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agnėAlminaitė，aistėSerapinaitė，MonikaJazdauskaitė，NeringaDūdaitė，Alexander Klimentov，Dangirašikšnienė，RasaSukackaitėThermo thermo thermo Fisher Sciention
lyo就绪的RPA套件可以成功执行多重RPA反应并在同一反应中扩增几个不同的扩增子。从各种DNA模板（来自1 ng金黄色葡萄球菌基因组DNA中的376 bp）放大了三个靶标，从1 ng的人类基因组DNA中获得了305 bp，从1 ng的人类基因组DNA和238 bp均来自1 ng铜绿假单胞菌基因组DNA的1 ng），四个靶标从各种RNA模板（从各种rna模板中得到1000 000 becies from viruts），从1 ng Chikungunya病毒RNA的含量为253 bp，来自1000份的寨卡病毒RNA和1000份SARS-COV-2 RNA的192 bp）。所有目标均以高特异性检测到没有任何非特异性产品（图5）。
EpiQuik™ 植物 ChIP 试剂盒
组分 24 次反应 48 次反应 P-2014-24 P-2014-48 CP1（洗涤缓冲液） 28 ml 2 x 28 ml CP2（抗体缓冲液） 15 ml 30 ml CP3C（5X 裂解缓冲液 I） 12 ml 24 ml CP3D（裂解缓冲液 II） 3 ml 6 ml CP3E（裂解缓冲液 III） 2 ml 4 ml CP3F（裂解缓冲液 IV） 1.5 ml 5 ml CP4（ChIP 稀释缓冲液） 2 ml 6 ml CP5（DNA 释放缓冲液） 2 ml 2 x 2 ml CP6（反向缓冲液） 2 ml 2 x 2 ml CP7（结合缓冲液） 5 ml 8 ml CP8（洗脱缓冲液） 0.6 ml 1.2 ml 蛋白酶抑制剂混合物 (100X)* 25 µl 50 µl 非免疫 IgG (1 mg/ml)* 10 µl 10 µl 抗二甲基 H3-K9 (1 mg/ml)* 5 µl 8 µl 蛋白酶 K (10 mg/ml)* 25 µl 50 µl 8 孔检测条（带框架） 3 6 8 孔条盖 3 6 F-Spin Column 30 50 F-Collection Tube 30 50 * 使用前将溶液旋至底部。 运输和储存
EpiQuik™ 植物 ChIP 试剂盒
组分 24 次反应 48 次反应 P-2014-24 P-2014-48 CP1（洗涤缓冲液） 28 ml 2 x 28 ml CP2（抗体缓冲液） 15 ml 30 ml CP3C（5X 裂解缓冲液 I） 12 ml 24 ml CP3D（裂解缓冲液 II） 3 ml 6 ml CP3E（裂解缓冲液 III） 2 ml 4 ml CP3F（裂解缓冲液 IV） 1.5 ml 5 ml CP4（ChIP 稀释缓冲液） 2 ml 6 ml CP5（DNA 释放缓冲液） 2 ml 2 x 2 ml CP6（反向缓冲液） 2 ml 2 x 2 ml CP7（结合缓冲液） 5 ml 8 ml CP8（洗脱缓冲液） 0.6 ml 1.2 ml 蛋白酶抑制剂混合物 (100X)* 25 µl 50 µl 非免疫 IgG (1 mg/ml)* 10 µl 10 µl 抗二甲基 H3-K9 (1 mg/ml)* 5 µl 8 µl 蛋白酶 K (10 mg/ml)* 25 µl 50 µl 8 孔检测条（带框架） 3 6 8 孔条盖 3 6 F-Spin Column 30 50 F-Collection Tube 30 50 * 使用前将溶液旋至底部。 运输和储存
P170019 SSED - accessdata.fda.gov
该检测采用单一 DNA 提取方法，从常规 FFPE 活检或手术切除标本中提取 50-1000 ng DNA，构建全基因组散弹枪文库，并基于杂交捕获 309 个癌症相关基因的所有编码外显子、1 个启动子区域、1 个非编码 RNA (ncRNA) 以及 34 个常见重排基因的选定内含子区域，其中 21 个还包括编码外显子（请参阅下表 2 和表 3，了解 F1CDx 中包含的基因完整列表）。因此，该检测总共可检测到 324 个基因的变异。使用 Illumina ® HiSeq 4000 平台，杂交捕获选定的文库可进行高均匀深度测序（目标中位覆盖率 > 500X，覆盖率 > 100X 时外显子覆盖率 > 99%）。序列数据使用定制的分析流程进行处理，该流程旨在检测所有类型的基因组变异，包括碱基替换、插入/缺失、拷贝数变异（扩增和纯合缺失）和选定的基因组重排（例如基因融合）。此外，还将报告基因组特征，包括微卫星不稳定性 (MSI)、肿瘤突变负担 (TMB) 和阳性同源重组缺陷 (HRD) 状态（tBRCA 阳性和/或 LOH 高）。
使用MTT分析
摘要：磷酸羟基磷灰石磷酸盐（HA-TCP）支架是一种用于支撑骨再生的三维结构。理想情况下，支架应具有生物相容性，可生物降解且无毒。组织工程技术使用合并的干细胞和支架来修复骨缺损。为了证明支架的无毒特性，人脐带间充质干细胞（HUCMSCS）需要进行细胞毒性测试。在这项研究中，将27个样品分为八组，其脚手架ha-tcp剂量范围为5-1000 µg。每个脚手架的治疗组都用HUCMSC覆盖。通过使用光密度（OD）公式计数的甲基 - 噻唑 - 四唑（MTT）色唑次添加样品，并由微孔读取器观察到。通过具有100倍放大倍率的倒TMS显微镜观察到细胞的生存能力。MTT分析的测试表明，HUCMSC细胞生存能力使Ha-TCP支架剂量的每种变体都没有表现出任何有毒作用。OD值越高，生存能力越高。已经发现，可变支架剂量与脐带细胞的生存能力百分比之间没有显着差异。
安全性和有效性数据摘要 (SSED)
FoundationOneCDx (F1CDx) 是专门作为实验室服务进行的，使用从福尔马林固定、石蜡包埋 (FFPE) 肿瘤样本中提取的 DNA。该检测采用两种提取方法（DNAx 或 CoExtraction，一种自动化 DNA/RNA 共提取方法）从常规 FFPE 活检或手术切除标本中提取 DNA；50-1000 ng DNA 将进行全基因组散弹枪文库构建和基于杂交的捕获，捕获 309 个癌症相关基因的所有编码外显子、一个启动子区域、一个非编码 (ncRNA) 以及 34 个常见重排基因的选定内含子区域，其中 21 个还包括编码外显子（有关 F1CDx 中包含的基因的完整列表，请参阅表 2 和表 3）。因此，该检测总共可检测到 324 个基因的变异。使用 Illumina® HiSeq 4000 平台，杂交捕获选定文库可测序至高均匀深度（靶向 > 500X 中值覆盖率，覆盖率 > 100X 时外显子覆盖率 > 99%）。然后使用定制分析流程处理序列数据，该流程旨在检测所有类型的基因组改变，包括碱基替换、插入/缺失、拷贝数改变（扩增和纯合缺失）和选定的基因组重排（例如基因融合）。表 2 中列出的目标基因之一的重排可与其唯一标识的基因组伴侣一起报告，后者可以是任何基因
DDGF：带路径分析的动态定向灰盒模糊测试
覆盖引导模糊测试 (CGF) 已成为最流行和最有效的漏洞检测方法。它通常被设计为自动化的“黑盒”工具。安全审计员启动它，然后只需等待结果。然而，经过一段时间的测试，CGF 很难逐渐找到新的覆盖范围，因此效率低下。用户很难解释阻止模糊测试进一步进展的原因，也很难确定现有的覆盖范围是否足够。此外，没有办法交互和指导模糊测试过程。在本文中，我们设计了动态定向灰盒模糊测试 (DDGF)，以促进用户和模糊测试器之间的协作。通过利用 Ball-Larus 路径分析算法，我们提出了两种新技术：动态自省和动态方向。动态自省通过编码和解码揭示了路径频率分布的显著不平衡。基于自省的洞察力，用户可以动态地指导模糊测试器实时将测试重点放在选定的路径上。我们基于 AFL++ 实现 DDGF。在 Magma 上的实验表明，DDGF 能够有效帮助模糊测试器更快地重现漏洞，速度提升高达 100 倍，而性能开销仅为 13%。DDGF 展示了人在回路中模糊测试的巨大潜力。
概念证明：使用Chatgpt将地球系统模型从Fortran转换为Python/jax
地球系统模型（ESM）对于理解过去，现在和未来的气候至关重要，但它们遭受了旧式技术基础设施的困扰。ESM主要在Fortran中实施，该语言为早期职业科学家带来了很高的入境障碍，并且缺乏GPU运行时，随着GPU功率的增加和CPU缩放缩放的速度，这对于继续前进至关重要。fortran也缺乏可不同的性能 - 通过数值代码区分的能力 - 可以实现整合机器学习方法的混合模型。将ESM从Fortran转换为Python/JAX可以解决这些问题。这项工作提出了一种半自动化的方法，该方法使用大语言模型（GPT-4）将单个模型组件从Fortran转换为Python/Jax。通过从社区地球系统模型（CESM）中转换光合作用模型，我们证明了Python/JAX版本使用GPU并行化最多可快速运行时间，并通过自动差异启用参数估计。Python代码也易于阅读和运行，教室的讲师可以使用。这项工作说明了通往快速，包容和可区分气候模型的最终目标的途径。
URI核心设施设备资源的资源描述...
●具有低温和元素分析能力的透射电子显微镜（TEM）：配备了Gatan Crotansfer持有者和牛津仪器能量色散X射线光谱仪（EDS）的JEOL JEEL JEM-2100（EDS）。●具有低温和元素分析能力的扫描电子显微镜（SEM）：Zeiss Sigma-VP现场发射SEM配备了可变压力，次级电子，透镜和反向散射检测器，Gatan Alto Alto低温制备和加载模块，以及Oxford Encellorments Energy Instruments Energy Encellocts Energy Enstruments Energy Enstruments Energy Enstruments X-Ray Epperersive x-Ray Eppesermate（Eds）。●X射线衍射（XRD）：Rigaku X射线衍射仪Ultima IV。●共聚焦拉曼显微镜（CRM）：WITEC Alpha 300 R配备有电动XYZ阶段用于大面积摄入，两个激发激光波长（785和532 nm）和10倍至100倍的目标。●高意见筛选系统（HCS）：Perkin Elmer Opera Phanix高通量共聚焦荧光显微镜。●傅立叶变换红外光谱仪和显微镜（FTIR）：Shimadzu Irtracer-100 FTIR光谱仪，配备了固体和液体的衰减总反射（ATR），适用于传输和反射测量，并与Aimadzu AIM-9000 Microftir系统相结合。●X射线荧光（XRF）：Shimadzu EDX-8100 XRF系统，用于粉末，散装和液体样品的元素分析。大气，真空和氦测量值低检测极限。