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chemSHERPA-AI 数据准备方法和要领
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大数据时代的深渊微生物研究
[1] Du M，Peng X，Zhang H等。地质，环境和生活在世界海洋最深的地方。创新（Camb），2021，2：100109 [2] Stewart HA，Jamieson AJ。HADAL沟渠的栖息地异质性：未来研究的考虑和影响。Prog Oceanogr，2018，161：47-65 [3] Jamieson AJ，Fujii T，市长DJ等。Hadal Trenches：地球上最深的地方的生态。趋势Ecol Evol，2010，25：190-7 [4] Jamieson A.Hadal区域：最深的海洋中的生命[M]。剑桥：剑桥大学出版社，2015年[5] Glud RN，WenzhöferF，Middelboe M等。地球上最深的海洋沟中的沉积物中的微生物碳更换率很高。nat Geosci，2013，6：284-8 [6] Glud RN，Berg P，Thamdrup B等。HADAL沟渠是深海早期成岩作用的动态热点。社区地球环境，2021，2：21 [7]WenzhöferF，Oguri K，Middelboe M等。底栖碳矿化中的矿物质矿化：原位评估2微量精细的测量值。深海Res 1 Oceanog Res Pap，2016，116：276-86 [8] Nunoura T，Nishizawa M，Kikuchi T等。分子生物学和同位素生物地球化学预后，硝化驱动的动态微生物氮循环在hospelagic沉积物中。环境微生物，2013，15：3087-107 [9] Nunoura T，Takaki Y，Hirai M等。HADAL生物圈：对地球上最深海洋中微生物生态系统的洞察力。 Proc Natl Acad Sci u S A，2015，112：E1230-6 [10] Thamdrup B，Schauberger C，Larsen M等。HADAL生物圈：对地球上最深海洋中微生物生态系统的洞察力。Proc Natl Acad Sci u S A，2015，112：E1230-6 [10] Thamdrup B，Schauberger C，Larsen M等。Anammox细菌驱动Hadal沟槽中的固定氮损失。Proc Natl Acad Sci u S A，2021，118：E2104529118 [11] Liu S，Peng X. Hadal环境中的有机物成分：来自Mariana Trench Sediments的孔隙水地球化学的见解。深海Res 1 Oceanogr Res Pap，2019，147：22-31 [12] Cui G，Li J，Gao Z等。在挑战者深处的深渊和哈达尔沉积物中微生物群落的空间变化。peerj，2019，7：e6961 [13] Peoples LM，Grammatopoulou E，Pombrol M等。从两个地理分离的哈达尔沟中的沉积物中的微生物群落多样性。前微生物，2019，10：347 [14] Li Y，Cao W，Wang Y等。在玛丽安娜南部沟渠沉积物中的微生物多样性。J Oceanol Limnol，2019，37：1024-9 [15] Nunoura T，Nishizawa M，Hirai M等。从挑战者深处的沉积物中的微生物多样性，玛丽安娜沟。Microbes Environ，2018，33：186-94 [16] Jian H，Yi Y，Wang J等。居住在地球上最深海洋的病毒的多样性和分布。ISME J，2021，15：3094-110 [17] Hiraoka S，Hirai M，Matsui Y等。 微生物群落和对的反式沉积物的地球化学分析ISME J，2021，15：3094-110 [17] Hiraoka S，Hirai M，Matsui Y等。微生物群落和对
数据手册 - 中天华威
2019年12月Rev.0.9 1/8©2019 SDC Microelectronics Co.，Ltd。www.sdc-semi.com0.9 1/8©2019 SDC Microelectronics Co.，Ltd。www.sdc-semi.com
告别堆外缓存！堆上缓存...
许多分析计算都由迭代处理阶段主导，一直执行到满足收敛条件为止。为了加速此类工作负载，同时跟上数据的指数增长和 DRAM 容量的缓慢扩展，Spark 采用了内存外缓存中间结果。然而，堆外缓存需要对数据进行序列化和反序列化（serdes），这会增加大量开销，尤其是在数据集不断增长的情况下。本文提出了 TeraCache，这是 Spark 数据缓存的一个扩展，它使用内存映射 I/O（mmio）将所有缓存数据保留在堆上但不在内存中，从而避免了对 serdes 的需求。为了实现这一点，TeraCache 使用托管堆扩展了原始 JVM 堆，该托管堆驻留在内存映射的快速存储设备上，专门用于缓存数据。初步结果表明，与最先进的 serdes 方法相比，TeraCache 原型可以将缓存中间结果的机器学习 (ML) 工作负载加快多达 37%。
DNA测序数据比对软件BWA原理及应用
STAR （ Spliced Transcripts Alignment to a Reference ）是用于将 RNA-seq 读取数据与 参考基因组序列进行高度准确和超快速的剪接感知（ splice aware ） 比对的工具。注意， STAR 是一个专门针对 RNA-seq 数据映射的比对工具，这意味着不能用于比对 DNA 数据。与 其它的 RNA-seq 比对工具相比，其具有较高的准确率，映射速度较其他比对软件高 50 多 倍。 STAR 在识别经典和非经典剪接位点方面具有很高的精确性，还可以检测到嵌合（融 合）转录本。除了映射短读取数据（例如 ≤ 200 bp ）， STAR 还可以准确地映射长读取数据 （例如来自 PacBio 或 Ion Torrent 的数 Kbp 读取数据）。 STAR 在变异检测（ SNP 和 INDEL ） 方面具有更好的灵敏度，因此， STAR 被用于 GATK 最佳实践工作流程，用于从 RNA-seq 数据 中识别短变异。
相似性缓存 - IRIS-AperTO
摘要 —本文重点介绍相似性缓存系统，其中用户对不在缓存中的对象 𝑜 的请求可以通过存储的相似对象 𝑜 ′ 来（部分）满足，但代价是用户效用的损失。相似性缓存系统可有效地用于多个应用领域，如多媒体检索、推荐系统、基因组研究和机器学习训练/服务。然而，尽管它们具有相关性，但人们对此类系统的行为还远未得到很好的理解。在本文中，我们首次全面分析了离线、对抗和随机设置中的相似性缓存。我们表明相似性缓存带来了重大的新挑战，为此我们提出了第一个具有一些最优性保证的动态策略。我们在合成和真实请求跟踪下评估了我们方案的性能。
缓存碳-EOS.org
Geodesy Surendra Adhikari海科学Clark Alexander HydrologyJoséLuisArumi自然危害Paula R. Buchanan Geohealth Helena Chapman Helena Chapman大气和太空电力Kenneth L.Cummins Tectonoponophysicsic Ciarra Greene Space Physics and Aeronomy Jingnan Guo Hydrology Caitlyn Hall Science and Society Sara Hughes Planetary Sciences James T. Keane Cryosphere Michalea King Seismology Ved Lekic Mineral and Rock Physics Jie “Jackie” Li Volcanology, Geochemistry, and Petrology Michelle Jean Muth Atmospheric Sciences Vaishali Naik Study of the Earth's Deep Interior Rita Parai Geomagnetism, Paleomagnetism, and Electromagnetism Greig Paterson Earth and Space Science Informatics Sudhir Raj Shrestha Nonlinear Geophysics Daniele Telloni Paleoceanography and Paleoclimatology Kaustubh Thirumalai Earth and Planetary Surface Processes Desiree Tullos Biogeosciences Merritt Turetsky History of Geophysics Roger Turner Global Environmental Change Yangyang XU
微观缓存和微观
系统。这些多功能设备（或系统）利用集成电路（IC）批处理处理技术来制造这些复杂的设备，将机械工程的精度与电气工程的复杂性融合（Wang等人。2024; Algamili等。2024; Geetha 2011）。mems设备和系统具有感知，控制和攻击的能力，并在微观尺度和产生影响宏观尺度的效果上。mems制造涉及各种技术领域的设计，工程和制造专业知识，包括集成电路制造技术，机械工程，材料科学，电气工程，化学和化学工程。这种多学科方法对于MEMS技术的发展和发展至关重要。流体工程，光学，仪器和包装等其他领域在MEMS设备和系统的制造中也起着重要作用。MEMS设备通常是使用半导体制造工艺制成的，类似于综合电路（ICS）的生产（Torkashvand 2024; Mohd et al。2020; Dibyendu 2015）。MEMS设备的制造涉及多个关键步骤，包括设计，材料选择，晶圆处理和包装，这些步骤是微系统技术的子集（MST）（Senturia 2002； Maluf and Williams 2004）。
基于专利数据的植物基因编辑技术发展动态与竞争态势分析
突变或遗传工程，及其涉及的 DNA 或 RNA, 载体 ( 如质粒 ) 或其分理、制备 或纯化；所使用的宿主 Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engi- neering, vectors, e. g. plasmids, or their isolation, preparation or purifica- tion; Use of hosts therefor 酶；酶原；其组合物、制备、活化、抑制、分离或纯化酶的方法 Enzymes, e. g. ligases; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating, or purifying enzymes 微生物本身，如原生动物；及其组合物；繁殖、维持或保藏微生物或其组 合物的方法；制备或分离含有一种微生物的组合物的方法；及其培养基 Microorganisms, e.g. protozoa; Compositions thereof; Processes of propa- gating, maintaining or preserving microorganisms or compositions thereof; Processes of preparing or isolating a composition containing a microorgan- ism; Culture media therefor 具有多于 20 个氨基酸的肽；促胃液素；生长激素释放抑制因子；促黑激 素；其衍生物 Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Mela- notropins; Derivatives thereof 饲养或养殖其他类不包含的动物；动物新品种 Rearing or breeding animals, not otherwise provided for; New breeds of animals 包含酶、核酸或微生物的测定或检验方法；其组合物；这种组合物的测定方法 Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microor- ganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
