可以通过所谓的单分子方法(例如染色质纤维自显影术[1],动态分子梳理[2],透射电子显微镜[3-5],原子力显微镜[6]和磁性Tweeezer [7,8]来分析具有不同拓扑的DNA分子的DNA分子。DNA特性很难通过计算机模拟[9-13]研究实验上的DNA特性。二维(2D)琼脂糖凝胶电泳是当前可用的最佳实验方法,可以同时鉴定具有不同拓扑的DNA分子[例如,超涂层(SC),catenated(catss),打结(cats)和打结(KN)分子(kN)分子]。该技术由在不同条件下进行的两个连续电泳分离组成,并在两个正交方向上运行(4-8)。在相对较低的电压(〜1 v/cm)下,在低度(〜0.4%)琼脂糖凝胶电泳中解析了第一维。第二维垂直于第一个维度,因此将整个凝胶的整个泳道用作凝胶井的替换,但在高度(〜1%)琼脂糖凝胶电泳(〜5–6.6 V/cm)处的高度(〜1%)琼脂糖凝胶电泳。2D凝胶最初是由Bell和Byers设计的,用于分离分支和线性分子[14],并且早期注意到该方法也可以成功地应用于研究DNA拓扑。2D凝胶被调整以同时检查具有不同DNA拓扑的成千上万个分子,例如SC形式,KN形式,部分复制的形式(命名为前蛋白酶),有或没有反向的叉子,完全重复的Catenanes(Cats)(cats)和复制中间体(RIS),以及包含针(RIS)(RIS)(RIS)[4,6,6,6,6,6,6,6,6,6,6,6,6,6,58]。2D琼脂糖凝胶电泳已广泛用于研究拓扑异构酶体外和体内的活性[29,30]。另外,2D凝胶也可以用作富集特定DNA分子的样品的制备方法,以后可以通过不同的技术进行检查[4,6,18,19,31,32]。质粒是研究DNA拓扑模型的宝贵工具。质粒的优势包括它们的易于分离,以及在纯化的DNA样品中定量测量DNA超串联,打结和搭配的能力[33]。在这里,我们提出了一种协议,其中2D凝胶用于分析三个
1。引言结,视觉上复杂且有趣[38],体现了可口的性能和迷人的好奇心[11,38]。它们的形状,源自身体运动,充当操作的训练,激励精确的动作。物理创建的结,例如滑条结和Bowline结,共享一个来源,可能看起来相似,但在功能上的基础上有所不同。结是可配置的机器。成为越来越公认的[35],它们是构成学科研究的主题。他们在物理,力学,文化研究,生物学等中找到了应用。[1,19]。跨动物学,计算机科学,材料研究和机器人技术的合作探索了打结的生物体的独特功能[10,29]。结的数学研究影响现代学科[1,35],启发了结理论的抽象领域(