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两种隐龟的从头基因组组装
了解物种间染色质构象的进化对于阐明基因组的结构和可塑性至关重要。线性远距离基因座的非随机相互作用以物种特异性模式调节基因功能，影响基因组功能、进化，并最终影响物种形成。然而，来自非模式生物的数据很少。为了捕捉脊椎动物染色质构象的宏观进化多样性，我们通过 Illumina 测序、染色体构象捕获和 RNA 测序为两种隐颈龟 (cryptodiran，藏颈龟) 生成从头基因组组装：Apalone spinifera (ZZ/ZW，2 n = 66) 和 Staurotypus triporcatus (XX/XY，2 n = 54)。除了在线性基因组中检测到的融合/裂变事件外，我们还检测到龟类的三维 (3D) 染色质结构与其他羊膜动物存在差异。也就是说，全基因组比较揭示了龟类染色体重排的不同趋势：（1）鳖科（Trionychidae）的基因组改组率较低，而鸡（可能是龟类的祖先）与核型高度保守；（2）动胸龟科（Kinosternidae）和翠龟科（Emydidae）的融合/裂变率中等。此外，我们还发现了一种染色体折叠模式，这种模式使以前在龟类中未检测到的“着丝粒 - 端粒相互作用”成为可能。“着丝粒 - 端粒相互作用”（本文发现）加上“着丝粒聚集”（之前在蜥蜴类中报道过）的组合龟类模式对于羊膜动物来说是新颖的，它反驳了以前关于羊膜动物 3D 染色质结构的假设。我们假设，在龟类中发现的不同模式起源于羊膜动物祖先状态，该状态由核结构定义，微染色体之间存在广泛的关联，这些关联在线性基因组改组后得以保留。
系统发育放置，整个基因组组装和全基因组的结合研究：一种新型的人类感染物种，引起了毛尿症，对阿苯达唑 - 膜片蛋白
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证。是根据作者/资助者提供的预印本（未经Peer Review的认证）提供的，他已授予Biorxiv的许可证，以在2024年9月28日发布的此版本中在版权所有者中显示预印本。 https://doi.org/10.1101/2024.06.11.598441 doi：biorxiv Preprint
改进的欧洲山杨染色体规模基因组组装和群体遗传学资源。
图 1 P. tremula v2.2 基因组概览。(A) P. tremula 1 号染色体 47.1 Kbp 区域的比较，显示 P. tremula v2.2 基因模型和 P. tremula v1.1 基因组和转录本的复制，在 PlantGenIE 中的 JBrowse 工具中呈现。绿松石色区域突出显示了 P. tremula v1.1 中包含基因的较长支架的示例。(B) P. tremula 和 P. trichocarpa 之间的同源性和结构重排。点表示两个物种之间的同源序列。红色表示同源序列之间的相同方向，蓝色表示相反方向。(C) 使用 PlantGenIE 中的 Venn 工具创建的维恩图，显示 P. tremula 特定区域中的基因交集和从同源性分析中识别出的 P. tremula 特定基因。
饮食纤维单糖含量改变肠道微生物组组成和发酵
细胞内钙（Ca 2+）在生物学跨生物学中无处不在。虽然现有的荧光传感器和记者可以检测具有Ca 2+水平升高的活化细胞，但这些方法需要植入物向深层组织传递光，从而排除了它们在自由表现的动物中的无创使用。在这里，我们设计了一种酶催化的方法，该方法在体内迅速和生物化学用升高的Ca 2+标记细胞。Ca 2+活化的分裂 - 涡轮增生（铸造）标记在10分钟内激活细胞，并具有外源递送的生物素分子。随着Ca 2+浓度和生物素标记时间的增加，酶促信号的增加，表明铸造是总Ca 2+活性的时间门控积分器。此外，与需要数小时生成信号的转录记者相比，可以在活动标记后立即执行铸造读数。这些功能使我们能够使用铸造剂来标记psilocybin激活的前额叶皮层神经元，并将铸造信号与psilocybin诱导的psi胶诱导的头扭态响应相关联。
Atip–Avenir 计划 2025 青年组组长
Atip-Avenir 资助期限为 5 年。该计划面向年轻科学家开放，无论其现任职位或国籍，只要其自获得博士学位或同等博士学位以来拥有 2 至 8 年的工作经验（博士论文答辩时间为 2016 年 9 月 15 日至 2022 年 9 月 15 日之间）2。成功的申请者必须在其工作时间未超过 18 个月 3 的结构内开展项目，并且不会在其博士和/或博士后期间找到任何先前的导师。获得与 Atip-Avenir 计划类似的资助的候选人（例如 ANR JCJC 或 ERC 计划来管理研究小组）没有资格。虽然 Atip-Avenir 获奖者可以申请类似的项目，但他们不能合并来自与 Atip-Avenir 类似的项目的资金。申请人最多只能申请两个不同的 Atip-Avenir 项目。项目必须与生命科学或健康有关。合同必须在 2026 年上半年开始生效。鼓励临床医生提交申请。项目必须符合 Inserm 和 CNRS 制定的道德准则。
染色体水平的基因组组装揭示了入侵植物芦苇的基因组进化
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基于Degron的生物oprotacs用于控制CAR T细胞中的信号传导 饮食纤维单糖含量改变肠道微生物组组成和发酵 Cuxbi2Se3纳米板中两性掺杂的精确控制 体内细胞活性历史的快速生化标记 单细胞RNA-seq分析揭示了与类风湿关节炎疾病活性相关的细胞子集和基因特征 ASP12的应变释放烷基化可以使K-Ras-G12d的突变体选择性靶向 集成光子学中的高率并行化 Medicine® UC Davis
哺乳动物肠道微生物群的摘要成员代谢宿主没有消化的各种复杂碳水化合物，这些碳水化合物被集体标记为“饮食纤维”。虽然每个菌株用来在肠道中建立营养生态位的酶和转运蛋白通常是非常特异的，但碳水化合物结构与微生物生态学之间的关系是不完美的。本研究利用了复杂的碳水化合物结构确定的最新进展来测试纤维单糖组成对微生物发酵的影响。在72小时的时间内，在改良的小型反激阵阵列系统中，通过合并的猫粪接种物在经过72小时的经过修改的小型粪便中发酵了具有不同单糖组成的55个纤维。单糖葡萄糖和木糖的含量与发酵过程中pH的降低显着相关，这也可以从短链脂肪酸乳酸，丙酸，丙酸和信号传导分子吲哚二乙酸的浓度中预测。微生物组的多样性和组成也可以通过单糖含量和SCFA浓度来预测。尤其是，乳酸和丙酸的浓度与最终α多样性相关，并且与包括乳杆菌和dubosiella在内的几个属的相对丰度显着相关。我们的结果表明，单糖的组成提供了一种富裕方法，以比较饮食，肠道微生物群和代谢产物产生的饮食纤维纤维和发现的联系。
非冗余元基因组组装基因组... -Dr -ntu
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MRI可见的周围空间和神经丝轻链的关联：Framingham心脏研究 气候变化和加利福尼亚的陆地生物多样性 在金属 - 有机框架中的协调不饱和铜（i）位点的几何调整，用于环境温度的氢存储 Nivolumab诱导的Hidradenitis purrativa：病例报告 人为反应性氮的全球净气候效应 二氧化钒纳米梁中相和载体动力学的近场纳米影像 基于Degron的生物oprotacs用于控制CAR T细胞中的信号传导 饮食纤维单糖含量改变肠道微生物组组成和发酵 Cuxbi2Se3纳米板中两性掺杂的精确控制 体内细胞活性历史的快速生化标记 单细胞RNA-seq分析揭示了与类风湿关节炎疾病活性相关的细胞子集和基因特征 ASP12的应变释放烷基化可以使K-Ras-G12d的突变体选择性靶向 集成光子学中的高率并行化 Medicine® UC Davis
神经丝轻链（NFL）是树突和神经元体中存在的神经丝的亚基，它赋予神经元和轴突结构稳定性[1]。神经丝使轴突的径向生长具有高度表达，以年龄的依赖性方式[1]。血清NFL水平响应于中枢神经系统因炎症，神经退行性或血管损伤而增加[1]。nfl也是一种新兴的血液和脑脊液标记，在多种神经系统疾病（如多发性硬化症[2]，阿尔茨海默氏病）和最近的脑小血管疾病（CSVD）中，神经司长损伤的脑脊液标记（CSVD）[3]。nfl与淀粉样蛋白β（aβ）在脑膜动脉中的沉积有关，这是脑淀粉样血管病的标志（CAA）[4]。最近，在最近的皮质下梗塞和中风的患者中观察到了血清NFL升高[5]。已经发现脑脊液和血清NFL在白质高强度（WMH）患者中都增加，并且水平与WMH负载，CSVD负担的磁共振成像（MRI）标记相关[6]。
单蝇基因组组装填补了果蝇科生命之树的主要系统基因组学空白
1 斯坦福大学生物系，斯坦福，加利福尼亚州，美国，2 耶鲁大学生态与进化生物学系，纽黑文，康涅狄格州，美国，3 弗吉尼亚理工大学生物科学系，布莱克斯堡，弗吉尼亚州，美国，4 北卡罗来纳大学教堂山分校生物系，北卡罗来纳州教堂山，美国，5 加州大学戴维斯分校进化与生态系，戴维斯，加利福尼亚州，美国，6 班戈大学环境与自然科学学院，班戈，英国，7 凯斯西储大学生物系，克利夫兰，俄亥俄州，美国，8 雪城大学生物系生殖进化中心，纽约州，雪城，美国，9 东京都立大学生物科学系，日本，10 斯坦福大学发育生物学系，斯坦福，加利福尼亚州，美国，11 捷克科学院生物中心昆虫学研究所，Č eske´ Bud ě jovice，捷克共和国，12 于韦斯屈莱大学生物与环境科学系，于韦斯屈莱，芬兰，13 北海道大学生物科学系，札幌，日本，14 夏威夷无脊椎动物项目，林业与野生动物部，檀香山，夏威夷，美国，15 东京大学复杂性科学与工程系，日本东京，16 夏威夷大学太平洋生物科学研究中心，M ā noa，夏威夷，美国，17 儿科遗传医学部；华盛顿大学实验室医学与病理学系，美国华盛顿州西雅图，18 詹姆斯库克大学黛恩树雨林观测站，澳大利亚汤斯维尔，19 贝勒医学院，美国德克萨斯州休斯顿，20 不列颠哥伦比亚大学动物学系，加拿大温哥华，21 加州大学伯克利分校细胞与分子生物学系，美国加利福尼亚州伯克利，22 加州大学伯克利分校霍华德休斯医学研究所，美国加利福尼亚州伯克利，23 爱丁堡大学生态与进化研究所，英国爱丁堡，24 康奈尔大学昆虫学系，美国纽约州伊萨卡，25 内华达大学拉斯维加斯分校生命科学学院，美国内华达州拉斯维加斯，26 北海道大学北海道大学博物馆，日本札幌，27美国密歇根州霍顿市密歇根理工大学生物科学系，28 CZ Biohub 研究员，美国加利福尼亚州旧金山市