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水生生态系统分子生态学研究组组长
(女/男/其他) 工作地点：WasserCluster Lunz – Biological Station GmbH, 3293 Lunz am See, 奥地利 www.wcl.ac.at 工作时间：每周 40 小时 工作期限：永久职位 月薪总额（每年支付 14 次）：5800 欧元 WasserCluster Lunz (WCL) 提供激励人心的国际科学工作环境。 多个实验室，包括分子生物学、微生物学和放射性核素实验室等，都配备了最先进的基础设施。 分子实验室配备了多种分子技术，从总核酸提取和定量到标准 PCR 和单/双重 qPCR，并可进行多重应用。 实验室有一个带特殊设备的紫外线手套箱，可满足低 DNA/RNA 技术的需求，也适用于 HMW DNA 的提取。此外，还可以使用 MinIOn 设备进行现场测序。我们还提供GC-IRMS，流式细胞仪，TOC分析仪，共聚焦激光扫描显微镜，激光衍射粒度分布分析仪等。各种室外和室内实验设施以及地下水，湖泊和溪流生态系统的长期监测站可实现跨尺度的创新生态系统研究。职责：
肠道微生物组组成对社会决策的影响
索邦纳大学（Sorbonne Universite），巴黎脑研究所（ICM），Inserm，CNRS，CNRS，APHP，Hôpitalde la Pitie ́Salpêtrie ̀雷，47 Boulevard del'Hôpital，France Bonn and Bonn Nut and Micro Science and Micro Science and Insipmation 。 Katzenburgweg 7，53115德国B波恩C基因组统计研究所和生物信息学研究所，波恩大学和大学医院波恩，维纳斯伯格校园1，53127 BONN，德国BONN，BONN，BONNY D BONN D BONN，实验性癫痫学研究所 Boulevard de Constance, 77300 Fontainebleau, France f Lyon Neuroscience Research Center, CNRS, INSERM, Claude Bernard University Lyon 1, CH Le Vinatier - Bâtiment 462 - Neurocampus, 95 Bd Pinel, 69500 Bron, France *To whom correspondence should be addressed: Email: hilke.plassmann@insead.edu 1 Shared senior作者身份。 编辑者：Stephen Fleming。 Katzenburgweg 7，53115德国B波恩C基因组统计研究所和生物信息学研究所，波恩大学和大学医院波恩，维纳斯伯格校园1，53127 BONN，德国BONN，BONN，BONNY D BONN D BONN，实验性癫痫学研究所 Boulevard de Constance, 77300 Fontainebleau, France f Lyon Neuroscience Research Center, CNRS, INSERM, Claude Bernard University Lyon 1, CH Le Vinatier - Bâtiment 462 - Neurocampus, 95 Bd Pinel, 69500 Bron, France *To whom correspondence should be addressed: Email: hilke.plassmann@insead.edu 1 Shared senior作者身份。编辑者：Stephen Fleming
单倍型分辨的端粒至居粒基因组组装雄性二下品种提供了有关性别确定机制的见解
结果：单倍型包括Y染色体（Dalachr6a），该染色体表现出早期的异态，其特征在于与X染色体相比略有尺寸减小和丝粒转移。比较基因组分析显示，二下的性染色体更新。性别确定区域（SDR）被完善至〜7.6 MB，占性染色体的约44％。该区域对应于富含男性特异性变异和性别特异性基因的上心反转。在SDR中注释的455个基因中，有88个被确定为具有性偏见表达的性别联系的候选者，许多人参与花器官的发育。值得注意的是，Y编码的COI1基因被确定为茉莉酸（JA）信号的潜在调节剂。雄花表现出JA-IE浓度是雌花的三倍，基因表达分析涉及性表型测定中的JA生物合成和信号传导途径。
1001G+项目：拟南芥长阅读基因组组件的精选集合，以推进植物研究
*用于跑步：Nordborg。†其他字母列表：Carlos C. Alonso-Blanc 3，Fritschi Catri 2，Grigoreva 5， Kersey 10，康沃尔郡亚历山大5，Quichao Lian Magnus Nordborg 5，Ferdinand A. Rabbanal 2，Rebecca Schandry 2，路易莎·塞斯代尔2，塞巴斯蒂安边境
植物基因组组件和注释机器人4935 / bsc ... < / div>
1。第一个研究问题：提出可检验的假设和状态预测。2。实施工具来组装，注释和解释植物基因组。3。分析数据以创建和解释信息性数据可视化。4。向其他研究人员传达方法和结果。一天中的日子时间地点星期一12：50-1：40pm生物多样性研究所CSE E252星期三12：50-1：40pm生物多样性研究所CSE E252课程描述您是否对使香蕉不同于松树或与橡木不同的草感到好奇？理解物种差异的关键是在其基因组中编码的，现在可以解锁使每种物种独特的基因组秘密。在此类中，我们将对从UF校园的McCarty Woods进行树木的基因组进行测序，并应用最先进的计算和生物信息学来组装这些基因组并注释其基因。无需经验！该课程将向学生介绍植物基因组的结构，功能和多样性，并将提供真实的研究经验，以及研究技能，道德，客观性和偏见以及研究交流的基础培训。每周课程将与两个（2）个小时的课程开会，作为基本教学的小组，但是大部分学习将通过动手研究来实现。政策在此课程中您的成功对我们来说很重要。我们所有人都需要住宿，因为我们所有人的学习方式都不同。将共同制定可以使您在课程中取得成功的策略。教室礼节如果本课程的某些方面阻止您学习或构成包容性的障碍，请尽快告诉我们。您也欢迎与学生访问性服务联系以开始对话或为此课程建立住宿。
肠道微生物组组成与 1 型糖尿病成人患者的地中海饮食依从性和血糖控制相关
微生物组组成与 1 型糖尿病 (T1D) 儿童的血糖控制有关。地中海饮食 (MD) 会影响健康人的微生物组组成。尚不清楚 MD 是否通过微生物组改变影响长期 T1D 成人的血糖控制。我们在本研究中旨在调查 T1D 成人的 MD、血糖控制和肠道微生物组组成之间的关系，同时探索使用肠道微生物组谱作为临床参数和饮食模式预测标志物的可行性。在一项对 253 名 T1D 患者的横断面研究中，通过 EPIC 问卷评估饮食，通过相对地中海饮食评分 (rMED) 评估对 MD 的依从性，通过散弹枪宏基因组学分析肠道微生物组，通过 HbA1c 和连续血糖监测评估血糖控制。高度遵守 MD 与改善血糖控制有关，证据是与低依从性受试者相比，HbA1c 水平显着降低。高度遵守 MD 与有益微生物物种的丰富显著相关。相反，低依从性对应着潜在有害物种的较高水平。微生物组显著预测了几个变量，包括 HbA1c 和 MD 依从性。我们的研究结果强调了 MD 依从性对长期患有 1 型糖尿病的成年人的血糖控制和肠道微生物组组成的有益影响。该研究在 ClinicalTrials.gov 上注册，标识符为 NCT05936242。
烟熏本米亚纳的完整基因组组装揭示了centromeres的遗传和表观遗传景观
Nicotiana Benthamiana是一种在植物生物学和生物技术中广泛采用的模型生物。自2012年最初发行以来，其基因组研究已落后。为了进一步提高其实用性，我们生成和相位的同种异体二磷酸n. benthamiana的完整的2.85 GB基因组组装，所有19个centromeres和38个端粒完全分析。我们发现，尽管甲酸溶剂粒粒子被TY3/GYPSY逆转录座子广泛主导，但基于卫星的centromeres在N. Benthamiana中令人惊讶的是，在N. Benthamiana中，有11个Cendromeres中有11个由超级范围层面卫星阵列展出。有趣的是，富含卫星的和无卫星的丝粒被独特的吉普赛逆转录子广泛入侵，其中CENH3蛋白更优选地占据了CENH3蛋白，这表明它们在中心仪功能中至关重要。我们证明rDNA是丝粒卫星的主要起源，线粒体DNA可以用作Centromere的核心成分。亚基因组分析表明，卫星阵列的出现可能会在多倍体化后基因组休克期间驱动着丝粒的形成和成熟。总的来说，我们提出了本氏菌Centromeres通过Neocentromere的形成，卫星扩张，逆转录转座子富集和mtDNA整合而发展。
如何（不是）将假想二次字段组的群组组成？
假想二次字段的类群（简称课程组）已将加密术的复兴视为未知顺序的透明组。它们是成为RSA组无信任的替代方案的主要候选人，因为课程组不需要（分布式）受信任的设置来品尝一个不明订单的密码安全组。班级组最近在可验证的秘密共享，安全的多方计算，透明的多项式承诺中发现了许多应用，也许最重要的是，在基于时间的密码学中，即可验证的延迟功能，（同型）时间锁定谜题，定时承诺等但是，使班级在实用的加密部署中普遍存在有各种障碍。我们启动了严格的哈西群体研究。具体来说，我们想在类组中采样一个均匀分布的组元素，以便没有人知道其相对于任何公共参数的离散对数。我们指出了许多公开可用的集体库中的几种有缺陷的算法。我们通过显示针对加密协议的具体攻击，即可验证的延迟功能，进一步说明了这些哈希功能的不安全感，如果它们是用那些破裂的横向级别组函数部署的。我们建议将两个密码安全的哈希功能归类为课程组。我们实施这些结构并评估它们的性能。我们将实现作为开源库。
pipeasm：一种自动大型染色体规模基因组组装和评估的工具
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证。是根据作者/资助者提供的预印本（未经Peer Review的认证）提供的，他已授予Biorxiv的许可证，以在2024年10月24日发布的此版本中显示此版本的版权持有人。 https://doi.org/10.1101/2024.10.21.598381 doi：Biorxiv Preprint
GCI：完整基因组组件的连续性检查员
抽象动机：长阅读测序技术的最新进展显着促进了高质量基因组组装的产生。端粒到核（T2T）无间隙组装已成为基因组组装工作的新金标准。最近的一些努力声称产生T2T水平参考基因组。但是，仍然缺少通用标准，以使基因组组件以T2T标准为标准。传统的基因组组装评估指标（N50及其衍生物）在全球和本地的连续性中都无法区分几乎T2T组装和真正的T2T组装。此外，这些指标与原始读取无关，使它们通过人工操作轻松膨胀。因此，在完整基因组的时代，迫切需要单个核苷酸分辨率的无间隙评估工具，以反映真正的完整性。结果：在这里，我们提出了一种称为基因组连续性检查器（GCI）的工具，旨在评估单基碱分辨率下的基因组组装连续性，并评估组件与T2T水平的距离程度。GCI利用多个对齐器映射从各个测序平台回到组件的长读数。通过纳入高信心读取对齐的策划映射覆盖范围，GCI确定了潜在的组装问题。同时，它提供了量化整个基因组或染色体尺度上整体组装连续性的GCI评分。可用性：在MIT许可下，可以在GitHub（https://github.com/yeeus/gci）上免费获得开源GCI代码。联系人：gujiezhang@zju.edu.cn（G.Z）或wudongya@zju.edu.cn（d.w.）补充信息：可在BreiOnformatics Online获得补充数据。