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World File Search System氨基酸
2025 年 Hanna H. Gray 研究员计划竞赛 成功科学研究提案示例
摘要 mTORC1 蛋白激酶响应各种输入（包括氨基酸）调节细胞生长，这些输入向 Rag GTPases 发出信号，促进 mTORC1 易位到溶酶体表面（其激活位点）。这种途径在许多疾病中失调，包括糖尿病和癌症；然而，我们对氨基酸激活 mTORC1 的机制的理解并不完整。长期以来，一个谜团是氨基酸缺乏时抑制 mTORC1 的成分的身份。作为一名研究生，我推断负调节剂可能会影响 Rags，因为它们在营养感知中起着核心作用。我们对 Rags 进行了免疫沉淀，然后进行质谱分析 (IP/MS)，结果发现了两个相互作用的蛋白质复合物，我们称之为 GATOR1 和 GATOR2。GATOR2 正向调节 mTORC1 并在 GATOR1 上游或与 GATOR1 并行发挥作用，GATOR1 是一种 Rag GTPase 激活蛋白，也是 mTORC1 的关键抑制剂。 GATOR1 成分在癌症中发生突变，可能有助于识别对 mTORC1 抑制有反应的癌症。第二个未解之谜是 mTORC1 上游氨基酸传感器的身份。为了识别假定的传感器，我们对已知的 mTORC1 调节剂进行了广泛的 IP/MS。我们发现 Sestrin2 和 CASTOR1 是与 GATOR2 相互作用的蛋白质，分别起到亮氨酸和精氨酸传感器的作用。Sestrin2 和 CASTOR1 与 GATOR2 结合以抑制 mTORC1，并且在存在氨基酸的情况下这种抑制会得到缓解。重要的是，这些传感器的氨基酸结合能力是 mTORC1 感知氨基酸存在所必需的。总之，这些成分的发现澄清了我们对氨基酸如何向 mTORC1 发出信号的理解，并提供了在疾病状态下调节 mTORC1 活性的目标。
使用尼日利亚市场的固态发酵生产饲料级L-赖氨酸
l-赖氨酸，对于人类和动物营养而言，必不可少的氨基酸至关重要，在动物饲料中是一种有价值的药物和添加剂。尼日利亚每年都会进口大量的L-赖氨酸来支持其动物饲料行业。在像尼日利亚这样的发展中国家中，一种可行的生物技术生产方法涉及固态发酵。这种方法不仅具有环境优势，而且还促进了同时生产有益的饲料酶。关键词：L-赖氨酸，固态发酵，尼日利亚市场，谷氨酰胺。引言植物蛋白通常缺乏至少一种必需的氨基酸，其中谷物缺乏赖氨酸，而缺乏蛋氨酸和半胱氨酸的豆类谷物，均含有硫氨基酸（Eruvbetine，2009年）。l-赖氨酸是一种必不可少的氨基酸对动物和人类营养至关重要的氨基酸，通常在饲料中补充以补偿这些缺陷，尤其是在食品和动物饲料领域。在2021年，生产了约220万吨的L-赖氨酸。
细菌生长（细菌的培养）
氮源氮是氨基酸和核酸的合成所需的。取决于生物体，氮，硝酸盐，氨或有机氮化合物作为氮来源。从添加到培养基生长因子（细菌维生素）的水中提供的氢和氧生长因子是有机化合物，例如氨基酸，嘌呤，嘧啶和维生素，细胞必须具有生长，但不能合成自身。矿物1。需要硫硫来合成含硫的氨基酸和某些维生素。2。磷磷是需要合成磷脂，核酸和辅酶的。3。跟踪元素
一种新颖的发现：1961年的Poly-U Matthaei-Nirenberg实验不能充当mRNA
表明，“ poly-u刺激了许多其他许多其他氨基酸纳入蛋白质，例如亮氨酸，异亮氨酸，苏胺，苏氨酸，精氨酸，精氨酸，组氨酸，赖氨酸，丝氨酸，色氨酸和脯氨酸””由poly-u刺激，也不知道为什么马特塞伊（Matthaei）和尼伦贝格（Nirenberg与苯丙氨酸相对应的聚-U刺激”意味着“总4个碱基的特异性”仅对应“总4种4种氨基酸”，而不是“总共20种氨基酸”。“特殊性”的概念是一个理论上的错误）。
通过节肢动物sp。增强了cAMP生物合成的内源性氨基酸和能量代谢水平。 CCTCC 2013431，柠檬酸盐作为cosubstrate
g/l-broth柠檬酸钠在24小时内确定为在奶昔瓶中进行的cAMP发酵液的最佳操纵条件（Li等人。2018）。为了研究代谢机制，在7 L搅拌罐生物反应器中进行了具有最佳状态的批处理发酵。如图1，由于与对照组相比，葡萄糖的最终cAMP浓度和葡萄糖的转化率分别达到4.34 g/l和0.076 g/g，分别提高了30.7％和29.8％（不加柠檬酸盐）。在24小时内，营地内容和合成率明显提高，并保持在控制水平的水平上，这表明柠檬酸盐添加确实加速了营地的产量。用柠檬酸盐发酵的最终OD 600和葡萄糖消耗量
2024; 20（7）：2779-2789。 doi：10.7150/ijbs.95484回顾硒 - 氨基酸代谢重塑肿瘤微环境：从细胞毒性到免疫>
硒（SE）是生物学过程的必不可少的痕量元素。硒 - 氨基酸（SE-AAS），称为SE的有机形式及其代谢重编程已被越来越多地被认识到调节抗氧化剂防御，酶活性和肿瘤发生。因此，人们对探索SE-AAS在抗肿瘤治疗中的潜在应用有新兴的兴趣。除了在抑制肿瘤生长中发挥至关重要的作用外，积累的证据表明，SE-AA代谢可以重塑肿瘤微环境（TME）并增强免疫疗法反应。本综述概述了抗肿瘤治疗的多功能SE-AAS的当前进展，特别强调阐明SE-AA代谢和TME中各种细胞类型之间的串扰，包括肿瘤细胞，T细胞，T细胞，巨噬细胞，巨噬细胞和天然杀伤剂细胞。此外，还与潜在客户一起讨论了整合SE-AAS的新型应用，以提供对这一新兴领域的新见解。
审查由肽两亲物形成的纳米结构
肽和蛋白质分别是氨基酸的短链和长链。表达的肽和蛋白质在生物学变异中起着重要而突出的作用，包括控制代谢，调节骨骼代谢，清除自由基，改变睾丸激素水平以及对某些疾病的治疗[1-6]。令人惊讶的是，只有二十个基因编码的氨基酸是自然界中发现的肽的基础，可以将其分为两个主要类别的亲水性和疏水性氨基酸。如方案1所示，ALA，Val，Leu，Ile，Met，Phe，Phe，Tyr和TRP的非极性烃链使它们成为亲脂性，疏水性氨基酸。虽然官能团的存在，例如羟基，酰胺，吡唑，鸟苷，胺，羧酸和硫醇，导致SER，THR，THR，THR，ASN，ASN，GLU，HIS，HIS，LYS，LYS，LYS，LYS，LYS，ASP，ASP，GLU，GLU，GLU，GLU，GLU，GLY，GLY，GLY和CYS的亲水性能（方案2）。这些氨基酸的排列共同导致具有不同亲水性，疏水性或两亲性特性的肽折叠[7]。
通过显式能量景观优化进行蛋白质序列设计
摘要蛋白质设计问题是确定折叠成所需结构的氨基酸序列。鉴于安芬森的折叠热力学假设，这可以改写为找到一个氨基酸序列，其中最低能量构象是该结构。由于这种计算不仅涉及所有可能的氨基酸序列，还涉及所有可能的结构，因此大多数当前方法都侧重于更易处理的问题，即为所需结构找到最低能量的氨基酸序列，通常在第二步通过蛋白质结构预测检查所需结构确实是设计序列的最低能量构象，并丢弃在许多情况下并非如此的大部分设计序列。这里我们表明，通过将梯度通过 trRosetta 结构预测网络从所需结构反向传播到输入氨基酸序列，我们可以直接优化所有可能的氨基酸序列和所有可能的结构，并在一次计算中明确设计预测折叠成所需结构而不是任何其他结构的氨基酸序列。我们发现，考虑了完整构象景观的 trRosetta 计算比 Rosetta 单点能量估计更能有效地预测从头设计蛋白质的折叠和稳定性。我们将通过景观优化进行的序列设计与 Rosetta 中的标准固定骨架序列设计方法进行了比较，并表明前者的结果对竞争低位状态的存在很敏感，而后者则不然。我们进一步表明，通过结合这两种方法的优势，可以设计出更具漏斗形的能量景观：低分辨率 trRosetta 模型用于排除替代状态，高分辨率 Rosetta 模型用于在设计目标结构处创建深度能量最小值。意义计算蛋白质设计主要侧重于寻找在目标设计结构中能量非常低的序列。然而，在折叠过程中最相关的不是折叠状态的绝对能量，而是折叠状态与最低位替代状态之间的能量差。我们描述了一种可以捕捉整个折叠景观的深度学习方法，并表明它可以增强当前的蛋白质设计方法。
社论：转移RNA的合成生物学和治疗应用
在所有活细胞中，遗传代码定义了蛋白质编码基因中核酸序列与需要准确生产基因组中所有蛋白质所需的氨基酸序列之间的关系。氨基酰基-TRNA合成酶对转移RNA（TRNA）的氨基酰化是将氨基酸与TRNA守流量将氨基酸物理联系起来的关键步骤，从而决定了密码子与氨基酸的分配。由于它们在蛋白质合成中的核心作用，设计和合成的TRNA作为正交翻译系统的重要组成部分，旨在将非典型甚至不自然的氨基酸掺入细胞和无细胞系统中的蛋白质中。此外，最近的努力使用了正常的野生型或工程性TRNA来纠正引起人类疾病的遗传缺陷。由于11％的遗传遗传疾病是由过早的停止密码子引起的，因此废话抑制剂TRNA对tRNA疗法的应用越来越兴趣。我们认识到，TRNA的合成生物学和治疗应用都将依赖于胡说八道，在某些情况下，错过抑制tRNA，生成新型蛋白质或纠正遗传缺陷。因此，遗传学领域的研究主题具有遗传代码扩展和探索TRNA在合成生物学和医学应用中的应用中的作用的研究。