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在精确肿瘤学中实施超敏感液体活检方法的挑战
在此观点强调的文章中，Semenkovich等人对ctDNA利用的各种来源，实验室技术，临床应用和Challenges进行了全面综述。目前，当没有足够的组织可用于分析时，ctDNA测试越来越多地用于临床实践中，有足够的效用来进行基因分型。例如，批准CTDNA血液基于EGFR突变的批准，以鉴定有资格获得EGFR指导的靶向疗法的患者。Food and Drug Admin- istration subsequently granted approval for two ctDNA platforms (Guardant360 CDx and FoundationOne Liquid CDx) to detect genomic alterations in multiple solid tumor types to identify targetable tumor muta- tions which now include KRAS , BRAF , EGFR exon 20, MET exon 14, and KRAS G12C in non-small cell lung cancer and BRCA 1/2 in ovarian cancer among others.然而，在临床应用中，在癌症筛查，MRD评估和监测以及治疗反应监测之前仍有许多工作要做。在这里，我们概述了这些技术的临床挑战和下一步，以改善整个癌症连续体的患者结果（图1）。
液体活检方法用于捕捉癌症免疫治疗期间的肿瘤演变和临床结果
摘要 循环游离肿瘤 DNA (ctDNA) 可作为肿瘤负荷的实时生物标记，并能为了解免疫疗法选择压力下癌症分子格局的演变提供独特的见解。追踪 ctDNA 中检测到的基因组变异格局可能会揭示转移级联的克隆结构，从而提高我们对治疗反应分子连接的理解。虽然液体活检可以快速准确地评估免疫治疗期间的肿瘤负荷动态，但单特征 ctDNA 分析无法完全捕捉抗肿瘤免疫反应的复杂性。这强调需要对肿瘤和免疫区进行综合研究，以了解肿瘤清除动力学与抗肿瘤免疫反应质量之间的关系。 ctDNA 检测在接受免疫检查点抑制剂治疗的患者中的临床应用已显示出预测和预后价值，通过检测基因组生物标志物（例如肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性），以及实时监测循环肿瘤负荷和评估早期治疗反应。这些努力凸显了液体活检在选择接受癌症免疫治疗的患者、监测治疗效果、确定最佳治疗持续时间以及最终指导治疗选择和排序方面发挥的新兴作用。免疫肿瘤学领域越来越多的 ctDNA 指导的介入临床试验推动了液体活检的临床转化，标志着液体活检在精准免疫肿瘤学中的实施迈出了关键一步。
液体活检方法用于捕捉癌症免疫治疗期间的肿瘤演变和临床结果
摘要 循环游离肿瘤 DNA (ctDNA) 可作为肿瘤负荷的实时生物标记，并能为了解在免疫疗法的选择性压力下癌症分子格局的演变提供独特的见解。追踪 ctDNA 中检测到的基因组变异格局可能会揭示转移级联的克隆结构，从而提高我们对治疗反应分子连接的理解。虽然液体活检可以快速准确地评估免疫治疗期间的肿瘤负荷动态，但单特征 ctDNA 分析无法完全捕捉抗肿瘤免疫反应的复杂性。这强调需要对肿瘤和免疫区进行综合研究，以了解肿瘤清除动力学与抗肿瘤免疫反应质量之间的关系。通过检测基因组生物标志物（例如肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性），以及实时监测循环肿瘤负荷和评估早期治疗反应，ctDNA 检测在接受免疫检查点抑制剂治疗的患者中的临床应用已显示出预测和预后价值。这些努力凸显了液体活检在选择接受癌症免疫治疗的患者、监测治疗效果、确定最佳治疗持续时间以及最终指导治疗选择和排序方面发挥的新兴作用。免疫肿瘤学领域越来越多的 ctDNA 指导的介入临床试验推动了液体活检的临床转化，标志着液体活检在精准免疫肿瘤学中的实施迈出了关键一步。
使用液体活检方法对未知原发性癌症的遗传表征
未知的原发性（杯子）的癌症包括一组异质的罕见转移性肿瘤，其主要部位在广泛的临床 - 病情研究后无法识别。 杯子患者通常接受经验化学疗法治疗，并且预后较低。 最近报道，杯赛基因组提出了可能提出靶向疗法的潜在可药物改变。 肿瘤组织的稀少以及难于DNA测试以及缺乏用于靶基因测序的专用面板是进一步的相关局限性。 在这里，我们建议可以使用循环肿瘤细胞（CTC）和循环肿瘤DNA（CTDNA）来识别杯赛患者中可起作用的突变。 血液是从两名杯子患者手中纵向收集的。 用细胞搜索r⃝和deparray tm nxt和parsortix系统分离 ctc，具有免疫表征的特征，用于使用Ampli 1 TM试剂盒进行单细胞基因组表征。 在不同时间点从血浆中纯化的循环无细胞DNA（CCFDNA），使用Sureselect目标富集技术测试了使用杯折线的92基因定制面板的肿瘤突变。 并行，用三种不同的测定法分析了FFPE肿瘤组织：FoundationOne CDX测定法，DeParray libprep和Oncoseek面板以及Sureselect自定义面板。 这些方法识别出相同的突变，当该基因被面板覆盖时，除了APC基因中的插入外。 由Oncoseek和SuneSelect面板检测到，但没有基础。 在一名患者的单个CTC，肿瘤组织和CCFDNA中检测到 FGFR2和CCNE1基因扩增。未知的原发性（杯子）的癌症包括一组异质的罕见转移性肿瘤，其主要部位在广泛的临床 - 病情研究后无法识别。杯子患者通常接受经验化学疗法治疗，并且预后较低。最近报道，杯赛基因组提出了可能提出靶向疗法的潜在可药物改变。肿瘤组织的稀少以及难于DNA测试以及缺乏用于靶基因测序的专用面板是进一步的相关局限性。在这里，我们建议可以使用循环肿瘤细胞（CTC）和循环肿瘤DNA（CTDNA）来识别杯赛患者中可起作用的突变。血液是从两名杯子患者手中纵向收集的。ctc，具有免疫表征的特征，用于使用Ampli 1 TM试剂盒进行单细胞基因组表征。在不同时间点从血浆中纯化的循环无细胞DNA（CCFDNA），使用Sureselect目标富集技术测试了使用杯折线的92基因定制面板的肿瘤突变。并行，用三种不同的测定法分析了FFPE肿瘤组织：FoundationOne CDX测定法，DeParray libprep和Oncoseek面板以及Sureselect自定义面板。这些方法识别出相同的突变，当该基因被面板覆盖时，除了APC基因中的插入外。由Oncoseek和SuneSelect面板检测到，但没有基础。在一名患者的单个CTC，肿瘤组织和CCFDNA中检测到 FGFR2和CCNE1基因扩增。在肿瘤组织和CCFDNA中检测到ARID1A基因（P.R1276 ∗）中的体细胞变体。通过在肿瘤演化期间收集的所有CCFDNA样品中，通过液滴数字PCR验证了变化。CTC呈现出ASPM和SEPT9基因中的复发放大模式以及FANCC的丧失。识别CCFDNA中的92基因自定义面板16个非同义体细胞改变，包括删除（I1485rfs ∗ 19）和体细胞突变（p。