食肉

来自路毙动物样本的高质量食肉动物基因组可用于对土狼和蝙蝠耳狐进行物种划分比较

摘要 在生物多样性持续受到侵蚀的背景下，获取野生动物的基因组资源对于保护至关重要。每年数以千计的哺乳动物被路毙的动物为基因组调查提供了有用的素材。为了说明这种未充分利用资源的潜力，我们使用了路毙的动物样本来研究大耳狐 (Otocyon megalotis) 和土狼 (Proteles cristatus) 的基因组多样性，这两种动物的亚种在东部和南部非洲都有相似的不连续分布。首先，我们结合 Nanopore 长读和 Illumina 短读获得了具有高连续性和基因完整性的参考基因组。然后，我们通过使用仅基于少数重新测序个体的新遗传分化指数 (GDI) 将它们的全基因组遗传分化与食肉目中定义明确的物种进行比较，表明土狼的两个亚种 (P. cristatus 和 P. septentrionalis) 可能值得拥有物种地位。最后，我们获得了包括新土狼物种在内的基因组规模的食肉目系统发育。