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Ivosidenib 在 IDH1 突变胆管癌中的应用
迄今为止，化疗难治性胆管癌 (CCA) 患者的治疗选择有限。然而，分子技术的进步最近增加了为多种癌症患者提供分子靶向治疗的机会，并且在 CCA 中也发现了一些可靶向的致癌变异。在这些可能可操作的分子变异中，大约 10-20% 的肝内 CCA (iCCA) 检测到异柠檬酸脱氢酶-1 (IDH1) 突变。IDH1 负责诱导参与各种信号通路的表观遗传变化的致癌代谢物的积累。 Ivosidenib 是第一个 IDH1 抑制剂，与安慰剂相比，它显著改善了化学难治性 IDH1 突变 CCA 患者的无进展生存期 (PFS) (2.7 个月 vs 1.4 个月) 和总生存期 (OS) (10.3 个月 vs 5.1 个月 [调整后的中位 OS])。ivosidenib 组患者的 3 – 4 级 (G) 不良事件 (AE) 和因毒性导致的治疗中断的发生率非常低，并且健康相关生活质量下降幅度明显小于安慰剂组，这促进了患者的依从性和临床医生的信心。在这里，我们回顾了 ivosidenib 在 CCA 患者中的开发情况，并评估了 III 期 ClarIDHy 试验结果的临床影响，该试验导致美国食品药品监督管理局 (FDA) 批准其用于标准化疗 (CT) 后病情进展的 IDH1 突变 CCA 患者。我们还讨论了已知的原发性和继发性耐药机制，包括其他基因的伴随突变和获得性突变（例如 IDH2 突变）、IDH1 的第二位点突变以及其他通路的增强激活（例如 PI3K/AKT/mTOR 通路）。最后，我们探讨了未来的发展方向，即将 ivosidenib 与其他协同药物（包括标准化疗 (CT)、免疫检查点抑制剂 (ICI) 和 IDH2 抑制剂）结合起来的机会。© 2022 Elsevier Inc. 保留所有权利。
通过模仿抑制突变 RAS- RAF 相互作用...
1 土耳其伊斯坦布尔美迪波尔大学工程与自然科学研究生院；2 土耳其伊斯坦布尔美迪波尔大学健康科学研究生院医学生物学与遗传学项目；3 土耳其伊斯坦布尔美迪波尔大学健康科学与技术研究所 (SABITA) 癌症研究中心；4 土耳其伊斯坦布尔萨班哲大学工程与自然科学学院；5 土耳其伊斯坦布尔美迪波尔大学国际医学院医学生物学系；6 土耳其伊斯坦布尔美迪波尔大学工程与自然科学学院计算机工程系；7 土耳其伊斯坦布尔美迪波尔大学健康科学与技术研究所 (SABITA) 再生与修复医学研究中心 (REMER)
TP53突变介导的癌症免疫逃避
摘要：p53中的突变是癌症发育中最常见的事件，也是由于逃避凋亡级联而引起的癌症治疗抗性的主要原因。除了化学疗法和辐射疗法之外，越来越多的证据表明，p53-突变肿瘤对广泛的免疫疗法具有抵抗力，例如免疫检查点抑制剂，嵌合抗原受体（CAR）T和血肿干细胞移植（HSCT）。这突出了p53突变在驱动肿瘤细胞免疫逃避的作用。在这篇综述中，我们首先总结了最近的研究揭示了p53突变肿瘤逃避T细胞，天然杀伤（NK）细胞和巨噬细胞的免疫监测的机制。然后，我们回顾了这些突变肿瘤细胞如何重塑肿瘤Mi-Croenvironment（TME），调节旁观者细胞，例如巨噬细胞，中性粒细胞和调节性T（Treg）细胞（Treg）细胞以促进免疫抑制。此外，我们回顾了指示与p53损失或突变相关的免疫逃避的临床观察结果。最后，我们讨论了增强p53野生型（WT）或突变肿瘤中免疫反应的治疗策略。
小细胞肺癌 K-RAS p.G12C 突变肿瘤
1 西班牙阿尔巴塞特卡斯蒂利亚-拉曼恰大学生物医学研究中心（CRIB- UCLM）转化肿瘤学实验室，2 西班牙马德里大学医院（HCSC）、圣卡洛斯卫生研究所（IdISSC）和红细胞生物医学研究中心（CIBERONC）肿瘤医学系实验治疗学部，3 西班牙马德里国家研究委员会玛格丽塔萨拉斯生物研究中心（CIB-CSIC），4 西班牙马德里康普顿斯大学生物学院生物化学与分子生物学系，5 生物医学研究所癌症分子与细胞生物学研究所（IBMCC-CSIC）萨拉曼卡生物医学与生物技术研究中心（IBSAL）和西班牙萨拉曼卡肿瘤学和肿瘤学红色与生物医学研究中心（CIBERONC），6 匈牙利布达佩斯塞梅维斯大学生物信息学系和第 2 儿科系，7 自然科学研究中心 (TTK) Lendület 癌症生物标志物研究小组，酶学研究所，布达佩斯，匈牙利
使用 EMCAP 表征突变蛋白质的行为
摘要 — 在湿实验室实验中研究蛋白质突变体既昂贵又耗时。模拟蛋白质运动的计算实验可以补充湿实验室实验，以研究突变的影响。在这项工作中，我们提出了一个计算流程，可在计算机上执行详尽的单点氨基酸替换。我们将能量最小化作为我们生成的突变蛋白和野生型的分子动力学 (MD) 的一部分，并记录模拟每一步的能量势。我们激发了几个依赖于野生型和突变体能量最小化曲线的指标，以定量探索突变的影响。讨论和分析了两个案例研究，以展示我们的方法在识别影响最小和影响最大的突变方面的实用性。索引术语 — 能量最小化、突变、计算生物化学、结构生物学
影响跨调控变异的突变源……
摘要 基因表达的可遗传变异源自影响其调控网络的顺式和反式成分的突变。在这里，我们通过鉴定和表征对酿酒酵母中同一焦点基因表达具有反式调控作用的 69 个突变，研究了反式调控突变在基因组和基因调控网络内的分布情况。相对于不影响该焦点基因表达的 1766 个突变，我们发现这些反式调控突变在先前预测可调控焦点基因表达的转录因子的编码序列中富集。然而，鉴定出的 90% 以上的反式调控突变被映射到参与各种生物过程（包括染色质状态、代谢和信号转导）的其他类型的基因。这些数据显示了不同类型基因的遗传变化如何影响基因的反式表达，揭示了反式调控突变的特性，这些特性为自然种群内反式调控变异的分离提供了原材料。
植物中 CRISPR 诱导突变的选择
在本研究中，我们描述了敲除标记基因 MAR1 的建立，用于在组织培养中选择 CRISPR/Cas9 编辑的拟南芥幼苗和番茄外植体。MAR1 编码一种位于线粒体和叶绿体中并参与铁稳态的转运蛋白。它还会随机将氨基糖苷类抗生素转运到这些细胞器中，而该基因的缺陷会导致植物对这些化合物不敏感。在这里，我们展示了由 CRISPR 系统诱导的 MAR1 突变使拟南芥植物和番茄组织具有卡那霉素抗性。MAR1 在多种植物物种中都是单拷贝的，相应的蛋白质形成一个独特的系统发育进化枝，从而可以轻松识别不同植物中的 MAR1 直系同源物。我们证明，在多重方法中，通过由 MAR1 突变介导的 CRISPR/Cas9 诱导的卡那霉素抗性来选择拟南芥幼苗，观察到第二个靶基因突变的频率高于仅因存在转基因而选择的对照群体。这种所谓的共同选择以前从未在植物中发生过。该技术可用于选择经过编辑的植物，如果编辑事件很少发生，这可能特别有用。
重新评估 nor 突变和 NAC 的作用......
1 中国农业大学食品科学与营养工程学院果树生物学实验室，北京，中国 2 浙江大学农学与生物技术学院，杭州，中国 3 华南农业大学园艺学院，亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室/广东省果蔬采后科学重点实验室，广州，中国 4 北京工商大学食品与化学工程学院，北京，中国 5 英国诺丁汉大学生物科学学院植物科学系，萨顿博宁顿校区，拉夫堡，英国 6 萨格勒布大学农学院果树学系，克罗地亚萨格勒布 7 加利福尼亚大学植物科学系，戴维斯，加利福尼亚州 95616，美国 8 美国农业部农业研究服务处作物病理学和遗传学研究中心，戴维斯，加利福尼亚州 95616，美国
Cas9 介导的 β-catenin 突变校正和...
目的：结直肠癌 (CRC) 是导致癌症死亡和发病率的主要原因之一。迫切需要找到对抗 CRC 的策略。APC 或 β -catenin 的驱动基因突变在 CRC 的发生和进展中起重要作用。在本研究中，我们联合应用 CRISPR/Cas9-sgRNA 系统和单链寡脱氧核苷酸 (ssODN) 作为模板来纠正结肠癌细胞系 HCT-116 中存在的 β -catenin 的杂合 Δ TCT 缺失突变。该方法为癌症的基因治疗提供了一种潜在的策略。方法：构建 Cas9/β -catenin-sgRNA-eGFP 共表达载体并与 ssODN 共转染到 HCT-116 细胞中。通过 FACS 分选突变校正的单细胞克隆，并通过 TA 克隆和 DNA 测序进行判断。通过实时定量PCR、Western印迹、CCK8、EDU染色和细胞接种克隆检测CRISPR/Cas9介导的校正效果。此外，还分析了裸鼠异种移植瘤中细胞克隆衍生肿瘤的生长情况。结果：CRISPR/Cas9介导的β-catenin突变校正导致TCT序列的存在和Ser45处磷酸化β-catenin的重新表达，从而恢复了磷酸化β-catenin的正常功能，包括减少核β-catenin的运输和下游c-myc、survivin的表达。在β-catenin突变校正的细胞中观察到细胞生长显著减少。移植了突变校正的HCT-116细胞的小鼠的肿瘤大小明显小于未校正的异种移植瘤。结论：本研究数据表明，通过 CRISPR/Cas9 和 ssODN 的组合来纠正驱动突变可以极大地改善癌细胞系的生物学行为，表明该策略在癌症基因治疗中具有潜在的应用价值。关键词：CRISPR/Cas9、ssODN、靶向基因编辑、β-catenin、结肠癌
用于实体肿瘤突变检测的无细胞检测
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