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World File Search System脊椎动物
细胞自主定时驱动脊椎动物分割时钟的波模式
生长的脊椎动物体的抽象节奏和顺序分割依赖于分割时钟，这是一种多细胞振荡遗传网络。时钟可见为组织级运动学基因表达的运动波，这些运动波穿过前中胚层（PSM），并在每个形成段的位置停滞。在这里，我们测试了该标志性波模式是如何通过培养单个成熟PSM细胞来驱动的。我们将它们的细胞自主振荡和停滞动力学与我们在细胞分辨率下在胚胎中观察到的动力学进行了比较，发现振荡相对放慢的相似性和与分化的一致性相似。这表明细胞不需要细胞 - 超支信号来指导波模式下的发展程序。我们表明，在尾梁中退出的细胞中，一个细胞自主的时序活动会启动，然后在PSM中的前向细胞流中向下延伸，从而使用经过的时间为时钟提供位置信息。外源性FGF延长了细胞中性计时器的持续时间，表明胚胎中的外在因子可能通过计时器调节分段时钟。总的来说，我们的工作表明，嘈杂的细胞自主，固有的计时器驱动了波模式下的振荡放缓和停止，而胚胎中的外部因素则在该计时器的持续时间和精确度中。这是对驱动发育中组织模式的细胞中性和 - 超级机制平衡的新见解。
水到土地过渡的神经生态学和脊椎动物脑的演变
脊椎动物进化中的水对土地过渡提供了一个异常的机会，可以考虑计算大脑新生态的计算。所有的感觉方式都会改变，尤其是由于空气与水作为培养基而引起的大大扩大的视觉感官，并通过移动眼睛和颈部扩展。四肢的繁殖，随着进化为利用土地上生活方面的发展，是一项可比的计算挑战。由于土地上生物的总质量比质量水下大的一百倍，计算改进有望获得丰厚的回报。在水中，中脑底座坐标接近/避免通过水流和动物的身体状态和学习的情况进行决策。在土地上，必须解决感觉表面和效应子的相对运动，并增加了背骨的计算体系结构，例如顶叶皮层。对于大脑和悠久的土地居民来说，做出正确的决定时，做出了正确的决定，这意味着死亡可能是计划的基础，这使动物可以在颁布之前从假设的经验中学习。在基底神经节/额叶皮层电路中的价值加权，记忆全景的整合，以及海马及其相关皮质的同种中心认知图成为一种认知习惯习惯习惯性的过渡，与生态学的变化相同。
延长父母抚养时间和脊椎动物大脑尺寸的变化
1 德国康斯坦茨马克斯普朗克动物行为研究所动物社会生态学系，2 瑞士苏黎世大学进化人类学系，3 瑞士苏黎世大学进化生物学和环境研究系，4 德国康斯坦茨马克斯普朗克动物行为研究所认知发展与进化研究组，5 澳大利亚悉尼新南威尔士大学生物、环境与地球科学学院进化与生态研究中心，6 波兰克拉科夫雅盖隆大学环境科学研究所，7 德国康斯坦茨大学生物系，8 德国康斯坦茨大学集体行为高级研究中心，9 德国康斯坦茨马克斯普朗克动物行为研究所集体行为系
可访问的宏基因组策略允许更好地表征无脊椎动物散装样品
ENA BioSample Annelida Eumida sanguinea 4.53 ILVO069 SAMEA117575486 NEPHTYS CIRROSA 2.40 ILVO024 SAMEA117575480 Nephtys Nephtys CAECA 2.12 HOMBERGII 0.97 ILVO004 SAMEA1117575484 NEPHTYS LONGOSETOSA 2.70 NA SAMEA117575487 GLYCERA ALBA 1.01 NA SAMEA11757548 MAGELONA 2。 SAMEA11117575482 Scolepis Bonnieri 2.41 ILVO043 SAMEA117575490 Spiophanes Bombyx 3.53 ILVO271 SAMEAEA17575491 Owenia Fusformis 3.36 LANICE CONCHILEGA 2.61 NA SAMEA1117575492 NOTOMASTUS LERTHICEUS 2.63 NA SAMEA117575488 OPHELIA BOREALIS 4.82 ILVO11117575489 MOLLUS ABRA ABRA ABRA ABRA Macoma Baththica 5.03 ILVO013 SAMEA117575503 Fabulina Fabula 1.49 ILVO034 SAMEA117575504 Arthropoda Bathyporeia Mondica Mondica 4.73 ILVO030 SAMEA11111111111111111111111111111111111回验samea1117575494 liocarcinus驱动器3.69 ILVO163 SAMEA117575495 THIA SCUTELLATA 3.71 NA SAMEA1175496 echinodermata echinodermata ophiura ophiura ophiura ophiura ophiura 0.96 Ophiura Albida 3.93 ILVO014 SAMEA11757500 ACROCNIDA BRACHIATA 4.39 NA SAMEA117575501 echinocyamus pusillus 4.80 NA SAMEA117575498 ECHICARD SAMEA1117575499 Chordata Branchiostoma lanceolatum 0.46（组装）NA SAMN38372375表1。本研究中包含的物种清单。参考大小指示用于构建自定义kraken数据库的每个物种的核滴定数量。用粗体样本ID指示的物种的保证信息在BOLD（BoldSystems.org）中是公共杂物。对于没有大胆样本ID的物种，没有公共数据无休，但标本的细节已与具有大胆样本ID的人相同，并且在SUPE中提供了图像。核苷酸数据（原始读取和线粒体基因组组件）与所提供的ENA生物样品相关，除了通过NCBI BioSample鉴定的lanceolatum。
利用基因破坏蛋白陷阱库构建脊椎动物法典
1 美国罗彻斯特梅奥诊所生物化学与分子生物学系；2 美国贝塞斯达国立卫生研究院国家人类基因组研究所转化与功能基因组学分支机构；3 美国俄克拉荷马城俄克拉荷马医学研究基金会功能与化学基因组学项目；4 美国艾奥瓦州立大学遗传学、发育与细胞生物学系；5 加拿大多伦多 Unity Health 与多伦多大学圣迈克尔医院李嘉诚知识研究所斑马鱼高级药物发现中心和基南生物医学科学研究中心；6 美国罗彻斯特梅奥诊所心血管医学系；7 美国巴尔的摩卡内基科学研究所胚胎学系；8 美国罗彻斯特梅奥诊所临床基因组学系；9 美国罗彻斯特梅奥诊所耳鼻喉科系； 10 印度德里科学与工业研究理事会基因组学与综合生物学研究所基因组学与分子医学部；11 美国费城天普大学生物系；12 德国科隆大学动物学研究所发育生物学部
在无脊椎动物中构建和整合神经系统功能的大脑图
抽象的选择和执行适合上下文的行为是由整个大脑中神经回路的综合作用控制的。然而，如何在大脑区域进行活动如何协调，以及神经系统结构如何这些功能相互作用，仍然是开放的问题。最近的技术进步使得构建神经系统结构和功能的大脑范围图，例如大脑活动图，连接组和细胞地图集是可行的。在这里，我们回顾了该领域的最新进展，重点是秀丽隐杆线虫和D. Melanogaster，因为最近的工作已经产生了这些神经系统的全球地图。我们还描述了在特定网络的研究中阐明的神经回路基序，这些神经基序突出了必须捕获的复杂性，以构建全脑功能的准确模型。
鲸鲨基因组揭示了脊椎动物基因家族进化的模式
摘要 软骨鱼类是理解脊椎动物进化的基础，但其基因组研究不足。我们报告了鲸鲨基因组的长读测序，以生成迄今为止最佳的无缝软骨鱼类基因组组装，其重叠群连续性高于所有其他软骨鱼类基因组，并研究了祖先基因家族、免疫和巨人症的脊椎动物基因组进化。我们发现，在有颌脊椎动物的起源处，基因家族数量大幅增加，而与基因组复制无关。我们研究了脊椎动物病原体识别受体 (PRR)，它们是启动先天免疫防御的关键，并发现了基因家族进化的多种模式，表明有颌动物的适应性免疫并没有完全取代种系编码的 PRR 创新。我们还在鲸鲨中发现了一种新的 Toll 样受体 (TLR29) 和三个 NOD1 拷贝。我们发现，与其他脊椎动物相比，软骨鱼类和巨型脊椎动物的基因组替换率有所降低，但巨型脊椎动物的基因家族扩张率各不相同，这表明脊椎动物基因组中基因家族的替换率和扩张率是脱钩的。最后，我们发现，在巨型脊椎动物中扩张率发生变化的基因家族富含人类癌症相关基因，这与巨人症需要适应来抑制癌症相一致。
脊椎动物大脑中蛋白质合成的大规模细胞类型特异性成像
摘要 尽管检测蛋白质合成的方法取得了进展，但目前还无法测量整个脊椎动物大脑中的内源性蛋白质合成水平。我们开发了一种转基因斑马鱼系，可以对整个动物的新生蛋白质进行细胞类型特异性标记和成像。通过在斑马鱼 MetRS 结合口袋 (MetRS-L270G) 中用甘氨酸替换亮氨酸，我们能够在蛋白质合成过程中以细胞类型特异性的方式掺入含叠氮化物的非典型氨基酸叠氮亮氨酸 (ANL)。然后通过“点击化学”标记新合成的蛋白质。使用 Gal4-UAS-ELAV3 系在神经元中表达 MetRS-L270G，我们测量了整个神经系统的蛋白质合成强度。我们可视化了内源性蛋白质合成，并证明癫痫发作引起的神经活动会导致神经元的翻译水平增强。该方法可以以细胞类型特异性的方式在单细胞分辨率下对体内内源蛋白质合成进行稳健分析。
将脂肪酸的功率解锁为鱼类和水生无脊椎动物的饮食示踪剂和代谢信号
格里菲斯大学，澳大利亚北森市凯瑟尔路170号，澳大利亚昆士兰州4111，昆士兰微型和纳米技术中心，格里菲斯大学，西克里克路，内森QLD 4111，澳大利亚澳大利亚QLD 4111，澳大利亚澳大利亚QLD 4111，澳大利亚M.Ryrybachuk@griffith.edgriffith.edu.au.au摘要，该文章的摘要是一项摘要，该文章的设计和交付的材料是在设计和交付的材料。或一些先于低级基本材料技术课程，包括新课程和学习。 高级课程实现了基于项目的体验学习方法，并采用了家庭硬件项目的反向材料工程（RME）分析，这些项目用作教学样本。 学习活动围绕着在实际情况下采用RME方法来进一步学习，以进一步学习工程材料在实践环境中的结构，性能和组成，并转化到更高水平的抽象来理解工具材料的实践应用和限制。 此外，基于项目的体验学习活动鼓励学生练习高阶思维，以在涉及现实世界问题的同时参与与学习者相关的项目的情况下获得知识深度。 关键词：材料科学教育，工程教育，逆向工程，基于项目的学习，通过执行学习，STEM教学1。格里菲斯大学，澳大利亚北森市凯瑟尔路170号，澳大利亚昆士兰州4111，昆士兰微型和纳米技术中心，格里菲斯大学，西克里克路，内森QLD 4111，澳大利亚澳大利亚QLD 4111，澳大利亚澳大利亚QLD 4111，澳大利亚M.Ryrybachuk@griffith.edgriffith.edu.au.au摘要，该文章的摘要是一项摘要，该文章的设计和交付的材料是在设计和交付的材料。或一些先于低级基本材料技术课程，包括新课程和学习。 高级课程实现了基于项目的体验学习方法，并采用了家庭硬件项目的反向材料工程（RME）分析，这些项目用作教学样本。 学习活动围绕着在实际情况下采用RME方法来进一步学习，以进一步学习工程材料在实践环境中的结构，性能和组成，并转化到更高水平的抽象来理解工具材料的实践应用和限制。 此外，基于项目的体验学习活动鼓励学生练习高阶思维，以在涉及现实世界问题的同时参与与学习者相关的项目的情况下获得知识深度。 关键词：材料科学教育，工程教育，逆向工程，基于项目的学习，通过执行学习，STEM教学1。格里菲斯大学，澳大利亚北森市凯瑟尔路170号，澳大利亚昆士兰州4111，昆士兰微型和纳米技术中心，格里菲斯大学，西克里克路，内森QLD 4111，澳大利亚澳大利亚QLD 4111，澳大利亚澳大利亚QLD 4111，澳大利亚M.Ryrybachuk@griffith.edgriffith.edu.au.au摘要，该文章的摘要是一项摘要，该文章的设计和交付的材料是在设计和交付的材料。或一些先于低级基本材料技术课程，包括新课程和学习。高级课程实现了基于项目的体验学习方法，并采用了家庭硬件项目的反向材料工程（RME）分析，这些项目用作教学样本。学习活动围绕着在实际情况下采用RME方法来进一步学习，以进一步学习工程材料在实践环境中的结构，性能和组成，并转化到更高水平的抽象来理解工具材料的实践应用和限制。此外，基于项目的体验学习活动鼓励学生练习高阶思维，以在涉及现实世界问题的同时参与与学习者相关的项目的情况下获得知识深度。关键词：材料科学教育，工程教育，逆向工程，基于项目的学习，通过执行学习，STEM教学1。简介现代工程毕业生应理解，分析和提供解决广泛和复杂问题的解决方案 - 并具有参与和行使多学科和系统的方法的能力和能力
发育顺式调节区域的主动DNA去甲基化早于脊椎动物起源
DNA甲基化[5-甲基环胞嘧啶（5MC）]是脊椎动物胚胎创世纪所需的抑制性基因调节标记。基因组5MC通过DNA甲基转移酶的作用严格调节，DNA甲基转移酶沉积了5MC和十个时期的易位（TET）酶，该酶通过形成5-羟基甲基霉素（5HMC）而参与其主动去除。TET酶对于哺乳动物的胃胃和椎间发育增强剂的激活至关重要。但是，迄今为止，缺乏对5HMC功能，丰度和基因组分布的清晰图像。通过使用基础分辨率5MC和5HMC定量，在海胆和叶片胚胎发生过程中，我们阐明了非脊椎动物5HMC和TET酶的作用。我们发现，这些无脊椎动物氘代表使用TET酶来靶向与发育基因相关的调节区域的脱甲基化，并表明鉴定出5HMC调节的基因的补充是对脊椎动物的保守的。这项工作表明，从调节区域中删除5MC是氘代表胚胎发生的共同特征，暗示了对主要基因调节模块的意外深层保护。