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World File Search SystemAPOBEC1
apobec1介导的C-TO-U RNA编辑：目标序列和反式作用因子对
Cold Spring Harbour实验室出版社于2025年2月28日 - 由RNAJournal.cshlp.org发布于
LR-Ribo-STAMP：异构体翻译分析
图 1：长读 Ribo-STAMP 的实验和计算方法。（A）LR-Ribo-STAMP 实验系统概览。RPS2 与 APOBEC1 融合，以诱导核糖体-RNA 相互作用位点附近的胞嘧啶到尿嘧啶核苷酸编辑。编辑越多表示翻译越高，编辑越少表示翻译越低。（B）LR-Ribo-STAMP 计算流程概览。输入是未对齐的长读，经过对齐、读过滤、编辑检测、编辑过滤和编辑量化。编辑后的位点输出为 BED 文件。（C）编辑过滤。通过过滤常见位点和注释的 SNP，从长读 APOBEC1 专用（绿色）信号中概述编辑过滤和描绘 LR-Ribo-STAMP（金色），表示为编辑分数（编辑读/总读数）与编辑位点覆盖率之间的关系。灰色部分中的已编辑站点表示过滤掉的读取数少于 20 的站点。
使用工程化的 CRISPR RNA 引导胞苷脱氨酶对结核分枝杆菌进行可编程碱基编辑
耐多药结核分枝杆菌 ( Mtb ) 感染严重危害全球人类健康，迫切需要新的治疗策略。高效的基因组编辑工具有助于识别参与细菌生理、发病机制和耐药机制的关键基因和途径，从而有助于开发耐药结核病的新疗法。在这里，我们报告了一个双质粒系统 MtbCBE，用于灭活基因并在 Mtb 中引入点突变。在该系统中，辅助质粒 pRecX-NucS E107A 表达 RecX 和 NucS E107A 以抑制 RecA 依赖性和 NucS 依赖性的 DNA 修复系统，碱基编辑质粒 pCBE 表达结合胞苷脱氨酶 APOBEC1、Cas9 切口酶 (nCas9) 和尿嘧啶 DNA 糖基化酶抑制剂 (UGI) 的融合蛋白。这两个质粒共同实现了结核分枝杆菌基因组中所需位点处 G:C 到 A:T 碱基对的有效转换。碱基编辑系统的成功开发将有助于阐明结核分枝杆菌致病机理和耐药性的分子机制，并为开发其他微生物的碱基编辑工具提供重要启发。
一个用于工程性低下多能干细胞的单步过程
平台，它可以通过DNA结合CAS和DNA修饰脱氨酶组成的基础编辑器的模块化组件，该基础编辑器通过在序列靶向指导指南RNA（GRNA）中编码的适体相关的Deaminase组件组成。由于适体依赖于脱氨酶成分靶向DNA序列，PIN点平台唯一地允许多对单个Cas Nickase组件进行多用作用于同时多发性基础编辑和靶向的转基因敲入。编码由大鼠APOBEC1和SPCAS9 NICKASE组成的PIN点基本编辑器的mRNA瞬时传递与合成适性剂编码的GRNA结合使用，可实现耐用的靶蛋白敲除，并显着提高了细胞生存能力，编辑效率，以及与CRISPR-CasS9相比，基因组的编辑效率和基因组完整性均与CRISPR-CasS9相比。为了演示同种异体PSC工程的PIN点平台的实用性，我们使用自动化的克隆跟踪和拾取工作流进行了一系列基因型，生成了一组克隆性低下IPSC线。通过多重碱基编辑和同时进行靶向转基因整合的碱基编辑生成的低免疫原性IPSC系列保留了多能性，并在区别为治疗细胞产物时表现出预期的人白细胞抗原（HLA）表型。因此，PIN点平台代表了一种安全有效的解决方案，可以通过与下游自动化兼容的新型单步过程同时执行多个基因组工程操作，从而提供了极大地简化同种异体IPSC衍生细胞疗法的开发的机会。