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印度尼西亚林博托湖芒格拜鱼 (Glossogobius aureus) 的 DNA 条形码、系统发育树和遗传距离
摘要 .芒格拜鱼（Glossogobius aureus）是林博托湖的一种具有经济价值的本地鱼类。随着湖泊生态系统的破坏，当地鱼类面临的压力也越来越大。芒格拜鱼种群的减少说明了这一点。总体而言，当地社区将芒格拜鱼视为特有鱼类。芒格拜鱼的保护工作需要从 DNA 角度进行分析。本研究旨在探索芒格拜鱼物种的身份，分析遗传距离并构建系统发育树。从林博托湖采集鱼样并运送到哥伦打洛州立大学渔业与海洋科学学院的实验室进行形态学和计数分析。对组织取样用 PCR 进行 DNA 条形码分析。DNA 测序基于 PCR。分析表明，从林博托湖采集的所有芒格拜鱼样本都属于同一个物种，即 G. aureus。 DNA 条形码结果得到了与参考序列 99-100% 的相似性测试、单个 manggabai 样本的系统发育树序列以及显示亲缘关系的单个参考鱼序列的支持。关键词：DNA 条形码、鱼类物种身份、林博托湖、相似性指数。简介。林博托湖是位于印度尼西亚哥伦打洛省的生态系统资源，覆盖哥伦打洛县和哥伦打洛市地区。从地理上看，林博托湖位于低地，周围环绕着石灰岩山丘，有 23 条支流作为入口，1 条支流作为出口。林博托湖对该地区至关重要，因为它具有多种生态、社会和经济功能。因此，政府已将林博托湖列为国家战略区。
基因组多样性和系统发育属于Lemna属（LemnaCeae）的截面，包括假定的物种Lemna aequinoctialis，le。 Perpusilla和Le。 aoukikusa
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证。是根据作者/资助者提供的预印本（未经同行评审认证）提供的，他已授予Biorxiv的许可证，以在2025年1月18日发布的此版本中显示此版本的版权持有人。 https://doi.org/10.1101/2025.01.17.632899 doi：biorxiv Preprint
早期小脑发育的调节
单个细胞的线粒体DNA（mtDNA）的测序已在本地人类样品和临床标本中解析了克隆性和谱系。先前的工作表明，杂质mtDNA变体可用于描述造血的克隆性，但它们重建细胞系统发育的能力有限。但是，Weng等人的最新报告。 通过描述据报道解决高分辨率系统发育树的细胞之间的空前数量的共享mtDNA变体来挑战当前范式。 我们重新审查了Weng等人的主张，并确定了有关这种前所未有的联系的两个主要关注点。 首先，在每个细胞的单个分子中检测到细胞之间的共享变体，其次，这些变体在mtDNA分子的边缘富集了10-20倍，使人联想到其他测序方法中报道的文物。 此外，我们的分析表明，修剪低支撑和可能的人造mtDNA变体几乎消除了所有报道的系统发育结构。 因此，我们强烈警告不要使用依赖最小证据的mtDNA变体工作流，包括Weng等人在Weng等人中引入的计算管道，因为具有高连接性和较低证据的变体可能是导致假系统发电的构建的伪像。但是，Weng等人的最新报告。通过描述据报道解决高分辨率系统发育树的细胞之间的空前数量的共享mtDNA变体来挑战当前范式。我们重新审查了Weng等人的主张，并确定了有关这种前所未有的联系的两个主要关注点。首先，在每个细胞的单个分子中检测到细胞之间的共享变体，其次，这些变体在mtDNA分子的边缘富集了10-20倍，使人联想到其他测序方法中报道的文物。此外，我们的分析表明，修剪低支撑和可能的人造mtDNA变体几乎消除了所有报道的系统发育结构。因此，我们强烈警告不要使用依赖最小证据的mtDNA变体工作流，包括Weng等人在Weng等人中引入的计算管道，因为具有高连接性和较低证据的变体可能是导致假系统发电的构建的伪像。
揭示了Plunderfish harpagifer spp之间的共晶发育信号。他们的肠道微生物组遍布南洋
抽象理解雕刻鱼类肠道微生物组的因素是挑战，尤其是在以高环境和宿主基因组复杂性为特征的自然种群中。然而，密切相关的宿主是通过突显的生物学和共晶发育模式来解解宿主进化史对微生物组组装的贡献的宝贵模型。在这里，我们提出，最近在南大洋的几种竖琴物种的多样化将允许检测宿主与其微生物组之间强大的系统发育一致性。我们表征了来自四个野外收集的harpagifer物种的77个个体的肠粘膜微生物组（Teleostei，notothenioidei），分布在南大洋的三个生物地理区域。我们发现海水物理化学特性，宿主系统发育和地理学共同解释了竖鼠肠粘膜中细菌群落组成的35％。harpagifer spp的核心微生物组。肠粘膜的特征是多样性低，主要由选择性过程驱动，并由超过80％的个体中检测到的单个Aliivi Brio操作分类单元（OTU）主导。在包括Aliivibrio在内的核心微生物组分类群的几乎一半（包括Aliivibrio）在微反应分辨率下具有宿主系统发育的共生信号，表明与Harpagifer具有亲密的共生关系和共同的进化历史。清晰的细胞传友和共晶发育信号强调了harpagifer模型在站立在塑造肠道微生物组组装中的作用下的harpagifer模型的相关性。我们提出，最近的竖琴数多样化可能导致了Aliivibrio的多样化，表现出反映宿主系统发育的模式。
分子系统学在微生物学中的作用...
近年来，分子生物学和生物信息学的稳健发展为研究人员提供了解决生物学所有分支长期问题的重要工具。使用分子数据重建系统发育关系的过程称为“分子系统学”。在这项系统的综述中，在微生物研究和公共卫生的两个领域中描述了分子技术在系统学中的利用。本研究中包括了20篇文章，展示了九种独特的分子方法，具有不同的优势和局限性。揭示了生物学研究下的大多数文章旨在识别特定的微生物。同时，确定系统发育关系和爆发研究是分子系统技术利用公共卫生技术的主要目标。
植物地理学
我们的目标是解决Apis Labiosa和Apis Dorsata亚种之间的系统发育关系A. d。 Dorsata，A。D。 Binghami和A. d。 Breviligula，几位作者提出了最后两个物种。我们使用用最大似然方法分析的线粒体COX1和COX2基因序列对巨型蜜蜂进行了系统发育分析。在广义上，我们在多萨塔（A. dorsata）内获得了四个进化枝的支持：上面提到的三个亚种或物种，以及来自南部的第四个谱系。但是，我们的分析并未解决四个谱系之间的系统发育关系。在印度存在两个遗传区分开的“ A. dorsata”群体的存在与存在两个空腔巢蜜蜂的存在，即A. Cerana Cerana和A. c。印度（分别是黑山蜜蜂和黄色平原蜜蜂）。这表明过去的气候或地质事件可能暂时将印度人口与亚洲大陆的人群暂时隔离，从而导致分歧，并可能将印度巨人和空腔巢蜜蜂的物种形成，然后是东亚形式对印度的重新殖民化。对这些独特的谱系的认识对于保护计划很重要，因此可以考虑它们的各个分布，生态和迁移模式，因此可以维持它们所代表的遗传多样性。
揭示生物多样性变化状态的不确定性
生物多样性面临着快速全球变化的前所未有的威胁1。生物多样性变化的信号来自大型地理和时间尺度上数千个物种的时间序列丰度数据集。这些生物多样性数据集的分析指出，丰度的趋势各不相同，包括增加和减少。但是，这些分析尚未完全考虑到数据中的空间，时间和系统发育结构。在这里，使用新的统计框架，我们在十个备受瞩目的生物多样性数据集2–11中显示，在现有方法下，一旦考虑了空间，时间和系统发育结构，就会增加和减少。这是现有方法的结果，严重低估了趋势不确定性，有时会误解趋势方向。根据适当地认识到不确定性的经修订的平均丰度趋势，我们未能在十个数据集中观察到95％可靠间隔的单一增加或减少趋势。这强调了对大量空间和分类学量表中的生物多样性变化知之甚少。尽管在广泛的规模上存在这种不确定性，但我们通过考虑空间，时间和系统发育结构来揭示了局部规模的预测准确性的提高。改进的预测提供了估计在策略级别上的生物多样性变化的希望，并指导适应性保护反应。
我们如何决定？思想架构决策？
决策的研究是一门智力纪律；数学，社会学，心理学，经济学，政治学，人工智能，神经科学和物理学。传统决策理论告诉我们，如果我们遵循某些公理，则应做出哪些行为选择。科学的好奇心指示我们重新考虑我们定义自己的任何领域。我们在金融贸易中设计了大脑，遗传学，系统发育学以及人工和神经网络的交织在一起，以找到金融交易中参数值的最佳组合，并将其纳入ANN模型中，以进行股票选择和交易者识别。本文的目的和目标是在大脑，遗传学，系统发育学和人工神经网络的交织中做出财务决策，重点是开放新的基础，从而深入了解该土壤下面的基础岩石。
研究论文 PETALOSA TOE 型直系同源基因突变导致系统发育远的真双子叶植物出现显性重花表型
重瓣花表型因其在各种植物中的吸引力而被人类所选择，并且对观赏植物市场具有巨大的商业价值。在本研究中，我们调查了康乃馨、矮牵牛和玫瑰中显性重瓣花性状的遗传决定因素，并鉴定了 TARGET OF EAT (TOE) 型基因的突变等位基因，其特征是 miR172 靶序列和编码蛋白质 C 末端部分的破坏。尽管这些真双子叶植物之间存在系统发育距离，它们在白垩纪早期分化，但携带这些突变的直系同源基因都属于单个 TOE 型亚组，我们将其命名为 PETALOSA (PET)。同源性搜索使我们能够在其他各种物种中鉴定出 PET 序列。为了证实自然突变的结果，我们使用 CrispR-Cas9 在烟草 PET 基因的 miR172 靶位点内诱导病变，这导致了多余花瓣状结构的形成。本研究描述了具有经济价值的观赏物种中的 pet 等位基因，并提供了关于识别和改造 PET 基因以获得不同植物中理想的重花特性的可能性的证据。