5 Invivosciences,Inc。,美国威斯康星州麦迪逊,对应作者:tetsuro@invivosciences.com,farid.alisafaei@njit.edu摘要。心肌细胞不断经历调节其收缩行为并有助于整体心脏功能的机械刺激。尽管机械转导的重要性在心脏生理学中,但心肌细胞整合外部机械提示的机制,例如拉伸和环境僵硬,仍然知之甚少。在这项研究中,我们提出了一个合并的理论和实验框架,以研究应变诱导的细胞骨架僵硬如何调节心肌细胞的收缩性和力产生。我们的研究阐明了调节组织中机械张力心肌细胞经验的经验(无论是通过调节环境僵硬,外部拉伸还是心脏成纤维细胞激活)可以有效地调节其收缩力,并通过细胞骨架菌株僵硬在这种机械转移反应中起着核心作用。
骨肉瘤细胞的去分化导致预后不良。我们计划识别与细胞去分化有关的关键分子,并探索它们如何促进骨肉瘤细胞的肺转移。我们进行了一个球体形成测定法,并确认可以将球体细胞重新分化为特定培养基中的成骨细胞,脂肪细胞和软骨细胞,并且在细胞表面检测到了细胞表面,这表明球体样细胞是透射细胞的。血小板传播1(THBS1)和ITGA被确定为去分化的关键分子,而THBS1表达较高的骨肉瘤患者的预后较高。thbs1在去分化的早期阶段促进了itga1和itga6在细胞膜上的积累,从而增加了细胞质中FAK,RASGRF1和MLC2的磷酸化,并促进细胞骨架重塑。我们的结果表明,THBS1通过促进细胞骨架重塑来促进细胞去分化和肺转移,并且ITGA1和ITGA6在介导细胞外向至细胞内信号中起着重要作用。这种介导作用主要发生在去分化的早期阶段。
将大脑视为由简单神经元组成的复杂计算机无法解释意识或认知的基本特征。没有突触的单细胞生物利用其细胞骨架微管执行有目的的智能功能。需要一个新的范式来将大脑视为一个尺度不变的层次结构,既从神经元水平向上延伸到越来越大的神经元网络,也向下、向内延伸到神经元内细胞骨架微管中更深、更快的量子和经典过程。证据表明,微管中存在在太赫兹、千兆赫兹、兆赫兹、千赫兹和赫兹频率范围内重复的自相似传导共振模式。这些传导共振显然起源于太赫兹量子偶极振荡和每个微管蛋白(微管的组成亚基和大脑中最丰富的蛋白质)中色氨酸、苯丙氨酸和酪氨酸的芳香族氨基酸环的π电子共振云之间的光学相互作用。现在,来自培养的神经元网络的证据还表明,树突状体细胞微管中的千兆赫和兆赫振荡调节远端轴突分支的特定放电,从而因果地调节膜和突触活动。大脑应该被视为一个尺度不变的层次结构,其中量子和经典过程对意识和认知至关重要,这些过程源自神经元内的微管。
图 1:(a) SWC 文件的说明性示例(不是真实细胞)。从左到右,各列分别表示节点索引、神经元区室类型、x、y、z 坐标、半径和父节点索引。例如,第二个节点表示位于 [0, 0, 8] 处半径为 2 µm 的顶端树突(类型 4)部分。它连接到其父节点(第一个节点)。如果父索引为 -1,则当前节点为根节点。(b) (a) 中 SWC 文件定义的神经元骨架的可视化表示。红色 ⊗ 符号表示体细胞节点,神经突节点用红色 + 表示。长度为 l 1 , . . . , l 4 的蓝线绘制了神经元骨架。虚线以 3D 形式说明了神经元的形态。(c) 可用于连接两个连续节点的圆锥
在这项研究中,我们对十项可公开可用的基准测试进行了全面的荟萃分析,该测试评估了使用RNA-SEQ数据评估基因融合检测工具的性能。我们的分析集中在关键性能指标上,包括灵敏度,精度和F1分数。我们评估了工具在不同数据集中的性能。我们检查了数据集特征的影响,例如样本类型(真实或模拟)和读取长度,以及结果对结果的其他样本和测序参数。除了评估绩效外,我们还分析了基准测试的组织和设计,突出了诸如数据集的清晰描述,详细的仪器参数和透明方法。但是,我们还确定了常见的陷阱,包括不足的可重复性信息,数据集的多样性和缺乏广泛接受的黄金标准数据集。这些限制使得很难始终如一地评估工具并跨基准进行比较。通过综合这些发现,我们为未来的基准项目提出了建议,强调了标准化的需求,提高透明度和健壮真理集的发展。本研究旨在帮助社区创建更可靠和可重复的基准测试,最终加速了用于临床和研究应用的基因融合检测工具的开发和评估。
预印本(未通过同行评审认证)是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。该版本的版权持有人于2025年1月19日发布。 https://doi.org/10.1101/2025.01.15.633177 doi:biorxiv preprint
引言乳腺癌(BC)是最常见的癌症,与全球女性最与癌症相关的死亡人数最多。bc发生在青春期后的所有年龄段的女性中。在2022年,有230万妇女被诊断出患有卑诗省的妇女,在全球范围内造成约670,000人死亡1。尽管在早期检测和治疗BC方面取得了进展,但转移,但显着使治疗复杂化,并且仍然是癌症相关死亡的主要原因2,3。转移是指癌细胞从原发性肿瘤部位扩散以在不同解剖部位建立的过程2。这些扩散的细胞很难治疗,快速生长,并且会导致在转移部位4的器官衰竭。因此,了解驱动BC转移的详细分子机制对于制定更有效的治疗干预措施至关重要。α-微管蛋白的乙酰化是一种与BC进展和转移3,5-7相关的机制。 这是一种翻译后修饰(PTM),通常发生在α-微管蛋白的赖氨酸40上,这是一种与β-微管蛋白二聚体的关键蛋白。 这些异二聚体是在5,8细胞中形成微管(MTS)聚合以形成微管(MTS)的构件。 PTM,例如乙酰化和驱虫率与癌症的细胞转化有关9。 例如,α-微管蛋白的乙酰化已被证明可以增强细胞的附着,迁移和重新分析,从而为转移势7提供选择性优势7。α-微管蛋白的乙酰化是一种与BC进展和转移3,5-7相关的机制。这是一种翻译后修饰(PTM),通常发生在α-微管蛋白的赖氨酸40上,这是一种与β-微管蛋白二聚体的关键蛋白。这些异二聚体是在5,8细胞中形成微管(MTS)聚合以形成微管(MTS)的构件。PTM,例如乙酰化和驱虫率与癌症的细胞转化有关9。例如,α-微管蛋白的乙酰化已被证明可以增强细胞的附着,迁移和重新分析,从而为转移势7提供选择性优势7。这些修饰通常与癌症的结果不良和增强的转移能力相关,这为将其定为潜在治疗剂的基本原理7,9。该新闻通讯将探讨α-微管蛋白乙酰化在BC转移中的作用,其生物学意义及其治疗潜力。
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证未通过同行评审获得证明)是作者/资助者,他已授予Biorxiv授予Biorxiv的许可,以永久显示预印本。它是此预印本的版权持有人(该版本发布于2024年7月22日。; https://doi.org/10.1101/2024.06.28.601275 doi:biorxiv Preprint
uhrf1在受精后主要迁移到卵和胚胎中的细胞质,其中少量的UHRF1在某些区域(例如ICR)中维持甲基化修饰的细胞核中剩余少量。另一方面,除了受精后立即卵和胚胎外,所有UHRF1均易位到细胞核中,并在与细胞分裂相关的DNA复制过程中复制甲基化修饰。由于使用卵的实验受到局限性,因此研究小组使用人类培养的细胞发现NLRP5和OOEEP与构成SCMC的核心蛋白之间的结合。研究小组还产生了一条细胞系,可以通过药物诱导的诱导UHRF1(称为Cuhrf1:图1),该细胞系已被修饰以将其定位为细胞质,就像卵子一样,并检查了Cuhrf1在NLRP5和OOEP存在下CuHRF1变化的蛋白质稳定性。我们发现,在OOEEP存在下,CuHRF1的稳定性不会改变,但是在NLRP5存在下,Cuhrf1的稳定性增加了两倍以上(图2)。我们还发现,NLRP5缺陷小鼠的卵中的细胞质和细胞核中UHRF1蛋白的量均降低。该结果表明,在易位进入细胞核后,稳定的UHRF1的一部分可能稳定存在。
黄油中的生动结构颜色是由光子纳米结构散射光引起的。结构颜色用于众多生物信号功能,并具有重要的技术应用。从光学上讲,这种结构是充分理解的,但是对它们在体内发展的洞察力仍然很少。我们表明,肌动蛋白与黄油翼鳞片中的结构颜色形成密切相关。使用成人和发展中H. sara的虹彩(结构上有色)和非冰箱尺度之间的比较,我们表明虹彩尺度具有更密集的肌动蛋白束,导致倾斜脊密度增加。超分辨率的微分析跨三个遥远相关的黄油种类揭示,肌动蛋白在尺度发育过程中反复重新安排,并且在形成光学纳米结构时至关重要。此外,在这些后期的发育阶段进行肌动蛋白扰动实验导致H. Sara的结构颜色几乎几乎总损失。总体而言,这表明肌动蛋白在黄油含量尺度的结构颜色形成过程中起着至关重要的直接模板作用,从而提供了在鳞翅目中可能具有普遍性的脊模式机制。