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World File Search System通路
如果我们知道白质通路从哪里开始、在哪里结束以及在哪里不去，那么通过扩散 MRI 纤维束成像得到的脑连接在解剖学上可以非常准确
1. 范德堡大学成像科学研究所，范德堡大学，美国田纳西州纳什维尔 2. 范德堡大学医学中心放射学和放射科学系，美国田纳西州纳什维尔 3. 法国波尔多大学 CEA 法国国家科学研究院神经退行性疾病研究所 - UMR 5293 神经功能图像组 4. 加拿大舍布鲁克大学舍布鲁克连接成像实验室 (SCIL) 5. 范德堡大学电气工程与计算机科学系，美国田纳西州纳什维尔 6. 亨利 M. 杰克逊基金会，美国马里兰州贝塞斯达 7. 美国马里兰州贝塞斯达国家生物医学成像和生物工程研究所 8. 美国田纳西州纳什维尔范德堡大学医学中心生物医学工程系 * Kurt G Schilling 电子邮件： kurt.g.schilling.1@vumc.org
κB 通路抑制和神经胶质细胞失活
摘要背景：阐明脑缺血再灌注损伤 (CIRI) 的发病机制和开发新的有效疗法至关重要。丁香脂素 (Syr) 是一种存在于各种药草中的呋喃木脂素，可能在治疗 CIRI 中发挥重要作用。本研究旨在研究 Syr 对 CIRI 进展的影响并揭示其中的潜在机制。方法：建立了一种大脑中动脉闭塞 (MCAO) 小鼠模型来研究 CIRI。给小鼠施用浓度为 20 mg/kg 和 40 mg/kg 的 Syr，持续 48 小时。使用 2,3,5-三苯基四唑氯化物 (TTC) 测定法评估 Syr 对小鼠脑梗死的影响。采用免疫染色法检测离子化钙结合衔接分子 1 (Iba1) 和胶质纤维酸性蛋白 (GFAP)，采用酶联免疫吸附试验 (ELISA) 检测白细胞介素 (IL)-1 β、肿瘤坏死因子 (TNF)- α、IL-10 和 IL-6 的水平。此外，还进行了末端脱氧核苷酸转移酶 (TdT) 介导的 2′-脱氧尿苷 5′-三磷酸 (dUTP) 缺口末端标记 (TUNEL) 试验，以评估对大脑中动脉闭塞模型 (MCAO) 小鼠脑组织中脑胶质细胞活化、炎症和细胞凋亡的影响。进一步进行免疫印迹以验证其作用机制。结果：Syr 可减轻 MCAO 小鼠的脑梗死。此外，它还降低了这些模型中脑神经胶质细胞的激活。我们的研究结果进一步表明，Syr 可减少 MCAO 小鼠脑组织内的炎症。它还抑制这些组织中的细胞凋亡。从机制上讲，Syr 抑制核因子 κB (NF- κ B) 通路，从而缓解 CIRI。结论：总之，Syr 通过阻断神经胶质细胞激活和抑制炎症反应来缓解 CIRI。
系统生物学 xOmicsShiny：用于跨组学数据分析和通路映射的 R Shiny 应用程序
摘要摘要：我们开发了 xOmicsShiny，这是一款功能丰富的 R Shiny 应用程序，它使生物学家能够全面探索跨实验和数据类型的组学数据集，重点是在通路层面揭示生物学见解。数据合并功能可确保灵活探索跨组学数据，例如转录组学、蛋白质组学、代谢组学和脂质组学。通路映射功能涵盖广泛的数据库，包括 WikiPathways、Reactome 和 KEGG 通路。此外，xOmicsShiny 为日常组学数据分析提供了多种可视化选项和分析任务，即 PCA、火山图、维恩图、热图、WGCNA 和高级聚类分析。该应用程序使用可定制的模块来执行各种任务，生成交互式图表和可发布的图表。这种动态模块化设计克服了 R Shiny 工具加载缓慢的问题，并允许研究和开发人员社区轻松扩展它。可用性和实施：R Shiny 应用程序公开发布于：http://xOmicsShiny.bxgenomics.com 。研究人员可以将自己的数据上传到服务器或使用预加载的演示数据集。源代码在 MIT 许可下提供于 https://github.com/interactivereport/xOmicsShiny 以供本地安装。该应用程序的完整教程可在 https://interactivereport.github.io/xOmicsShiny/tutorial/docs/index.html 获得。联系方式：yuhenry.sun@biogen.com 或 baohong.zhang@biogen.com 补充数据：补充数据可在 bioRxiv 在线获得。
针对乳腺癌发育中的芳基烃受体信号通路
ucd-pymt，产生显性阴性蛋白，该蛋白特异性抑制了由Charles Vinson（NCI，Bethesda，MD，MD，USA）提供的C/EBP成员的DNA结合。根据制造商的说明，使用JetPEI（Polytransfection; Qbiogene，Irvine，CA，美国）进行瞬态转染。允许转染进行16小时，并用1 nm TCDD或0.1％DMSO（对照）处理细胞24小时，然后再诱导凋亡或用TCDD处理TCDD进行RNA表达分析。用于DRE荧光素酶报告基因测定UCD-PYMT细胞用DRE报告基因质粒瞬时转染。 16小时后，用1 nm TCDD或0.1％DMSO（对照）处理4小时。将细胞裂解，并使用Luminometer（Berthold Lumat LB9501/16;宾夕法尼亚州匹兹堡）使用荧光素酶报告基因测定系统（Promega Corp.，Madison，WI）测量荧光素酶活性。 使用Bradford染料测定法（Bio-Rad Laboratories，Inc。，Hercules，CA）将相对光单元标准化为蛋白质浓度。用于DRE荧光素酶报告基因测定UCD-PYMT细胞用DRE报告基因质粒瞬时转染。16小时后，用1 nm TCDD或0.1％DMSO（对照）处理4小时。将细胞裂解，并使用Luminometer（Berthold Lumat LB9501/16;宾夕法尼亚州匹兹堡）使用荧光素酶报告基因测定系统（Promega Corp.，Madison，WI）测量荧光素酶活性。使用Bradford染料测定法（Bio-Rad Laboratories，Inc。，Hercules，CA）将相对光单元标准化为蛋白质浓度。
T细胞受体和STAT5信号通路的差异抑制作用决定了达沙替尼在慢性慢性髓样白血病
dasatinib是一种具有对SRC激酶LCK活性的多激酶抑制剂，在T细胞受体信号传导中起关键作用。相比之下，最初是作为免疫抑制剂开发的 dasatinib也指出，一部分患者的肿瘤免疫力增强。我们研究了达沙替尼对慢性髓样白血病患者的影响，并将其与服用其他酪氨酸激酶抑制剂（TKI）和健康对照的患者进行了比较。我们发现，达沙替尼的患者表现出对T细胞受体（TCR）和STAT5信号通路的抑制作用，以及降低T-效应子促炎性细胞因子的表达。此外，达沙替尼诱导了调节性T细胞（TREG）和Tregs的选择性耗竭，特别是在效应CD8 + T细胞克隆膨胀的患者中，他们表现出对Treg TCR细胞内信号的更大和优先抑制。此外，我们表明达沙替尼通过还原IL-2选择性地降低了Treg Stat5磷酸化，这与服用达沙替尼的患者的血浆IL-2水平显着降低有关。最后，与服用达沙替尼的患者相比，其他TKI的患者在TIM3 +细胞中的TCR信号显着增加，这表明dasatinib的慢性SRC激酶抑制作用可能在防止TIM-3-介导的T细胞耗尽并保存抗肿瘤免疫方面发挥作用。这些数据提供了对达沙替尼的选择性免疫调节作用及其在免疫疗法的药理控制的潜在用途。
EIF2AK4-EIF2A/eIF2 alpha-ATF4 通路的激活可触发对克罗恩病相关粘附侵袭性大肠杆菌感染的自噬反应
摘要 克罗恩病 (CD) 患者的肠粘膜被粘附侵袭性大肠杆菌 (AIEC) 异常定植。AIEC 感染后，宿主细胞中会诱导自噬以抑制细菌细胞内的复制。但其潜在机制仍然未知。在这里，我们研究了 EIF2AK4-EIF2A/eIF2 a -ATF4 通路在 AIEC 感染自噬反应中的作用。我们发现，用 AIEC 参考菌株 LF82 感染人肠上皮 T84 细胞会激活 EIF2AK4-EIF2A-ATF4 通路，磷酸化 EIF2AK4、磷酸化 EIF2A 和 ATF4 水平升高就是明证。EIF2AK4 耗竭抑制了 LF82 感染后自噬激活，导致 LF82 细胞内复制增加和促炎细胞因子产生增加。从机制上讲，EIF2AK4 耗竭抑制了 LF82 诱导的 ATF4 与多个自噬基因（包括 MAP1LC3B、BECN1、SQSTM1、ATG3 和 ATG7 ）的启动子结合，进而抑制了这些基因的转录。LF82 感染野生型 (WT) 而非 eif2ak4 ¡ / ¡ ，小鼠激活了 EIF2AK4-EIF2A-ATF4 通路，诱导了肠细胞中的自噬基因转录和自噬反应。因此，eif2ak4 ¡ / ¡
全基因组 CRISPR 筛选确定 TLR3 信号通路的调控因子
摘要 TLR 的一个子集专门通过对内体进行核酸检测来检测进入的病原体。其中，TLR3 感知内体中双链 RNA 的异常存在，并通过激活 NF- j B 和 IRF3 启动强大的先天免疫反应。然而，控制 TLR3 调节的机制仍然不甚明了。为了确定参与 TLR3 通路的新分子参与者，我们使用 CRISPR/Cas9 技术进行了全基因组筛选。我们生成了携带 NF- j B 反应启动子的 TLR3 + 报告细胞，该启动子控制 GFP 表达。接下来用单向导 RNA (sgRNA) 文库转导细胞，用 poly(I:C) 进行连续刺激，并对 GFP 阴性细胞进行分类。通过深度测序估计的 sgRNA 富集确定了 TLR3 诱导的 NF-j B 激活所需的基因。在这些基因中，通过筛选确定了五个已知与 TLR3 通路密切相关的基因，包括 TLR3 本身和伴侣 UNC93B1，从而验证了我们的策略。我们进一步研究了前 40 个基因，并重点研究了转录因子芳烃受体 (AhR)。AhR 的消耗对 TLR3 反应有双重影响，消除了 IL-8 的产生并增强了 IP-10 的释放。此外，在暴露于 poly(I:C) 的原代人巨噬细胞中，AhR 激活增强了 IL-8 并减少了 IP-10 的释放。总体而言，这些结果表明 AhR 在 TLR3 细胞先天免疫反应中发挥作用。
天然黄酮类芹菜素通过靶向 PI3K/AKT 通路降低 3T3-L1 脂肪细胞高糖诱导的胰岛素抵抗的作用
糖尿病的特征是胰岛素缺乏或抵抗导致血糖水平升高，对全球健康构成重大挑战。随着其患病率不断上升，对发病率、死亡率和医疗保健成本产生重大影响，迫切需要有效的糖尿病管理策略。天然黄酮类化合物如芹菜素，因其抗氧化、抗炎抗糖尿病特性而成为潜在的治疗剂，但其作用机制尚不清楚。该研究旨在评估芹菜素对 3T3-L1 脂肪细胞中 PI3K/AKT/GLUT4 通路的作用。通过分光光度法测量体外 α 淀粉酶和 α 葡萄糖苷酶抑制活性。通过 MTT 测定法评估细胞毒性。此外，通过实时 PCR 进行基因表达分析。为了确认芹菜素与 PI3K/Akt/GLUT4 信号传导的确切结合相互作用，还进行了分子对接分析。本研究结果表明，芹菜素以剂量依赖性方式显著降低 α 淀粉酶和 α 葡萄糖苷酶抑制活性。q-PCR 分析表明，芹菜素显著改善了高糖诱导的 3T3-L1 脂肪细胞系中胰岛素信号分子 (IR、IRS-1、PI3K、Akt 和 GLUT4) 的 mRNA 表达。分子对接分析证明，芹菜素可能在调节脂肪细胞中的胰岛素代谢信号传导中发挥作用。总体而言，芹菜素作为一种天然类黄酮，在对抗糖尿病及其并发症方面具有潜在的治疗价值，具有广阔的前景，强调了继续研究以充分发挥其治疗潜力并为有效的糖尿病管理策略铺平道路的重要性。
社论：拓宽我们对核酸传感的视野：新型传感器、信号通路以及与非传染性疾病的关系
核酸感应是先天免疫系统的重要组成部分，而核酸传感器属于一类受体，被广泛称为模式识别受体 (PRR)。PRR 最初是作为对病原体的免疫反应的一部分进行研究的。该概念指出，宿主需要受体以非特异性的方式广泛感知入侵的病原体，并触发启动病原体特异性适应性免疫反应所需的细胞的激活。根据这一核心概念，PRR 识别病原体相关分子模式 (PAMP)，它由入侵病原体的部分组成，例如它们的核酸基因组。PRR 与 PAMP 的结合会在受感染细胞中诱导信号级联，导致产生细胞因子，包括干扰素，这些细胞因子会分泌到细胞外环境中。这些细胞因子具有多种作用，例如促进邻近细胞对感染的抵抗力和募集对适应性反应至关重要的免疫细胞。然而，PRR 如何区分宿主核酸（自身）和病原体来源的核酸（非自身）一直受到研究。此外，由于在传染性或非传染性病理过程中出现的危险相关分子模式 (DAMP)，并且可以包括自身核酸，因此 PRR 可以在无菌条件下（即没有病原体的情况下）被激活。识别这些激活 PRR 的自身核酸的性质是一个正在进行的研究领域，可以为自我/非自我识别的机制提供信息。新的 PRR 仍在被发现，并且 PRR 除了产生细胞因子之外的作用也在不断报道。因此，核酸传感领域正在多个层面上扩展，本研究课题旨在拓宽我们对这一复杂研究领域的视野。
靶向AMPK信号通路的天然产物治疗糖尿病及其并发症
糖尿病 (DM) 是最常见的慢性代谢疾病之一，其主要特征是血糖水平持续升高。这种情况通常源于胰岛素分泌不足或胰岛素本身的功能缺陷。临床上，糖尿病主要分为 1 型糖尿病 (T1DM) 和 2 型糖尿病 (T2DM)，其中 T2DM 占所有确诊病例的近 90%。值得注意的是，近几十年来，全球 T2DM 发病率急剧上升。腺苷酸活化蛋白激酶 (AMPK) 信号通路在调节细胞能量代谢方面至关重要，使其成为糖尿病及其相关并发症的重要治疗靶点。天然产物具有来源多样、生物活性多方面和相对安全的特点，在调节 AMPK 通路方面具有相当大的前景。这篇综述文章探讨了针对 AMPK 信号通路的天然产物研究进展，旨在为创新抗糖尿病疗法的开发提供信息。