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Optimutu：具有优化阈值的分类学意识到OTU聚类和用于元编码数据的生物信息学工作流程
要将以环境得出的元编码数据转换为社区矩阵进行生态分析，必须首先将序列聚集到操作分类单元（OTU）中。此任务对于包括大量带有不完整参考库的数据，包括大量的分类单元。OptimoTU提供了一种具有分类学意识的OTU聚类方法。它使用一组分类学识别的参考序列来选择最佳的遗传距离阈值，以将每个祖先分类群分组为最与后代分类单元最匹配的集群。然后，查询序列根据初步分类学标识和其祖先分类群的优化阈值聚类。该过程遵循分类学层次结构，从而将所有查询序列的所有查询序列完全分类为命名的分类学组以及占位符“ Pseudotaxa”，这些序列适合无法分类为相应等级的命名分类单元的序列。Optimutu聚类算法是作为R软件包实现的，在C ++中实现了速度的计算密集步骤，并合并了成对序列对齐的开源库库。距离也可以在外部计算，并且可以从UNIX管道中读取，从而允许大型数据集聚类，在该数据集中，整个距离矩阵将不方便地存储在内存中。Optimutu生物信息学管道包括一个完整的工作流程，用于配对端的Illumina测序数据，其中包含了质量过滤，DeNoising，Wratifact删除，分类学分类以及与Optimotu的OTU集群。开发了用于高性能计算簇的OptimoTU管道，并将其缩放到每个样品和数万个样本的数据集中。
Semois山谷国家公园（比利时）国家公园的野生蜜蜂多样性 朝着金丝雀岛的条形码数据库用于土壤生物多样性：揭示了岛状土壤中隐性和未记录的螨虫物种多样性 可培养的嗜热细菌多样性来自Kotli Azad Jammu和Kashmir的Tata Pani Hotspring 通过在史密森尼国家自然历史博物馆收集陆地节肢动物来增强DNA条形码参考库 黑暗分类墙中的另一个裂缝：富含物种和普通的eurytomidae（膜翅目，chalcidoidea）的定制DNA条形码方案
鉴于当前的生物多样性损失率，保护必须是政府和组织保护生态系统运作并确保可持续未来的全球优先事项（Diaz 2019）。在这种情况下，发起了一个项目的呼吁，以在比利时沃伦尼亚建立前两个国家公园。在其中，半山谷于2022年12月9日正式指定了国家公园。Semois Valley国家公园（SVNP）跨越卢森堡和Namur省的28,903公顷。以其茂密的森林和河流网络而闻名，该公园主要以塞莫斯河为中心，森林占其地区86.54％。公园包含使用欧洲自然信息系统（EUNIS）分类的栖息地，其中包括介质的草原（E2--9％的NP区域），季节性湿和湿的草地（NP区域的E3-0.7％），河流和FEN磨砂膏（NP区域的F9-0.3％）。此外，SVNP的特征是由历史人类活动所塑造的独特栖息地，例如19世纪的不活动的板岩采石场，曾经是该地区板岩行业的一部分。这些以前的工业活动，曾经对瓦洛尼亚具有经济意义，现在有助于塑造公园的景观（Remacle 2007）。公园还需要覆盖15,648公顷的各种保护名称（大约占其总面积的54％；图1），包括10个Natura 2000站点。此外，它包含四个在生物学上重要的湿地，总计3.10公顷（parc National de la lavalléedela semois 2021）。在公园的大部分地区，广泛的保护地位强调了保护景观及其生物多样性的强烈区域承诺。
从DNA存储中从MDS编码数据中获取信息的可靠性
摘要 - 这项工作对在DNA存储系统中成功检索使用MDS代码（例如Reed-Solomon代码）的数据的概率进行了理论分析。我们在独立和相同分布（I.I.D.）替换错误，重点是结合内部和外部MDS代码的常见代码设计策略。我们的分析表明，这种概率如何取决于诸如测序读数的总数，它们之间的分布，内部代码和外部代码的速率以及替换误差概率。这些结果提供了可行的见解，可在可靠性约束下优化DNA存储系统，包括确定可靠数据检索所需的测序读取数量的最小数量，并确定内部和外部MDS代码速率之间的最佳平衡。
从跨编码数据中预测生物地球化学周期的粗粒表示
抽象动机：由于DNA测序的进步，现在常规地进行了环境微生物群落的分类学分析。确定这些群落在全球生物地球化学周期中的作用需要鉴定其代谢功能，例如氢氧化，还原和碳固定。这些功能可以直接从宏基因组学数据中推断出来，但是在许多环境应用中，MetabarCoding仍然是选择的方法。从元法编码数据及其整合到地球化学循环的粗粒表示中，代谢功能的重建仍然是当今有效的生物信息学问题。结果：我们开发了一条称为Tabigecy的管道，该管道利用分类学官员来预测构成生物地球化学周期的代谢功能。在第一个步骤中，Tabigecy使用该工具Esmecata从输入液位中预测共识蛋白质组。为了优化此过程，我们生成了一个预先计算的数据库，其中包含来自Uniprot的2,404个分类单元的信息。使用BigeCyhmm搜索了共有的蛋白质组织，BigeCyhmm是一个新开发的Python软件包，依靠隐藏的Markov模型来识别参与生物地球化学周期代谢功能的关键酶。然后将代谢功能投射到周期的粗粒表示上。我们将塔博基（Tabigecy）应用于两个盐洞数据集，并通过对样品进行的微生物活性和水力化学测量结果验证了其预测。结果突出了研究微生物群落对地理化学过程的影响的方法。关键字：微生物群落，生物地球化学周期，代谢功能，分类学官员
MIEM 指南：报告环境元条形码数据的最低限度信息
环境 DNA (eDNA) 和 RNA (eRNA) 宏条形码已成为评估环境样本生物多样性的常用工具，但方法、数据和元数据的记录不一致使得结果难以重现和综合。一个科学家工作组合作制定了一套最低限度的报告指南，涵盖宏条形码工作流程的组成步骤，从实验室的物理布局到数据归档。我们强调报告数据和元数据套件应遵循可查找、可访问、可互操作和可重现 (FAIR) 数据标准，从而为评估和理解研究结果提供背景。概述了每个工作流程步骤的记录注意事项，然后在可随已发表的研究或报告一起提供的清单中进行了总结。确保工作流程透明且有记录对于可重现的研究至关重要，并且应允许更有效地将宏条形码数据纳入管理决策。
后量子密码数字签名算法性能分析
摘要：面对日益发展的量子计算能力对当前加密协议构成重大威胁，对后量子加密的需求日益迫切。本文对专门应用于数字签名的各种后量子加密算法的性能进行了全面分析。本文重点介绍了使用 liboqs 库对选定算法（包括 CRYSTALS-Dilithium、Falcon 和 SPHINCS+）进行实现和性能分析。性能测试揭示了密钥对生成、文件签名和签名验证过程的见解。与著名且流行的 RSA 算法的比较测试突出了安全性和时间效率之间的权衡。结果有助于为特定的 5G/6G 服务选择安全高效的密码。
基于编码数据
目标。本研究旨在根据HF编码数据来评估俄罗斯联邦受试者的医疗保健系统的心力衰竭的发生率（HF）和相关的死亡率。材料和方法。，我们针对HF患者数量和2019年提供医疗服务的病例的结构化请求。HF was understood to mean the presence of at least one of the codes I09.9, I11.0, I13.0, I13.2, I25.5, I42.0, I42.5, I42.6, I42.7, I42.8, I42.9, I43.0, I43.1, I43.2, I43.8, I50.х (expanded encoding) according to International Classification of Diseases 10 th 修订。代码i50.х被单独考虑（标准的HF包含）。结果。从15名受试者中获得了有关HF发病率的信息，对医疗保健系统的负担和负担的负担（根据要求提供数据的受试者为53.6％；成年人口为俄罗斯联邦成年人总人口的18.9％）。我们注意到该地区之间的显着异质性。根据标准的HF编码，根据扩展的Enco ding的数据，HF和相关死亡率的发生率和相关死亡率的中位数为2,6和3,2％，为0,21和11,3％。在所有HF病例中，有9,4％在9,4％的HF病例中观察到代码I50.X的存在，并定义了经常使用紧急医疗服务并经常住院的患者（60（18、96）和48（20、137）病例，每100例患者对9（5、24）和17（5、24）和17（10、70）病例，在扩展的构造构造中）。结论。统一的开发和引入根据编码，在区域之间，HF发生率和相关死亡率的发生率差异很大，标准方法的中位数为2,6和3,2％，0,21％和11,3％的标准方法为2,6和3,2％。在标准编码中，紧急医疗服务的使用量更高，降低了访问的数量。
朝着金丝雀岛的条形码数据库用于土壤生物多样性：揭示了岛状土壤中隐性和未记录的螨虫物种多样性
热水弹簧是中介，热剂和热层的独特区域。它们是嗜热物多样性的来源，主要属于古细菌和细菌域。嗜热剂的多样性概述了可以用于工业应用的巨大生物学潜力。为此，这项研究的目的是隔离和表征来自塔塔帕尼（Tatapani）的热水春天未探索的嗜热水弹，泰赫西尔（Tehsil＆Distrapani），泰赫西尔（Tehsil＆Tehsil＆District）kotli ajk，pakistan，巴基斯坦。使用形态学，生化，生理和分子属性鉴定出大约10个细菌分离株。对分离株的16S rDNA基因进行了爆炸搜索的测序表明，菌株MBT008与kamchatkensis的anoxybacillus 100％相似。MBT012与蒙古曲霉的相似性为99.57％，MBT014与A. tengchongensis相关，MBT009的相似性为99.43％，MBT009与A. gonensis和Mbt018，98.70％相似的MBT009与A. karvacharenensis相似。在一个共同来源中，所有这些微生物多样性的存在至关重要，与一般的环境和工业方面有关，从这些热疗法中提取热稳定酶，特异性地在工业
密码数字生态系统部署方法
拉脱维亚大学量子计算科学中心的一个重要研究课题是量子计算：量子信息的理论方面，包括量子算法、计算复杂性、通信和密码学。由于量子计算的实际应用解决方案即将出现，拉脱维亚大学数学与计算机科学研究所 (IMCS UL) 的战略是使用可以立即应用的量子技术。IMCS UL 的活动集中在量子通信和加密（量子加密）应用上。IMCS UL 于 2019 年开始开发量子密码学研究课题，从 ID Quantique (https://www.idquantique.com) 购买并运行测试了 Clavis 3。为了在研究所开展量子密码学研究，与工业界建立了密切的研究合作关系：国家股份公司“拉脱维亚国家广播电视中心”LVRTC（www.lvrtc.lv）、移动运营商LMT（www.lmt.lv）、电信公司TET（www.tet.lv）和拉脱维亚电子通信局（www.vases.lv）。目前，QKD技术已经在LVRTC和LMT光纤基础设施中进行了测试。研究的必要性与制定引入新综合技术的战略有关，该技术可能影响我们日常生活的不同方面和参与者。所选的研究方法是概念分析。它包括通过文献研究收集的数据探索。研究策略包括比较和评估理论研究中的不同解释，并将其反映到实施欧洲共同体战略时分析的实际情况中。
有关时空编码数字元信息的最新进展和观点
由教授领导的团体独立提出了“数字”元结构的概念。Della Giovampaola和Engheta [1]和Cui等。[2]。基于这些类型的人工材料的基本思想是依赖有限数量的基本包裹物（在最极端的情况下，只有两种），但是能够设计各种复杂的局部操作的能力。每当适用时，这种方法会大大简化设计过程，因为可以通过离散优化策略有效地探索搜索空间[3]。此外，它简化了制造过程，还提高了相对于不可避免的公差的鲁棒性。指的是电磁（EM）跨表面场景[2]，人们可能会想到一组反射元素，例如在接地的介电介电底物上放置的金属斑块，理想地是特征在于单位 - 振幅恢复的特征，并以180的量子响应和量化的量子响应，以量身定量的量子，以量身定量的范围，以量身定量的编码为量子。最简单的二进制外壳，在2位案例中，0°，90°，180°和270°，依此类推。以这种方式，这些元素的每个可能的空间组合可以用数字编码顺序进行等效。在某种程度上，这个概念也可以解释为对所谓的“ Checker-board”元面的概括，该概念具有金属和人工 - 磁性导管元件的定期分布[4]。