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World File Search System顺式
顺式调控变异影响基因表达动态......
摘要 顺式调控序列的进化取决于它们如何影响基因表达，并促使人们识别和预测导致物种内和物种间表达差异的顺式调控变体。虽然在将顺式调控变体与表达水平联系起来方面取得了很大进展，但基因激活和抑制的时间对顺式调控序列的进化也可能很重要。我们研究了双生期转变期间酵母菌物种内和物种间的等位基因特异性表达 (ASE) 动态，发现基因表达动态中存在明显的顺式作用变化。物种内 ASE 与基因间变体相关，ASE 动态与插入和缺失的关联性比与 ASE 水平的关联性更强。为了完善这些关联，我们使用高通量报告基因检测来测试启动子区域和单个变体。在重现内源表达的区域子集中，我们识别并表征了影响表达动态的顺式调控变体。在不同物种之间，嵌合启动子区会产生新的模式，并表明基因表达动力学的进化受到限制。我们得出结论，顺式调控序列的变化可以调节基因表达动力学，而表达动力学与表达其他方面之间的相互作用与顺式调控序列的进化有关。
PD-L1 与 B7-1 顺式相互作用
免疫检查点会负面调节免疫细胞反应。程序性细胞死亡蛋白 1：程序性死亡配体 1 (PD-1：PD-L1) 和细胞毒性 T 淋巴细胞相关蛋白 4 (CTLA-4)：B7-1 是最重要的免疫检查点通路之一，也是免疫疗法的关键靶点，免疫疗法旨在调节刺激信号和抑制信号之间的平衡，从而获得良好的治疗效果。目前对这两条免疫检查点通路的教条认为它们是独立的，没有相互作用。然而，新近鉴定的 PD-L1：B7-1 配体 - 配体顺式相互作用及其结合 CTLA-4 和 CD28 但不结合 PD-1 的能力表明这些通路具有显著的串扰。在此，我们提出 PD-L1：B7-1 顺式相互作用带来了对这些途径的新的机制理解、对当前免疫疗法机制的新见解以及在各种治疗环境中开发更好的治疗方法的新思路。
CRISPR/Cas 介导顺式转录调控的前景 - van der Knaap 实验室
摘要 园艺作物的定向育种对于提高产量、营养成分以及农产品的形状和颜色等消费者看重的特性至关重要。然而，有限的遗传多样性限制了通过传统育种方法可以实现的作物改良的数量。基因顺式调控区的自然遗传变化通过改变其表达在塑造表型多样性方面发挥着重要作用。在作物物种中使用 CRISPR/Cas 编辑可以通过有针对性地引入遗传变异来加速作物改良。CRISPR/Cas 介导的顺式调控区工程（顺式工程）的出现为调节基因表达和创造表型多样性以有利于作物改良提供了一种更精细的方法。在这里，我们重点介绍 CRISPR/Cas 介导的顺式工程在园艺作物中的当前应用。我们描述了其在作物改良中的应用策略和局限性，包括从头发现顺式调控元件 (CRE)、精确基因组编辑和无转基因基因组编辑。此外，我们还讨论了当前技术和成就面临的挑战和前景。CRISPR/Cas 介导的顺式工程是生产能够更好地适应气候变化并为不断增长的世界人口提供粮食的园艺作物的重要工具。
TIM -3和CECAM1在顺式和trans>中不相互作用
tim-3被认为是癌症免疫疗法的靶标。在T细胞中，抑制性和激活功能已归因于该分子。 其作用可能取决于T细胞的状态以及能够执行功能配对的相互作用伙伴的存在。 已提出癌胚抗原相关的细胞粘附分子（CEACAM1）来结合TIM-3并调节其功能。 使用T细胞报告程序平台，我们确定了CEACAM1介导的抑制作用，但是CEACAM1在功能上没有参与TIM-3。 TIM-3和CECAM1共表达仅限于激活的T细胞的一小部分。 此外，在广泛的结合研究中获得的结果不支持TIM-3和CECAM1之间的相互作用。 源自tim-3诱导的抑制性信号传导的细胞质序列。 我们的结果表明TIM-3功能与CEACAM1无关，并且该受体具有促进人T细胞中抑制性信号传导途径的能力。在T细胞中，抑制性和激活功能已归因于该分子。其作用可能取决于T细胞的状态以及能够执行功能配对的相互作用伙伴的存在。癌胚抗原相关的细胞粘附分子（CEACAM1）来结合TIM-3并调节其功能。使用T细胞报告程序平台，我们确定了CEACAM1介导的抑制作用，但是CEACAM1在功能上没有参与TIM-3。TIM-3和CECAM1共表达仅限于激活的T细胞的一小部分。此外，在广泛的结合研究中获得的结果不支持TIM-3和CECAM1之间的相互作用。源自tim-3诱导的抑制性信号传导的细胞质序列。我们的结果表明TIM-3功能与CEACAM1无关，并且该受体具有促进人T细胞中抑制性信号传导途径的能力。
TIM -3和CECAM1在顺式和trans>中不相互作用
tim-3被认为是癌症免疫疗法的靶标。在T细胞中，抑制性和激活功能已归因于该分子。 其作用可能取决于T细胞的状态以及能够执行功能配对的相互作用伙伴的存在。 已提出癌胚抗原相关的细胞粘附分子（CEACAM1）来结合TIM-3并调节其功能。 使用T细胞报告程序平台，我们确定了CEACAM1介导的抑制作用，但是CEACAM1在功能上没有参与TIM-3。 TIM-3和CECAM1共表达仅限于激活的T细胞的一小部分。 此外，在广泛的结合研究中获得的结果不支持TIM-3和CECAM1之间的相互作用。 源自tim-3诱导的抑制性信号传导的细胞质序列。 我们的结果表明TIM-3功能与CEACAM1无关，并且该受体具有促进人T细胞中抑制性信号传导途径的能力。在T细胞中，抑制性和激活功能已归因于该分子。其作用可能取决于T细胞的状态以及能够执行功能配对的相互作用伙伴的存在。癌胚抗原相关的细胞粘附分子（CEACAM1）来结合TIM-3并调节其功能。使用T细胞报告程序平台，我们确定了CEACAM1介导的抑制作用，但是CEACAM1在功能上没有参与TIM-3。TIM-3和CECAM1共表达仅限于激活的T细胞的一小部分。此外，在广泛的结合研究中获得的结果不支持TIM-3和CECAM1之间的相互作用。源自tim-3诱导的抑制性信号传导的细胞质序列。我们的结果表明TIM-3功能与CEACAM1无关，并且该受体具有促进人T细胞中抑制性信号传导途径的能力。
CRISPR/Cas 介导的顺式工程观点......
评论 [QL1]：嗨，Esther，我知道你的意思。但我们在图 1D 中展示了这个例子。这是交换天然启动子以改良作物的唯一一个例子。所以这是图 1D 的一个很好的例子。考虑到这一点，我们应该在这里保留“交换”。
驯化过程中的顺式和反式调控变异......
驯化过程需要将野生形态快速转化为人类选择的栽培形态。这一过程通常通过改变基因调控来实现，然而，顺式和反式调控变异在作物果实驯化中的作用尚无明确模式。利用等位基因特异性表达和网络分析，我们描述了辣椒野生和栽培品种的调控模式和基因表达的遗传，辣椒是一种果实形态变化显著的作物。我们认为，与栽培形式相关的基因表达差异最好由顺式调控中心通过反式调控级联起作用来解释。我们表明，在栽培辣椒中，与果实形态相关的基因表达相对于野生近缘种的基因表达部分是隐性的，这与杂交果实表型一致。栽培辣椒果实成熟和生长基因表达的减少表明，在其驯化过程中发生了功能丧失的选择。反式调控变化是大多数表现出调控差异的基因的基础，并且对基因表达的影响比顺式调控变体更大。对选定的顺式调控基因（包括 ARP9 和 MED25）的网络分析表明，它们与许多参与器官生长和果实成熟的转录因子相互作用。与顺式调控变体相关的差异表达基因及其与下游反式作用基因的相互作用有可能驱动野生果实和栽培果实之间观察到的形态差异，并为辣椒驯化过程中的形态转变提供一种有吸引力的机制。
引用本文：Chiara Milanese & Pier G. Mastroberardino (2020): DNA 损伤诱导的磷酸戊糖顺式通道增强作用的观点
在最近的一项研究中，我们描述了发生在小鼠模型和转录偶联和全球基因组核苷酸切除修复受损（分别为 TC-NER 和 GG-NER）患者标本中的代谢重排。在这里，我们描述了一种机制，将 DNA 修复缺陷导致的转录停滞与细胞内 ATP 水平增强联系起来，后者反过来变构抑制糖酵解酶 ATP 依赖性 6-磷酸果糖激酶（Pfk，最为人所知的是磷酸果糖激酶）通过戊糖磷酸途径（PPP）重新路由葡萄糖。PPP 的增强本质上与 NADPH 还原当量的产生增加有关——这些还原当量是在途径的氧化分支中产生的——在我们的实验系统中，氧化剂种类和/或内源性氧化还原酶活性的比例并不相符，因此最终导致还原应激 1（图 1A）。
合成和基因组调控元件揭示小鼠胚胎干细胞中顺式调控语法的一些方面
摘要 在胚胎干细胞 (ESC) 中，核心转录因子 (TF) 网络建立了多能性所必需的基因表达程序。为了解决四种关键 TF 之间的相互作用如何促进小鼠 ESC 中的顺式调控，我们分析了两个由 SOX2、POU5F1 (OCT4)、KLF4 和 ESRRB 的结合位点组成的大规模并行报告分析 (MPRA) 文库。合成的顺式调控元件与具有可比结合位点配置的基因组序列之间的比较揭示了调控语法的某些方面。合成元件的表达受结合位点的数量和排列的影响。这种语法对基因组序列的作用很小，因为基因组序列的相对活性最好通过预测的结合位点占用率来解释，而与结合位点身份和定位无关。我们的结果表明，转录因子结合位点 (TFBS) 的影响受位点顺序和方向的影响，但在基因组中，TF 的整体占用率是活性的主要决定因素。