 关键的致癌途径，包括TP53，WNT，PI3K，TGF-BETA和RTK/RAS，在肿瘤进展，耐药性和对靶向治疗的反应中起着至关重要的作用。 然而，他们在PC中的民族特定变化和预后含义在很大程度上尚未得到探索。 本研究旨在表征H/L和NHW患者PC中PC的特异性突变，评估肿瘤突变负担，并使用公开可用的数据集识别出种族 - 特异性致癌驱动因素。 这些发现可能会提供关键见解，以优化精确的医学策略并增强代理人群不足的靶向疗法。2，Francisco G. Carranza博士2和恩里克·韦拉斯克斯·维尔雷尔（Enrique Velazquez-Villarreal），医学博士，博士，M.P.H。2,3 * 1贝塞斯达医学博士国家癌症研究所的癌症研究中心。 2希望城市，贝克曼研究所，综合翻译科学系，杜阿尔特，加利福尼亚州。 3希望之城综合癌症中心，加利福尼亚州杜阿尔特。 *信件：evelazquezvilla@coh.org摘要背景/目标：胰腺癌（PC）是一种侵略性恶性肿瘤，发病率上升和存活率较差。 与非西班牙裔白人（NHW）患者相比，西班牙裔/拉丁裔（H/L）患者的总体发病率较低，但他们被诊断出年龄较小，经常出现更晚期疾病，并且经历更差的生存结果。 这些差异为基础的分子驱动因素仍然很少理解。 关键的致癌途径，包括TP53，WNT，PI3K，TGF-BETA和RTK/RAS，在肿瘤进展，耐药性和对靶向治疗的反应中起着至关重要的作用。 然而，他们在PC中的民族特定变化和预后含义在很大程度上尚未得到探索。 本研究旨在表征H/L和NHW患者PC中PC的特异性突变，评估肿瘤突变负担，并使用公开可用的数据集识别出种族 - 特异性致癌驱动因素。 这些发现可能会提供关键见解，以优化精确的医学策略并增强代理人群不足的靶向疗法。2,3 * 1贝塞斯达医学博士国家癌症研究所的癌症研究中心。2希望城市，贝克曼研究所，综合翻译科学系，杜阿尔特，加利福尼亚州。3希望之城综合癌症中心，加利福尼亚州杜阿尔特。*信件：evelazquezvilla@coh.org摘要背景/目标：胰腺癌（PC）是一种侵略性恶性肿瘤，发病率上升和存活率较差。与非西班牙裔白人（NHW）患者相比，西班牙裔/拉丁裔（H/L）患者的总体发病率较低，但他们被诊断出年龄较小，经常出现更晚期疾病，并且经历更差的生存结果。这些差异为基础的分子驱动因素仍然很少理解。关键的致癌途径，包括TP53，WNT，PI3K，TGF-BETA和RTK/RAS，在肿瘤进展，耐药性和对靶向治疗的反应中起着至关重要的作用。然而，他们在PC中的民族特定变化和预后含义在很大程度上尚未得到探索。本研究旨在表征H/L和NHW患者PC中PC的特异性突变，评估肿瘤突变负担，并使用公开可用的数据集识别出种族 - 特异性致癌驱动因素。这些发现可能会提供关键见解，以优化精确的医学策略并增强代理人群不足的靶向疗法。方法：使用公开可用的PC数据集进行了生物信息学分析，以评估与TGF-BETA，RTK/RAS，WNT，PI3K和TP53途径相关的基因中的突变频率。该研究包括4,248例患者，407例H/L，3,841例NHW。患者按种族分层，以评估突变患病率的差异。卡方检验以比较组之间的突变率，而Kaplan-Meier生存分析进行了基于途径特异性变化的总体生存差异。结果：在H/L和NHW患者之间的TGF-β途径中观察到显着差异。TGF-β突变在H/L患者中的普遍性较小（18.4％比24.4％，p = 8.6E-3）。此外，与TGF-β途径相关的基因显示出显着改变，SMAD2（1.5％vs. 0.4％，P = 6.3e-3）和SMAD4（15％vs. 19.9％，P = 0.02）表现出显着差异。Although RTK/RAS, WNT, PI3K, and TP53 pathway mutations were not statistically significant overall, borderline significance was observed in genes associated with these pathways, including ERBB4 (3.4% vs. 1.8%, p = 0.03), ALK (2.7% vs. 1.1%, p = 0.01), HRAS (1.2% vs. 0.1%, p = 1.3e-4), and RTK/RAS途径中的RIT1（0.7％vs. 0.1％，p = 0.03）以及CTNNB1（2.9％vs. 1.3％，p = 0.01）
遗传和遗传性遗传性因素和奇异性癌症Calina Helena helena helena helena helena helena paiva de barros de barros de sout>供应链管理中的ICE
文献综述摘要对骨整合是牙科植入物成功的重要因素，从而确保在结构和功能水平上直接形成骨骼。几个因素影响了这一过程，包括手术技术，假体类型，生物材料和患者的全身状况。维生素D在维持骨代谢，有利于成骨细胞活性和钙的吸收（骨整合的基本因素）中起关键作用。这项研究进行了书目审查，以分析血清维生素D水平与牙科植入物的成功之间的关系。这项研究是在PubMed和Lilacs数据库中进行的，使用特定的描述符以及严格的包含和排除标准，从而选择了2020年至2025年之间发表的19个相关文章。结果表明，维生素D缺乏症与植入物失败的发生率更高，对初始稳定性和骨再生产生负面影响。研究表明，维生素D（<20 ng/ml）水平不足的患者的早期植入剂衰竭率较高。另一方面，补充维生素D被证明是有益的，促进了更有效的骨整合并减少并发症，尤其是在糖尿病和骨质疏松症等合并症的患者中。尽管补充维生素D的好处是广泛认可的，但文献仍然缺乏有关理想剂量和补充时间的标准化方案。关键词：维生素D，骨整合，牙科植入物。鉴于此，应将对血清维生素D水平的术前筛查纳入临床实践，以优化牙齿结果并最大程度地减少衰竭。未来的研究需要定义有关维生素D在植入学中作用的更强大的临床指南。
心率变异性有助于对系统性硬化症中的表型进行分类
我们旨在开发系统性硬化症（SSC）子类型分类器工具，以在患者的床边使用。我们比较了静止（5分钟）的心率变异性（HRV），并响应于具有弥漫性（n = 16，DCSSC）和有限（n = 38，LCSSC）的患者（n = 58）的正抑制（5分钟）（n = 58）。在时间，频率和非线性域中从Beat-Beat RR间隔中评估HRV。DCSSC组与LCSSC组不同，主要是较高的心率（HR）和较低的HRV，在depubitus和正稳态条件下。站立机动降低了HR标准偏差（SD_HR），Poincaré拟合椭圆的RR间隔图（SD2）的主要轴长以及DCSSC组中的相关维度（CORDIM），而LCSSC组中这些HRV索引增加了（P = 0.004，P = 0.004，p = 0.002，以及增加了这些HRV指数。我们确定了5个最有用和判别的HRV变量。We then compared 341 classifying models (1 to 5 variables combinations × 11 classifier algorithms) according to mean squared error, logloss, sensitivity, specificity, precision, accuracy, area under curve of the ROC-curves and F1-score.f1得分范围从最佳1-可添加模型的0.823到4个变量最佳模型的最大0.947。最具体和精确的模型包括SD_HR，SD2和Cordim。总而言之，我们提供了高性能分类模型，能够从ECG记录中区分易于在床边执行的有限皮肤SSC子类型。模型基于1至5 HRV索引用作自主综合影响心脏活动的非线性标记。
深度学习揭示了成人人类肠道微生物组的功能原型，这是个体间变异性和混淆疾病信号的基础
了解肠道微生物组的功能多样性对于解码其在健康和疾病中的作用至关重要。使用深入学习框架，我们确定了三种定义成年肠道微生物组的功能原型，每个原型都以特定的代谢潜力为特征：带有分支链氨基酸和细胞壁合成（原型1）的糖代谢，脂肪酸酸和TCA循环循环代谢（Artype型2）和Armino Acid Acid Acid and nIristy（Armogen nitrisp）（Armogen Mentiast）（Armogen Mentiast）（Armogen Mentiast）。原型接近度与稳定性有关，原型2代表最弹性的状态，这可能是由于其代谢灵活性所致。功能多样性在与疾病相关的微生物特征中成为混杂因素。在炎症性肠病中，我们观察到原型特异性的转移，包括在原型1-主导样本中增加碳水化合物代谢和3种样品原型中的炎症途径，这表明了微生物组靶向的干预措施的不同机会。该框架解决了微生物组研究中的关键挑战，包括个人间
TCR捕获键非线性控制CD8合作以塑造T细胞特异性
在动态生物力学调制下，自然进化的T细胞受体（TCR）在区分非自身抗原与自我抗原方面表现出非常高的特异性。相比之下，工程设计的高级TCR通常会失去这一特殊的城市，从而与自我抗原和靶向毒性产生交叉反应。这种差异的基本机制尚不清楚。我们的研究表明，天然TCR利用机械力与其同源抗原形成最佳的捕获键。此过程依赖于机械功能的TCR - PMHC结合界面，该界面可以通过MHC和CD8中力引起的顺序构象变化，从而实现了强力增强的CD8 copector与MHC-α1α2域结合。相反，工程设计的高级tcrs与其父母TCR的同源PMHC形成了刚性，紧密结合的接口。这种刚性阻止了力诱导的构象变化，以实现最佳捕获键形成所需的构象变化。矛盾的是，这些高级的TCR可以与其父母TCR的非刺激性PMHC形成中等的捕获键，从而导致脱靶交叉反应性和降低的特异性。我们还开发了综合的力依赖性TCR - PMHC动力学功能图，能够区分功能和非功能性TCR - PMHC对并识别有毒的，交叉反应的TCR。这些发现阐明了天然TCR的特异性机械化学基础，并突出了CD8在靶向同源抗原中的关键作用。这项工作为工程TCR提供了有价值的见解，具有提高的特异性和对非自身抗原的效力，尤其是在癌症免疫疗法和传染病治疗中的应用，同时最大程度地降低了自我抗原交叉反应性的风险。
双特异性CLEC9A-PD-L1靶向I型干扰素深刻将肿瘤微环境重塑为抗肿瘤状态
©作者2023。Open Access本文是根据Creative Commons Attribution 4.0 International许可获得许可的，该许可允许以任何媒介或格式使用，共享，适应，分发和复制，只要您对原始作者和来源提供适当的信誉，请提供与创意共享许可证的链接，并指出是否进行了更改。本文中的图像或其他第三方材料包含在文章的创意共享许可中，除非在信用额度中另有说明。如果本文的创意共享许可中未包含材料，并且您的预期用途不受法定法规的允许或超过允许的用途，则您需要直接从版权所有者那里获得许可。要查看此许可证的副本，请访问http://creativecommons.org/licenses/4.0/。Creative Commons公共领域奉献豁免（http：//creativecom- mons.org/publicdomain/zero/zero/1.0/）适用于本文中提供的数据，除非在信用额度中另有说明。
elamipretide对原发性线粒体肌病患者的基因型特异性作用：MMPower-3试验的事后分析
建议引用推荐引用karaa，Amel；贝蒂尼（Enrico）；卡雷利，瓦莱里奥；科恩，布鲁斯； Ennes，Gregory M； Falk，Marni J；艾米·戈德斯坦； Gorman，Gráinne；哈斯，理查德； Michio Hirano；克洛普斯托克，托马斯； Koenig，Mary Kay；科尼莉亚的科恩布鲁姆； Lamperti，Costanza；雷曼，安娜；诺戈，尼古拉；莫尔纳（Molnar），玛丽亚·朱迪（Maria Judit）； Parikh，Sumit；汉，汉；小偷，罗伯特·D·S； Russekk塞内托；斯卡利亚，费尔南多； Servidei，Serenella；塔诺波斯基，马克； Toscano，安东尼奥；范·霍夫（Johan L K）；约翰贵族； Vockley，杰里； Finman，Jeffrey S； Abbruscato，Anthony；布朗，大卫A；沙利文，阿拉纳； Shiffer，James A； Mancuso，Michelango；和MMPower-3试验研究者，“ elamipretide对原发性线粒体肌病患者的基因型特异性作用：MMPower-3试验的事后分析”（2024）。教职员工出版物。2281。https://digitalcommons.library.tmc.edu/baylor_docs/2281
供体衍生的多重白血病抗原特异性T细胞疗法，以防止所有
美国路易斯维尔大学医学院肝病学和营养学系医学系，美国肯塔基州路易斯维尔；美国肯塔基州路易斯维尔市路易斯维尔大学医学院B UOFL酒精研究中心； C诺顿神经科学研究所，4915 Norton Healthcare Blvd，美国肯塔基州路易斯维尔； D UOFL HEPATOBIOLOGY COBRE，美国路易斯维尔大学医学院，美国肯塔基州路易斯维尔； E美国路易斯维尔大学医学院解剖科学与神经生物学系；美国德克萨斯州休斯敦市贝勒医学院分子病毒与微生物学系宏基因组学与微生物组研究中心； G，美国路易斯维尔大学医学院生理学系，美国肯塔基州路易斯维尔； H美国路易斯维尔路易斯维尔大学医学院药理学与毒理学系； i路易斯维尔大学医学院神经外科系，美国肯塔基州路易斯维尔；美国肯塔基州路易斯维尔的Robley Rex VA医学中心医学系J
方尖碑遗传变异性的生物信息学研究
在人类消化微生物组的链球菌的细菌群中，已经鉴定出了方尖碑RNA序列，尽管它们对微生物组或宿主生物体的生理影响仍然未知（Schmitt- Kremer等人，2024年）。在该菌株中发现了一个特定的方尖碑序列“方尖碑S.S”，长度为1,137个核苷酸，与Alpha和beta方尖碑的基因组相似，分别为41％和35％。尽管存在与Oblin-1的相似性，但没有发现与Oblin-2的基因组相似性。至少在上述菌株中，细菌种群中的方尖碑序列的存在表明它们可能存在于其他菌株甚至物种中。尚不清楚不同类型的上线孔是否表现出真核细胞的乳房（尽管它们在生态上与微生物群体及其宿主生物（Schmitt-Kremer等，2024））（2024）），是否为细菌提供了有益的功能（Maddamsotti等，2024），是否有与造成的效果。已经提出，通过包含小RNA的囊泡的细菌转运可能是一种通信策略，这可能是方尖碑传播的潜在机制的关键（Maddamsetti等，2024）。然而，细胞宿主中有方尖碑的存在似乎与蛋白质的产生有关，特别是至少两种类型（α和beta方尖碑）。作为潜在的新生物学实体，尚不清楚它们是否具有类似于噬菌体的翻译机制或类似于病毒的自动化机制，等待进一步研究是否真的生成了生物信息学工具预测的蛋白质结构。基于Zheludev等人，2024年提出的假设，可以推测，与细胞基因组进化一样，将外部序列纳入当前的细胞序列，方尖碑S.S.如生物信息学分析所建议的，可能有助于链球菌的转录组片段。