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病毒组编码的人类益生菌基因与致病基因共存1
预印本（未经同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可不得重复使用。此版本的版权所有者于 2025 年 1 月 14 日发布。；https://doi.org/10.1101/2025.01.10.632382 doi：bioRxiv 预印本
对“无药可用”的致病蛋白质进行药物治疗：重点...
信号转导和转录激活因子 (STAT) 3 被归类为“不可用药”的致病蛋白，尽管它含有 Src 同源性 (SH) 2 结构域，这是一个潜在的致命弱点，过去 30 年来一直未能被学术界和制药界成功针对。基于突变和建模研究，我们的小组开发了一种独特的虚拟配体筛选策略，针对 STAT3 SH2 结构域，结合强大的生化和细胞分析以及基于结构的药物化学，并鉴定出 TTI-101。TTI-101 是临床开发中最先进的直接小分子含 SH2 结构域致病蛋白抑制剂之一。TTI-101 目前正在进行 1 期研究，以确定其在晚期实体瘤患者中的安全性和耐受性以及药效学作用和疗效。
心脏成纤维细胞在儿科扩张的心肌病中的致病作用
方法和结果：从DCM的小儿患者中建立了四种原发性培养的CF细胞系，并与健康对照组的3个CF线相比。与健康CFS相比，DCM CFS之间的细胞增殖，粘附，迁移，AP-Optosis或肌纤维细胞激活没有显着差异。原子力显微镜表明，DCM CFS中的细胞刚度，流动性和粘度没有显着改变。但是，当DCM CFS与健康的心肌细胞共培养时，它们会恶化心肌细胞的收缩和舒张功能。与健康CFS相比，DCM CFS中 RNA测序在DCM CFS中明显不同。 在DCM CFS中，几个道德因素和细胞外基质显着上调或下调。 途径分析表明，在DCM CFS中，细胞外基质受体相互作用，局灶性信号传导，河马信号传导和转化生长因子-β信号通路受到显着影响。 相比之下，单细胞RNA测序表明，在DCM CFS中没有特定的亚群有助于基因表达的改变。RNA测序在DCM CFS中明显不同。在DCM CFS中，几个道德因素和细胞外基质显着上调或下调。途径分析表明，在DCM CFS中，细胞外基质受体相互作用，局灶性信号传导，河马信号传导和转化生长因子-β信号通路受到显着影响。相比之下，单细胞RNA测序表明，在DCM CFS中没有特定的亚群有助于基因表达的改变。
针对单碱基编辑的致病变异的基因组规模分析
方法：使用 ClinVar 数据库 (GRCh37_clinvar_20171203) 搜索和选择可用于当前单碱基编辑系统的突变。我们仅纳入致病和可能致病的变异以供进一步分析。对于每一个可能可编辑的突变，我们检查 PAM 的存在。如果发现 PAM，我们会分析序列以找到只编辑一个核苷酸而不改变相邻核苷酸的可能性。用于搜索 Clinvar 数据库和分析序列的脚本代码是用 R 编写的，可在附录中找到。结果：我们分析了目前在 9 篇出版物中报道的 21 个编辑系统。每个系统都有不同的工作特性，例如编辑窗口和 PAM 序列。C > T 碱基编辑器可以精确定位 3196 个突变（占所有致病 T > C 变异的 46%），A > G 编辑器可以精确定位 6900 个突变（占所有致病 G > A 变异的 34%）。
与脑老化相关的遗传变异和致病生物标志物的研究
与脑衰老相关的遗传变异和因果生物标志物的研究 Jangho Kim、Junhyeong Lee 和 Seunggeun Lee 首尔国立大学数据科学研究生院，韩国 通讯作者：Seunggeun Lee 首尔国立大学数据科学研究生院，韩国首尔 lee7801@snu.ac.kr 摘要 年龄差异是脑衰老的生物标志物，可以捕捉实际年龄与脑部 MRI 预测年龄之间的差异。本研究通过分三步分析英国生物银行数据，探究了高年龄差异的可解释因果基础。脑区域的视觉显著性图显示，穹窿和丘脑下部体积较小是高年龄差异的关键预测因素。对单一变异和基因区域进行的遗传关联分析发现，与致癌作用、免疫反应和神经元存活相关的基因与高年龄差异有关。所有代谢组生物标志物和血液相关表型的孟德尔随机化 (MR) 表明，免疫相关表型对增加年龄增量具有因果影响。综合起来，这些观察结果揭示了大脑中易受衰老过程影响的区域，并提供了免疫反应与大脑衰老之间存在因果和遗传联系的证据。关键词：年龄增量、大脑衰老、因果关系、CNN、可解释的人工智能、GWAS、孟德尔随机化、免疫
物种形成和适应的遗传基础：从基因座到致病突变
进化是小步前进还是大步前进？进化的可重复性如何？进化过程受到多大限制？回答进化生物学中这些长期存在的问题对于理解现存生物多样性如何进化以及预测未来生物和生态系统如何应对不断变化的环境都是必不可少的。了解自然种群表型多样化和物种形成的遗传基础是正确回答这些问题的关键。基因组测序技术的飞跃使得研究遗传结构以及识别自然种群中适应和物种形成的变异位点变得越来越容易。此外，基因组编辑技术的最新进展使得研究自然种群生物中每个候选基因的功能成为可能。在本文中，我们讨论了这些最新技术进步如何使分析致病基因和突变成为可能，以及这种分析如何帮助回答长期存在的进化生物学问题。本文是主题期刊“适应和物种形成的遗传基础：从位点到致病突变”的一部分。
高度致病的禽流感H5N1病毒的溢出到奶牛
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浸没液体发酵和昆虫致病真菌的表述的进展
抽象的昆虫病作用真菌（EPF）可以定义为有益的多功能真核生物微生物，在害虫管理中显示关键的生态服务，其中一些物种具有与植物建立相互关系的特殊能力。这些真菌的大规模生产对于支持负担得起的广泛商业化和全球现场应用至关重要。在主要由行业探索的大规模生产方法中，淹没的液体发酵是一种强大而多才多艺的技术，允许形成为害虫控制中各种应用指定的不同类型的繁殖物。通过产生单细胞结构（菌丝体，胚孢子和淹没的分生孢子）或多细胞结构（菌丝体和微植物），许多虚伪的EPF很容易在人工底物上进行培养。少于某些EPF可能会形成具有环保的衣原体，但这些结构几乎总是被忽略。A continued research pipeline encompassing screening fungal strains, media optimization, and proper formulation tech- niques aligned with the understanding of molecular cues involved in the formation and storage stability of these propagules is imperative to unlock the full potential and to fine-tune the development of robust and effective biocontrol agents against arthropod pests and vectors of diseases.最后，我们设想了淹没的液体发酵技术的光明未来，以补充或替换传统的固体底物发酵方法，以大量生产许多重要的EPF。
法医鉴定和从生蔬菜和水果中的致病细菌分离
食用受污染的水果和蔬菜是各种人类疾病爆发的主要原因。尽管水果和蔬菜具有很高的营养价值，但今天由于它们在进行收集和收获后技术时在处理过程中受到污染，但它们对人类健康有害。大多数人都被原始食用而无需洗涤或不提供任何治疗。蔬菜和水果是丰富的营养来源，可以充当致病微生物的载体或载体，这可能会给针对目标的社区的健康带来严重的问题。整个研究基于法医微生物学的新兴领域。可以将各种类型的微生物剂用作生物武器，以通过食物和水来进行生物犯罪或生物恐怖主义。这项研究还表明，对于人类的福利，对微生物剂的识别非常必要。从原蔬菜和水果中鉴定和分离不同的致病细菌也可以阐明法医微生物学的必要性。
在致病CD4阳性T细胞中表达的microRNA是...
图1。高度致病性的自身反应性CD4阳性T细胞（CXCR6阳性和SLAMF6阴性）表达miR-147-3p，抑制了趋化因子受体CXCR3的表达，并发挥了致病性。