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Yescarta：INN-axicabtagene ciloleucel
作用方式概述：Axicabtagene ciloleucel 是一种自体治疗，通过逆转录病毒转导编码抗 CD19 CAR 的构建体，收获患者自身的 T 细胞并在体外进行基因改造。由于 axicabtagene ciloleucel 是一种基于自体细胞的产品，因此它没有明确的化学性质。用于生产 axicabtagene ciloleucel 的抗 CD19 CAR 构建体包含 3 个区域：1) 源自 FMC63 鼠杂交瘤的抗人 CD19 scFv；2) 人 CD28 的部分胞外结构域和完整的跨膜和胞内信号传导结构域；3) 人 CD3-ζ 分子的细胞质部分，包括其胞内信号传导结构域。 CAR 与 CD19 + 靶细胞结合后，CD3ζ 结构域激活下游信号级联，导致 T 细胞活化、增殖并获得效应功能（例如细胞毒性）。CD28 的胞内信号结构域提供共刺激信号，与主要 CD3ζ 信号协同作用以增强 T 细胞功能，包括 IL2 产生 { Finney 1998 }。这些信号共同刺激 CAR T 细胞增殖并直接杀死表达 CD19 的靶细胞。此外，活化的 T 细胞会分泌细胞因子、趋化因子和其他分子，这些分子可以募集和激活额外的抗肿瘤免疫细胞 { Restifo 2012 }。图 I.1 部分显示了描述 axicabtagene ciloleucel 构建体和产品作用方式的示意图。
水稻品种中逆转座子 Tos17Chr.7 的失活……
摘要 逆转座子是一类可移动的遗传元件，能够通过逆转录 RNA 中间体进行转座。水稻品种日本晴在第 7 号染色体上（Tos17 Chr.7）和第 10 号染色体上（Tos17 Chr.10）含有两个几乎相同的 Tos17 基因组拷贝，Tos17 是一个内源的 copia 样 LTR 逆转座子。前期研究表明，在组织培养过程中，只有 Tos17 Chr.7 具有转座活性。Tos17 Chr.7 已被广泛用于插入诱变，作为水稻基因功能分析的工具。然而，在水稻转化过程中，Tos17 Chr.7 转座可能会产生具有不良性状的体细胞突变，从而影响转基因的评估或应用。本研究利用 CRISPR/Cas9 基因编辑系统构建了一个 Tos17 Chr.7 敲除突变体 D873。 Tos17 Chr.7 在D873上的基因编辑等位基因被命名为Tos17 D873 ，该基因在Tos17 Chr.7的pol基因上有一个873bp的DNA缺失，从而导致GAG-整合酶前结构域和整合酶核心结构域的缺失。虽然Tos17 D873的转录在D873愈伤组织中被激活，但在再生的D873植株中没有检测到Tos17 D873的转座。结果表明GAG-整合酶前结构域和整合酶核心结构域是Tos17 Chr.7转座所必需的，且这两个结构域的缺失不能被水稻基因组中的其他LTR逆转录转座子补充。由于 Tos17 Chr.7 衍生的体细胞克隆诱变在 D873 植物中被阻断，因此 Tos17 D873 等位基因的产生将有助于生产转基因水稻植物，以进行基因功能研究和遗传工程。类似的方法可用于在作物育种中失活其他逆转录转座子。
使用高通量测量值在各种情况下开发紧凑的转录效应子
转录效应子是已知激活或抑制基因表达的蛋白质结构域。但是，缺乏对哪种效应域调节转录的系统性理解。在这里，我们开发了DCAS9介导的高通量募集（HT-RECRUIT），这是一种合并的筛选方法，用于量化内源性靶基因的效应子功能和测试效应子功能，用于包含各种环境的5,092个库中的库。我们还使用较大的文库瓷砖调节剂和转录因子来绘制从未注释的蛋白质区域绘制的效应子的上下文依赖性。我们发现许多效应子取决于目标和DBD上下文，例如可以充当激活因子或阻遏物的HLH域。为了实现有效的扰动，我们选择了包括ZNF705 KRAB在内的上下文固定域，从而改善了CRISPRI工具以使启动子和增强子保持沉默。我们通过结合NCOA3，FOXO3和ZnF473结构域来设计一种称为NFZ的紧凑型人类激活剂，该结构域可以通过更好的病毒递送和对嵌合抗原受体T细胞的诱导控制有效的CRISPRA。
直接观察范德华磁铁CRI3
van der waals（vdw）堆叠是一种强大的技术，可以通过逐层晶体工程在凝结物质系统中实现所需的特性。一个了不起的例子是控制人工堆叠的VDW晶体之间的扭角，从而实现了从超导性到强相关的磁性范围内的Moiré结构中非常规现象的实现。在这里，我们报告了VDW磁铁CRI 3晶体中不寻常的120°扭曲断层的出现。在去角质样品中，我们观察到厚度低于10 nm的垂直扭曲结构域。扭曲结构域的尺寸和分布在很大程度上取决于样品制备方法，而合成的未脱落样品显示出比去角质样品的厚域更厚的域。冷却引起不同扭曲结构域之间相对种群的变化，而不是先前假定的结构相过渡到菱形堆积。样品制造过程引起的堆叠障碍可能解释了CRI 3中观察到的未解决的厚度依赖性磁耦合。
含有驱动蛋白的calponin同源域，KIS1调节叶绿体的形成和免疫力
叶绿体形态在免疫期间发生变化，从而产生了称为stromules的小管状结构。stromules沿着微管延伸，并沿核细胞锚定向肌动蛋白丝，以促进核周chlo-oplast簇。这促进了防御分子/蛋白质从叶绿体到核的运输。缺乏茎在免疫中的直接作用的证据，因为目前，没有已知的基因来调节Stromule生物发生。我们表明，在TNL [TIR（Toll/Interleukin-1 Receptor） - 型链球菌形成所必需的含有驱动蛋白的Calponin同源（CH）结构域（诱导Stromules 1）所需的calponin同源（CH）域（诱导Stromules 1）是必需的。此外，tnl介导的对细菌和病毒病原体的免疫力是必需的。基斯1的微管结合运动结构域是基质形成所必需的，而肌动蛋白结合，CH结构域是核叶叶绿体簇需要的。我们表明，KIS1通过早期的免疫信号成分EDS1和PAD4与水杨酸 - 需要Kis1的stromules发挥作用。因此，KIS1代表stromule生物发生的玩家。
一种抗原触发Guillain – Barr´e -Stohl综合征
由支原体肺炎感染已被认为是Guillain - Barr E - Stohl综合征的先前因素。Guillain - Barr E - Stohl综合征是由对主要糖脂的免疫反应触发的，并且已经假定肺炎支原体感染会触发该综合征，原因是该综合征是由于半乳糖膜的生产而引起的。在这里，我们对104种支原体物种的224个基因组序列进行了广泛的比较，以表征半乳乳脑化生物合成的遗传决定因素。隐藏的马尔可夫模型用于分析甘草转移酶，从而鉴定出功能性蛋白质结构域的识别，称为M2000535，该蛋白质结构域大约在三分之一的研究基因组中出现。该结构域似乎与潜在的UDP-葡萄糖表达酶相关，该酶将UDP-葡萄糖融合到UDP-半乳糖中，这是半乳糖苷的生物合成的主要基础。这些发现阐明了强调Guillain - Barr E - Stohl综合征的致病机制。肺炎感染。
鬃狮蜥腺病毒 1 的完整基因组序列含有三个编码 C 型凝集素样结构域超家族蛋白的基因
鬃狮蜥腺病毒 1 (BDAdV-1)，也称为鬣蜥腺病毒 1，已被全世界描述为内陆鬃狮蜥 (Pogona vitticeps) 的一种流行传染性病原体，鬃狮蜥是一种最常见的有鳞外来宠物爬行动物。之前有限的腺病毒 DNA 聚合酶和六邻体基因序列数据表明，BDAdV-1 是腺病毒科 Atadenovirus 属的成员。Atadenovirus 会感染反刍动物、有袋动物、陆龟类爬行动物和鸟类，但已证明该属源自有鳞爬行动物。在这里，我们报告了一项筛查调查以及 BDAdV-1 的完整基因组序列，该序列直接来自一条死去的幼年鬃狮蜥样本，该幼年蜥蜴在去世前表现出中枢神经系统症状。BDAdV-1 基因组为 35,276 bp，包含 32 个推定基因。它的基因组组织是 Atadenovirus 属成员的特征，然而，发散的 LH3 基因表明与其他属成员（如蛇腺病毒 1）相比，其结构相互作用具有不同的性质。我们鉴定了五种新型开放阅读框 (ORF)，其中三种编码 C 型凝集素样结构域 (CTLD) 超家族的蛋白质。ORF3 具有 CTLD II 组样结构域结构，显示出与自然杀伤细胞表面受体和用于神经趋向性的 α 疱疹病毒毒力因子基因 UL45 的结构相似性。与典型的腺病毒右端基因相比，ORF4 和 6 非常长，可能编码具有新型、以前未描述过的结构域结构的 CTLD 超家族成员。BDAdV-1 是迄今为止 Atadenovirus 属中最具发散性的成员，为腺病毒的多样性、进化和发病机制提供了新的见解。
融合蛋白的人工智能三维...
融合蛋白由至少两个部分蛋白结构域的组合组成，每个蛋白结构域由单独的基因编码，合并以进行关节转录和转移。精确预测蛋白质的三维（3D）结构对于随后的药物发现过程的准确性至关重要。这包括预测蛋白质功能，研究蛋白质 - 蛋白质相互作用，查找抑制剂，设计抗体和分析蛋白质 - 配体相互作用。1,2蛋白质3D结构的预测主要依赖于蛋白质序列数据及其结构同源性。3巨大的努力以更好地理解并研究野生型（WT）蛋白的3D结构。但是，我们缺乏预测融合蛋白3D结构并具有足够知识的努力。融合蛋白。此过程是由DNA双链断裂引起的染色体重排触发的。这些融合蛋白是两种不同蛋白质结构（包括主要功能结构域或部分）的球状形式的组合形式，可能会导致细胞中具有新功能或调节的新型蛋白质，从而导致疾病。4许多融合蛋白已被用作癌症治疗中的治疗靶标。5–8
靶向DNA依赖性激活机制Sparta
摘要在原核生物和真核先天免疫系统中，TIR结构域是降解关键代谢物NAD +或产生信号分子的NADase。TIR结构域的催化激活需要寡聚，但是在不同的免疫系统中这是如何实现的。在S HORT p rokaryotic ar gonaute（pago） / t ir-a p az（sp Art a）免疫系统中，TIR NADase活性是在引导RNA介导的对v adno dna b y n unkno wn机制中的引导RNA介导的识别的识别。在这里，我们描述了无活性单体和靶DNA激活的四聚体状态中Sp Art a的cry o-em str uct us。单体SP ART A uct ure表明，在没有靶DNA的情况下，Tir-Apaz的C末端尾巴占据了Pago和Tir-ap Az亚基的核酸结合裂缝，抑制SP ART A激活。在活性四聚体SP ART中，引导RNA介导的靶DNA结合置换了C末端的尾巴，并诱导Pago中的构象变化，从而促进了SP ART A-SP ART二聚体。同时释放和一个TIR结构域的旋转使其能够在二聚体内部与另一个TIR结构域形成一个复合的NADase催化位点，并生成一个介导合作四聚体的自相互界面。组合，这项研究提供了对SP ART A的Str UCT架构构建的关键见解，以及靶靶DNA依赖性低聚和催化激活的分子机制。
具有双果冻的真核DNA病毒的自然史 -
门前病毒（Kingdom Bamfordvirae，Realm varidnaviria）是多种病毒的广泛组合，其相对较短的双链DNA基因组（<50 kbp）产生了由双果冻 - 双果冻 - 卷胶卷蛋白构建的二十os虫。前肿瘤动物感染所有细胞结构域的宿主，证明其古老的起源，尤其是与真核生物的七个超级组中的六个有关。前肿瘤分子包括四个主要的病毒组，即Polinton，Polinton，例如病毒（PLV），病毒噬细胞和腺毒。我们使用蛋白质结构建模和分析来表明蛋白质的DNA聚合酶（PPOLBS），polins，病毒噬细胞和细胞质线性质粒涵盖了n-终末结构域与末端蛋白（TPS）的N-末端域同源物（TPS），例如原始prd1-涉及tpectiricotic andototic artectirIdotics和eukaryotic artirIdotics artirIdotic artirIdotic artineciridotics anden tectirifiridotic toNERIFIRIDICRIDOTICSIRIATICS -ETENIRIDOTIOTICTIRIDOTOCTIOTICTIRIDS复制启动，以病毒卵巢肿瘤 - 类半胱氨酸去泛素酶（votu）结构域为由。投票域可能是导致TP从大型PPOLB多肽裂解的原因，并且在腺毒中被灭活，其中TP是单独的蛋白质。许多PLV和转囊编码了Polinton的独特衍生物 - 例如保留TP，Fotu和PPOLB聚合棕榈域的PPOLB，但缺乏外核酸酶域，而含有一个超家族1个旋转酶结构域。分析了在真核前肿瘤前胞菌中，对投票域的存在/不存在和将PPOLB用其他DNA聚合酶代替，使我们能够概述其起源和进化的完整情况。