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梭状芽胞杆菌艰难梭菌临床途径
约翰·霍普金斯（John Hopkins存在可疑的梭状芽孢杆菌（C.）艰难梭菌感染（CDI）。该临床途径不解决与CDI患者隔离和必要环境程序有关的预防感染活动。该临床途径不能解决因传染剂或其他原因引起的其他腹泻原因的评估或管理。此临床途径解决以下临床问题和问题：
梭状芽胞杆菌和巴斯德疫苗
梭状芽胞杆菌和巴斯德氏菌疾病都可能导致羔羊突然死亡。两者都是通过疫苗预防的，因此应被视为羊群健康计划的一部分。梭状芽胞杆菌是产生毒素的细菌；它们在土壤，水和分解动物组织中发现。不同类型的梭状芽孢杆菌导致不同的临床疾病。您可能已经听说过浆肾，羊肉痢疾，黑色疾病，bighead和破伤风，但也有许多由梭状芽胞杆菌引起的其他致命疾病。巴斯德奶酪会导致溶血性疫苗的细菌引起的肺炎突然发作。通常是致命的。它也可能导致年轻羔羊的致命败血症。
梭状芽胞杆菌艰难梭菌感染与转录活性微生物群落的差异有关
梭状芽胞杆菌艰难梭菌感染（CDI）每年在美国约30万住院，相关的货币成本为数十亿美元。肠道微生物组营养不良对CDI很重要。据我们所知，元文字组合（MT）仅用于表征肠道微生物组组成和功能，在一项涉及CDI患者的先前研究中。因此，我们利用MT研究了CDI+（n = 20）和CDI-（n = 19）样品在微生物类群和表达基因方面的活性群落多样性和组成的差异。根据CDI状态，未检测到有关丰富性或偶数的显着（Kruskal-Wallis，p> 0.05）的显着差异。但是，基于CDI状态的聚类对于活性微生物分类群和表达的基因数据集都很重要（Permanova，P≤0.05）。此外，与CDI-样品相比，CDI+中的差异特征分析表明，机会性病原体的肠球菌病原体和Ruminococcus gnavus的表达更大。仅考虑真菌序列时，糖霉菌科在CDI-中表达了更多的基因，而其他31种真菌分类群则被确定为显着（Kruskal-Wallisp≤0.05，log（LDA）≥2）与CDI+相关。我们还检测到基于CDI状态的各种基因和途径（Kruskal-Wallisp≤0.05，log（LDA）≥2）显着差异。值得注意的是，与生物膜形成相关的差异基因通过艰难梭菌表达。这为艰难梭菌对抗生素的抵抗和体内频繁复发提供了另一个可能的贡献。此外，更多的CDI+相关真菌分类群构成了额外的证据，表明该分枝杆菌对CDI发病机理很重要。未来的工作将集中于确定艰难梭菌在感染过程中是否积极产生生物膜，以及任何特定的真菌分类群在CDI中是否特别有影响力。
个性化的梭状芽胞杆菌艰难梭菌植入风险预测和益生菌治疗评估
人类肠道的治疗评估。2作者：Alex Carr 1,2，Nitin S. Baliga 1,2,3,4，Christian Diener 1,5，**和Sean M. 3 Gibbons 1,2,6,7，* 4隶属关系：5 6 1 1 6 1 Systems Biology Institute for Systems Biology，Seattle，西雅图，西雅图，华盛顿州西部，美国华盛顿州，美国7 2分子工程学计划 Seattle, WA, USA 9 4 Lawrence Berkeley National Lab, Berkeley, CA, USA 10 5 Diagnostic and Research Institute of Hygiene, Microbiology and Environmental 11 Medicine, Medical University of Graz, Graz, Austria 12 6 Departments of Bioengineering and Genome Sciences, University of Washington, 13 Seattle, WA, USA 14 7 eScience Institute, University of Washington, Seattle, WA, USA 15 * correspondence can be addressed to cdiener@isbscience.org和162作者：Alex Carr 1,2，Nitin S. Baliga 1,2,3,4，Christian Diener 1,5，**和Sean M. 3 Gibbons 1,2,6,7，* 4隶属关系：5 6 1 1 6 1 Systems Biology Institute for Systems Biology，Seattle，西雅图，西雅图，华盛顿州西部，美国华盛顿州，美国7 2分子工程学计划 Seattle, WA, USA 9 4 Lawrence Berkeley National Lab, Berkeley, CA, USA 10 5 Diagnostic and Research Institute of Hygiene, Microbiology and Environmental 11 Medicine, Medical University of Graz, Graz, Austria 12 6 Departments of Bioengineering and Genome Sciences, University of Washington, 13 Seattle, WA, USA 14 7 eScience Institute, University of Washington, Seattle, WA, USA 15 * correspondence can be addressed to cdiener@isbscience.org和16
机器学习介导的梭状芽孢杆菌的ca虫calleoseation优化
Callogenesofene是用于体外次生代谢产生和间接器官发生的最强大的生物技术方法之一。可以通过应用机器学习（ML）和优化算法的组合来获得对呼应和优化方案的全面知识。在当前的研究中，p的call灭响应（即call灭率和愈伤组织新鲜重量）。caerule。使用多层感知器（MLP）。此外，将开发的模型集成到遗传算法（GA）中，以优化PGRS和Explant类型的浓度，以最大程度地提高卡尔生成反应。此外，进行了敏感性分析，以评估每个输入变量对卡尔生成响应的重要性。结果表明，在训练和测试集中，MLP具有高预测精度（R 2> 0.81），用于建模所有研究参数。基于优化过程的结果，将从补充有0.52 mg/l IBA的培养基中培养的叶植物中获得最高的卡生成率（100％），加上0.43 mg/l NAA，加上1.4 mg/l 2,4-D 2,4-D Plus 0.2 mg/l bap。敏感性分析的结果表明，PGRS外源应用对call菌的外源性的影响。gentally，结果表明，MLP和GA的组合可以显示出具有前瞻性的辅助工具，以优化和预测体外培养系统，并因此应对巴西列拉组织培养中目前面临的几个挑战。
全身抗生素和质子泵抑制剂对梭状芽胞杆菌艰难梭菌感染和复发的综合作用
结果：与对照组相比，最近的PPI和抗生素的综合作用[或AB+PPI = 17.51（17.48–17.53）]对CDI风险的效果强于个人效应[或AB = 15.37（14.83-15.93）；或PPI = 2.65（2.54– 2.76）]。结果在前几个月内暴露不足。剂量 - 反应分析显示，暴露量增加与CDI风险相关[最近使用：或AB = 6.32（6.15–6.49）；或PPI = 1.65（1.62–1.68）每个处方增加]。与没有复发的个体（RCDI）相比，最近[或AB = 1.30（1.23–1.38）]和先前[或AB = 1.23（1.16–1.31）;或PPI = 1.12（1.03–1.21）]使用也影响了复发的风险，但两者之间没有显着相互作用。最近的大环内酯/林糖酰胺/链球菌素；包括硝基咪唑包括衍生物在内的其他抗菌剂；非苯甲霉素β乳糖酰和喹诺酮与CDI风险和复发性最强的关联，尤其是最近使用时。PPI最近和前面的使用都进一步增加了与几乎所有抗生素类别相关的CDI风险。
朋友之间的SNP是什么：梭状芽胞杆菌艰难梭菌的血统R20291可以影响研究结果
梭状芽胞杆菌差的差异（以前是梭状芽胞杆菌[1]）是发达国家与医院相关腹泻的主要原因。近年来，其流行率归因于高呼吸菌株的出现，尤其是属于BI/NAP1/PCR Ribotype 027（RT 027）的菌株的出现，这些菌株会详细征集毒素A/B的高滴度，从而产生二元毒素，并产生二元毒素并表现出增加孢子的倾向[2]。将其基因组测序的第一个RT 027菌株是R20291菌株[3]，负责2006年在英国Stoke Mandeville医院发生重大爆发。，R20291已成为研究最多的实验室菌株之一。对梭形基因组序列数据的全面开发依赖于正向和反向遗传学工具的应用[4]，最著名的是基于内含子重新定位的封闭技术[5]。初始
复发性梭状芽胞杆菌艰难梭菌感染和粪便菌群移植的结果：一种基于人群的评估
研究人群佐治亚州新兴感染计划（EIP）（由疾病控制与预防中心资助）在卫生区8县亚特兰大地区（2019年人口420万）中，在8县亚特兰大地区进行基于人群的CDI监视。佐治亚州EIP监视活动得到了埃默里大学机构审查委员会（IRB）的批准，并放弃了同意和HIPAA授权。数据收集得到了Emory University IRB，Atlanta VA研发办公室和Grady Memorial Hospital研究监督委员会的批准，并由佐治亚州公共卫生部IRB审查。这项研究评估了2016年1月1日至2019年12月31日之间的卫生区3的成年居民。此结束日期是由于2019年冠状病毒病（COVID-19）大流行期间对FMT的使用而选择的。
针对改良的梭状芽胞杆菌肠毒素靶向过表达甲状腺和肺癌
灌注梭菌肠毒素（CPE）可用于消除过表达其细胞表面CPE受体的癌细胞 - Claudins的子集（例如CLDN3和CLDN4）。但是，CPE不能靶向仅表达CPE不敏感的Claudins（例如CLDN1和CLDN5）的肿瘤。为了克服这一限制，结构引导的修改被用来结合CPE变体，这些变体可以与CLDN1，CLDN2和/或CLDN5强烈结合，同时保持结合CLDN3和CLDN4的能力。启用（a）靶向最常见的内分泌恶性肿瘤，即CLDN1-Over-over表达甲状腺癌，以及（b）改善针对全球最常见的癌症类型，非小细胞肺癌（NSCLC）最常见的癌症类型，这是由多种Claudins（包括Claudins）高表达Clddn1和Clddn1和Claudins的高度表达。 在甲状腺癌（K1细胞）和NSCLC（PC-9细胞）模型上应用了不同的CPE变体，包括新型突变体CPE-MUT3（S231R/ S313H）。 在体外，CPE-MUT3而不是CPEWT显示出对K1细胞的CLDN1依赖性结合和细胞毒性。 对于PC-9细胞，与CPEWT相比，CPE-MUT3改善了Claudin依赖性细胞毒性靶向。 在体内，具有K1或PC-9肿瘤的异种移植模型中肿瘤内注射CPE-MUT3可诱导坏死，并降低了两种肿瘤类型的生长。 因此，CPE的定向修改可以消除CPEWT无法靶向的肿瘤实体，例如，使用新颖的CPE-MUT3，CLDN1-过表达甲状腺癌。启用（a）靶向最常见的内分泌恶性肿瘤，即CLDN1-Over-over表达甲状腺癌，以及（b）改善针对全球最常见的癌症类型，非小细胞肺癌（NSCLC）最常见的癌症类型，这是由多种Claudins（包括Claudins）高表达Clddn1和Clddn1和Claudins的高度表达。在甲状腺癌（K1细胞）和NSCLC（PC-9细胞）模型上应用了不同的CPE变体，包括新型突变体CPE-MUT3（S231R/ S313H）。在体外，CPE-MUT3而不是CPEWT显示出对K1细胞的CLDN1依赖性结合和细胞毒性。 对于PC-9细胞，与CPEWT相比，CPE-MUT3改善了Claudin依赖性细胞毒性靶向。 在体内，具有K1或PC-9肿瘤的异种移植模型中肿瘤内注射CPE-MUT3可诱导坏死，并降低了两种肿瘤类型的生长。 因此，CPE的定向修改可以消除CPEWT无法靶向的肿瘤实体，例如，使用新颖的CPE-MUT3，CLDN1-过表达甲状腺癌。在体外，CPE-MUT3而不是CPEWT显示出对K1细胞的CLDN1依赖性结合和细胞毒性。对于PC-9细胞，与CPEWT相比，CPE-MUT3改善了Claudin依赖性细胞毒性靶向。在体内，具有K1或PC-9肿瘤的异种移植模型中肿瘤内注射CPE-MUT3可诱导坏死，并降低了两种肿瘤类型的生长。因此，CPE的定向修改可以消除CPEWT无法靶向的肿瘤实体，例如，使用新颖的CPE-MUT3，CLDN1-过表达甲状腺癌。