“我们需要测量代谢物,因为它们对我们的健康起着重要作用,但研究如此广泛的分子非常具有挑战性,”这项研究的第一作者、多伦多大学唐纳利细胞和生物分子研究中心的研究员 June Tan 说道。“到目前为止,质谱法一直是测量代谢物水平的黄金标准,但它不像 DNA 测序方法那样方便或快速。我们希望开发一种使用 DNA 测序检测代谢物的方法,以利用这种令人难以置信的测序能力。”
Bruker Maldi Biotyper是什么?MALDI BIOTYPER使用MALDI-TOF(矩阵辅助激光解吸时间的飞行时间)鉴定微生物质谱法,以测量生物体的独特分子指纹。具体而言,MALDI Biotyper测量所有微生物中发现的高度丰富蛋白质。这些高度丰富的蛋白质的特征模式用于可靠,准确地确定特定的微生物,通过将各自的模式与广泛的开放数据库匹配,以确定微生物的身份,以便将微生物的身份归为物种水平。
注1。细胞因子:一种主要由其他细胞分泌的蛋白质,并通过与细胞表面的受体结合来维持和生长细胞。如果缺乏,细胞将无法生存。注2。造血干细胞:这些是哺乳动物成人骨髓中发现的少数细胞,通过分裂细胞,它们为生命提供了血液。注3。线粒体:细胞内的细胞器之一。使用两种代谢途径,即柠檬酸循环和电子传输系统,将使用氧气吸入细胞的养分被分解为水和二氧化碳以产生ATP。注4。sdhaf1:一种在电子传输系统中称为复合物II的蛋白质,以及辅助琥珀酸脱氢酶(SDH)复合物的因子的缩写。注5。ATP:三磷酸腺苷。细胞所需的最大能量是由ATP分解时产生的能量提供的。注6。 pGAM1基因诱导的缺失小鼠:一种在磷酸甘油酸突变酶基因(糖酵解酶之一)给予他莫昔芬(一种化学合成的雌激素)时被诱导删除的小鼠。可以在时间和组织中专门删除基因。注7。 糖酵解系统:将葡萄糖掺入细胞中并分解为丙酮酸和乳酸无氧的过程,从而获得能量。注8。 离子色谱/质谱技术:通过组合电离色谱法量化每个分子的丰度的技术,可以高精度分离电离化合物和质谱法,质谱法,从而可以精确测量质量和电荷的比例,从而量化每种分类分子的质量和电荷。注9。 五肽磷酸盐循环:一种代谢途径,该途径合成了来自葡萄糖的Pentose,一种DNA和RNA的材料。在此过程中,细胞提供去除活性氧所需的还原能力。注意10。 活性氧:在包含氧的分子中,它们是特别反应性的,很薄,例如DNAATP:三磷酸腺苷。细胞所需的最大能量是由ATP分解时产生的能量提供的。注6。pGAM1基因诱导的缺失小鼠:一种在磷酸甘油酸突变酶基因(糖酵解酶之一)给予他莫昔芬(一种化学合成的雌激素)时被诱导删除的小鼠。可以在时间和组织中专门删除基因。注7。糖酵解系统:将葡萄糖掺入细胞中并分解为丙酮酸和乳酸无氧的过程,从而获得能量。注8。离子色谱/质谱技术:通过组合电离色谱法量化每个分子的丰度的技术,可以高精度分离电离化合物和质谱法,质谱法,从而可以精确测量质量和电荷的比例,从而量化每种分类分子的质量和电荷。注9。五肽磷酸盐循环:一种代谢途径,该途径合成了来自葡萄糖的Pentose,一种DNA和RNA的材料。在此过程中,细胞提供去除活性氧所需的还原能力。注意10。活性氧:在包含氧的分子中,它们是特别反应性的,很薄,例如DNA
缩写 8-oxodG 8-氧代-7,8-二氢-2′-脱氧鸟苷 8-oxoGua 8-氧代-7,8-二氢鸟嘌呤 A549 肺泡基底上皮细胞腺癌 AA 花生四烯酸 AhR 芳烃受体 BaP 苯并[a]芘 BEAS-2B 永生化肺上皮细胞 BER 碱基切除修复 CT-DNA 小牛胸腺 DNA CYP 细胞色素 P450 ELISA 酶联免疫吸附试验 EOM 可提取有机物 ETS 环境烟草烟雾 GC/MS 气相色谱/质谱法 HEL 人胚胎肺成纤维细胞 HPLC-MS/MS 高效液相色谱-串联质谱法 IARC 国际癌症研究机构 IsoP 15-F 2t-异前列腺素 IUGR 宫内生长受限 LBW 低出生体重(< 2500 g) LC/GC-MS 液相/气相色谱质谱联用 LPO 脂质过氧化 NER 核苷酸切除修复 NHEJ 非同源末端连接修复 OGG1 8-氧鸟嘌呤 DNA 糖基化酶 PAH 多环芳烃 PBL 外周血淋巴细胞 PGE 2 前列腺素 E2 PM 颗粒物 PTGS 前列腺素内过氧化物合酶 ROS 活性氧 S9 组分 微粒体组分酶 SNP 单核苷酸多态性 UGT UDP-葡萄糖醛酸转移酶 XRCC5 X 射线修复交叉互补 5
据报道,长期服用减肥药会导致营养不良和生殖系统22 受损。此外,许多药物具有剂量依赖性,过量使用会产生严重的副作用。因此,检测临床批准和禁用的减肥药的血液浓度以监测不良反应的发展是必不可少的。测定减肥药的方法多种多样,包括光谱法,例如近红外光谱 (NIRS) 和拉曼光谱 (RS);色谱法,例如薄层色谱法 (TLC)、液相色谱法 (LC)、气相色谱-串联质谱法 (GC-MS/MS) 和液相色谱-串联质谱法 (LC-MS/MS);23 – 26 离子迁移谱法 (IMS) 等等。但主要目标是防止在食品或药物中非法添加减肥药。本实验测量的样品是具有复杂基质的血液。 LC-MS/MS分离效果好,特异性和灵敏度高,适用于血液中目标分析物的准确定量。蛋白沉淀是利用甲醇、乙腈等与水混溶的有机溶剂,改变蛋白质分子间的氢键,使其变性、凝集,以去除蛋白质等大分子的干扰。实验中采用的96孔蛋白沉淀板正是基于此原理,可以有效阻断乙腈等常见的蛋白沉淀剂,避免其渗透。如果样品数量较大,96孔板的结构可以比传统的蛋白沉淀方法有效节省时间,使整个前处理过程更加高效、自动化。27,28
肽映射样品制备:AAV8参考材料在2x10 13 Vg/ml的浓度下包含20μl的总体积。这导致消化的估计总蛋白浓度为0.12μg/μL,总蛋白质为2.4μg。将AAV样品在6 m尿素中变性,在80℃以1 mm DTT变性30分钟,然后用15 mm iodoacetamide烷基化在黑暗中的室温下在室温下30分钟。将还原和烷基化的样品冷却至室温,并用3次同等体积的缓冲液(50 mM Tris-HCl和1 mm CaCl 2 [pH 7.5])稀释,将尿素浓度降低至<2M。然后将样品降低到<2M。然后用0.4 µ µGGGRYPSIN或CHYMOTRYPESIN或CHYMOTRYPSIN或CHYMOTRYPRYRYPERSIN或CHYMOTRYPRYRYPRYRYPRYRYPRYRYSIL逐夜消化。通过将甲酸添加到最终浓度的10%中终止消化,并将样品直接注入LCMS-9050进行分析。
Liao, J.、Sihler, H.、Huey, LG、Neuman, JA、Tanner, DJ、Friess, U.、Platt, U.、Flocke, FM、Orlando, JJ、Shepson, PB、Beine, HJ、Weinheimer, AJ、Sjostedt, SJ、Nowak, JB、Knapp, DJ、Staebler, RM、Zheng, W.、Sander, R.、Hall, SR 和 Ullmann, K.:通过化学电离质谱法和长程差分光学吸收光谱法对北极 BrO 测量结果进行比较,《地球物理研究杂志-大气》,116,Artn D00r02 325
PA-12 粉末原料中存在的低分子量化合物的高分辨率质谱 (ESI-MS) 分析 PA-12 粉末原料中存在的 CHCl 3 可溶性低分子量物质的 ESI-MS 质谱如图 S2 所示。该质谱是在正离子模式下通过直接注入稀释的 CHCl 3 溶液获得的。文献中之前已详细描述了使用液相质谱法鉴定从聚酰胺材料中迁移出的十二内酰胺单体、二聚体和三聚体物质的方法。1 Irganox 1098 是长链脂肪族聚酰胺材料中常用的抗氧化剂。2
图1。a)IK-595的晶体结构与BRAF和MEK复合在一起。IK-595在BRAF蛋白中诱导A C螺旋“ OUT”无活性构象。 b)用IK-595,Trametinib,avutometinib或Trametiglue处理的HCT-116(KRAS G13D)细胞中MEK-CRAF共免疫沉淀的蛋白质印迹4小时。 c)MEK免疫沉淀物的质谱法证明了用DMSO,IK-595,Trametinib或Avutometinib处理的ASPC-1(KRAS G12D)细胞中的MEK-ARAF相互作用。 d)在HCT-116(BRAF WILD-TYPE),HT-29(BRAF V600E),NCI-H1755(NCI-H1755(BRAF STALS II)(BRAF STALS II)和NCI-H1666(NCI-H1666(NCI-H1666(BRAF Class III)),IK-595治疗4小时后,MEK-BRAF共免疫沉积量化了MEK-BRAF共免疫沉积。 所有化合物均以各自的IC 90浓度处理。IK-595在BRAF蛋白中诱导A C螺旋“ OUT”无活性构象。b)用IK-595,Trametinib,avutometinib或Trametiglue处理的HCT-116(KRAS G13D)细胞中MEK-CRAF共免疫沉淀的蛋白质印迹4小时。c)MEK免疫沉淀物的质谱法证明了用DMSO,IK-595,Trametinib或Avutometinib处理的ASPC-1(KRAS G12D)细胞中的MEK-ARAF相互作用。d)在HCT-116(BRAF WILD-TYPE),HT-29(BRAF V600E),NCI-H1755(NCI-H1755(BRAF STALS II)(BRAF STALS II)和NCI-H1666(NCI-H1666(NCI-H1666(BRAF Class III)),IK-595治疗4小时后,MEK-BRAF共免疫沉积量化了MEK-BRAF共免疫沉积。所有化合物均以各自的IC 90浓度处理。
疫苗接种前SARS-COV-2感染可以促进COVID-19疫苗接种和vaccination后突破性SARS-COV-2感染引起的保护,可以促进COVID-19疫苗接种的现有免疫力。这种“混合免疫”对SARS-COV-2变体有效。为了理解分子水平的“杂交免疫”,我们研究了抗RBD(受体结合结构域)抗体的互补性确定区域(CDR)(CDR),这些抗体从具有“杂种免疫”的个体中分离出来,以及从“幼稚”(不是SARS-COV-2感染)疫苗的个体中分离出来的。CDR分析是通过液相色谱/质谱 - 质谱法进行的。 主要成分分析和部分最小平方差分分析表明,CoVID-19接种疫苗的人共享CDR Pro填充物,并且预疫苗发生的SARS-COV-2感染或突破性感染进一步塑造了CDR ProFile,并在杂种中具有CDR PREFLE,而无需接种CDR疫苗,而无需感染CDR疫苗。 因此,我们的结果表明,杂交免疫的CDR率与疫苗接种引起的CDR ProFE不同。CDR分析是通过液相色谱/质谱 - 质谱法进行的。主要成分分析和部分最小平方差分分析表明,CoVID-19接种疫苗的人共享CDR Pro填充物,并且预疫苗发生的SARS-COV-2感染或突破性感染进一步塑造了CDR ProFile,并在杂种中具有CDR PREFLE,而无需接种CDR疫苗,而无需感染CDR疫苗。因此,我们的结果表明,杂交免疫的CDR率与疫苗接种引起的CDR ProFE不同。
