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World File Search System核酶
Queuine是一种细菌衍生的过度移动核酶，在神经变性的体外模型中显示了保护
摘要摘要用于优化健康衰老和增加健康跨度的发现解决方案是我们社会面临的主要挑战之一。WHO将基于整合的新型医疗保健模型以及对维持最佳功能水平维持的研究和护理的转变被认为是优先事项。为了解决这个问题，缺少一种将纵向和实验人群与对生理功能的创新横向理解混合在一起的整合全球策略。虽然当前的衰老生物学方法主要集中在实质细胞上，但我们建议与年龄相关的功能丧失在很大程度上取决于构成支持不同特定实质的一般基础的三个元素：即基质，免疫系统和代谢。在Inspire项目中实施的这种策略可以强烈帮助找到一个能够通过阈值信号传递和护理依赖性来预测整个生命过程中容量变化的综合生物标志物。
可以合成本身和互补链的聚合酶核酶
图1。三个小聚合酶核酶基序的发现和进化。（a）选择构造的格式用于初始选择回合（回合1至3或1至5），库是通过柔性链接器链接到杂交标签的六聚体标签的。生物素化引物可以捕获活性连接酶（在图中进行了详细描述S1-S2）。（b）在后期回合中使用的选择构建体的格式（3至11或5至11），需要三磷酸化的三核苷酸（Triplet）底物的聚合。在选择过程中，三胞胎（xxx）的序列（xxx）和由模板（x'x'x'）编码的三重态数（y）在选择过程中变化（表S1中的详细信息）。（c）序列和预测从显示迭代三重三重连接的库中发现的三个核酶的二级结构，即三重酶聚合酶活性。在绿色中，源自随机库部分的核苷酸。在灰色的核苷酸中，源自恒定区域（接头和引物结合位点）。（d）在（b）中显示的（c）中显示的核酶的迭代三重聚会聚合，带有xxx = gcg和x'x'x'= cgc，y = 3。反应条件：50 nm核酶 - 基底，50 nm引物BCY3P10GA，50 nm模板T6FP10GAGCG3，5μMPPPGCG三胞胎，0.05％Tween 20，200 mm Kcl，50 mm Kcl，50 mm mgcl 2，50 mm mgcl 2，50 mm ches-koh，ph 9，3天，3天，以-77°°°°°°°°核酶与模板杂交。（E）序列和预测源自1-40克隆的QT51核酶的二级结构。黑色圆圈表示从1-40个祖先序列突变的6个残基；三角形表示2-核苷酸缺失。（f）60核苷酸序列的合成，该序列由CGU三重态的20个重复组成。Reaction conditions: 0.25 μM primer F10, 0.25 μM template tP10CGU20, 0.25 μM ribozyme, 10 μM pppCGU triplet, QT51 in 0.05% Tween 20, 50 mM MgCl 2 , 50 mM CHES-KOH, pH 9, 5TU+t1.5 in 200 mM MgCl 2 , 50 mM Tris-Cl, pH 8.3, 2 weeks在-7°C冷冻。核酶未与模板杂交。
表征在DNA/RNA核酶中具有不同活性空间尺寸的多构型波函数
摘要：我们使用基于基于Cholesky的DNA/RNA核苷酸酶的最低倾斜的电子激发态在使用基于Cholesky的完全分解的完整的活动空间自相关场（CASSCF）算法之间表征了与光化学相关的圆锥形相交。我们为每个核碱和圆锥形交集类型的两个不同的基础设置收缩和几个活动空间进行基准测量，这是首次测量活动空间大小如何影响这些系统中的锥形交叉点的地形，以及这些可能对它们对照片诱导现象的描述的潜在含义。我们的结果表明，圆锥形交叉的地形对模型中包含的电子相关性高度敏感：通过更改相关轨道的数量（和类型），锥形相交的地形图，并且观察到的变化不太遵循任何融合的模式，以获得最大和最相关的活动空间获得的地形。跨系统的比较显示了几乎所有介导种群转移到1 n o/nπ *状态的交叉点的类似地形图，而在所有DNA/RNA核酶中，没有观察到归因于所有DNA/RNA核酶中基态分量的“乙烯样”圆锥形交叉的相似之处。基集大小似乎具有较小的效果，似乎仅与基于嘌呤的衍生物相关。我们排除结构变化是分类不同圆锥形交叉点的关键因素，这些因素在活动空间和基础集变化之间显示几乎相同的几何形状，而我们强调了正确描述这些交叉点所涉及的电子状态的重要性。我们的工作表明，仔细的主动空间选择对于准确描述圆锥形交叉的地形图是必不可少的，因此可以充分说明它们在分子光化学中的积极作用。
广泛的IS200/IS605转座子家族编码多样的可编程RNA引导的核酶
ISCB蛋白是在IS200/IS605转座子的不同家族中编码的推定核酸酶，可能是RNA引导的核酸内切酶Cas9的祖先，但是ISCB的功能及其与任何RNA的相互作用仍然没有特征。使用进化分析，RNA测序和生化实验，我们从IS200/IS605转座子中重建了CRISPR-CAS9系统的演变。我们发现ISCB使用单个非编码RNA进行双链DNA的RNA引导的切割，并且可以利用人类细胞中的基因组编辑。我们还展示了TNPB的RNA引导的核酸酶活性，另一种IS200/IS605转座子编码的蛋白质以及Cas12核酸内切核酸酶的祖先。这项工作揭示了一类广泛的转座子编码的RNA引导的核酸酶，我们将其命名为Omega（强制性移动元件 - 引导活动），具有强大的生物技术发展潜力。t
核酶和 tRNA 样结构在生命起源前的地球上富含矿物质的泥潭中出现
RNA 世界假说虽然是有关地球生命起源的可行假说，但迄今为止未能为通过非生物过程从游离核苷酸合成具有催化功能的 RNA 分子提供令人信服的解释。为了解决这个长期存在的问题，我们使用实验确定的聚合反应速率开发了一个 RNA 世界起源的现实模型。我们从对初始状态的最小假设开始，该初始状态仅需要存在短寡聚体或游离核苷酸，并通过将一天划分为干、半湿和湿阶段来考虑环境循环的影响，这三个阶段以其支持的反应性质为特征。长聚合物的最大长度有时超过 100 个核苷酸，由于非酶促、非模板聚合物延伸和模板指导的引物延伸过程的组合而自发出现。前者有助于增加 RNA 链的长度，而后者有助于产生互补的链副本。链也以结构依赖的方式进行水解，有利于断开连接未配对核苷酸的键。我们确定了核酶和 tRNA 样结构以及双链 RNA 分子出现所需的最有利条件，根据二级结构对所有 RNA 链进行分类，并确定它们在群体中的丰度。我们的结果表明，在适当的环境条件下，非酶促过程足以导致各种具有复杂二级结构和潜在催化功能的核酶样分子的出现。