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World File Search System跨膜
大型数据库的跨膜β桶的一般特征
大数据集为典范以前研究的主题提供了新的见解。我们使用共同进化数据创建了跨膜β桶（TMBB）的大型高质量数据库。通过在生成的进化接触图上应用简单的特征检测，我们的方法（Isitabarrel）在区分蛋白质类别时可以达到95.88％的平衡精度。此外，与Isitabarrel的比较表明，在先前的TMBB算法中，假阳性率很高。除了比以前的数据集更准确之外，我们的数据库（在线可用）还包含来自38个门的1,938,936个细菌TMBB蛋白，比以前的Sets TMBB-DB和OMPDB大17和2.2倍。我们预计，由于其质量和大小，该数据库将作为需要高质量TMBB序列数据的有用资源。我们发现TMBB可以分为11种类型，其中三种尚未报告。我们发现，含TMBB的生物的蛋白质组百分比的巨大差异，其中一些使用其蛋白质组的6.79％用于TMBB，而另一些则使用其蛋白质组的0.27％。TMBBS长度的分布暗示了先前假设的重复事件。此外，我们发现C末端β-信号在不同类别的细菌之间会有所不同，尽管最常见的是LGLGYRF。但是，该β-信号仅是原型TMBB的特征。九种非原型枪管类型具有其他C末端基序，并且这些替代基序是否有助于TMBB插入或执行任何其他信号传导函数，尚待确定。
通过破坏跨膜相互作用来变构抑制表皮生长因子受体
。CC-BY 4.0 国际许可，根据未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者（此版本于 2023 年 5 月 8 日发布。；https://doi.org/10.1101/2022.10.31.514582 doi：bioRxiv 预印本
TMPRSS4 是一种 II 型跨膜丝氨酸蛋白酶，可作为癌症的潜在治疗靶点
蛋白酶参与几乎所有的生物过程，这意味着它们对健康和病理状况都很重要。蛋白酶失调是癌症的一个关键事件。最初，研究确定了它们在侵袭和转移中的作用，但最近的研究表明，蛋白酶参与癌症发展和进展的所有阶段，既直接通过蛋白水解活性，也间接通过调节细胞信号传导和功能。在过去的二十年里，一种新的丝氨酸蛋白酶亚家族，称为 II 型跨膜丝氨酸蛋白酶 (TTSP) 已被鉴定。许多 TTSP 在多种肿瘤中过度表达，是肿瘤发展和进展的潜在新标志物；这些 TTSP 是抗癌治疗的可能分子靶点。跨膜蛋白酶丝氨酸 4 (TMPRSS4) 是 TTSP 家族的一员，在胰腺癌、结直肠癌、胃癌、肺癌、甲状腺癌、前列腺癌和其他几种癌症中上调；事实上，TMPRSS4 表达升高通常与预后不良有关。由于其在癌症中的广泛表达，TMPRSS4 已成为抗癌研究的关注焦点。本综述总结了有关 TMPRSS4 的表达、调控和临床相关性的最新信息，以及其在病理环境中的作用，特别是在癌症中。它还概述了上皮-间质转化和 TTSP。
囊性纤维化跨膜电导调节器的药理抑制剂对上皮阳离子通道的影响
摘要囊性纤维化跨膜电导调节剂（CFTR）阴离子通道和上皮Na +通道（ENAC）在许多上皮组织中在跨层离子和流体转运中起着重要作用。两个通道的抑制剂都是在体外定义其生理作用的重要工具。然而，两个常用的CFTR抑制剂CFTR INH -172和GLYH-101（也抑制非CFTR阴离子通道），表明它们不是CFTR的特异性。然而，迄今为止，这些抑制剂对上皮阳离子通道的潜在靶向效应尚未解决。在这里，我们表明，两个CFTR阻滞剂都以许多研究人员的常规使用浓度造成了对商店经营的钙进入（SOCE）的显着抑制，这些钙进入（SOCE）是时间依赖性，可逆的，并且独立于CFTR。斑块夹的实验表明，CFTR INH -172和GLYH-101都引起了ORAI1介导的全细胞电流的显着块，确定它们可能通过调制该Ca 2+释放激活的Ca 2+（CRAC）通道来减少SOCE。除了对钙通道的脱靶影响外，两种抑制剂在异武卵母细胞异源表达后都显着降低了人αβγ-ENAC介导的电流，但对Δβ-ENAC功能的影响有所不同。分子对接确定了两个CFTR阻滞剂的ENAC细胞外域中的两个假定结合位点。一起，我们的结果表明，在使用这两个CFTR抑制剂来剖析CFTR和潜在的ENAC在生理过程中的作用时，需要谨慎。
文章 结构生物学AI时代的ABC跨膜蛋白结构综合收集与预测
摘要：过去四年中，独特的跨膜 (TM) 蛋白质结构的数量翻了一番，这可以归因于低温电子显微镜的革命。此外，AlphaFold2 (AF2) 还提供了大量高质量的预测结构。但是，如果研究的对象是特定的蛋白质家族，那么尽管存在通用和蛋白质域特定的数据库，收集该家族成员的结构仍然极具挑战性。在这里，我们证明了这一点，并评估了通过 ABC 蛋白质超家族自动收集和呈现蛋白质结构的适用性和可用性。我们的流程使用 PFAM 搜索识别和分类跨膜 ABC 蛋白质结构，并旨在根据特殊几何测量 conftors 确定它们的构象状态。由于 AlphaFold 数据库仅包含单个多肽链的结构预测，我们对作为二聚体发挥作用的人类 ABC 半转运蛋白进行了 AF2-Multimer 预测。我们的 AF2 预测警告称，有关相互作用伙伴的一些生化数据的解释可能存在歧义，需要进一步进行实验和实验结构确定。我们通过网络应用程序提供了我们预测的 ABC 蛋白质结构，并加入了 3D-Beacons 网络，通过 PDBe-KB 等平台覆盖更广泛的科学界。
跨膜蛋白TMEM230，胶质母细胞瘤治疗的靶点
6 意大利国家研究委员会生物化学和细胞生物学研究所，意大利罗马，7 明斯特大学医院妇产科，德国明斯特，8 布雷西亚大学分子与转化医学系，意大利布雷西亚，9 意大利米兰神经科学研究所，10 米兰大学健康生物医学科学系，意大利米兰，11 美国马里兰州贝塞斯达国立卫生研究院 NIDDK 细胞与分子生物学实验室，12 德国明斯特大学医院放射治疗和放射肿瘤学系，13 美国新墨西哥州阿尔伯克基洛夫莱斯生物医学研究所，14 意大利奥尔巴萨诺都灵大学肿瘤学系，15 意大利坎迪奥洛坎迪奥洛癌症研究所 - IRCCS 血管肿瘤实验室，
bok-mcl1跨膜相互作用
B细胞淋巴瘤2（BCL-2）蛋白家族的成员在控制线粒体膜的膜性和调节细胞凋亡方面起着至关重要的作用。 This family is divided into pro-apoptotic proteins that permeabilize the mitochondrial outer membrane, anti-apoptotic members that inhibit this process, and a BCL-2 containing only the BCL-2-Homology-3 (BH3) domain (BH3-only) subset of proteins that directly or indirectly activate the pro-apoptotic proteins. 所有Bcl-2 pro蛋白共享一个至四个BH保守的域，BH3域对于Bcl-2家族蛋白之间的同型和杂种至关重要，并且对凋亡活性的调节至关重要。 肿瘤类型，包括血液恶性肿瘤，乳房，中枢神经系统，结肠，肺，卵巢，前列腺和肾脏癌，以及黑色素瘤1过表达MCL1，这是Bcl-2蛋白家族的抗凋亡/促凋亡/亲苏化构件。 2B细胞淋巴瘤2（BCL-2）蛋白家族的成员在控制线粒体膜的膜性和调节细胞凋亡方面起着至关重要的作用。This family is divided into pro-apoptotic proteins that permeabilize the mitochondrial outer membrane, anti-apoptotic members that inhibit this process, and a BCL-2 containing only the BCL-2-Homology-3 (BH3) domain (BH3-only) subset of proteins that directly or indirectly activate the pro-apoptotic proteins.所有Bcl-2 pro蛋白共享一个至四个BH保守的域，BH3域对于Bcl-2家族蛋白之间的同型和杂种至关重要，并且对凋亡活性的调节至关重要。肿瘤类型，包括血液恶性肿瘤，乳房，中枢神经系统，结肠，肺，卵巢，前列腺和肾脏癌，以及黑色素瘤1过表达MCL1，这是Bcl-2蛋白家族的抗凋亡/促凋亡/亲苏化构件。2
跨膜激活剂和 CAML 相互作用蛋白 (TACI) - DR-NTU
摘要：多发性骨髓瘤 (MM) 已成为下一个最有可能接受细胞免疫治疗的肿瘤或血液病。大部分注意力都集中在 B 细胞成熟抗原 (BCMA) 上，它是骨髓瘤细胞上独特的细胞表面蛋白，可用于单克隆抗体、抗体药物偶联物 (ADC)、T 细胞重定向双特异性分子和嵌合抗原受体 (CAR) T 细胞靶向。BCMA 是肿瘤坏死因子受体 (TNFR) 超家族的成员，可结合两种配体 B 细胞活化因子 (BAFF) 和增殖诱导配体 (APRIL)，并介导血浆和 MM 细胞的生长和存活。有趣的是，另一个 TNFR 超家族成员跨膜激活剂和 CAML 相互作用蛋白 (TACI) 也结合相同的配体，并在正常血浆和恶性 MM 细胞中发挥与 BCMA 大致重叠的作用。在本文中，我们回顾了 TACI 的生物学，重点介绍其在正常 B 细胞和浆细胞以及恶性 MM 细胞中的作用，并讨论了将 TACI 作为 MM 免疫疗法潜在靶点的各种方法。