在没有硫酸盐的深海中,微生物从有机物中产生了大量的43甲烷。然而,ANME古细菌在SMTZ中消耗了超过80%的气体(21、31、56)。由于这种有效的微生物过滤器,只有2%的大气45甲烷来自海洋(56)。如果以气体水合物和永久冻土形式的甲烷46沉积物因气候变暖而不稳定(59),则该数字可能会增加。47取决于电子捐赠者和受体的通量,SMTZ发生在几十毫米的深处(例如冷渗水)至海床以下几百米(深缘49个沉积物)(31、34、58)。SMTZ的位置进一步取决于底物的数量和物理50个特征,系统的沉积物类型和动力学(7,63)。深SMTZ中的51个AOM速率较低,每天每52毫升的纳莫尔斯到少数纳莫尔斯的范围。因此,这些环境中的ANME细胞数量低53,<10 6细胞CM -3,而ANME -1型通常占上风(39,45,51)。如果存在,则在这些视野中也将短链54烷烃氧化(50,62)。55
厌氧甲烷营养 (ANME) 古菌从甲烷分解中获取能量,但人们对它们的染色体外遗传元素了解甚少。本文我们描述了与 Methanoperedens 属的 ANME 古菌相关的大质粒,这些质粒在富集培养物和其他天然缺氧环境中存在。通过人工筛选,我们发现其中两个质粒很大(155,605 bp 和 191,912 bp),呈环状,并且可以双向复制。质粒的拷贝数与主染色体相同,并且质粒基因被积极转录。其中一个质粒编码三种 tRNA,即核糖体蛋白 uL16 和延伸因子 eEF2;这些基因似乎在宿主 Methanoperedens 基因组中缺失,表明质粒和宿主之间存在强制性的相互依赖性。我们的工作为开发遗传载体开辟了道路,以阐明 Methanoperedens 的生理学和生物化学,并可能对其进行基因编辑以增强生长并加速甲烷氧化速率。
这项研究旨在验证急性髓样白血病(AML)的老年人的新欧洲白血病网(ELN)2022标准,并确定与三种治疗组中的相似细胞遗传学和突变特性相似的类似细胞遗传学和突变特性相关的类似细胞遗传学和突变特性的群集的群体(IC),hma hma yshylyy ande ande ande anme hamyylys hamylys andhylys andhylys andy, Venetoclax(HMA/VEN)。这项研究包括279名接受IC(n = 131),HMA(n = 76)和HMA/VEN(n = 72)的患者(≥60岁),2017年7月至2021年10月。根据ELN 2022风险分层,两组之间的存活率没有显着差异。无监督的分层聚类分析基于治疗类型,具有不同生存结果的九个基因组簇(C1-9)。例如,C4(核心结合因子-AML的主要因素)在IC组中显示出有利的预后,但在HMA或HMA/HMA/VEN组中却没有。HMA/VEN组在许多群集中的结果比HMA组更好(C1、2、3和5);但是,与单独使用C7和C9中的HMA相比,在HMA或IC中添加VEN并不能改善生存结果(-5,DEL(5Q),-7,-17,-17/ABN(17p),复杂的核型和突变的TP53)。该研究强调了AML老年人ELN Genet IC风险分层的局限性。它强调了一种更全面的方法,该方法考虑了同时发生的体细胞突变来指导AML老年人的治疗选择。
5 Albers,S. -V。 &Jarrell,K。F.古细菌:古细菌如何游泳。 微生物学中的边界6,doi:10.3389/fmicb.2015.00023(2015)。 6 Albers,S. -V。 &Jarrell,K。F. Archaellum:独特的古细菌运动结构的更新。 微生物学的趋势26,351-362,doi:https://doi.org/10.1016/j.tim.2018.01.004(2018)。 7 Van Wolferen,M.,Orell,A。 &Albers,S. -V。 古细菌生物膜形成。 自然评论微生物学16,699-713(2018)。 8 Pohlschroder,M。&Esquivel,R。N.古细菌IV pili及其参与生物膜形成。 微生物学的前沿6,190(2015)。 9 Walker,D。等。 hungatei的甲螺旋藻的古细胞是导电性的。 。 MBIO 10,E00579-00519(2019)。 10 Holmes,D。E.,Zhou,J.,Ueki,T.,Woodard,T。&Lovley,D。R.在直接种间电子传输过程中,甲那粒乙酸盐乙酸盐摄取电子的机制。 MBIO 12,E02344-02321(2021)。 11 Quemin,E。R.等。 首先深入了解过度授予性古细菌病毒的进入过程。 J Virol 87,13379-13385,doi:10.1128/jvi.02742-13(2013)。 12 Baquero,D。P.等。 病毒研究的进展。 108(eds Margaret Kielian,Thomas C. Mettenleiter和Marilyn J. Roossinck)127-164(学术出版社,2020年)。 13 Briegel,A。等。 跨古细菌和细菌的趋化机制的结构保护。 环境微生物学报告7,414-419,doi:https://doi.org/10.1111/1758-222299.12265(2015)。5 Albers,S. -V。&Jarrell,K。F.古细菌:古细菌如何游泳。微生物学中的边界6,doi:10.3389/fmicb.2015.00023(2015)。6 Albers,S. -V。 &Jarrell,K。F. Archaellum:独特的古细菌运动结构的更新。 微生物学的趋势26,351-362,doi:https://doi.org/10.1016/j.tim.2018.01.004(2018)。 7 Van Wolferen,M.,Orell,A。 &Albers,S. -V。 古细菌生物膜形成。 自然评论微生物学16,699-713(2018)。 8 Pohlschroder,M。&Esquivel,R。N.古细菌IV pili及其参与生物膜形成。 微生物学的前沿6,190(2015)。 9 Walker,D。等。 hungatei的甲螺旋藻的古细胞是导电性的。 。 MBIO 10,E00579-00519(2019)。 10 Holmes,D。E.,Zhou,J.,Ueki,T.,Woodard,T。&Lovley,D。R.在直接种间电子传输过程中,甲那粒乙酸盐乙酸盐摄取电子的机制。 MBIO 12,E02344-02321(2021)。 11 Quemin,E。R.等。 首先深入了解过度授予性古细菌病毒的进入过程。 J Virol 87,13379-13385,doi:10.1128/jvi.02742-13(2013)。 12 Baquero,D。P.等。 病毒研究的进展。 108(eds Margaret Kielian,Thomas C. Mettenleiter和Marilyn J. Roossinck)127-164(学术出版社,2020年)。 13 Briegel,A。等。 跨古细菌和细菌的趋化机制的结构保护。 环境微生物学报告7,414-419,doi:https://doi.org/10.1111/1758-222299.12265(2015)。6 Albers,S. -V。&Jarrell,K。F. Archaellum:独特的古细菌运动结构的更新。微生物学的趋势26,351-362,doi:https://doi.org/10.1016/j.tim.2018.01.004(2018)。7 Van Wolferen,M.,Orell,A。&Albers,S. -V。古细菌生物膜形成。自然评论微生物学16,699-713(2018)。8 Pohlschroder,M。&Esquivel,R。N.古细菌IV pili及其参与生物膜形成。微生物学的前沿6,190(2015)。9 Walker,D。等。hungatei的甲螺旋藻的古细胞是导电性的。。MBIO 10,E00579-00519(2019)。 10 Holmes,D。E.,Zhou,J.,Ueki,T.,Woodard,T。&Lovley,D。R.在直接种间电子传输过程中,甲那粒乙酸盐乙酸盐摄取电子的机制。 MBIO 12,E02344-02321(2021)。 11 Quemin,E。R.等。 首先深入了解过度授予性古细菌病毒的进入过程。 J Virol 87,13379-13385,doi:10.1128/jvi.02742-13(2013)。 12 Baquero,D。P.等。 病毒研究的进展。 108(eds Margaret Kielian,Thomas C. Mettenleiter和Marilyn J. Roossinck)127-164(学术出版社,2020年)。 13 Briegel,A。等。 跨古细菌和细菌的趋化机制的结构保护。 环境微生物学报告7,414-419,doi:https://doi.org/10.1111/1758-222299.12265(2015)。MBIO 10,E00579-00519(2019)。10 Holmes,D。E.,Zhou,J.,Ueki,T.,Woodard,T。&Lovley,D。R.在直接种间电子传输过程中,甲那粒乙酸盐乙酸盐摄取电子的机制。MBIO 12,E02344-02321(2021)。11 Quemin,E。R.等。首先深入了解过度授予性古细菌病毒的进入过程。J Virol 87,13379-13385,doi:10.1128/jvi.02742-13(2013)。12 Baquero,D。P.等。病毒研究的进展。108(eds Margaret Kielian,Thomas C. Mettenleiter和Marilyn J. Roossinck)127-164(学术出版社,2020年)。13 Briegel,A。等。跨古细菌和细菌的趋化机制的结构保护。环境微生物学报告7,414-419,doi:https://doi.org/10.1111/1758-222299.12265(2015)。14 Quax,T。E. F.,Albers,S. -V。 &Pfeiffer,古细菌的出租车。 生命科学的新兴主题2,535-546,doi:10.1042/etls20180089(2018)。 15 Li,Z.,Rodriguez -Franco,M.,Albers,S. -V。 &Quax,T。E. F.开关复合物Arlcde连接趋化系统和古细胞。 分子微生物学114,468-479,doi:https://doi.org/10.1111/mmi.14527(2020)。 16 Meyerdierks,A。等。 元基因组和mRNA表达分析ANME -1组的厌氧性古细菌。 环境微生物学12,422-439,doi:doi:10.1111/j.1462-2920.2009.02083.x(2010)。 17 Chadwick,G。L.等。 比较基因组学揭示了电子转移和综合机制,从而区分了甲状腺营养和甲烷古细菌。 PLOS生物学20,E3001508,doi:10.1371/journal.pbio.3001508(2022)。 18 Zheng,K.,Ngo,P。D.,Owens,V。L.,Yang,X. -P。 &Mansoorabadi,S。O。 甲酶F430在甲烷和甲状腺营养古细菌中的生物合成途径。 Science 354,339-342,doi:10.1126/science.aag2947(2016)。 19 Michael,A。J.多胺在古细菌和细菌中的功能。 生物学杂志293,18693-18701,doi:https://doi.org/10.1074/jbc.tm118.005670(2018)。 20 Morimoto,N。等。 在高疗法中的长链多胺的双重生物合成途径 thermoccus kodakarensis 。 细菌学杂志192,4991-5001,doi:doi:10.1128/jb.00279-10(2010)。 21 Kanehisa,M。&Goto,S。Kegg:基因和基因组的京都百科全书。14 Quax,T。E. F.,Albers,S. -V。&Pfeiffer,古细菌的出租车。生命科学的新兴主题2,535-546,doi:10.1042/etls20180089(2018)。15 Li,Z.,Rodriguez -Franco,M.,Albers,S. -V。 &Quax,T。E. F.开关复合物Arlcde连接趋化系统和古细胞。 分子微生物学114,468-479,doi:https://doi.org/10.1111/mmi.14527(2020)。 16 Meyerdierks,A。等。 元基因组和mRNA表达分析ANME -1组的厌氧性古细菌。 环境微生物学12,422-439,doi:doi:10.1111/j.1462-2920.2009.02083.x(2010)。 17 Chadwick,G。L.等。 比较基因组学揭示了电子转移和综合机制,从而区分了甲状腺营养和甲烷古细菌。 PLOS生物学20,E3001508,doi:10.1371/journal.pbio.3001508(2022)。 18 Zheng,K.,Ngo,P。D.,Owens,V。L.,Yang,X. -P。 &Mansoorabadi,S。O。 甲酶F430在甲烷和甲状腺营养古细菌中的生物合成途径。 Science 354,339-342,doi:10.1126/science.aag2947(2016)。 19 Michael,A。J.多胺在古细菌和细菌中的功能。 生物学杂志293,18693-18701,doi:https://doi.org/10.1074/jbc.tm118.005670(2018)。 20 Morimoto,N。等。 在高疗法中的长链多胺的双重生物合成途径 thermoccus kodakarensis 。 细菌学杂志192,4991-5001,doi:doi:10.1128/jb.00279-10(2010)。 21 Kanehisa,M。&Goto,S。Kegg:基因和基因组的京都百科全书。15 Li,Z.,Rodriguez -Franco,M.,Albers,S. -V。&Quax,T。E. F.开关复合物Arlcde连接趋化系统和古细胞。分子微生物学114,468-479,doi:https://doi.org/10.1111/mmi.14527(2020)。16 Meyerdierks,A。等。元基因组和mRNA表达分析ANME -1组的厌氧性古细菌。环境微生物学12,422-439,doi:doi:10.1111/j.1462-2920.2009.02083.x(2010)。17 Chadwick,G。L.等。 比较基因组学揭示了电子转移和综合机制,从而区分了甲状腺营养和甲烷古细菌。 PLOS生物学20,E3001508,doi:10.1371/journal.pbio.3001508(2022)。 18 Zheng,K.,Ngo,P。D.,Owens,V。L.,Yang,X. -P。 &Mansoorabadi,S。O。 甲酶F430在甲烷和甲状腺营养古细菌中的生物合成途径。 Science 354,339-342,doi:10.1126/science.aag2947(2016)。 19 Michael,A。J.多胺在古细菌和细菌中的功能。 生物学杂志293,18693-18701,doi:https://doi.org/10.1074/jbc.tm118.005670(2018)。 20 Morimoto,N。等。 在高疗法中的长链多胺的双重生物合成途径 thermoccus kodakarensis 。 细菌学杂志192,4991-5001,doi:doi:10.1128/jb.00279-10(2010)。 21 Kanehisa,M。&Goto,S。Kegg:基因和基因组的京都百科全书。17 Chadwick,G。L.等。比较基因组学揭示了电子转移和综合机制,从而区分了甲状腺营养和甲烷古细菌。PLOS生物学20,E3001508,doi:10.1371/journal.pbio.3001508(2022)。18 Zheng,K.,Ngo,P。D.,Owens,V。L.,Yang,X. -P。 &Mansoorabadi,S。O。 甲酶F430在甲烷和甲状腺营养古细菌中的生物合成途径。 Science 354,339-342,doi:10.1126/science.aag2947(2016)。 19 Michael,A。J.多胺在古细菌和细菌中的功能。 生物学杂志293,18693-18701,doi:https://doi.org/10.1074/jbc.tm118.005670(2018)。 20 Morimoto,N。等。 在高疗法中的长链多胺的双重生物合成途径 thermoccus kodakarensis 。 细菌学杂志192,4991-5001,doi:doi:10.1128/jb.00279-10(2010)。 21 Kanehisa,M。&Goto,S。Kegg:基因和基因组的京都百科全书。18 Zheng,K.,Ngo,P。D.,Owens,V。L.,Yang,X. -P。&Mansoorabadi,S。O。甲酶F430在甲烷和甲状腺营养古细菌中的生物合成途径。Science 354,339-342,doi:10.1126/science.aag2947(2016)。19 Michael,A。J.多胺在古细菌和细菌中的功能。 生物学杂志293,18693-18701,doi:https://doi.org/10.1074/jbc.tm118.005670(2018)。 20 Morimoto,N。等。 在高疗法中的长链多胺的双重生物合成途径 thermoccus kodakarensis 。 细菌学杂志192,4991-5001,doi:doi:10.1128/jb.00279-10(2010)。 21 Kanehisa,M。&Goto,S。Kegg:基因和基因组的京都百科全书。19 Michael,A。J.多胺在古细菌和细菌中的功能。生物学杂志293,18693-18701,doi:https://doi.org/10.1074/jbc.tm118.005670(2018)。20 Morimoto,N。等。在高疗法中的长链多胺的双重生物合成途径 thermoccus kodakarensis 。细菌学杂志192,4991-5001,doi:doi:10.1128/jb.00279-10(2010)。21 Kanehisa,M。&Goto,S。Kegg:基因和基因组的京都百科全书。核酸研究28,27-30,doi:10.1093/nar/28.1.27(2000)。22 Mihara,H。&Esaki,N。细菌半胱氨酸脱硫酶:它们的功能和机制。应用微生物学和生物技术60,12-23,doi:10.1007/s00253-002-1107-4(2002)。23 Tchong,S.-I.,Xu,H。&White,R。H. L-半胱氨酸脱硫酶:一种从Jannaschii中分离出的[4FE -4S]酶,催化了L-半结合体为吡酸丙酮酸,氨氨基和硫化物的溶解。生物化学44,1659-1670,doi:10.1021/bi0484769(2005)。