体细胞变体检测是癌症基因组学分析的组成部分。尽管大多数方法都集中在短阅读测序上,但长阅读技术现在在重复映射和变体相位方面具有潜在的优势。我们提出了一种深度学习方法,一种深度学习方法,用于从短读和长阅读数据中检测体细胞SNV,插入和缺失(indels),具有用于全基因组和外显子组测序的模式,并且能够以肿瘤正常,唯一的肿瘤正常,ffpe pppe的样本进行运行。为了帮助解决公共可用培训的缺乏和基准测试数据以进行体细胞变体检测,我们生成并公开提供了一个与Illumina,Pacbio Hifi和Oxford Nanopore Technologies的五个匹配的肿瘤正常细胞线对的数据集,以及基准的变体。在样本和技术(短读和长阅读)中,深度态度始终优于现有呼叫者,特别是对于Indels而言。
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证(未获得同行评审证书)获得的是作者/资助者,他已授予Biorxiv授予Biorxiv的许可,以永久显示预印本。这是该版本的版权所有,该版本于2024年8月19日发布。 https://doi.org/10.1101/2024.07.30.605730 doi:Biorxiv Preprint
接种疫苗后 1 个月使用人类补体 (hSBA) 进行血清杀菌测定,单剂量接种后对 W-135 组和 Y 组的反应低于间隔 2 个月接种 2 剂后的 2 剂,而对 A 组和 C 组的反应在两组中相似(见第 5.1 节)。这些观察结果的临床意义尚不清楚。如果预计幼儿因接触 W-135 组和/或 Y 组而面临罹患侵袭性脑膜炎球菌病的直接风险,则可考虑在间隔 2 个月后接种第二剂基础剂量。接种疫苗后 1 年,一剂组和两剂组对 A、C、W-135 和 Y 组的 hSBA 反应相似(见第 5.1 节)。关于 12 至 23 个月儿童接种第一剂 MenACWY- TT(Nimenrix)后针对 A 组或 C 组抗体的减弱,请参见血清杀菌抗体滴度的持久性。
摘要 美国疾病控制与预防中心 (CDC) 发布此健康警报网络 (HAN) 健康咨询,以提醒医疗保健提供者注意侵袭性脑膜炎球菌病的增加,主要归因于脑膜炎奈瑟菌血清群 Y(图)。 2023 年,美国报告了 422 例病例,这是自 2014 年以来报告的年度病例数最高的一年。截至 2024 年 3 月 25 日,本日历年已向 CDC 报告了 143 例病例,比 2023 年截至该日期报告的 81 例增加了 62 例。2023 年,美国报告的大多数(148 例中的 101 例,68%)具有可用序列类型数据的 Y 血清群病例是由一种特定的脑膜炎球菌菌株(序列类型 (ST) 1466)引起的。由这种菌株引起的病例主要发生在 30-60 岁人群(65%)、黑人或非裔美国人(63%)和 HIV 感染者(15%)中。此外,2023 年 ST-1466 引起的侵袭性脑膜炎球菌病的大多数病例都有脑膜炎以外的临床表现:64% 表现为菌血症,至少 4% 表现为化脓性关节炎。在 94 名已知结果的患者中,有 17 人 (18%) 死亡;这一病死率高于 2017-2021 年报告的 Y 血清群病例的历史病死率 11%。医疗保健提供者应 1) 高度怀疑脑膜炎球菌病,特别是在受当前增长影响较大的人群中,2) 意识到患者可能没有脑膜炎的典型症状,3) 确保所有建议接种脑膜炎球菌疫苗的人,包括 HIV 感染者,都及时接种了脑膜炎球菌疫苗。
• 自 2023 年 10 月以来,康涅狄格州已发现 7 名患有侵袭性脑膜炎球菌病的病例。这超过了预期的病例数(2013-2022 年年均病例数:3 例)。病例数增加归因于 Y 血清群,迄今为止已对 4 名病例分离株进行了基因检测,结果显示序列类型 (ST) 为 1466。该菌株对常用于治疗和密切接触预防的一线抗生素敏感。 • 所有 CT 病例的年龄均超过 50 岁(中位年龄 66 岁),其中 3 名(47%)为黑人/非裔美国人。所有病例均出现菌血症,但没有典型的脑膜炎症状。 • 尚未发现病例之间的共同风险因素或流行病学联系,表明该菌株可能在社区中无症状传播。 • 对提供者的建议:
研究 B1971009 是一项 3 期、随机、活性对照、观察者盲法、多中心试验,其中 10 至 18 岁的受试者接种了 3 个批次中的 1 个 Trumenba 或活性对照甲型肝炎病毒 (HAV) 疫苗/盐水(对照)。共有 2,693 名受试者接种了至少 1 剂 Trumenba,897 名受试者接种了至少 1 剂 HAV 疫苗/盐水。该研究评估了 3 个批次 Trumenba 的安全性、耐受性、免疫原性和可制造性证明,这些批次分别在 0 个月、2 个月和 6 个月的时间内给药。表 3 显示了批次 1 和对照中第三剂后观察到的原发性测试菌株的 hSBA 滴度。未显示批次 2 和 3 的结果,因为仅评估了 2 个代表性菌株。批次 2 和 3 的结果与批次 1 的结果相似。
药品名称 MenQuadfi 注射液 脑膜炎球菌 A、C、W 和 Y 组结合疫苗 定性和定量组成 一剂(0.5 毫升)含: A 组脑膜炎奈瑟菌多糖 1 10 微克 C 组脑膜炎奈瑟菌多糖 1 10 微克 Y 组脑膜炎奈瑟菌多糖 1 10 微克 W 组脑膜炎奈瑟菌多糖 1 10 微克 1 与破伤风类毒素载体蛋白结合 55 微克 有关辅料的完整列表,请参阅辅料列表部分。 药物形式 注射液。无色透明溶液。临床特点 治疗指征 MenQuadfi 适用于对 12 个月及以上的个体进行主动免疫,以预防由脑膜炎奈瑟菌 A、C、W 和 Y 血清群引起的侵袭性脑膜炎球菌病。该疫苗的使用应符合现有的官方建议。 用法用量 用法用量 初次接种: • 12 个月及以上的个体:单剂量(0.5 毫升)。 加强接种: • 单剂量 0.5 毫升 MenQuadfi 可用于加强先前接种过含有相同血清群的脑膜炎球菌疫苗的受试者(参见药效学特性部分)。 • 接种 MenQuadfi 后的长期抗体持久性数据可在接种后长达 7 年内获得(参见特殊警告和使用注意事项和药效学特性部分)。 • 没有数据表明是否需要或何时给予 MenQuadfi 加强剂量(参见药效学特性部分)。
参考编号:MenB PGD 版本编号:v6.00 有效期:2023 年 2 月 28 日 审核日期:2024 年 9 月 1 日 到期日期:2025 年 2 月 28 日 英国健康安全局 (UKHSA) 制定了此 PGD,以按照国家建议促进在英格兰开展公共资助的免疫接种。使用此 PGD 的人员必须确保它已获得组织授权,并由适当的授权人员在第 2 部分中签署,该授权人员与将提供产品的人员类别有关,符合《2012 年人用药品条例》(HMR2012) 1 的规定。如果没有根据 HMR2012 附表 16 第 2 部分签署的授权,则 PGD 不合法或无效。授权组织不得更改、修改或添加本文件的临床内容(第 4、5 和 6 部分);此类操作将使提供的临床签字无效。此外,授权机构不得更改第 3 节“员工特征”。仅可在提供的指定可编辑字段内修改第 2 节和第 7 节。本 PGD 的实施由委托人和服务提供商负责。如果 PGD 仅与成人有关,授权机构应在 PGD 到期后保留本 PGD 的最终授权副本 8 年,如果 PGD 仅与儿童或成人和儿童有关,则应在 PGD 到期后保留 25 年。采用本 PGD 授权版本的提供商组织也应在上述期限内保留副本。个人从业者在根据本 PGD 的当前版本开展工作之前,必须根据本 PGD 的当前版本获得授权。从业者和组织必须检查他们是否正在使用 PGD 的当前版本。在公布的到期日之前,可能需要进行修改。当前版本的 UKHSA PGD 授权模板可从以下网址找到:https://www.gov.uk/government/collections/immunisation-patient-group-direction-pgd 如对本 PGD 内容有任何疑问,请联系:immunisation@ukhsa.gov.uk
参考编号:MenB PGD 版本编号:v6.00 有效期:2023 年 2 月 28 日 审核日期:2024 年 9 月 1 日 到期日期:2025 年 2 月 28 日 英国健康安全局 (UKHSA) 制定了此 PGD,以按照国家建议促进在英格兰开展公共资助的免疫接种。使用此 PGD 的人员必须确保它已获得组织授权,并由适当的授权人员在第 2 部分中签署,该授权人员与将提供产品的人员类别有关,符合《2012 年人用药品条例》(HMR2012) 1 的规定。如果没有根据 HMR2012 附表 16 第 2 部分签署的授权,则 PGD 不合法或无效。授权组织不得更改、修改或添加本文件的临床内容(第 4、5 和 6 部分);此类操作将使提供的临床签字无效。此外,授权机构不得更改第 3 节“员工特征”。仅可在提供的指定可编辑字段内修改第 2 节和第 7 节。本 PGD 的实施由委托人和服务提供商负责。如果 PGD 仅与成人有关,则授权机构应在 PGD 到期后保留本 PGD 的最终授权副本 8 年,如果 PGD 仅与儿童或成人和儿童有关,则在 PGD 到期后保留 25 年。采用本 PGD 授权版本的提供商组织也应在上述期限内保留副本。个人从业者在根据本 PGD 的当前版本开展工作之前,必须根据本 PGD 的当前版本获得授权。从业者和组织必须检查他们是否正在使用 PGD 的当前版本。在公布的到期日之前,可能需要进行修改。当前版本的 UKHSA PGD 授权模板可从以下网址找到:https://www.gov.uk/government/collections/immunisation-patient-group-direction-pgd 如对本 PGD 内容有任何疑问,请联系:immunisation@ukhsa.gov.uk
在研究 MenACWY-TT-087 中,婴儿在 6 个月时接种一剂基础疫苗,然后在 15-18 个月时接种一剂加强疫苗(在两个接种时间点同时接种 DTaP-IPV/Hib 和 10 价肺炎球菌结合疫苗),或在 2、4 和 6 个月时接种三剂基础疫苗,然后在 15-18 个月时接种一剂加强疫苗。6 个月时接种一剂基础疫苗可对四种脑膜炎球菌组产生强劲的 rSBA 滴度,以 rSBA 滴度≥8 的受试者百分比来衡量,与三剂基础系列的最后一剂后的反应相当。加强剂量可对所有四种脑膜炎球菌组产生强劲的反应,两个剂量组之间的反应相当。结果如表 3 所示。