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在静止状态功能性MRI指标中对静脉偏差进行建模
图1 MNI152空间中RSFMRI指标和QSM图像的处理管道的概述。从QSM图像中提取的静脉中，在天然空间中生成了距离图和传播直径图。然后将图像注册到MNI152空间。The top row depicts the rsfMRI metrics in MNI152 space: sagittal view of the amplitude of low-frequency fluctuations (ALFF), fractional ALFF (fALFF), Hurst Exponent (HE), Coherence [Coherence (Cohe)-Regional Homogeneity (ReHo)], Kendall's Coefficient Concordance (KCC)-ReHo and一个参与者的特征向量中心（EC）值。底部行：来自天然空间中同一参与者的定量敏感性映射（QSM）图像，从容器分割档案中（阈值= 0.5;天然空间），所得的部分体积（PV；第二行）和直径图（第三行）（第三行）。PV和直径图排除了所有静脉<0.3 mm。距离图和传播直径图分别从PV和天然空间中的直径图计算出来。距离> 6.7 mm的组织体素。地图已注册到MNI152空间，并仅限于GM（第二行和第三行的最后一列）。
surfnet：通过耦合的差异变形重建皮质表面
图1：用于耦合皮质表面重建的表面。将MRI脑图像，皮层色带分割图和中期表面的签名距离图组合在一起，Surfnet学习了三个不同的形态变形，以同时优化初始的中间表面，以与目标表面中的中置和中置型中的中置型置于跨度的中间和中间的偏移型模型（并置于中等范围）的模型（DDM），并置于中等范围。表面S G和WM表面S W分别具有另外两个DDM。采用循环约束，以与非阴性皮质厚度的实施结合使用变形轨迹，以确保生物学上的合理性。
针对基于图像的空间转录组学的准确单分子检测具有弱监督深度学习
图1：一个弱监督的深度学习框架，用于对空间转录组学数据的准确荧光斑点检测。（a）培训数据生成以进行点检测。点标记是通过通过生成建模在一系列常用的经典斑点检测算法中找到共识而产生的。然后使用这些共识标签来训练Polaris的点检测模型。顺序步骤与箭头链接；相关的方法和数据类型与实线链接。（b）示例图像的训练数据生成的演示。斑点位置被转换为编码的检测和距离图，这些检测图指导模型训练期间执行的分类和回归任务。斑点颜色对应于（a）中的注释颜色。（c）示例seq鱼图像的北极星点检测模型的输出。高于默认阈值的回归值设置为零。（b-c）中的回归图像是X和Y指导中平方像素回归的总和。（d）EM方法的示意图，以适合共识点注释创建的生成模型。
211知识经济的实施...
摘要：本文的目的是通过基于集群分析的商业教育来分析知识经济和创新的问题。知识经济，创新转移，企业家精神和商业教育协会的作用旨在实现经济增长和可持续发展。通过商业教育分配知识经济的输入数据包括23个国家 /地区的数据：新的注册企业，劳动力，行业的就业，研究“商业，行政管理和法律”的人口比例，研究“服务”的人口比例和研究“经济学”的人口比例。使用数据归一化，Ward和Sturges方法和Statgraphics Centurion 19柔软的五个簇被确定在此研究背景下在国家 /地区显示隐藏的依赖关系和结构。第一个集群包括2个国家（奥地利和英国），第二 - 11个国家（比利时，葡萄牙，丹麦，意大利，意大利，立陶宛，拉特维亚，波兰，乌克兰，克罗地亚，挪威，挪威和荷兰），第三名 - 5个国家 /地区（5个国家 /地区，西班牙，西班牙，西班牙，法国，瑞士和派遣国家，3个国家，3个国家 /地区）以及第五 - 2个国家（捷克共和国和匈牙利）。由于在簇上建立了分布的树状图和聚集距离图，因此国家分布到簇中的质量已得到证实。获得的结果对于基于某些形成的集群中邻国的积极经验的进一步研究和改善国家创新，信息和教育政策可能很有用。
实时H2O2监视的快速遗传编码传感器的结构引导的工程
A-B结构引导的OROS传感器设计假设。 大肠杆菌的调节结构域（RD）还原和氧化形式的晶体结构。 胱氨酸形金对以黄色标记。 红色指示超级传感器的荧光蛋白插入环，蓝色指示新近鉴定的OROS传感器的荧光蛋白插入位点。 b的氧化氧结构的B因子和残基到残留的距离图，用于放大的假定区域，并在氧化和还原形式的Ecoxyr之间具有高构象变化。 红色和绿色框分别表示HyperRed和Oros-G的插入位点。 针对OROS-G提出的插入位点在C199和C208之间的循环之外（灰色线）。 以最大化循环的灵活性。 OROG-G传感器变体的 C-E筛选。 在HEK293细胞上表达并筛选所有传感器变体（每个条件/变体n> 100个单元）。 c荧光变化（∆F/fo）响应细胞外H 2 O 2（300µm）刺激对CPGFP插入到新鉴定的OROS插入区域的变体上。 插入211-212，确定了具有特殊响应动力学范围的变体。 d插入211-212的最大荧光变化（∆F/fo），并响应高（300µm）和低（10µm）细胞外H 2 O 2。 e位定向诱变变体的最大荧光变化（∆F/fo）预测可减少CPGFP的水获取。 除非另有说明，否则从3个生物学重复中收集利益。A-B结构引导的OROS传感器设计假设。大肠杆菌的调节结构域（RD）还原和氧化形式的晶体结构。胱氨酸形金对以黄色标记。红色指示超级传感器的荧光蛋白插入环，蓝色指示新近鉴定的OROS传感器的荧光蛋白插入位点。b的氧化氧结构的B因子和残基到残留的距离图，用于放大的假定区域，并在氧化和还原形式的Ecoxyr之间具有高构象变化。红色和绿色框分别表示HyperRed和Oros-G的插入位点。针对OROS-G提出的插入位点在C199和C208之间的循环之外（灰色线）。以最大化循环的灵活性。OROG-G传感器变体的 C-E筛选。 在HEK293细胞上表达并筛选所有传感器变体（每个条件/变体n> 100个单元）。 c荧光变化（∆F/fo）响应细胞外H 2 O 2（300µm）刺激对CPGFP插入到新鉴定的OROS插入区域的变体上。 插入211-212，确定了具有特殊响应动力学范围的变体。 d插入211-212的最大荧光变化（∆F/fo），并响应高（300µm）和低（10µm）细胞外H 2 O 2。 e位定向诱变变体的最大荧光变化（∆F/fo）预测可减少CPGFP的水获取。 除非另有说明，否则从3个生物学重复中收集利益。C-E筛选。在HEK293细胞上表达并筛选所有传感器变体（每个条件/变体n> 100个单元）。c荧光变化（∆F/fo）响应细胞外H 2 O 2（300µm）刺激对CPGFP插入到新鉴定的OROS插入区域的变体上。插入211-212，确定了具有特殊响应动力学范围的变体。d插入211-212的最大荧光变化（∆F/fo），并响应高（300µm）和低（10µm）细胞外H 2 O 2。e位定向诱变变体的最大荧光变化（∆F/fo）预测可减少CPGFP的水获取。利益。插入211-212变体的突变E215Y导致了工程OROS-G。描述性统计：误差线和频段代表使用Seaborn（0.11.2）统计绘图套件的中心值趋势的自举置信区间（95％）。
耶鲁大学生物医学工程博士毕业生
Ryan Nguyen 用于揭示组织工程和癌症中的机械生物学现象的多尺度方法 Mak 2023 年 5 月 Kate Bridges 经食道超声心动图患者特定二尖瓣建模的图像分析和生物力学 Miller-Jensen 2023 年 5 月 Liang Yang 体外自组装网络的分析 Levchenko 2023 年 5 月 Yuqi Wang 揭示小鼠生殖系干细胞中 MILI 的功能和分子机制 Lin 2023 年 5 月 Alborz Feizi 用于高通量离体人体器官研究的工程工具 Tietjen 2023 年 5 月 David Dellal 先进机电器官保存平台的开发和验证 Sestan 2023 年 5 月 Kevin Ta 超声心动图心脏运动分析和分割的多任务学习 Duncan 2023 年 5 月 Alexandra Suberi mRNA 治疗的肺部递送 Saltzman 2023 年 5 月 Archer Hamidzadeh 使用基于 FRET 的生物传感器阐明细胞外信号调节激酶 (ERK) 动力学 Levchenko 2022 年 12 月 Dave O'Connor 脑内动态功能连接的定量分析 Constable 2022 年 12 月 Feimei Liu 扩展单域抗体库和应用 Carson 2022 年 12 月 Xingjian Zhang 癌症和镰状细胞病的生物物理特征 Mak 2022 年 12 月 Alexander Josowitz 用于局部递送小分子抑制剂的聚合物纳米粒子：胶质母细胞瘤和气道的应用 Saltzman 2022 年 12 月 Shawn Ahn 注意力神经网络在 3D 超声心动图心脏应变分析中的应用 Duncan 2022 年 12 月 Rebecca Byler 治疗皮肤利什曼病的局部贴剂开发的合理方法 Kyriakides 2022 年 12 月 Hao Xing 基于细胞和细胞外基质的方法研究糖尿病成纤维细胞并改善伤口愈合 Kyriakides 2022 年 5 月 Chang Liu 3D 组织模型中肿瘤细胞的迁移以及与 ECM 和基质的相互作用 Mak 2022 年 5 月 Zach Connerty-Marin 在纳米尺度上量化膜拓扑结构 Bewersdorf 2022 年 5 月 MinSoo Khang 鞘内递送 NP 用于治疗软脑膜转移 Saltzman 2022 年 5 月 Shi Shen 逆转录病毒的研究工程心脏组织中的重塑现象 Campbell 2022 年 5 月 Jenette Creso 心肌机械功能和疾病的多尺度建模 Campbell 2022 年 5 月 Juntang Zhuang 机器学习方法估计全脑有效连接组以识别自闭症 Duncan 2022 年 5 月 Margaret Elise Bullock 使用 HIV 基因表达随机模型探索染色质介导的转录噪声调控 Miller-Jensen 2022 年 5 月 Ann Chen 开发和提供基因组编辑疗法以改善胶质母细胞瘤治疗 Zhou 2022 年 5 月 Katherine Leiby 工程功能性远端肺上皮 Niklason 2022 年 5 月 Ons M'Saad 蛋白质在其超微结构背景下的光学显微镜检查 Bewersdorf 2022 年 5 月 Kevin Hu 活细胞中的多色各向同性超分辨率 Bewersdorf 2022 年 5 月 Samantha Rossano Synaptic使用正电子发射断层扫描的 SV2A 密度成像：参考区域分析的优化和 Carson 2021 年 12 月 Andrew Barentine 定量超分辨率显微镜 Bewersdorf 2021 年 12 月 Muhammad Khan 脑癌跨室钠成像 Hyder 2021 年 12 月 Allison Greaney 肺组织工程的改进：迈向功能性气管和肺置换 Niklason 2021 年 5 月 Siyuan Gao 高维脑成像数据的潜在因子分析 Scheinost 2021 年 5 月 Rita Matta 微血管信号在神经源性微环境的作用 Gonzalez 2021 年 5 月 Edward Han 血管生物人工内分泌胰腺的开发 Niklason 2021 年 5 月 Heather Liu PET 中的动力学建模、参数估计和模型比较：神经递质动力学的功能图像 Morris 2021 年 5 月 John Walsh 监测肿瘤进展和治疗反应的独特血管和代谢特征 Hyder 2021 年 5 月 Micha Sam Raredon 肺泡肺的单细胞系统工程 Niklason 2020 年 12 月 Luyao Shi 高级定量心脏核成像 Liu 2020 年 12 月 Amanda Alexander 研究 TLR4 诱导的巨噬细胞分泌中细胞间异质性的调节和后果 Miller-Jensen 2020 年 12 月 Jason Szafron 用于改进组织工程血管移植物设计的数学模型 Humphrey 2020 年 12 月 Lorenzo Sewanan 使用人类干细胞衍生的心肌细胞、enginCampbell 2020 年 12 月 Zach Augenfeld 自动使用 MRI 距离图通过术中锥形束 CT 分割进行多模态配准 Duncan 2020 年 5 月 Jeffery (Alex) Clark 表征微尺度异质性对心肌宏观机械功能的影响 u Campbell 2020 年 5 月 Ramak Khosravi 用于治疗先天性心脏病的组织工程血管移植物的数据驱动计算模型 D Humphrey 2020 年 5 月 Rebecca LaCroix 激酶定位对细胞信号传导和行为影响的研究 Levchenko 2020 年 5 月 Xiaoxiao Li 用于表征自闭症神经影像生物标志物的数据驱动策略 Duncan 2020 年 5 月 Ayomiposi Loye 用于骨科应用的块状金属玻璃 Kyriakides 2020 年 5 月 Ronald Ng 研究机械负荷在致心律失常性心肌病中的作用 Campbell 2020 年 5 月 Fan Zhang Layer卷积神经网络中的嵌入分析可改善不确定性估计和分类 Duncan 2020 年 5 月 Sean Bickerton 纳米粒子系统用于在体内生成调节性 T 细胞用于自身免疫性疾病治疗 Fahmy 2019 年 12 月 Nadine Dispenza 加速非线性梯度编码策略用于并行磁共振成像 Constable 2019 年 12 月 Alexander Svoronos 使用 pH 低插入肽 (pHL) 进行肿瘤靶向抑制致癌微小 RNA 用于癌症治疗 Engelman 2019 年 12 月 MaryGrace Velasco 用于深层组织应用的三维 STED 显微镜 Bewersdorf 2019 年 12 月 Shari Yosinski 用于片上实验室诊断的电子粒子操作 Reed 2019 年 12 月 Yang Xiao 微血管工程用于疾病建模和再生医学 Fan 2019 年 5 月 Alexander Engler 综合生理与系统设计全肺组织工程方法 Niklason 2019 年 5 月 Young-Eun Seo 用于局部递送 miRNA 抑制剂治疗胶质母细胞瘤的纳米粒子 Saltzman 2019 年 5 月 Zhuo Chen 用于分析巨噬细胞活化动力学的单细胞微芯片 Fan 2019 年 5 月 Ian Linsmeier 活性肌动球蛋白力学：无序网络中收缩的协同性和缩放性 Murrell 2018 年 12 月 Haiying (Allen) Lu 基于学习的心脏应变分析正则化 Duncan 2018 年 12 月