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World File Search System纯合性
神经退行性疾病APOE4纯合性是阿尔茨海默氏病的一种新遗传形式
阿尔茨海默氏病的复杂性和多因素性质为设计机械和临床研究以及开发疗法1，2带来了独特的挑战。Genetically, mutations in three genes— amyloid precursor protein ( APP ), presenilin 1 ( PSEN1 ) and presenilin 2 ( PSEN2 ) cause early-onset autosomal dominant Alzheimer's disease 1 , 2 (ADAD), and triplication of the APP gene in Down syndrome leads to Down syndrome-associated Alzheimer's disease 3 (DSAD).值得注意的是，这些阿尔茨海默氏病的遗传形式造成了一小部分阿尔茨海默氏病。零星的晚期阿尔茨海默氏病在全球范围内大多数阿尔茨海默氏病，而载脂蛋白E4（由APOE基因的一种变体ApoE4编码）被认为是这种形式的阿尔茨海默氏病4-6的遗传风险因素。尽管已经知道APOE4纯合性既有很高的风险患阿尔茨海默氏病4-6（赔率大于12），但在大量的APOE4型型中缺乏详细的研究，无法忠实地确定这种基因型在Alzheimer's病中的作用。在本期《自然医学》中，Fortea等。7提供了全面的证据，以支持APOE4纯合性作为遗传确定的阿尔茨海默氏病的一种形式，例如Adad和DSAD（图1）。1）。值得注意的是，症状发作的可预测性（发生在65.1年，预测间隔为48.5-81.5岁），而APOE4纯合子的生物标记变化序列与ADAD和DSAD组7非常相似。作者分析了美国国家阿尔茨海默氏症协调中心的一个大型病理数据集（n = 3,297，包括273个APOE4纯合子）和其他五个临床数据集，来自与阿尔茨海默氏病生物标记数据的多中心同龄人的三个国家 /地区的多中心同龄人（包括来自三个国家 /地区）（包括n = 10,0,039）。他们表明，在两个性别中，APOE4纯合子都符合定义阿尔茨海默氏病的遗传形式的三个主要特征，即几乎满足的渗透率，症状发作时代的可预测性，可预测的生物标志物变化序列（图。作者得出的结论是，APOE4纯合子中的阿尔茨海默氏病应重新定义为这种疾病的遗传形式，类似于Adad和Dsad。另外，通过进一步检查APOE3 / APOE4杂合子，作者证实了APOE4的常染色体半主导效应（如前所述8），揭示了与生物标志物变化的病理学，症状和序列的不同APOE4基因剂量对生物标记的变化，< / div>>>>
使用纯合性和机器学习的运行来解除近交和推断自我施肥率的来源
纯合性（ROHS）的运行表明，由于12个密切相关的个体的交配，纯合性和近交表明。自我施用可能是近交的主要来源，它可以提高基因组-13宽的纯合性，因此也应该产生长的ROH。在保护和选择性育种的背景下，ROH经常用于14个摊位，以及15个人群及其人口统计学历史的血缘关系，但尚不清楚ROH特征如何通过16个SELFIF改变，并且是否会因人口统计学变化而引起的期望的杂交签名。使用Simu-17恋爱，我们研究了繁殖模式和人口统计学历史对ROHS的影响。我们应用18个随机森林来识别ROH的独特特征，这表明近交源不同。19，我们指出了ROH的不同特征，可用于更好地表征20个近代人的类型，并预测脱落率和复杂的人口统计学历史。使用21个额外的模拟和四个经验数据集，两个来自高度构成物种，两个来自22个均值，我们预测率率并验证我们的估计。我们发现，即使有复杂的人口统计学，自我剥夺率也成功识别出23个。人口遗传汇总统计数据提高了24算法的准确性，特别是在存在额外的近交（例如，人口瓶中25颈）的情况下。我们的发现强调了ROHS在解散与26种近交源相关的混杂因素中的重要性，并证明了无法区分这些来源的情况。27此外，我们的随机森林模型还为社区提供了一种新的工具，用于使用基因组数据推断出率28。29
七种意大利传统火鸡 (Meleagris gallopavo) 品种的遗传多样性和纯合性丰富基因组区域的鉴定
摘要：意大利本土火鸡品种是遗传生物多样性的重要宝库，应通过体内方法加以维护。本研究是 TuBAvI 生物多样性国家项目的一部分，旨在使用纯合性运行 (ROH) 以及其他统计方法（例如 Wright 的 F 统计量、主成分分析、混合分析）来研究几种传统火鸡品种的基因组多样性。我们对七个本土火鸡品种的 ROH 富集区进行了全基因组表征，即 Brianzolo (Brzl)、Bronzato Comune Italiano (BrCI)、Bronzato dei Colli Euganei (CoEu)、Parma e Piacenza (PrPc)、Nero d'Italia (NeIt)、Ermellinato di Rovigo (ErRo) 和 Romagnolo (Roma)。ROH 是根据 650K SNP 基因分型检测出来的。 ROH_islands 被鉴定为至少 75% 的鸟类（品种内）共有的纯合 ROH 区域。使用 DAVID 对基因进行注释。混合分析表明，六个品种是独特种群，而罗马品种则由创始种群混合而成。根据基因组数据估计的有效种群大小显示数字收缩。ROH_islands 含有的基因也可能对商业种群中的目标选择有用。其中，chr10 上的 PTGS2 和 PLA2G4A 基因与繁殖效率有关。这是首次绘制本土火鸡种群遗传变异图谱的研究。品种之间在遗传上存在差异，罗马品种被证明是其他品种的混合。已鉴定的 ROH_islands 含有传统品种中发生的选择所特有的基因。最后，这项研究公布了有关火鸡物种现有遗传变异的以前未公开的信息。