4 md.devendran@gmail.com摘要:鸟类鉴定在生物多样性保护和生态学研究中起着至关重要的作用,为栖息地健康和物种分布提供了见解。识别鸟类物种的传统方法是时间密集型,容易出现人为错误,因此需要自动解决方案。这个项目是使用深度学习的鸟类识别,提出了一个先进的系统,以利用深度学习的力量准确地从图像中识别鸟类。该系统利用卷积神经网络(CNN),以其在图像分类任务方面的熟练程度而闻名。一个包含多种鸟类图像的数据集进行了预处理并增强,以增强模型的鲁棒性和泛化。模型架构旨在提取复杂的特征,即使在诸如不同的照明条件,遮挡或类似物种的外观等挑战性的情况下,也可以准确识别。使用准确性,精度,召回和F1得分等指标评估模型的性能,以确保全面验证。结果表明,对传统机器学习方法的准确性改善了,这表明了物种识别中深度学习的潜力。该项目对野生动植物监测,生态研究和教育工具的应用有望,从而促进了意识和保护工作。未来的工作可能包括将系统集成到移动应用中,或将其部署在现场条件下的实时鸟类识别。
糖尿病性视网膜病(DR)是糖尿病(DM)普遍的微血管并发症(DM),在大约三分之一的糖尿病患者中有助于视觉障碍(1)。它是糖尿病最严重的并发症之一,尤其是在发展到增殖性糖尿病性视网膜病(PDR)时(2,3)。PDR的特征是视网膜中血管异常的生长,导致视力丧失和失明的潜力(4)。向PDR过渡的基础的复杂分子机制仍然是强烈的研究意义的主题。了解与PDR相关的基因表达模式和免疫景观对于揭示其发病机理的复杂性并识别潜在的治疗靶标至关重要。内质网(ER)用作负责蛋白质稳态或“蛋白质稳态”的细胞细胞器(5)。细胞应激和炎症可能会导致构建不折叠或错误折叠的蛋白质,这种疾病称为ER应激(6)。促成PDR发病机理的基本分子机制之一是ER应力(7)。尽管在PDR中,ER应力具有公认的重要性,但在PDR背景下,对与ER应力相关的生物标志物的全面分子理解仍然是显着的研究差距(8-10)。近年来,对与ER应力相关生物标志物的复杂性的分子研究为理解PDR的分子基础提供了有希望的途径(5、11、12)。高通量技术的进步已彻底改变了我们剖析复杂疾病分子景观的能力(13)。与PDR中的ER应力相关的特定生物分子特征,不仅具有加深我们对疾病机制的理解的潜力,而且还具有确定治疗性干预的精确靶标。尽管在糖尿病研究中取得了重大的进步,但我们对驱动PDR进展的特定分子事件的理解仍然存在差距。通过分析GSE102485数据集中的PDR患者样品的转录组预计和正常样品,我们研究了与PDR中的ER应力相关的差异表达基因(DEGS)。通过基因本体论(GO)富集分析,基因和基因组(KEGG)途径分析的京都百科全书和蛋白质 - 蛋白质相互作用(PPI)网络分析,我们的目标是增强我们对eRECTORCONT PRESSTAINS PRESATION IN pDR的ERCORECTONCOULAL生物标志物的分子特征。通过字符串,细胞尺度和细胞胡示使鉴定了六个关键基因,并在单独的数据集(GSE60436)和DR模型中使用体外定量实时聚合酶链反应(QRT-PCR)进行了进一步验证。此外,我们探索了这些中心基因与插入中免疫细胞水平之间的相关性,揭示了ER应力在PDR中的免疫调节作用。最后,使用连接图(CMAP)预测用于处理PDR的潜在小分子。该分析的目的是鉴定具有潜在治疗作用的药物,可以通过调节与ER应力相关的分子途径来干预PDR的发展。这项研究桥接了分子生物学和DR研究,旨在剖析指示PDR和SHED
“在国家行动(例如离婚)中,以及与无能力的利益有关的原因(例如儿童监护权),当事方有可能意识到互惠权利和义务并庆祝有效的协议。这样做的一个例子是,父可以自愿认识到单方面自我组合行为中的隶属关系。很明显,在家庭法中,无论是通过协议而通过双边自我组成的,都可以通过法律认可或辞职来构想自我复数。”
结果:我们使用我们专有物理学的自由能扰动(FEP+)建模技术确定了新型的小分子MALT1抑制剂。我们的化合物显示出对MALT1酶活性的有效抑制(亚NM),以及通过表面等离子体共振(SPR)测量的MALT1蛋白的高结合亲和力(sub nm)。bcl10是MALT1的结合伙伴,在C端在C端裂解。Our inhibitors were efficacious in a target engagement assay showing prevention of BCL10 cleavage in Activated B-cell (ABC) subtype of diffuse large B cell lymphoma (DLBCL) cell lines OCI-LY3 and OCI-LY10, which are Bruton tyrosine kinase (BTK) inhibitor ibrutinib-resistant and -responsive respectively.我们的化合物是OCI-LY3和OCI-LY10细胞中IL10分泌的有效抑制剂,这与NF-κB信号传导的抑制一致。我们还检查了MALT1抑制剂对ABC-DLBCL细胞增殖的影响。我们的抑制剂在OCI-LY3和OCI-LY10细胞系中都表现出有效的抗增殖作用,以及在BTKI敏感的ABC-DLBCL细胞图中与ibrutinib的协同作用。检查蛋白酶面板和脱靶安全筛选面板以及体内高剂量耐受性研究表明,我们的化合物具有出色的选择性和明显的安全余量。等离子体IL10和肿瘤BCL10在PK/PD研究中已被鉴定为可靠的PD标记。剂量依赖性肿瘤生长抑制作用,还观察到与Venetoclax结合使用的功效。
抗体发现是一个漫长而劳动密集型的过程,需要大量的实验室工作,以确保抗体证明其在人类患者中用作治疗剂所必需的适当效率,生产和安全特征。传统上,此过程始于噬菌体显示或B细胞隔离运动,在该活动中,该活动是主要的选择标准。然而,通过这种方法识别的初始引线在开发性和表位定义方面缺乏足够的表征,通常在后期进行。在这项研究中,我们提出了一条管道,该管道将早期噬菌体展示筛选与基于AI的表征相结合,从而在整个选择过程中实现了更明智的决策。使用免疫检查点Tim3和Tigit作为目标,我们识别出具有相似结合特性的五个初始铅。由于表面物理化学特性不利,这些引线中的两个被预测具有较差的开发性纤维。生成了2:T4(反对Tigit)和6E9(针对TIM3),生成了及其各自目标的复合物的结构模型。预测的表位使我们能够预期与Tim3和Tigit结合伙伴进行竞争,并推断这些抗体预期的拮抗功能。这项研究奠定了从高吞吐量分析中得出的多维AI驱动的铅候选者的基础。
1 Respucation of ResjudmentBioMédicen Red de Enfermedes Raras(Ciberer),西班牙巴塞罗那; 2大学庞贝·法布拉大学(UPF),西班牙巴塞罗那; 3西班牙巴塞罗那科学技术研究所(Bisti)基因组调节中心(CNAG-CRG)的Centro NacionaldeAnálisisGenómica(CNAG-CRG); 4 Isglobal,西班牙巴塞罗那; 5西班牙巴塞罗那巴塞罗那科学技术学院基因组监管中心(CRG); 6 CiberEpidemiologíay SaludPública(Ciberesp),西班牙巴塞罗那; 7医学基因组学集团,圣地亚哥大学,西班牙圣地亚哥·德·孔波斯特拉; 8英国布拉德福德的布拉德福德教学医院NHS基金会信托基金Bradford健康研究所; 9大学格勒诺布尔(Grenoble Alpes),Inserm,CNRS,环境流行病学团队,用于繁殖和呼吸遗产,法国格勒诺布尔; 10日环境科学系,立陶宛Kaunas Vytautas Magnus University; 11挪威挪威公共卫生学院环境卫生部;挪威; 12社会医学系,克里特岛克里特大学,希腊克里特岛; 13美国南加州大学凯克医学院预防医学系,美国洛杉矶,美国; 14 Medicine Genomics Group,Ciberer,Santiago de Compostela大学,西班牙圣地亚哥De Costela; 15加利西亚州基因组医学基金会,西班牙圣地亚哥·德·波多拉(Santiago de Costela); 16定量基因组医学实验室(QGENOMICS),西班牙巴塞罗那的埃斯普尔·德尔·洛布雷加; 17 Departoment de Biomedicine,DeNeurociències,巴塞罗那大学,巴塞罗那大学,西班牙
L. maculans是一种植物致病的真菌,负责菜籽(甘蓝纳普斯)上的茎溃疡。其感染周期正在经历叶片感染的“早期”阶段,以及茎的无症状定植的“晚期”阶段,最终导致茎溃疡。遗传抗性是控制这种疾病的主要方法,几种质量抗性基因识别了在感染的“早期”阶段表达的空白基因。我们选择关注在茎定植期间表达的“晚”效应子,因为我们假设这些效应子可以触发茎中的定量抗性,这将对病原体施加较小的选择压力,并且更耐用。
5-贵金[1] Alexander,D.J。,Aldous,E.W。和Fuller。 C.M. )2012年(长期观点:对40年纽卡斯尔疾病研究的选择性评论。 禽病。 41(4),329-35。 [2] Altschul,S.F.,Gish,W。Miller,W。Myers,E.W。 和Lipman,D.J。 )1990(基本本地对齐搜索工具。 J. Mol。 生物。 215(3),403-10。 [3] Ansori,A.N。和Kharisma,V.D。 )2020(东南亚和东亚纽卡斯尔病毒的表征:融合蛋白基因。 eksakta:J。Sci。 数据肛门。 20(1),14-20。 [4] Ayala,A.J.,Dimitrov,K.M.,Becker,C.R.,Goraichuk,I.V.,Arns,C.W.,Bolotin,V.I. (2016)野生鸟类存在疫苗衍生的纽卡斯尔病毒。 PLOS ONE 11(9),E0162484。 [5] Brown,V.R。和Bevins,S.N。 (2017)对美国有毒纽卡斯尔病毒病毒的综述以及野生鸟类在病毒持久性和传播中的作用。 兽医。 res。 48(1),1-5。 [6] De Leeuw,O。和Peeters,B。 (1999)纽卡斯尔病毒的完整核苷酸序列:在亚家族中存在新属的证据。 J. Virol。 80(1),131-6。 [7] Dimitrov,K.M.,Ferreira,H.L.,Pantin- Jackwood,M.J.,Taylor,T.L.,Goraichuk,I.V.,I.V.,Crossley,B.M。,Killian,M.L.,M.L.,M.L.,Bergeson,N.H. 病毒学531,203-18。 2017。5-贵金[1] Alexander,D.J。,Aldous,E.W。和Fuller。C.M. )2012年(长期观点:对40年纽卡斯尔疾病研究的选择性评论。 禽病。 41(4),329-35。 [2] Altschul,S.F.,Gish,W。Miller,W。Myers,E.W。 和Lipman,D.J。 )1990(基本本地对齐搜索工具。 J. Mol。 生物。 215(3),403-10。 [3] Ansori,A.N。和Kharisma,V.D。 )2020(东南亚和东亚纽卡斯尔病毒的表征:融合蛋白基因。 eksakta:J。Sci。 数据肛门。 20(1),14-20。 [4] Ayala,A.J.,Dimitrov,K.M.,Becker,C.R.,Goraichuk,I.V.,Arns,C.W.,Bolotin,V.I. (2016)野生鸟类存在疫苗衍生的纽卡斯尔病毒。 PLOS ONE 11(9),E0162484。 [5] Brown,V.R。和Bevins,S.N。 (2017)对美国有毒纽卡斯尔病毒病毒的综述以及野生鸟类在病毒持久性和传播中的作用。 兽医。 res。 48(1),1-5。 [6] De Leeuw,O。和Peeters,B。 (1999)纽卡斯尔病毒的完整核苷酸序列:在亚家族中存在新属的证据。 J. Virol。 80(1),131-6。 [7] Dimitrov,K.M.,Ferreira,H.L.,Pantin- Jackwood,M.J.,Taylor,T.L.,Goraichuk,I.V.,I.V.,Crossley,B.M。,Killian,M.L.,M.L.,M.L.,Bergeson,N.H. 病毒学531,203-18。 2017。C.M.)2012年(长期观点:对40年纽卡斯尔疾病研究的选择性评论。禽病。41(4),329-35。[2] Altschul,S.F.,Gish,W。Miller,W。Myers,E.W。和Lipman,D.J。)1990(基本本地对齐搜索工具。J. Mol。 生物。 215(3),403-10。 [3] Ansori,A.N。和Kharisma,V.D。 )2020(东南亚和东亚纽卡斯尔病毒的表征:融合蛋白基因。 eksakta:J。Sci。 数据肛门。 20(1),14-20。 [4] Ayala,A.J.,Dimitrov,K.M.,Becker,C.R.,Goraichuk,I.V.,Arns,C.W.,Bolotin,V.I. (2016)野生鸟类存在疫苗衍生的纽卡斯尔病毒。 PLOS ONE 11(9),E0162484。 [5] Brown,V.R。和Bevins,S.N。 (2017)对美国有毒纽卡斯尔病毒病毒的综述以及野生鸟类在病毒持久性和传播中的作用。 兽医。 res。 48(1),1-5。 [6] De Leeuw,O。和Peeters,B。 (1999)纽卡斯尔病毒的完整核苷酸序列:在亚家族中存在新属的证据。 J. Virol。 80(1),131-6。 [7] Dimitrov,K.M.,Ferreira,H.L.,Pantin- Jackwood,M.J.,Taylor,T.L.,Goraichuk,I.V.,I.V.,Crossley,B.M。,Killian,M.L.,M.L.,M.L.,Bergeson,N.H. 病毒学531,203-18。 2017。J. Mol。生物。215(3),403-10。[3] Ansori,A.N。和Kharisma,V.D。 )2020(东南亚和东亚纽卡斯尔病毒的表征:融合蛋白基因。 eksakta:J。Sci。 数据肛门。 20(1),14-20。 [4] Ayala,A.J.,Dimitrov,K.M.,Becker,C.R.,Goraichuk,I.V.,Arns,C.W.,Bolotin,V.I. (2016)野生鸟类存在疫苗衍生的纽卡斯尔病毒。 PLOS ONE 11(9),E0162484。 [5] Brown,V.R。和Bevins,S.N。 (2017)对美国有毒纽卡斯尔病毒病毒的综述以及野生鸟类在病毒持久性和传播中的作用。 兽医。 res。 48(1),1-5。 [6] De Leeuw,O。和Peeters,B。 (1999)纽卡斯尔病毒的完整核苷酸序列:在亚家族中存在新属的证据。 J. Virol。 80(1),131-6。 [7] Dimitrov,K.M.,Ferreira,H.L.,Pantin- Jackwood,M.J.,Taylor,T.L.,Goraichuk,I.V.,I.V.,Crossley,B.M。,Killian,M.L.,M.L.,M.L.,Bergeson,N.H. 病毒学531,203-18。 2017。[3] Ansori,A.N。和Kharisma,V.D。)2020(东南亚和东亚纽卡斯尔病毒的表征:融合蛋白基因。eksakta:J。Sci。数据肛门。20(1),14-20。[4] Ayala,A.J.,Dimitrov,K.M.,Becker,C.R.,Goraichuk,I.V.,Arns,C.W.,Bolotin,V.I.(2016)野生鸟类存在疫苗衍生的纽卡斯尔病毒。PLOS ONE 11(9),E0162484。[5] Brown,V.R。和Bevins,S.N。(2017)对美国有毒纽卡斯尔病毒病毒的综述以及野生鸟类在病毒持久性和传播中的作用。兽医。res。48(1),1-5。[6] De Leeuw,O。和Peeters,B。(1999)纽卡斯尔病毒的完整核苷酸序列:在亚家族中存在新属的证据。J. Virol。 80(1),131-6。 [7] Dimitrov,K.M.,Ferreira,H.L.,Pantin- Jackwood,M.J.,Taylor,T.L.,Goraichuk,I.V.,I.V.,Crossley,B.M。,Killian,M.L.,M.L.,M.L.,Bergeson,N.H. 病毒学531,203-18。 2017。J. Virol。80(1),131-6。[7] Dimitrov,K.M.,Ferreira,H.L.,Pantin- Jackwood,M.J.,Taylor,T.L.,Goraichuk,I.V.,I.V.,Crossley,B.M。,Killian,M.L.,M.L.,M.L.,Bergeson,N.H.病毒学531,203-18。2017。(2019)2018年至2019年加利福尼亚疫情及其相关病毒在年轻鸡和相关病毒中的致病性和传播。[8] Dimitrov,K.M。,Afonso,C.L.,Yu,Q。和Miller,P.J。纽卡斯尔疾病疫苗 -
摘要背景:子宫子宫内膜癌(UCEC)被称为世界第六大癌症。生物信息学和深度学习的进步提供了筛查大规模基因组数据并发现指示疾病状态的潜在生物标志物的两种工具。这项研究旨在研究使用生物信息学和机器学习算法鉴定子宫诊断和预后的重要基因。方法:分析UECE患者的RNA表达谱,使用深度学习技术鉴定差异表达的基因(DEG)。预后生物标志物。此外,彻底检查了分子途径,蛋白质 - 蛋白质相互作用(PPI)网络,DEG的共表达模式及其与临床数据的关联。最终,通过基于深度学习的分析来确定诊断标记。结果:根据我们的发现,MEX3B,CTRP2(C1QTNF2)和AASS是UCEC的新生物标志物。评估指标证明了深度学习模型的功效(DNN)功效,最小平均平方误差(MSE)为5.1096067E-5,而根平方误差(RMSE)为0.007,表示准确的预测。0.99的R平方值强调了该模型解释数据中差异的很大一部分的能力。因此,该模型在曲线(AUC)下达到了一个完美的区域,表示特殊的歧视能力,精度率为97%。因此,确定新的UCEC生物标志物有望有效护理,改善预后和早期诊断。结论:GDCA数据库和深度学习算法确定了3个重要基因-MEX3B,CTRP2(C1QTNF2)和AASS,是UCEC的潜在诊断生物标志物。关键词:子宫语料库子宫内膜癌,深度学习,生物标志物,生物信息学分析,UCEC利益冲突:无宣布的资金:这项研究得到了Shahid Beheshti医学科学大学的资助和支持。*这项工作已根据CC BY-NC-SA 4.0许可发布。版权所有©伊朗医学科学大学引用本文的引用:Valizadeh Laktarashi H,Rahimi M,Rahimi M,Abrishamifar K,Mahmoudabadi A,Nazari E.使用生物学信息和机器学习对子宫中重要的诊断基因的鉴定。Med J Islam Repub伊朗。2025(1月6日); 39:4。 https://doi.org/10.47176/mjiri.39.4
