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间日疟原虫枯草杆菌蛋白酶样药物靶标 SUB1 的 3D 结构揭示了构象变化以适应底物衍生的-酮酰胺抑制剂
多重耐药性疟原虫的不断选择和繁殖要求我们鉴定出参与尚未被靶向的代谢途径的新的抗疟药物候选物。枯草杆菌蛋白酶样 1（SUB1）属于新一代药物靶点，因为它在寄生虫生命周期的不同阶段从受感染的宿主细胞中逃出时起着至关重要的作用。SUB1 的特点是具有一个不寻常的脯氨酸区域，该区域与其同源催化结构域紧密相互作用，因此无法对酶-抑制剂复合物进行 3D 结构分析。在本研究中，为了克服这一限制，采用严格的离子条件和控制重组全长间日疟原虫 SUB1 的蛋白水解，以获得没有脯氨酸区域的活性稳定催化结构域 (PvS1 Cat) 晶体。 PvS1 Cat 的高分辨率 3D 结构（单独存在以及与-酮酰胺底物衍生的抑制剂 (MAM-117) 复合存在）表明，正如预期的那样，SUB1 的催化丝氨酸与抑制剂的-酮基形成共价键。氢键和疏水相互作用网络使复合物稳定，包括抑制剂的 P1 0 和 P2 0 位置，尽管 P 0 残基在确定枯草杆菌蛋白酶的底物特异性方面通常不太重要。此外，当与底物衍生的肽模拟抑制剂结合时，SUB1 的催化槽会发生显著的结构变化，尤其是在其 S4 口袋中。这些发现为未来设计优化的 SUB1 特异性抑制剂的策略铺平了道路，这些抑制剂可能定义一类新的抗疟候选药物。
通过串行晶体学解决的光解中电子转移的定向超快构象变化
蛋白质中的电荷转移反应对生命很重要，例如修复DNA的光溶酶中，但结构动力学的作用尚不清楚。在这里，使用飞秒X射线晶体学，我们报告了电子沿着果蝇（6-4）光解酶中电子四个保守的色氨酸链传递时发生的结构变化。在Femto和Picsecond延迟时，第一个色氨酸对黄素的光摄影导致在关键的天冬酰胺，保守的盐桥和附近水分子的重新安排上引起定向的结构反应。我们检测到电荷诱导的结构变化，接近第二个色氨酸到20 ps的第二个接近的结构变化，将附近的蛋氨酸鉴定为氧化还原链中的活跃参与者，从第四次色氨酸附近的20 ps鉴定。光解酶经历了其结构的高度定向和仔细的定时适应。这质疑马库斯理论中线性溶剂响应近似的有效性，并表明进化已经优化了快速蛋白波动以进行最佳电荷转移。
对DNA构象变化的动态见解以及镁离子对
1,2 deen dayal upadhyay gorakhpur大学物理学系，戈拉赫布尔摘要：分子动力学模拟被用来仔细检查DNA链的构象变化，并阐明镁离子对拓扑异构酶IA酶的影响。通过均方根偏差（RMSD），均方根波动（RMSF），氢键距离，二面角和溶剂可访问的表面积（SASA）的计算，我们精心仔细检查了结构动力学。结果揭示了DNA链改变的复杂模式，展示了镁离子在调节拓扑异构酶IA酶行为中的深刻作用。这项研究为控制DNA构象变化的分子机制提供了基本见解，为进一步理解拓扑异构酶IA酶功能的生化复杂性奠定了基础。关键字：拓扑异构酶IA，MD模拟，DNA裂解，基因组稳定性。
Vivax枯草菌素样的药物靶标的3D结构SUB1揭示了构象变化，以适应底物衍生的α-酮酰胺I
Mariano Mariano，Fernando Batista，Maurel Manon，Anthony Bouillon，Laura Ortega，Anne Marie Wehenkel，Lucile骑士，Blondel Ahmed，Ahmed Haouz，Jean-François，