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染色体规模的基因组组装面包小麦的野生相对timopheevii 1 2 Surbhi Grewal 1，Cai-Yun Yang 1，Duncan Scholefield 1，S
Chromosome-scale genome assembly of bread wheat's wild relative Triticum timopheevii 1 2 Surbhi Grewal 1 , Cai-yun Yang 1 , Duncan Scholefield 1 , Stephen Ashling 1 , Sreya Ghosh 2 , David 3 Swarbreck 2 , Joanna Collins 3 , Eric Yao 4,5 , Taner Z. Sen 4,5 , Michael Wilson 6 , Levi Yant 6 , Ian P. King 1和4 Julie King 1 5 6 1。麦片研究中心，植物与作物科学系，生物科学学院，诺丁汉大学7号大学，拉夫堡，LE12 5rd，英国8 2。伯爵研究所，诺里奇研究公园，诺里奇NR4 7UZ，英国9 3。基因组参考信息学团队，惠康桑格学院，惠康信托基因组10校园，欣克斯顿，CB10 1RQ，英国11 4。加利福尼亚大学加利福尼亚大学，加利福尼亚州伯克利生物工程系，美国94720，美国12 5。 美国农业部 - 农业研究服务局，西部地区13研究中心，农作物改善与遗传学研究部门，布坎南街800 诺丁汉大学，大学公园，诺丁汉，NG7 2rd 16通讯作者：Surbhi Grewal（surbhi.grewal@nottingham.ac.uk）17 18摘要19 20 20小麦（Triticum aestivum）是最重要的食物作物之一，迫切需要增加生产的生产，以养活生长的世界。 triticum timopheevii（2n = 4x = 28）是一种同种二磷酸22小麦野生物种，其中包含在许多23个先前的小麦改善育种计划中利用的A T和G基因组。 在这项研究中，我们报告了基于PACBIO 25 HIFI读取和染色体构象捕获（HI-C）的24个染色体尺度参考基因组组装PI 94760。 ex asch。加利福尼亚大学加利福尼亚大学，加利福尼亚州伯克利生物工程系，美国94720，美国12 5。美国农业部 - 农业研究服务局，西部地区13研究中心，农作物改善与遗传学研究部门，布坎南街800诺丁汉大学，大学公园，诺丁汉，NG7 2rd 16通讯作者：Surbhi Grewal（surbhi.grewal@nottingham.ac.uk）17 18摘要19 20 20小麦（Triticum aestivum）是最重要的食物作物之一，迫切需要增加生产的生产，以养活生长的世界。 triticum timopheevii（2n = 4x = 28）是一种同种二磷酸22小麦野生物种，其中包含在许多23个先前的小麦改善育种计划中利用的A T和G基因组。 在这项研究中，我们报告了基于PACBIO 25 HIFI读取和染色体构象捕获（HI-C）的24个染色体尺度参考基因组组装PI 94760。 ex asch。诺丁汉大学，大学公园，诺丁汉，NG7 2rd 16通讯作者：Surbhi Grewal（surbhi.grewal@nottingham.ac.uk）17 18摘要19 20 20小麦（Triticum aestivum）是最重要的食物作物之一，迫切需要增加生产的生产，以养活生长的世界。triticum timopheevii（2n = 4x = 28）是一种同种二磷酸22小麦野生物种，其中包含在许多23个先前的小麦改善育种计划中利用的A T和G基因组。在这项研究中，我们报告了基于PACBIO 25 HIFI读取和染色体构象捕获（HI-C）的24个染色体尺度参考基因组组装PI 94760。ex asch。组件的总尺寸为26 9.35 GB，具有42.4 Mb的重叠元素N50和166,325个预测的基因模型。DNA甲基化27分析表明，G基因组的平均甲基化碱基比A T基因组更多。28 g基因组也与aegilops speltoides的S基因组更紧密相关，而不是与六倍体或四倍体小麦的B 29基因组。总而言之，T。timopheevii基因组组装为30发现了对食品31安全性的农艺重要基因的基因组发现的宝贵资源。32 33背景和摘要34 35人物属包括许多野生和栽培的小麦种类，包括二倍体，四倍体36和六倍体形式。多倍体物种起源于甲状腺素和37个相邻的Aegilops属（山羊草）之间的杂交。四倍体物种，毛triticum triticum tricum torgidum（2n = 4x = 28，38 aabb），也称为emmer小麦，三质体timopheevii（2n = 4x = 4x = 28，a t a t gg）是39多态的。triticum urartu thum。ex gandil（2n = 2x = 14，aa）是这两个物种1的基因组供体1，而B和G基因组与Aegilops 41 Speltoides 2的S基因组密切相关。两种四倍体物种均具有野生和驯化的形式，即T. turgidum L. ssp。42 dicoccoides（Körn。＆graebn。）Thell。和SSP。dicoccum（schrankexschübl。）thell。，分别为43，T。Timopheevii（Zhuk。）Zhuk。 ssp。 armeniacum（jakubz。） slageren和ssp。 分别为44 timopheevii。 durum（desf。） 45 HUSN。Zhuk。ssp。armeniacum（jakubz。）slageren和ssp。分别为44 timopheevii。durum（desf。）45 HUSN。45 HUSN。此外，四倍体硬质小麦T. turgidum L. ssp。（2n = 4x = 28，AABB），用于意大利面的生产，六倍层面包小麦triticum aestivum aestivum 46 L.（2n = 6x = 42，aabbdd）从驯养的emmer小麦中进化而成，后者与aegilops tauschii（d tauschii donore hybridations the the the the the bentertiationally the tauschii donore（d genuschii donor）（d donore）6,000，000，000，000，000，000。十六世纪48个Triticum Zhukovskyi（Aagga M a M）源自培养的Timopheevii杂交和49个培养的Einkorn triticum单球菌3（2n = 2x = 2x = 14，A M A M）。50 51
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