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World File Search System腺癌
组蛋白乙酰化相关基因标记对胃腺癌预后和免疫治疗效果的预测及体外验证
建立了由8个组蛋白乙酰化相关基因组成的STAD预后模型，根据中位风险评分将STAD患者分为高危组和低危组，高危组的预后较低危组差。两组在体细胞突变、免疫亚型、临床病理特征、肿瘤微环境、免疫细胞浸润和免疫活性、免疫治疗预测和药物敏感性等方面存在明显差异。基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析结果表明，两组中的差异表达基因（DEG）参与了与癌症相关的过程和途径。细胞分析表明，DCLK1是胃癌的促癌因子，可促进胃癌细胞对奥沙利铂产生耐药性。
蛋白聚糖 Glypican-1 有望成为胰腺导管腺癌创新靶向治疗策略的候选药物
摘要：胰腺导管腺癌 (PDAC) 占所有胰腺癌的 90%，5 年生存率为 7%，80% 的患者被诊断为晚期或转移性恶性肿瘤。尽管诊断检测、手术技术和全身治疗方面取得了最新进展，但有效治疗 PDAC 的选择仍然有限。迫切需要开发能够区分癌细胞和非癌细胞的靶向疗法，以减少副作用并更好地抑制肿瘤生长。抗体靶向策略是引入创新疗法的潜在有效选择。可以提出基于抗体的免疫疗法和基于抗体偶联纳米颗粒的靶向疗法，其中抗体靶向特定的肿瘤相关抗原 (TAA)。在此背景下，在 PDAC 中高表达而在非恶性病变和健康胰腺组织中不表达或表达水平非常低的磷脂酰肌醇聚糖-1 (GPC1) 是一种有用的 TAA，可通过基于特定抗体的免疫疗法和基于抗体偶联纳米颗粒的靶向疗法实现。在这篇综述中，我们描述了 PDAC 的主要临床特征。我们提出蛋白聚糖 GPC1 是用于 PDAC 靶向疗法的有用 TAA。我们还对可用于靶向 GPC1 的基于抗体的免疫疗法和基于抗体偶联纳米颗粒的靶向疗法的主要开发方法进行了概述。
利用下一代肺泡 2 型类器官平台模拟肺腺癌的多种遗传亚型
肺癌是全球癌症相关死亡的主要原因。肺腺癌 (LUAD) 是最常见的组织学亚型，占所有病例的 40%。虽然现有的基因工程小鼠模型 (GEMM) 重现了人类 LUAD 的组织学进展和转录进化，但它们耗时且技术要求高。相比之下，细胞系移植模型快速灵活，但这些模型无法捕捉疾病进展的全部范围。类器官技术提供了一种创建下一代癌症模型的方法，该模型整合了自体系统和基于移植的系统的最有利特征。然而，目前缺乏强大而可靠的 LUAD 类器官平台。在这里，我们描述了在类器官培养中持续扩增小鼠肺泡 2 型 (AT2) 细胞（LUAD 的主要起源细胞）的优化条件。这些类器官表现出 AT2 细胞的典型特征，包括标记基因表达、层状体的存在以及分化为 AT1 谱系的能力。我们利用该系统开发了灵活且多功能的免疫功能正常的类器官模型，用于 KRAS 、 BRAF 和 ALK 突变型 LUAD。值得注意的是，类器官肿瘤表现出广泛的负担和完全渗透性，并且在组织病理学上与原发肿瘤没有区别。总之，该类器官平台是一个功能强大、用途广泛的新型 LUAD 研究模型系统。
一个新颖的外显子14跳突变对肺腺癌中克里唑替尼的反应
为了探测靶向治疗的肿瘤的基因组谱，对组织标本和相关的血液样本进行了NGS分析，并确定了Met Exon 14跳过突变（C.3026_3028+11DEL）（图1B和1C）。未发现其他驱动基因变体。突变等位基因频率为33.87％。同样，组织样品的放大片段小于18S rRNA，与Met Exon 14跳过H569细胞系相似，进一步证实了Met Exon 14跳过的出现（图1D）。根据这些发现，患者每天两次开始用250毫克Crizotinib治疗。最值得注意的是，经过一个月的治疗后成像显示肿瘤显着减少。他的肺肿瘤的大小为1.0 cm×0.8 ccm×0.4 cm，符合recist的部分反应标准（-98％，图1E）。这持续了4个月，直到他经历了与疾病无关的死亡。
重新利用KLF5在从前体状态到食道腺癌的进展过程中激活细胞周期特征
摘要的食管腺癌（OAC）是癌症死亡最常见的原因之一。Barrett的食道（BO）是OAC的唯一已知的前体前体，但是我们对导致OAC发育的分子事件的理解是有限的。在这里，与BO相比，我们已经整合了人类活检的基因表达和染色质可及性谱图，并确定了OAC中强的细胞周期表达特征。通过分析相关的染色质可及性变化，我们将转录因子KLF5牵涉到从BO到OAC的过渡中。重要的是，我们表明KLF5表达在此转变过程中没有变化，但是，将KLF5在染色质上重新分布，以直接调节OAC细胞中的细胞周期基因。这个新的KLF5靶基因程序具有潜在的预后意义，因为高水平与较差的患者生存相关。因此，在OAC中，KLF5的新型调节活性重新利用为疾病进展背后的机制提供了新的见解。
ORACLE（一种与肺腺癌患者生存相关的克隆表达生物标志物）的前瞻性验证
人类肿瘤的自然病史和治疗反应各不相同，这在一定程度上是由于遗传和转录组异质性造成的。在临床实践中，单点针吸活检用于对这种多样性进行采样，但癌症生物标志物可能会因单个肿瘤内的空间基因组异质性而混淆。在这里，我们通过分析 TRACERx 研究中 184 名肺腺癌患者的 450 个肿瘤区域的多区域全外显子组和 RNA 测序数据，研究克隆表达基因作为采样偏差问题的解决方案。我们前瞻性地验证了克隆表达生物标志物结果风险相关克隆肺表达 (ORACLE) 与临床病理风险因素以及 I 期疾病的生存关联。我们扩展了我们对机制的理解，发现克隆转录信号在组织侵袭之前是可检测到的，可作为致命转移性克隆的分子指纹并预测化疗敏感性。最后，我们发现 ORACLE 将遗传进化措施（包括染色体不稳定性）编码的预后信息总结为简洁的 23 个转录本检测。
新型光谱计算机断层扫描中的定量参数：胃腺癌患者KI-67表达的评估
结果分别分别为37例和71例患者，分别为低和高的KI-67表达。ct 40 KeV-VP，CT 70 KeV-VP，CT 100 KEV-VP和Z EFF相关参数明显更高，但是与具有高KI-67表达式状态的基团表达状态较低的组中，与IC相关的参数较低，而其他分析的参数则没有显示两组之间的统计差异。Spearman的相关性分析表明，CT 40 KEV-VP，CT 70 KEV-VP，CT 100 KEV-VP，Z EFF，Z EFF和N Z EFF与KI-67状态呈负相关，而IC和NIC与KI-67状态呈正相关。ROC分析表明，光谱参数的多变量模型在识别KI-67状态[曲线下的面积（AUC）= 0.967;灵敏度为95.77％；特异性91.89％）]。然而，单变量模型的区分功能是中等的（AUC值0.630-0.835）。此外，NZ Eff
全基因组无细胞的肿瘤DNA突变信号早期发现低阶段肺腺癌的复发
肺癌仍然是癌症相关死亡的主要原因。手术是早期肺癌的最佳选择，辅助治疗的作用仍然有争议。液体活检提供了一种无创的方法来监测癌症负担。血液中循环无细胞肿瘤DNA（CTDNA）的靶向测序已显示出成功的诊断。但是，低肿瘤负担和低阶段疾病的动态演变对于目标面板具有挑战性。我们假设从匹配的肿瘤正常样品中衍生的整个基因组测序（WGS）特定的突变特征可以为监测肺腺癌患者的敏感且特异性的方法提供。
LncRNA NFYC-AS1 通过自噬、细胞凋亡和 MET/c-Myc 致癌蛋白促进肺腺癌的发展
Li 等人分析了来自 Cancer Genome Atlas (TCGA) 数据库的肺腺癌 (LAUD) 的 RNA-seq 数据和 miRNA-seq 数据，以鉴定关键的 lncRNA 并确定分子发病机制。核转录因子 Y 亚基 C 反义 RNA 1 (NFYC-AS1) 被揭示为一种潜在的预后生物标志物 (14)。然而，作者并没有进一步验证 NFYC-AS1 在肺癌细胞系中的作用。关于 NFYC-AS1 功能的研究很少。例如，van der Plaat 等人通过分析全基因组关联研究 (GWAS) 数据发现 NFYC-AS1 可能在从不吸烟者的气流阻塞中发挥作用 (15)。然而，作者也没有在细胞系或动物模型中进一步验证 NFYC-AS1 的功能。目前，尚无关于NFYC-AS1基因的分子功能、表型、动物模型、miRNA、转录因子靶点或HOMER转录等的数据。后续分子检测表明，NFYC-AS1可能通过自噬和凋亡以及MET/c-Myc致癌蛋白促进LAUD的增殖。
寡腺苷酸合成酶样是胰腺导管腺癌的预后生物标志物和治疗靶点
利用放射免疫沉淀分析（RIPA）裂解缓冲液（Servicebio，武汉，中国）获得总蛋白。使用双辛可宁（BCA）分析（Solarbio，北京，中国）定量蛋白质浓度。加入上样缓冲液后，将样品煮沸 5 分钟。然后，将 20 μg 蛋白质添加到每个泳道中，通过 8–15％ 十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS-PAGE）分离，然后转移到聚偏氟乙烯（PVDF）膜上，用 5％ 脱脂奶粉在含有 0.1％ Tween 20 的 Tris 缓冲盐水（TBST）中封闭 2 小时。将稀释的针对 OASL（1：1,000）和 3-磷酸甘油醛脱氢酶（GADPH；1：10,000）的一抗与膜在 4 ℃ 下孵育过夜。用TBST清洗10 min后，与相应抗体孵育2 h，再用TBST清洗膜3次，最后采用电化学发光法(ECL，Thermo，China)观察结果。