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2023-2024研讨会摘要 - 化学
Joshua Baccile, Organic Chemistry Elucidating the Role of Five Carbon Metabolism in Disease Isoprenoids are structurally diverse metabolites with an array of critical bioactivities which include cell membrane integrity (e.g., cholesterol), glycoprotein synthesis (e.g., the dolichols), steroid hormone signaling (e.g., androgens,雌激素和皮质醇）和线粒体健康（例如辅酶Q）。人类类人源自甲酸（MVA）途径，而许多植物和细菌都利用甲基红细胞thritol磷酸MEP MEP途径。MVA和MEP途径都在相同的两个结构相关的五碳前体上收敛，分别是焦磷酸异戊烯基（IPP）和二甲基乙烯基焦磷酸（DMAPP），这些链链被链链形成更高级别的类异on子。因此，IPP和DMAPP是所有生物体中所有类异on-的中央五碳前体。超出其作为前体的作用，IPP和DMAPP还直接修改了其他小分子（ATP）和大分子（37A tRNA）的作用，这是一种称为原始化的过程。IPP和DMAPP水平直接参与心血管疾病，最近与癌症，囊性纤维化和非酒精性脂肪肝病有关。 尽管对人类健康的重要性，但通过调节IPP和DMAPP的细胞内浓度以及IPP和DMAPP的独特生物活性而观察到的临床效应的机制相对较少。 这次演讲将集中在我们通过开发基于IPP和DMAPP的化学探针和用于代谢标记类吸收性分子和预苯基分子的方法的方法来弥合这一关键科学差距的努力。IPP和DMAPP水平直接参与心血管疾病，最近与癌症，囊性纤维化和非酒精性脂肪肝病有关。尽管对人类健康的重要性，但通过调节IPP和DMAPP的细胞内浓度以及IPP和DMAPP的独特生物活性而观察到的临床效应的机制相对较少。这次演讲将集中在我们通过开发基于IPP和DMAPP的化学探针和用于代谢标记类吸收性分子和预苯基分子的方法的方法来弥合这一关键科学差距的努力。我将讨论我们访问各种IPP和DMAPP类似物的合成方法。目前，我们利用这些化合物进行代谢标记研究，并研究IPP和DMAPP的独立生化活性。最后，我将讨论前肾上代谢标记的未来，该标记是以细胞特异性方式开发用于标记类异丙定和前化分子的方法。
与底栖礁藻类的四个功能群和造礁珊瑚 Montastraea annularis 相关的微生物多样性
珊瑚礁底栖生物主要由珊瑚和藻类栖息，它们经常直接竞争空间。大量研究表明，珊瑚伴生细菌与周围海水不同，并且至少部分是物种特异性的（即同一种珊瑚上有同一种细菌）。在这里，我们将这些微生物研究扩展到珊瑚礁中发现的四种主要藻类生态功能群：直立和包覆钙化藻、肉质藻和草皮藻，并将结果与在造礁珊瑚 Montastraea annularis 上发现的群落进行比较。使用 16S rDNA 标签焦磷酸测序发现，不同的藻类属含有特征性的细菌群落，这些群落通常比珊瑚上的细菌群落更加多样化。虽然大多数与珊瑚有关的细菌与已知的异养生物有关，主要消耗富含碳的珊瑚粘液，但与藻类有关的群落含有大量自养生物。大多数与藻类有关的自养细菌是蓝藻，可能对藻类的氮循环很重要。与藻类相关的光合真核生物也种类丰富，包括
卷∙17∙编号∙4∙2024 页码∙1423 描述性...
摘要 本研究旨在调查 CBCT 分析和 DNA 甲基化测量通过同一颗拔除牙齿估计人类年龄的潜力。对印度尼西亚帕查贾兰大学牙科医院的三颗拔除的下颌前磨牙进行了横断面方法的描述性研究设计。使用 ITK-SNAP 测量牙髓和牙齿体积进行 CBCT 分析，并使用组内相关系数 (ICC) 进行可靠性测试。同时，使用焦磷酸测序分析对 ELOVL2 基因进行 DNA 甲基化测量。使用平均绝对误差 (MAE) 和均方根误差 (RMSE) 量化每个样本的估计年龄和实际年龄之间的差异。在 CBCT 分析中，MAE 范围为 0.44 至 3.97 岁，RMSE 范围为 0.52 至 4.01 岁。至于 DNA 分析，MAE 为 1.37 岁，RMSE 为 1.67 岁。 CBCT 分析和 DNA 甲基化测量均已证明能够根据同一颗拔除的牙齿估计人类年龄。在这项初步研究中，基于牙髓-牙齿体积比的 CBCT 分析估计的人类年龄比 DNA 甲基化水平测量更接近实际年龄。
整合单细胞 RNA 测序和 DNA 甲基化揭示空气污染对复发性流产患者的影响
摘要背景：孕妇接触空气污染物与多种不良妊娠结局有关，包括复发性流产（RSA）。但其潜在机制仍不清楚。本研究旨在了解RSA的机制及其与空气污染暴露的关系。我们通过批量RNA测序（RNA-seq）、简化代表性亚硫酸盐测序（RRBS）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）比较了人工流产个体和RSA个体的蜕膜组织数据。使用RT-qPCR和焦磷酸测序验证差异表达基因（DEG）。使用逻辑回归模型研究空气污染物暴露与RSA之间的关联。结果：我们通过重叠RRBS和RNA-seq数据鉴定出98个具有异常甲基化的DEG。鉴定出19种免疫细胞亚群。与正常对照相比，NK细胞和巨噬细胞在RSA患者蜕膜中的比例不同。我们观察到 RSA 患者和对照组之间的 IGF2BP1 甲基化和表达存在差异。此外，我们观察到孕前一年和孕早期母亲接触空气污染物与 RSA 风险之间存在显著的正相关性。中介分析表明，空气污染对 RSA 风险的影响中有 24.5% 是通过 IGF2BP1 甲基化介导的。结论：这些发现揭示了 RSA 的全面细胞和分子机制，并表明空气污染可能通过影响 IGF2BP1 启动子的甲基化水平导致妊娠丢失。关键词：RSA、scRNA-seq、RRBS、空气污染物、PLS-PM
非同步丁基蛋白分子决定了Vγ9VΔ2T细胞杀死的癌细胞逃避
vγ9VΔ2T细胞是专门的效应细胞，由于其靶向和杀死焦磷酸代谢物改变的细胞的能力，它作为免疫疗法剂而变得突出。为了了解癌细胞如何逃避Vγ9VΔ2T细胞的细胞杀伤活性，我们对癌细胞进行了全面的基因组尺度CRISPR筛查。我们发现，属于丁烷蛋白（BTN）家族的四个分子，特定于BTN2A1，BTN3A1，BTN3A1，BTN3A2和BTN3A3非常重要，并且在促进viriment v oiride v oiride v oiride v oiride v oiride v oiride v oiridentvγ9Vgumγ9V 2 t t t t t t t t t te扮演独特的，不重叠的作用。这些BTN分子的协调功能是由同步基因表达驱动的，该基因表达受IFN-γ信号传导和RFX复合物的调节。此外，一种称为QPCTL的酶在修饰这些BTN蛋白的N末端谷氨酰胺方面起着关键作用，并且发现在Vγ9VΔ2T细胞杀死癌细胞中是至关重要的因素。通过我们的研究，我们提供了详细的概述，概述了癌细胞如何逃脱Vγ9Vδ2T细胞的功能基因组机制。此外，我们的发现阐明了基因家族成员在调节T细胞活性中的统一表达和功能的重要性。
RSC化学生物学
选择性抑制剂。因此，需要采用替代方法来推进与半胱氨酸以外的残基结合的小分子调节剂。8,9 硫（VI）-氟化物交换（SuFEx）化学已显示出作为合成可点击中心 10 和化学生物学平台的巨大前景，在药物发现中具有重要的应用价值。11,12 特别是，已证明掺入小分子配体的磺酰氟和氟硫酸盐亲电弹头可以位点选择性地修饰细胞中不同蛋白质的多个残基，包括酪氨酸、赖氨酸和丝氨酸。11,12 尽管组氨酸在蛋白质活性位点中占主导地位，但其靶向性研究相对不足，1,9 由于其两性性质，通常充当酸碱催化剂，或作为 RNA/DNA 结合蛋白中的催化亲核试剂。13,14 组氨酸在蛋白质结合位点中也经常靠近药物和类药物分子。 15 共价 ATP 模拟物 5 0 -氟磺酰基苯甲酰 5 0 -腺苷 (FSBA) 优先标记酪氨酸和赖氨酸，此前已发现它偶然与线粒体 F 1 -ATPase 酶中的组氨酸残基结合。16 还发现，一种功能重要的组氨酸与鼠伤寒沙门氏菌 5-磷酸核糖基-α-1-焦磷酸 (PRPP) 合成酶的结合口袋中的 ATP 相互作用，并被 FSBA 标记。17 这些偶然的发现证明了磺酰氟修饰组氨酸侧链的潜力，18
CRISPR/Cas9 靶向抑制菊苣中的木香烃内酯合成酶，导致木香烃内酯及其结合物在主根中积累
菊苣主根积累倍半萜内酯乳酸素、乳苦素和 8-脱氧乳酸素，主要以草酸形式存在。菊苣倍半萜内酯的生物合成途径仅部分阐明；将法呢基焦磷酸转化为木香烃内酯的酶已被描述。木香烃内酯转化为三环结构愈创木香烃内酯的下一个生物合成步骤，迄今为止在菊苣中尚未阐明。在这项研究中，在菊苣中发现了三种假定的木香烃内酯合酶基因，分别名为 CiKLS1、CiKLS2 和 CiKLS3。使用酵母微粒体测定法在体外证明了它们将木香烃内酯转化为木香烃内酯的活性。接下来，将 CRISPR/Cas9 试剂引入菊苣原生质体，以灭活多个菊苣 KLS 基因，并成功再生了几个菊苣品系。通过 CRISPR/Cas9 方法灭活菊苣中的 kauniolide 合酶基因，导致菊苣叶和主根中倍半萜内酯的生物合成中断。在菊苣主根中观察到木香烃内酯及其结合物的积累量很高，即 1.5 mg/g FW，但在叶子中没有。这些结果证实，尽管程度不同，但所有这三个基因都有助于 STL 的积累。这些观察结果表明，菊苣基因组上串联的三个基因编码 kauniolide 合酶，可启动菊苣中木香烃内酯向倍半萜内酯的转化。
模块名称分子人遗传学
•人遗传疾病的分子基础（神经肌肉和神经退行性疾病，肾脏疾病，骨骼疾病和遗传性肿瘤倾向综合征）和罕见发育综合征的鉴定和表征。Subtopics: disease gene location (linkage studies), identification of disease genes (targeted (Panel) and whole exome sequencing using next generation sequencing), identification of underlying mutations, functional analysis of disease genes in vitro and in vivo, functional analysis of the disease relevant protein complexes • Identification of disease modifying/protective factors • Therapeutic approaches (pharmacotherapy, epigenetic approaches, gene疗法）•分子遗传技术（PCR，测序，实时PCR，多态性标记的基因分型，RT-PCR，焦磷酸测序，Southern-Clotting等）•分析测序数据和突变，单倍型的构建，引物的构造，序列的组装和对齐等。•分子克隆（将PCR片段克隆到质粒中，质粒DNA的分离，转染）； use of CRISPR/Cas-system • Cell culture technology (working with human and murine cell lines) • Working with inducible pluripotent stem cells (iPSC) and neuronal differentiation • Immunohistochemistry, fluorescence microscopy • Protein analysis and protein-interaction methods (Western blotting, co-immunoprecipitation of proteins, pull-down, chromatin-immunoprecipitations (ChIP) etc.)•分析敲除和转基因小鼠的解释性注释：上面的列表包括人类遗传学，CECAD，CMMC，CCG，CCG，表观基因组学和眼睛的实验免疫学的主题和技术。因此，参加该模块的每个学生都将面临其中的大部分子集。确切的内容将取决于学生和研究项目的研究项目。
PAH污染的土壤中有大量与健康相关的细菌发生了变化 - 对城市地区的健康影响吗？
©2017 Parajuli等。这是根据Creative Commons归因许可条款分发的开放式访问文章，该条款允许在任何媒介中不受限制地使用，分发和复制，前提是原始作者和来源被认为。长期暴露于多芳烃（PAHS）已与慢性人类健康疾病有关。也众所周知，i）PAH污染改变了土壤细菌群落，ii）人类微生物组与环境微生物组有关，而ii）几个细菌性门中的成员的丰富度改变与不良或有益的人类健康影响有关。我们假设PAH的土壤污染改变了与人类健康相关的土壤细菌群落。我们的研究背后的理由是提高理解并可能促进重新考虑的因素，从而导致PAH污染的特征区域的健康障碍。将充满云杉森林土壤，松树森林，泥炭或冰川砂的大容器放在孵化或被杂酚油污染。使用GC-MS监测PAHS的生物降解，并使用454焦磷酸测序分析细菌群落组成。蛋白质细菌具有更高的细菌，静脉细菌和杆菌的相对丰度低于非污染的土壤。较早的研究表明，蛋白质细菌的丰度增加，静脉细菌的丰度降低，而细菌植物的丰度尤其与不良健康结果和免疫疾病有关。因此，我们建议污染引起的天然土壤细菌群落的转移，例如在PAH污染的地区，可能会导致慢性疾病的患病率。我们鼓励研究同时解决经典的“不良毒素效应”范式和我们的新颖的“环境微生物组改变”假设。